가. 청구인은 1999.12.27. 경기도 OOO 전 611㎡, 같은 리 29-9 대 866㎡, 같은 리 188-3 전 135㎡, 합계 1,612㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 전소유자 박OOO로부터 취득하고, 2000.8.16. 쟁점토지를 같은 리 29-8로 합병, 공장용지로 변경한 후 그 위에 공장 612㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 보유하다가 2012.4.24. 쟁점부동산을 양도하면서, 2012.6.25. 아래와 같이 실지거래가액에 의해 양도가액을 OOO원으로, 취득가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 OOO원을 예정신고·납부하였다.

<청구인의 쟁점부동산 양도소득세 신고내용>

(단위 : 원)

OOO × 1,574㎡(양도면적)/1,612㎡(취득면적)

나. 처분청은 청구인의 쟁점부동산에 대한 양도소득세 실지조사를 하여, 청구인이 신고한 쟁점토지나 쟁점건물의 취득가액이 사실과 다르고 실지 취득가액이 확인되지 않는다고 보아 쟁점부동산의 취득가액을 환산가액인 OOO원으로 하여 2013.5.16. 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.8.6. 이의신청을 거쳐 2013.12.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 운영하던 섬유 제조업체인 ㈜OOO의 공장부지를 물색하던 중 1997년 나OOO으로부터 경기도 OOO 소재 공장을 매입하였으나, 공장이 너무 협소하여 고민하던 중 전 소유자 박OOO가 쟁점토지를 양도하겠다고 하여 1999.8.20. 나OOO과 매매계약을 맺고 계약금 OOO원을 나OOO에게 지급하였다.

쟁점토지를 나OOO과 계약한 이유는 나OOO이 자신의 부동산과 쟁점토지를 함께 개발하려 하였으나 개발자금이 부족하여 배우자의 이종사촌인 박OOO에게 자금을 차용하면서 박OOO가 그의 명의로 쟁점토지를 등기하는 조건을 내세워 박OOO 명의로 등기하였을 뿐, 사실상 나OOO이 개발 및 처분에 관한 모든 권한을 위임받았고 공장용지로의 지목변경 역시 나OOO 책임으로 추진할 것이라 하여 청구인은 공장증축이 시급한 상황에서 나OOO을 박OOO의 대리인으로 하여 매매계약을 체결한 것이다.

(2) 청구인은 쟁점토지의 잔금지급일인 1999.9.25. 청구인의 공장사무실에서 나OOO과 박OOO의 조카(누나 아들, 주민번호 불상)인 양OOO이 있는 자리에서 잔금 OOO원을 양OOO에게 지급하고 영수증을 수령하였다.

(3) 청구인은 쟁점토지의 잔금지급 후 나OOO과 함께 공장용지로 지목변경 후 공장건물을 신축하려 하였으나, 당초 시공자의 옹벽 및 토목공사 미비로 지연되어 2010.1.10. 시공자를 OOO㈜(대표이사 안OOO)로 바꾸어 옹벽 및 토목공사를 재개토록 하고, 2010.1.15.소유권등기를 하였으며, 당초 2000.3.15. OOO㈜와 건물 신축공사계약을 하고 아래와 같이 공사대금을 지급하고 영수증을 수령하였다.

<쟁점건물 취득가액(신축공사비)>

(4) 따라서, 쟁점토지의 실지취득가액은 OOO원, 쟁점건물의 실지취득가액은 OOO원, 합계 OOO원이 확인되므로, 이를 쟁점부동산의 취득가액으로 인정하여야 한다.

(5) 청구인은 쟁점부동산을 양도하고 증빙을 갖추어 적법하게 양도소득세를 신고납부 하였으나, 처분청은 청구인이 제출한 증빙의 진위 여부에 대하여 적극적인 확인도 하지 않고 단지 관련증빙이 불분명하다는 이유로 신고내용을 부인하고 취득가액을 환산가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청이 쟁점토지의 전 소유자 박OOO와 통화한 결과, 2011년경 나OOO이 전화하여 당시 계약서를 소급하여 작성해 달라고 하였으나 거절하였고, 실제 매매대금이 크지 않고 오래되어 정확히 기억나지 않으며, 청구인이 주장하는 매매가액 OOO원에 대하여는 당시 지목이 전으로서 동 금액만큼 큰 금액은 아니라고 답변하였다.

(2) 청구인의 쟁점토지 취득시 매매계약서의 기재내역과 실제 현황을 비교해 보면, 아래와 같이 매매계약서에는 물건 소재지가 OOO로, 지목은 공장용지로, 면적은 약 1,650㎡로 표기되어 있으나, 청구인이 취득할 당시 쟁점토지는 같은 리 28-9 대 866㎡, 같은 리 29-8 전 611㎡, 같은 리 188-3 전 135㎡ 등 3필지로 나누어져 있던 총면적 1,612㎡의 토지로, 지번 및 지목이 계약 당시의(1999년 8월) 실제 토지현황과 다르게 기재되어 있다(쟁점토지는 청구인이 취득 후 2000.6.15. 지목변경, 2000.6.24. 같은 리 29-8로 합병됨).

또한, 박OOO의 인감날인 없이 대리인 나OOO의 도장만이 날인되어 있고, 계약일도 기재되어 있지 않은 쌍방합의 계약서로 계약당시 작성된 실제 취득계약서라고 보기 어려우며, 매매대금 지급사항을 요구하였으나 증빙을 전혀 제출하지 아니하고, 신고시 첨부한 계약서 상의 대금지급일이 기재된 영수증만을 제시하였다.

(3) 청구인이 제출한 계약서에는 잔금지급일이 1999.9.25.로 기재되어 있으나, 등기부에는 등기원인일(계약일)이 1999.10.20. 소유권이전일 2000.1.15.로 다르고, 대금지급 관련 금융증빙 등을 제시하지 못하는 점, 청구인이 주장하는 잔금지급일로부터 소유권이전일까지 약 4개월의 간격이 있는 점 등 실제 계약서로 보기 어렵고, 동 계약서상의 취득가액을 실지거래가액으로 인정하기 어렵다.

(4) 청구인이 제출한 신축공사 계약서 및 대금지급 영수증에 기재된 OOO㈜는 건물신축 당시인 2000년에는 존재하지 않는 상호로, OOO㈜의 사업자등록(2**-81-49***) 이력을 보면, 당초 OOO으로 2000.10.30. 법인사업자등록을 한 후 2001.6.12. OOO㈜로 상호를 변경하였다.

또한, OOO㈜의 대표이사 안OOO의 사업이력을 보면 OOO설㈜ 대표이사는 2005.9.12.부터 맡았으며, 쟁점건물 공사개시 당시에는 OOO㈜(2**-81-41***, 1999.2.1. 개업, 2001.9.13. 폐업)을 경영한 것으로 나타나므로, 청구인이 제출한 쟁점건물 신축공사 계약서 및 대금지급 영수증은 실지거래가액을 알 수 있는 객관적인 증빙에 해당하지 아니하고, 팬스설치 공사대금 OOO원은 OOO(1**-39-62***) 안OOO로부터 작성된 영수증을 제출하였으나, 작성일자가 공사개시 전에 작성된 것으로 이를 인정할 수 없다.

(5) 따라서, 쟁점부동산의 실지취득가액이 확인되지 아니하므로, 환산가액을 취득가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 양도한 부동산의 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우로 보아 취득가액을 환산가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제97조【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제176조의2 【추계결정 및 경정】① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 "감정평가법인"이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

1. (생략)

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시의 기준시가 ÷ 양도당시의 기준시가(괄호 생략)

③ 법 제114조제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 아니한다)하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.

1.양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월이내에 당해 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 2이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 양도소득세 경정결의서 등 과세심리자료에 따르면, 청구인의 쟁점부동산 관련 양도소득세 신고내용과 처분청의 경정내역은 아래 표와 같이 나타난다.

<청구인의 양도소득세 신고 및 처분청의 경정내역>

(단위 : 원)

(2) 청구인이 양도소득세 신고시 제출한 쟁점토지 매매계약서를 보면, 쟁점토지는 소재지가 경기도 OOO로, 지목과 면적이 공장용지 약 1,650㎡로, 매매대금이 OOO원(계약금 OOO원 1999.8.20. 지불, 잔금 OOO원 1999.9.25. 지불)으로 기재되어 있고, 특약사항에 “계약과 함께 토지 사용을 허락한다”로 기재되어 있으며, 계약서 작성일자는 기재되지 아니하고, 거래 당사자들의 표시부분에 양수인은 청구인이 기재되어 있으나, 양도인 란에는 박OOO와 함께 대리인으로 ‘나OOO’이 기재되어 있고 나OOO의 인감도장이 날인되어 있으며, 중개인 표시는 없고 “쌍방합의”라고 표시되어 있다.

(3) 청구인은 매매대금 지급과 관련하여 영수증 2매를 제출하였는바, 1999.8.20. 발행한 계약금 OOO원의 영수증은 발행인 란에 ‘박OOO 대(代) 나OOO’과 나OOO의 도장이 날인되어 있고, 1999.9.25. 발행한 잔금 OOO원의 영수증은 발행인 란에 ‘박OOO 대(代) 양OOO’이 기재되어 있으며 양OOO의 사인으로 보이는 표시가 되어 있는바, 청구인은 나OOO이 박OOO 배우자의 이종사촌이고, 양OOO은 박OOO의 조카(누나 아들)라고 진술하고 있다.

(4) 처분청 조사공무원의 조사보고서에는 전 양도자 박OOO와 통화한 결과, 2011년경 나OOO이 전화하여 당시 계약서를 소급해 작성해달라고 하였으나 거절하였던 사실이 있고, 실제 거래대금이 얼마인지 질문한 결과, 매매대금이 크지 않고 오래되어 기억나지 않는다고 진술(청구인이 매매가액을 OOO원 신고하였다고 하자 당시 지목이 전으로 그렇게 높은 금액에 거래되지 않았다고 진술하였으나, 확인서 작성은 거부)한 것으로 나타난다.

(5) 청구인은 쟁점건물의 취득증빙으로 2000.3.15.자 ‘건물 신축공사 계약서’를 제출하였는바, 동 계약서에 경기 OOO 철근콘크리트조 슬래브지붕 공장 및 사무동 3동 건평 594㎡를 허가 도면 및 설계도에 의해서 시공(단 동력은 제외)하며, 공사대금 OOO원(계약금 OOO원을 지급하고, 중도금 OOO원은 공사 진척에 따라 지급하며, 잔금은 2000.8.30. 인도시에 지급)이고, 시공사는 “서울특별시 OOO OOO 안OOO”으로 나타난다.

(6) 청구인은 쟁점건물의 신축대금을 지급하고 받은 것이라며 동일한 형식의 영수증 6매를 아래와 같이 제출하였다.

(7) 쟁점건물의 공사계약서, 영수증 등에는 시공자가 안OOO으로 되어 있고, 상호는 OOO’, OOO’ 등이 표시되어 있으나, 그 전부에 날인된 도장은 ‘안OOO’ 개인도장이 날인되어 있는바, 처분청이 제출한 안OOO의 사업이력에는 2000년 당시 안OOO이 개인사업자 또는 법인으로 건설회사를 사업자등록한 사실이 없는 것으로 나타나며, 또한 영수증 1매에 ‘OOO㈜’ 상호가 표시되어 있으나, 처분청이 제출한 OOO㈜의 사업자등록 내역을 보면, OOO㈜는 위의 신축공사 계약서 작성(2000.3.15.)이나 공사대금의 영수증을 발행한 시기(2000.1.10. 2000.8.30.) 이후인 2000.10.30.을 사업개시일로, 법인명을 OOO’으로 사업자등록을 하였다가 2001.6.12. 법인명을 OOO㈜로 변경하였으며, 그 대표이사는 안OOO이 아닌 다른 2명이 기간별로 대표이사였다가 2005.9.12. 안OOO이 대표이사로 취임한 것으로 나타난다.

(8) 청구인은 쟁점토지의 취득과 관련하여 전소유자를 대리하여 계약하였던 나OOO의 사실확인서(2013년 7월 작성, 인감증명서 첨부)를 제출하였는바, 동 확인서는 청구인이 주장하는 바와 같이 쟁점토지를 실제 OOO원에 양도하였고, 계약금 OOO원은 자신이 수령하여 박OOO에게 전달하였으며, 나머지 잔금 OOO원은 양OOO이 수령하고 영수증을 작성하였다는 내용으로 되어 있다.

(9) 위의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산의 취득관련 계약서 및 영수증을 제시하며 양도소득세 신고시의 취득가액인 OOO원이 실지거래가액이라고 주장하나, 청구인이 제출한 쟁점토지 매매계약서는 공인중개인 등이 없이 작성된 쌍방계약서로 임의작성이 가능하고, 동 계약서의 계약일(1999.8.20.)이나 잔금일(1999.9.25.)이 등기부상의 등기원인일인 1999.10.20.보다 앞선 것으로 나타나며, 부동산의 표시가 매매계약 당시가 아닌 매매계약일로부터 10개월이 경과한 후에 용도변경된 지목이나 합병과 분할 이후의 면적이 표시되어 있으므로 실제 매매계약서로 보기 어려운 점, 처분청의 조사에서 쟁점토지의 양도자 박OOO는 양도가액에 대하여 당시 전(田)으로서 매매대금이 크지 않아 청구인이 신고한 OOO원에는 크게 못 미치며, 2011년경 나OOO이 계약서를 소급하여 작성해 달라고 하였으나 거절한 사실이 있다고 진술한 점, 청구인이 제출한 쟁점건물 신축공사 계약서는 공사대금 이외의 실질적인 계약내용을 알기 어려운 형식으로 작성되어 있고, 시공자로 표시된 안OOO이나 OOO’은 당시 사업자등록이 되어 있지 않으며, 영수증 상에 나타나는 다른 상호 OOO㈜’는 공사시기로부터 약 1년이 지난 2001년 6월에 법인 등기된 것으로 나타나므로 동 계약서와 영수증을 신빙성 있는 자료로 보기 어려운 점, 청구인이 쟁점부동산의 취득관련 매매계약서나 영수증 이외에는 매매대금을 확인할 수 있는 다른 증빙을 제출하지 못하는 점 등에 비추어 청구인의 쟁점부동산은 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에 해당한다 할 것이므로, 처분청이 쟁점부동산의 취득가액을 환산가액으로 하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.