가. 청구인은 OOO과 공동(각 지분율 3분의 1로 이하 “청구인등”이라 한다)으로 OOO 외 3필지에 소재한 토지(이하 “기존토지”라 한다)와 건물(이하 “기존건물”이라 한다)을 취득하여 2003.7.10.부터 2013.7.24.까지 OOO충전소(이하 “쟁점기존사업장”이라 한다)라는 상호로 LPG가스충전업을 영위하였고, 쟁점기존사업장은 2004.12.31. ‘OOO개발사업지구’로 지정된 후 2005.9.23.자로 택지개발계획이 승인됨에 따라 2006.12.21.～2008.11.30. OOO공사(이하 “OOO”라 한다)에 수용되었다.

나. 청구인등은 쟁점기존사업장 부지가 OOO에 수용될 것으로 예상됨에 따라 쟁점기존사업장의 영업권 일체(첨부된 액화석유가스 자동차 충전소허가 OOO 및 사업자등록번호OOO-***** 상의 일체의 권리로 이하 “쟁점기존사업장 영업권”이라 한다)와 쟁점기존사업장의 수용 후 존치목적으로 개발완료토지에 배정될 대체토지인 OOO 1,375㎡[종전사업자에게 우선적으로 수의매수계약을 할 수 있는 대상토지로서 확정전 가지번 및 면적이며, 토지개발과정에서 OOO번지 1,372.2㎡로 확정됨에 따라 2013.6.7. 당초 매매계약 대상지를 수정하는 계약서를 작성함, 이하 “대체토지”라 한다)를 취득할 수 있는 권리(이하 “대체토지취득권리”라 한다)]를 OOO과 OOO 주식회사(이하 “양수인들”이라 한다)에게 양도하기로 한 후, 청구인은 쟁점기존사업장 영업권 중 청구인 지분(이하 “쟁점영업권”이라 한다)에 대하여는 2006.2.6. 양수인들과 ‘충전소영업권 양도양수 계약서’를 작성하고 관련 영업권의 대가로 OOO억원을 일시불로 수취한 후, 이를「소득세법」상 양도소득세 과세대상이 아닌 영업권만의 양도로 보아 양도소득세를 신고하지 않았다.

다. 한편, 기존토지와 기존건물은 2006.12.21. 및 2008.11.30. OOO에 각 수용되어 청구인등이 각각 대금을 수령함으로써 양도가 종결되었고, 수용에 따른 부수권리인 대체토지취득권리에 대하여는 청구인등이 OOO로부터 2008.5.15. 수의매매계약체결 안내문을 받고, 2008.7.31. 대체토지를 청구인등 명의로 공동취득하기로 하는 용지매매계약서를 체결(총매매대금 : OOO을 지급하기로 약정하였고, 이 중 청구인 지분은 3분의 1로 OOO원임)한 후, 같은 날 청구인이 양수인들에게 대체토지취득권리를 양도하기로 하는 ‘부동산매매계약서(대체토지 총매매대금OOO원 양수인들이 대납, 2009.5.20. 중도금OOO원으로 양수인들이 대납, 2013.6.10. 잔금 OOO)를 제시하였다.

라. 또한, 청구인 명의로 2008.4.17. 대체토지(1,373㎡)에 대한 토지사용승낙서를 OOO로부터 발급 받은 사실이 있고, 2010.5.31. 청구인등의 명의로 대체토지 지상에 신규사업용 건물을 준공(착공 2009.1.29.)하였으며, 청구인등은 2010.7.26. 동 건물에 대해 소유권보전등기한 후 양수인들에게 2010.5.31. 매매를 원인으로 한 소유권 이전등기를 경료하여 현재까지 양수인들은 OOO충전소라는 상호로 도소매 LPG차량가스충전업을 하고 있다.

마. 대체토지에 대해서 OOO는 대체토지의 지번과 면적을 OOO주유소용지 1372.2㎡로 확정됨에 따라 2013.4.11. OOO 명의로 대체토지에 대한 소유권보존등기를 마친 후, 청구인과 공동사업자 OOO을 공유자로 2008.7.31. 매매를 원인으로 한 소유권 이전등기를 2013.6.13. 한 다음, 청구인 지분에 대하여 2008.7.31. 매매를 원인으로 하여 양수인들에게 소유권이전등기를 2013.6.21. 마쳤다.

바. 청구인과 다른 공동사업자들은 아래 <표1>과 같이 대체토지 양도를 원인으로 하여 각자의 명의로 양도소득세 신고를 하였다.

사. OOO지방국세청장은 사업부지인 쟁점대체토지권리가 쟁점영업권을 활용하여 사업장으로 사용될 수밖에 없는 불가분의 관계라는 점을 들어 쟁점영업권이 대체토지와 함께 양수인들에게 2013.6.10. 양도(지위승계)된 것으로 이는 「소득세법」제94조 제1항 제4호에 따른 고정자산과 함께 양도하는 영업권에 해당한다고 보아 양도가액은 2013.6.30.자 대체토지 양도가액에 쟁점영업권 양도가액(OOO억원)을 포함하여야 하고, 그 양도시기도 잔금으로 기재된OOO억원의 정산시점인 2013.6.10.로 보아 과세자료를 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 당초 청구인이 대체토지 양도가액으로 신고한 OOO을 가산하여 2016.12.15. 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정고지하였다.

아. 청구인은 이에 불복하여 2017.3.10. 이의신청을 거쳐 2017.8.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 「소득세법」제94조에 의하면 사업용고정자산과 함께 양도하는 영업권을 양도소득세가 과세되는 양도소득에 포함하고 있는바, 청구인이 양도한 대상은 쟁점영업권과 함께 대체토지를 양도한 것이고, 그 대금청산일도 대체토지 양수도계약서상 잔금으로 기재된 OOO억원의 지급약정일인 2013.6.10.이라는 의견이나, 2006.2.6. 계약 당시 쟁점영업권과 함께 양도·양수될 대상물건은 완성물인 대체토지 자체가 아닌 쟁점기존사업장을 운영한 종전사업자의 지위에서 쟁점기존사업장의 수용으로 인한 생계대책의 일환으로 청구인등에게 부여될 대체토지에 대하여 우선적으로 매수계약을 체결할 수 있는 권리 중 청구인 지분에 해당하는 대체토지취득권리(대체토지의 매수계약체결시 계약금부터 잔금까지 양수인들이 부담하기로 하고 청구인을 포함한 공동사업자인 양도인들이 양수인들의 요청에 협조하기로 하는 거래를 한 사실 및 이에 따라 양수인들이 모두 부담한 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없음)라는 점에서 사실상 2006.2.6.에 양수인들과 약정한 OOO억원의 대금청산이 종료된 상태이므로 쟁점영업권과 대체토지취득권리에 관한 권리와 의무가 양수인들에게 모두 이전된 것이며,

다만, 청구인이 양수인들에게 2006.2.6. 쟁점영업권과 대체토지취득권리만을 포괄적으로 OOO억원에 양도하면서 대체토지취득권리의 대가와 이와 관련된 부수비용[대체토지의 이전방식이 변경(OOO로부터 양수인들이 아닌 청구인등이 직접 소유권을 취득)되는 경우 양수인들이 대납하게 될 청구인 명의 취득세·등록세 등 대납비용 등]은 추후 양수인들이 부담하기로 함에 따라 청구인이 추후 양수인들의 요구사항에 협조할 의무 외에는 관련 매매계약과 연결되어 청구인이 추가로 받을 대금이 없이 종결된 것이라는 점에서 사실상 OOO로부터 양수인들이 직접 대체토지를 취득하는 조건으로 쟁점영업권과 대체토지취득권리(계약금도 불입되지 않은 상태에서의 단순한 수분양권)를 2006.2.6. 종국적으로 양도한 것으로 볼 수 있으며,

또한, 쟁점영업권에 관한 양도계약을 체결한 시점인 2006.2.6.에는 대체토지의 위치, 면적 등이 가배정되어 있을 뿐 확정되지 아니하여 일종의 조건부 계약으로 볼 수 있다 하더라도, 위 쟁점영업권등의 매매계약은 청구인이 사업시행자인 OOO로부터 매수계약안내를 받고 실질적으로 대체토지의 취득계약을 확정적으로 체결한 2008.7.31.에 당초 불완전한 조건부계약이 확정된 완전한 계약, 즉 유효인 계약(대체토지의 가격, 면적, 위치 등이 구체적으로 확정)으로 완성되었다고 볼 수 있으므로 대체토지취득권리와 쟁점영업권의 양도시기 역시 2006.2.6. 또는 2008.7.31.로 보는 것이 타당하므로 이는 부과제척기간(과소신고 5년 또는 무신고 7년)이 도과한 부당한 처분이다.

(2) 청구인은 양수인들에게 쟁점영업권과 대체토지취득권리를 분리하여 개별적독립적으로 양도한 것이므로 충전소 영업권 양도대금(OOO억원)과 관련된 것은 「소득세법」제20조의2에 따른 일시재산소득에 해당한다.

(가) 「소득세법 시행령」제40조의2 제3항에 의하면 행정관청으로부터 인가허가면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 일시재산소득의 범위에 포함하되 사업용 고정자산과 함께 양도되는 영업권을 포함하지 않도록 규정하고 있어 영업권을 단독으로 양도하면 일시재산소득이고, 사업용 고정자산과 함께 양도하는 경우 양도소득으로 분류되는 것인바, 이 건 쟁점영업권의 경우는 대체토지와는 분리되어 2006.2.6.에 양도된 것이고, 쟁점기존사업장의 사업용 고정자산인 기존토지는 2006.12.21. OOO로 소유권이 이전되었으며, 기존건물은 2006.12.19. OOO에 의하여 철거되었으므로 쟁점영업권은 고정자산과 함께 양도되는 영업권에 해당하지 않는다.

(나) 일시재산소득은 대금청산일과 사용수익일 중 빠른 날을 수입시기로 하고 있고, 양도소득은 대금청산일을 수입시기로 하고 있는바, 제1계약서에 의하면 쟁점영업권의 양도대금은 OOO억원으로 하고 계약일에 일시에 지급하기로 한다고 기재되어 있고, 같은 날 청구인이 OOO억원을 양수인들로부터 수취한 것이 그 당시 발행된 수표 등 금융자료상 확인되며, 쟁점영업권의 내용을 보면 청구인은 2006.12.31. 이후 쟁점사업장의 영업과 관련한 일체의 권리의무(기왕 확보된 거래처, LPG충전사업허가증, 사업자등록증상 사업자의 지위 등)를 모두 양수인들에게 인계하기로 한 것이고, 그 후 청구인등은 쟁점기존사업장의 경영에 참여하지 않았다. 다만, 양수인들이 청구인 외 다른 공동사업자들과 협의가 완료된 후 대체토지를 분양받아 소유권 이전등기를 마치기 전에는 충전소 관련 허가권 및 동 사업자 명의를 변경하지 않기로 합의함에 따라 청구인 명의의 계좌를 양수인들이 계속 사용한 것이며, 사업과 관련하여 발생한 수익은 양수인들 계좌로 이체되었다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점영업권을 사업용 고정자산과 함께 양도한 것이 아니라 개별적독립적으로 양도한 것이므로 쟁점영업권의 양도대가는 양도소득이 아니고 기타소득이라고 주장하나 아래와 같은 이유로 받아들이기 어렵다.

(1) 제1계약서에 의하면 거래대금OOO억원을 계약일(2006.2.6.)에 지급하기로 하는 내용이 기재되어 있으나 제2계약서는 청구인과 공동사업자인 OOO이 양수인과 체결한 충전소영업권 양도양수계약서에 기재된 “～소유지분 3분의 1에 대한 영업권 일체 및 충전사업 대상 토지 인수권리와 택지조성 및 존치 부지 인수 이후 취득하게 될 일체의 LPG충전사업에 대한 허가 및 사업권 등의 일체의 영업권”으로 공동사업자인 OOO과 체결한 계약서와 동일한 내용이 기재되어 있고, OOO이 제기한 심사심판청구에 대한 결정서에 의하면 영업권이 사업용 고정자산과 함께 양도된 것으로 판단한 사실이 있다.

(2) OOO구청장의 액화석유가스 충전사업 허가증 변경내역에 의하면 청구인과 공동사업자들은 2003.11.5. OOO으로부터 지위를 승계 받은 이후 2013.7.1. 양수인들에게 승계하여 준 것으로 나타나고, 청구인과 공동사업자들은 폐업일인 2013.7.24.까지 기존의 ‘OOO라는 상호로 소득세와 부가가치세를 신고하였으며, 쟁점영업권의 명의가 2007년부터 2013년까지 양수인들에게로 변경된 사실이 나타나지 아니하고, 양수인들이 OOO의 수익에 대한 소득세 및 부가가치세 신고한 사실이 확인되지 않아 2006년에 쟁점영업권만을 별도로 분리하여 양도하였다는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

(다) 또한, 쟁점영업권 대가의 소득 종류(일시재산소득 또는 양도소득)와 무관하게 대금청산일을 2006.2.6.로 본다 하더라도 청구인이 신고한 양도소득세는 토지건물 부분에 대한 계약만 포함되어 있어 영업권 양도에 관한 누락은 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당하여 부과제척기간 10년이 적용되므로 부과제척기간이 도과하였다는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점영업권의 양도시기는 대체토지의 소유권이전등기 접수일이 아니라 대체토지를 취득할 수 있는 권리를 양도한 날이라는 청구주장의 당부

② 쟁점영업권은 사업용 고정자산과 함께 양도되는 것이 아니라 영업권을 독립적으로 양도한 것이므로 양도소득세 과세 대상이 아니라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2006.12.30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것)

제20조의2[일시재산소득] ① 일시재산소득은 당해 연도에 발생한 광업권·어업권·산업재산권·산업정보, 산업상 비밀, 상표권·영업권(대통령령이 정하는 점포임차권을 포함한다), 토사석의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발·이용권 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득으로 한다.

② 일시재산소득금액은 당해연도의 총수입금액에서 이에 소요된 필요경비를 공제한 금액으로 한다.

③ 일시재산소득의 범위는 대통령령으로 정한다.

제94조[양도소득의 범위] ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

나. 지상권

다. 전세권과 등기된 부동산임차권

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산(이하 이 장에서 “기타자산”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

가. 사업용고정자산(제1호 및 제2호의 자산을 말한다)과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 영업권이 포함되어 양도된 것으로 인정되는 것과 행정관청으로부터 인가·허가·면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)

제98조[양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법(2006.12.30. 법률 제8144호로 개정된 것)

제20조의2 (삭제)

제21조[기타소득] ① 기타소득은 이자소득·배당소득·부동산임대소득·사업소득·근로소득·연금소득·퇴직소득 및 양도소득외의 소득으로 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권·어업권·산업재산권 및 산업정보, 산업상 비밀, 상표권·영업권(대통령령이 정하는 점포임차권을 포함한다), 토사석의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발·이용권 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품

(3) 소득세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것)

제40조의2[일시재산소득의 범위] ② 법 제20조의2 제1항에 규정하는 “상표권”은 상표법에 의한 상표·서비스표·단체표장 및 업무표장에 관한 권리를 말한다.

③ 법 제20조의2 제1항에 규정하는 “영업권”에는 행정관청으로부터 인가·허가·면허등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함하되, 사업용 고정자산(법 제94조 제1호 및 제2호의 자산을 말한다)과 함께 양도하는 영업권은 포함되지 아니하는 것으로 한다.

제50조[일시재산소득등의 수입시기] ① 기타소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는그 지급을 받은 날로 한다. 다만, 「법인세법」에 의하여 처분된 기타소득에 대하여는 당해 법인의 당해 사업연도의 결산확정일로 한다.

④ 일시재산소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 그 대금을 청산한 날로 한다. 다만, 그 대금을 청산하기 전에 당해 자산을 인도하거나 사용·수익하는 경우에는 인도일 또는 사용·수익일로 한다.

제162조[양도 또는 취득의 시기](2010.12.30. 대통령령 제25580호로 개정되기 전의 것) ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날

② 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 당해 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날을 그 양도일 또는 취득일로 본다.

(4) 소득세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19890호로 개정된 것)

제50조[기타소득 등의 수입시기] ① 기타소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 다음 각 호의 날로 한다.

1. 법 제21조 제1항 제7호에 따른 기타소득(자산 또는 권리를 대여한 경우의 기타소득을 제외한다) 그 대금을 청산한 날. 다만, 그 대금을 청산하기 전에 해당 자산을 인도하거나 사용·수익하는 경우에는 그 인도일 또는 사용·수익일로 한다.

(5) 국세기본법 제26조2[국세 부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급·공제받아 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.

1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

가. 「소득세법」 제81조 제3항 제4호

나. 「법인세법」 제76조 제9항 제4호

다. 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호·제3항 및 제4항

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점기존사업장에 대한 사업 및 수용내역

(가) 청구인은 OOO과 공동(각 지분율 3분의 1)으로 기존토지와 기존건물을 2003.6.27.에 취득한 후 2003.7.10.(청구인 외 2인이 2003.7.3. 사업자등록)부터 LPG가스충전사업(2003.11.5. OOO으로부터 액화석유가스충전사업 허가증 청구인등 3인이 지위 승계)을 영위하던 중 쟁점기존사업장이 속한 지역이 택지개발예정지구 지정 후 쟁점기존사업장의 기존토지와 기존건물은 수용되었고, 그 개발과정은 아래와 같다.

① 2001.1.5. 쟁점기존사업장이 속한 지구가 택지개발예정지구 지정

② 2003.12.16. 택지개발계획 승인(이주대책대상자 선정요건 안내)

③ 2004.12.31. 쟁점기존사업장이 OOO개발사업지구 지정(건교부 고시 제2004-OOO호)

④ 2005.5.31. 토지 등에 대한 보상계획 공고

⑤ 2005.9.23. 택지개발계획 승인(건교부 고시 제2005-OOO호)

⑥ 2005.12.29. 택지개발계획 변경승인(건교부 고시 제2005-OOO호)

⑦ 2008.4.29. 공급대상자 선정 통보(가격, 면적, 위치 등 미정)

⑧ 2008.7.31. 사업시행자와 토지공급계약 체결(가격, 면적, 위치 등 지정)

⑨ 2013.1.21. 택지개발사업 완료(확정 지번, 면적)(고시 제2013-OOO호)

(나) 관련 관청에서 OOO로부터 위 토지개발계획 승인을 받기 위해 작성되었던 토지조서를 보면, 쟁점기존사업장이 택지개발예정지구로 편입된 사실과 택지개발공사 완료 후 사용될 공공시설용지로 액화석유가스충전소 1개소(1,375㎡)가 계획[동 대체토지는 청구인과 양수인들 간에 매매계약체결시 택지개발촉진법 시행령(2006.2.24. 대통령령 제19355호로 개정되기 전의 것) 제13조의2 제5항에 의거 청구인등은 동 액화석유가스충전소시설부지인 쟁점사업장이 수용에 따라 새로 조성될 대체토지에 대하여 우선적으로 수의계약대상임을 OOO로부터 확인하였다고 진술함]된 사실이 나타난다.

(2) 쟁점기존사업장의 수용 및 쟁점영업권 등 처분과정은 아래와 같다.

(가) 쟁점기존사업장의 기존토지는 2006.12.21.에 OOO에 수용(청구인 지분OOO 원인 : 2006.12.18. 공공용지의 협의취득)되어 소유권이 이전되었고, 기존건물 등은 ‘지장물등 이전 및 철거계약서(청구인 지분가액 OOO백만원, 계약체결일 2006.12.19.)에 근거하여 2009.9.3. 철거(신고서상 양도일 기존토지 2006.12.29., 기존건물 2008.11.27.)된 것으로 나타난다.

(나) 쟁점영업권의 양도내역은 아래와 같다.

쟁점기존사업장의 공동사업자들인 청구인등은 쟁점기존사업장 사업부지가 OOO에 수용될 것으로 예상됨에 따라 쟁점기존사업장 영업권과 대체토지취득권리를 양수인들인 OOO(OOO은 OOO 주식회사의 대표이사)과 OOO 주식회사 2인에게 양도하기로 한 후, 청구인은 쟁점영업권에 대하여는 2006.2.6. 양수인들에게 OOO억원(일시불 조건)으로 양도한 사실이 있으며, 관련 계약서는 아래와 같이 2매가 제출되었다.

1) 제1계약서는 2006.2.6. 쟁점영업권 양도대금을 OOO억원(일시불 지급)으로 하여 청구인과 OOO 주식회사 양자 간에 체결된 것으로 쟁점영업권 양도양수사항만 기재되어 있을 뿐 대체토지의 취득 양도 관련 사항은 기재되어 있지 아니한 것으로 나타난다.

2) 제2계약서의 내용은 아래와 같다.

2006.2.6. 쟁점영업권 양도대금을 OOO억원으로 청구인과 양수인(OOO 및 OOO 주식회사)간에 체결된 것으로, 그 거래대상은 “쟁점영업권과 대체토지취득권리”로 나타나고, 거래대금 OOO억원은 계약체결일에 계약금 및 중도금조로OOO억원을 지급하며 청구인은 쟁점영업장에 대한 임대차계약LPG충전사업허가권 변경사업자등록 변경에 필요한 서류를 발급하기로 하면서 양도자는 양수인들로부터 쟁점기존사업장의 임대차계약을 체결(OOO억원의 지급과 동시에 쟁점기존사업장의 관리·통제권이 양수인들에게 사실상 모두 이전된 것을 상정하고 양도자인 청구인등 명의로 사업을 계속할 것을 전제로 약정한 것으로 보임)하면서 허가권과 사업자등록증 변경에 필요한 서류 발급인계하기로 하였다.

나머지 잔금 OOO억원은 사업허가권과 사업자등록증상 사업자의 승계가 완료한 날로부터 은행영업일 3일 이내 지급하되, 동시에 영업권 매매대금을 담보하기 위해 청구인은 양수인에게 1순위 근질권을 설정키로 약정하였으나 근질권 설정 대상이 되는 목적물은 명시적으로 기재되지 아니한 것으로 나타나고, 특약사항으로 청구인은 양수인이 대체토지를 취득할 수 있도록 하며, 청구인 명의로 대체토지가 공급되는 경우 청구인의 취득한 가액으로 양수인에게 매각하기로 약정한 것으로 약정하면서 추후 대체토지가 OOO로부터 직접 양수인들에게가 아닌 OOO로부터 청구인의 명의로 공급된 후 청구인이 양수인들에게 인계될 수밖에 없는 경우 청구인등이 공급받은 대가 그대로 양수인들이 요청하는 일자에 매각하고, 즉시 허가권과 사업권을 양수인들에게 발급하는 것으로 기재되어 있다.

(다) 양수인들은 처음에는 OOO이 단독으로 쟁점영업권을 취득하고자 하였으나 OOO 개인이 매입하기에는 전체적으로 규모가 커 자금이 부족하여 추후 OOO 주식회사와 2인으로 변경하여 매입하기로 하고, 당초 OOO 개인 명의로 매입하기로 하면서 제1계약서를 작성하였으나 이후 2012년경에 청구인의 양해 하에 당초계약서를 대신할 또 다른 형태의 제2계약서를 2007.2.6.자로 소급하여 작성한 것(진술일자 2016.1.8.)이라는 사실이 OOO의 심판청구사건 결정서에 나타난다.

(라) 청구인, OOO은 아래 <표2>와 같이 쟁점사업장 영업권을 양수인에게 양도하는 ‘충전소영업권 양도 양수 계약서’를 각자 작성한 것으로 나타나고, OOO과 양수인들 사이에 체결된 계약서 내용과 청구인이 양수인들과 체결한 계약내용은 다음과 같다.

1) OOO와 양수인들이 체결한 영업권 양도 양수 계약서는 충전소 부지 양도 및 사업허가, 영업권의 양도라는 계약목적에 큰 차이가 없고, OOO과 청구인의 경우, 잔금 OOO원이 가산된 쟁점토지 매매계약서는 동일해 보이나 대금을 지급받는 방법과 시기(OOO은 OOO천만원은 2010.4.3.에 잔금 OOO천만원은 2013.6.7.에 수수하기로 약정하였으나 실제 잔금 OOO천만원이 수수된 사실은 불분명하나, 청구인의 경우는 잔금OOO이 2013.6.10. 양수인들로부터 청구인에게 입금된 후 곧바로 청구인으로부터 양수인들이 회수한 것으로 나타남)에 차이가 있는 것으로 보인다.

2) 청구인, OOO가 양수인으로부터 계약금중도금으로 수취한 금원에 대한 영수증에 의하면 청구인은 2006.2.6. OOO을 각 지급받고 영수증을 작성한 것으로 나타나고, 청구인은 2006.2.6. OOO지점에서 발행한 자기앞수표로 대금을 수취한 것으로 나타난다.

(마) 청구인의 대체토지취득권리 양도 및 소유권 변동 내역은 아래와 같다.

1) 대체토지 소유권 변경내역을 보면 청구인은 쟁점기존사업장 부지가 OOO에 수용될 것으로 예상됨에 따라 쟁점기존사업장 영업권과 대체토지취득권리를 양수인들인 OOO과 OOO 주식회사에게 양도하기로 한 후, 쟁점영업권에 대하여는 2006.2.6. 양수인들과 ‘충전소영업권 양도양수 계약서’를 작성하고 관련 영업권의 대가로 OOO억원을 수취한 것으로 나타난다.

대체토지에 대하여 청구인등은 2008.5.15. OOO로부터 쟁점기존사업자의 사업영위지위에서 부여된 대체토지의 매각안내서를 받은 후 2008.7.31. OOO로부터 청구인등 명의로 대체토지를 OOO원에 취득하는 용지매매계약서를 체결하였고, 같은 날 청구인은 양수인들에게 영업권양도양수계약서(계약일 2006.2.6.)와는 별개로 대체토지를 양도하는 ‘부동산매매계약서’를 작성(2009.5.20. 토지대금을 OOO에 완납한 후 소급작성)하였는바, 청구인은 계약금 및 중도금 란에 ‘목적 부동산 토지분양 대금 대납으로 갈음한다’라고 기재된 대체토지 양도계약서(작성일 : 2008.7.31., 매수자 : 양수인)를 제출하였다.

2) 청구인과 양수인들간에 체결한 대체토지 부동산매매계약서(2008.7.31.)에 의하면 대체토지를OOO원에 취득하기로 약정하였고, 중도금(OOO원) 지급 약정일인 2009.5.20. 양수인은 2009.5.20.에 약정한 OOO원을 피담보채권으로 하여 OOO에 청구인이 OOO에 가지는 소유권이전등기 청구권에 대한 질권설정 및 채권양도 승낙을 요청(2009.5.20.)한 것으로 나타난다.

3) 청구인은 OOO로부터 공급받은 대체토지에 대한 대가를 양수인들이 청구인 명의로 OOO에 납부하였다고 주장하고, 이에 대한 처분청 이견은 없는 것으로 나타나고, 부동산매매계약서상 잔금 OOO억원과 관련하여 2013.6.10. OOO 주식회사의 OOO에서 청구인의 OOO은행 계좌OOO억원이 입금된 내역과 청구인의 배우자인 OOO이 2013.6.10. OOO의 사용인인 OOO억원을 입금한 내역이 나타난다.

이에 대하여 청구인은OOO억원 수수 당일인 2013.6.21., 양수인들의 대리인인 OOO과 청구인의 배우자인 OOO은 금융기관에 함께 방문하여 청구인 계좌로 OOO억원을 입금 받았으며, 입금과 동시에 그 금액을 OOO의 계좌에 이체하고 이체된 OOO억원을 OOO 계좌에 즉시 송금함으로써 되돌려 주었다고 주장하는바, 이는 2006.2.6.자로 재작성한 변경된 제2계약서는 당초 예상과 달리 OOO의 대체토지 이전방식이 OOO에서 양수인들로 직접 이전방식에서 명의자인 청구인등을 통해 양수인들로 이전되는 방식으로 변경됨에 따라 양수인들이 청구인 명의로 대신 납부할 취득세·등록세 등 추가대납예상액이OOO억원으로 산출됨에 따라, 대납할 양수인들은 이를 법인의 경비로 처리하기 위해 부득이하게 쟁점권리의 양도가액을 증가시키는 방법으로 변경하여 줄 것을 청구인에게 요청함에 따라 형식적으로 재작성한 것이라고 주장하고 있고, 추가분 OOO억원의 지급내역도 위와 같은 경로를 통해 입출금이 이루어짐에 따라 실질적으로 청구인이 추가로 OOO억을 받은 사실은 없다고 주장하고 있으며, 2016.2.15.자 양수인[OOO 주식회사 및 OOO의 확인서와도 일치하고 있는 것으로 나타난다.

4) 2013.1.21.(OOO호) OOO개발사업의 공사가 완료되었으며, OOO는 OOO 1372.2㎡[확정후]로 대체토지가 확정되어 대체토지는 2013.4.11. OOO 명의로 소유권보존등기가 되었다가 2013.6.13.에 청구인등으로 소유권이전(원인 2008.7.31. 매매)된 후, 2013.6.21.자로 양수인들 명의로 소유권이전등기(원인 2008.7.31. 매매)가 되었다.

5) 양수인들의 계정별원장(2013.1.1.～2013.12.31.)에는 2013.7.25.자로 유상 양수한 쟁점기존사업장의 영업권을OOO)으로 계상한 후 2013.12.31.자로 OOO을 OOO년으로 분할 상각액 중 OOO개월분)을 상각한 것으로 나타난다.

(3) 쟁점기존사업장 사업 운영 내역은 아래와 같다.

(가) 처분청과 청구인이 제시한 심리자료에 의하면, 청구인과 양수인들의 사업자등록현황은 아래 <표3>과 같다.

(나) 서울특별시 OOO구청장이 2002.4.24. 발급한 (액화석유가스 충전사업)허가증(제2002-OOO)의 지위 변경내역은 아래 <표4>와 같고, 청구인은 청구인등이 수의계약대상자로 내정되어 있는 상황에서 사업자를 변경하면 수의계약 대상자의 지위를 유지하기 곤란하여 대체토지 소유권 변경과 같은 시기에 허가증 변경을 할 수 밖에 없었다는 의견이다.

(다) 사업장부지인 대체토지의 활용내역은 아래와 같다.

1) 2008.4.17. 청구인등은 양수인들의 요청에 따라 OOO로부터 토지사용승낙서를 받아, 대체용지 지상에 청구인 등의 명의로 건축허가를 신청하여 충전소 건물(이하 “신축건물”이라 한다)을 신축[양수인들의 자금OOO억원을 투입하여 신축, 세금계산서 수취(OOO 주식회사 신축허가일 2009.1.29., 착공일 2009.5.29., 준공일 2010.5.31.]한 후 2010.7.26. 청구인등의 명의로 소유권보존등기를 하였고, 같은 날 양수인들 명의로 소유권이전등기(원인 2010.5.31. 매매)로 변경되었으며, 현재까지 “OOOLPG충전소”라는 상호로 도·소매 LPG차량가스충전업을 공동으로 운영하다가 2013.7.1. 충전사업허가증이 양수인들 명의로 지위가 승계된 것으로 나타난다. 이에 대해 청구인은 2006.12.31. 기준으로 영업 관련 유동자산, 유동부채, 직원퇴직금 등을 모두 정산하게 됨에 따라 2006.12.31.자로 양도인과 양수인 사이에 충전소 영업에 관한 토지사용권한과 충전소허가권(영업권)을 이전하는 절차가 거의 완료되어 2007.1.1.부터 양수인들이 충전소를 점유하고 사업을 개시한 것이라 주장하고 있고, 처분청의 2016.7.20.자 영업권양도 검토서에도 그 내용이 나타난다.

2) 청구인은 2007.1.1.부터 양수인들이 실질적으로 충전소사업을 하였다고 주장하며 다음과 같은 증빙을 제시하였다.

가) 청구인은 2006.12.31.자로 실제 충전소 사업에 대한 일체의 권리의무를 인계한 후에도 사업자등록을 즉시 변경할 수가 없으므로 청구인 명의의 사업용계좌{OOO-*****(이하 “주거래 계좌”라 한다), OOO-*****(이하 “카드대금 입금계좌”라 한다)}를 양수인이 실제로 사용하도록 허여하였는바, 금융기관에 요청하여 받은 2007년 이후 양수인들이 실제 지배·관리하였던 청구인 명의의 사업용 계좌와 양수인 OOO의 손아래 동서이자 당시 쟁점사업장 소장으로 근무하던 OOO-*****)를 이용하였다는 입출금내역자료 및 2006년 사업용자산 매입정산 및 결산자료 내역을 제출하였다.

나) 주거래 계좌와 카드대금 입금계좌를 관리하던 OOO는 두 계좌로 입금된 매출대금을 본인 명의의 계좌로 집금하여 관리하고, 사업과 관련된 비용을 지출하기 직전에 주거래 계좌로 입금하여 지급하는 방법으로 주거래 계좌 잔액이 많이 남지 않도록 관리하였으며, 사업과 관련하여 발생한 이익금은 양수인측 OOO, OOO 주식회사, OOO(OOO의 자녀) 명의의 계좌로 송금한 거래내역을 제출하였다.

다) 그 외 청구인등의 소득세 및 부가가치세 등을 주거래 계좌에서 인출하여 납부하고, 이에 대한 기록을 당시 양수인들이 고용한 경리직원이 자필로 정리내역과 토지 및 건물 등 기존 사업용자산이 OOO에 수용된 이후 일정기간 시설물을 불법 점용하여 사용하여 OOO는 불법 점용에 따른 점용료 OOO백만원을 청구인 등에게 부과하였으나, 이 또한 실제 사업을 영위하였던 양수인들이 본인들이 지배·관리하고 있던 주거래통장을 통해 납부한 자료를 제출하였다.

라) 양수인들은 대체토지취득권리를 취득한 후 대체토지상 신축건물을 본인들의 책임과 계산으로 신축하였다고 주장하면서 2009.7.2 및 2009.7.29. 품목에 OOO충전시설공사로 적혀 있는 세금계산서를 제출하였고, 2010.7.26. 대체토지상 신축건물(2009.1.29. 준공하여 2010.7.26. 청구인등의 명의로 소유권보존등기 및 2010.5.31. 양수인들 명의로 2010.5.31. 매매를 원인으로 소유권이전)에 대하여 양수인들은 업종을 충전소업과 부동산임대업으로 개업(대표 OOO)한 후 2013.7.16. 대표자를 변경[공동사업자 OOO, OOO 주식회사]한 것으로 나타난다.

마) 국세청 대내포털시스템상 쟁점사업장 관련 제세 신고현황에 의하면 청구인등이 2005년 제1기부터 2013년 제2기(2013.7.24. 폐업)까지 부가가치세를 신고납부한 사실과 양수인들이 2013년 제2기(2013.7.1. 허가권 승계)부터 부가가치세를 납부한 사실이 나타나고, OOO 주식회사의 관리팀장이자 이 건 관련인(양수인의 대리인)인 OOO은 2006.1.1.부터 2014.12.31.까지 OOO 주식회사와 2009.4.27.부터 2014.12.31.까지 OOO 주식회사로부터 급여를 각 지급받은 사실이 있는 것으로 나타나며, 청구인의 남편(2006.1.1.～2009.2.28.)과 OOO(2006.10.1.～2013.7.18.) 역시 쟁점기존사업장에서 급여를 지급받은 사실이 나타나고, 김OOO는 2013.7.25.부터 2014.12.31.까지 OOOLPG충전소에서 급여를 지급받은 사실이 나타난다.

(4) 청구인의 양도소득세 신고 및 처분청의 처분내역은 아래와 같다.

(가) 청구인은 기존토지 및 기존건물 등의 양도와 관련하여 아래와 같이 양도소득세를 신고한 사실이 이의신청결정서, 과세전적부심사청구서에 대한 결정문상 아래와 같이 확인된다.

(나) 처분청이 제시한 양도소득세 조사종결보고서(영업권 양도 검토조사서 포함)에 의하면, 처분청은 쟁점영업권의 본질은 충전소허가권으로 파악하면서, 대체토지에 충전소 허가권을 포함하여 양도한 것으로 파악한 것으로 나타나고 있고, 이에 따라 양도소득세 결정결의서에 의하면 그 귀속시기를 2013년(제2계약서에 따른 대체토지의 잔금 OOO억원 지급일인 2013.6.10.)으로 하면서 양도가액을 청구인이 OOO로부터 취득하여 양도한 대체토지 양도대금(OOO)과 쟁점영업권의 양도대금(OOO원)을 합한 양도가액 OOO원으로 하고, 취득가액으로는 대체토지 취득가액 등 OOO원을 공제하여 양도소득세를 산출한 것으로 나타난다.

(5) 이의신청 과정에서 청구인과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다.

(가) 쟁점기존사업장에 대한 영업권을 양수인에게 양도한 이후인 2006.12.31.부터 양수인의 직원인 OOO가 쟁점사업장 매출을 관리하였다고 주장하면서 청구인과의 이체내역이 나타나는 OOO명의 OOO은행 계좌 내역과 청구인 명의 거래계좌, 카드대금 입금계좌 등을 제시한 것으로 나타난다.

(나) OOO가 토지점용료(2009.1.1.～2009.4.30.) OOO을 부과하여 청구인이 자신의 지분비율에 해당하는 점용료의 3분의 OOO원을 OOO에 2009.6.2. 지급한 사실이 청구인 계좌내역을 통해 나타나고, 국세청 대내포털시스템에 청구인의 남편인 OOO은 2006.1.1.～ 2009.2.28. 쟁점사업장으로부터 합계OOO만원을 지급받은 내역과 청구인 계좌를 관리하였다는 OOO가 2006.10.1.～2013.7.18. 쟁점사업장으로부터 합계 OOO을 지급받은 내역과 2008.7.25.～2014.12.31. OOOLPG충전소(양수인의 사업장)로부터 합계 OOO천원을 지급받은 내역이 나타난다.

(다) 처분청은 2005년 제1기부터 2013년 제2기까지 청구인, OOO이 가스충전업에 대한 부가가치세와 종합소득세를 신고한 내역과 양수인이 2013년 제2기에 가스충전업에 대한 부가가치세 신고 내역을 제시하였고, 양수인이 대체토지상에 영업중인 OOOLPG충전소의 표준대차대조표에는 청구인, OOO으로부터 취득한 충전소 영업권 합계OOO억원이 계상되어 있으며, 2013년 영업권상각액을 OOO을 인식하여 2013년말 현재OOO만원이 계상되어 있는 것으로 나타나고, 청구인과 공동사업자들이 OOO와 체결한 대체토지 매매계약서(2008.7.31.)에 의하면 청구인과 공동사업자들은 OOO로부터 대체토지를 OOO원에 취득하기로 하여 계약금 OOO원은 계약체결일에, 잔금은 계약체결 후 60일까지 지급하기로 약정한 것으로 나타나며, 같은 날 청구인과 양수인은 대체토지에 대한 매매계약을 체결하면서 계약금(2008.7.31.)과 중도금(2009.5.20.)으로 OOO에 대한 분양대금 대납으로 갈음하고, 잔금으로 OOO억원을 이전등기 가능일로부터 7일 이내에 지급하기로 약정하였으며, 대체토지의 등기부등본에 의하면 대체토지의 소유권이 2013.6.21. 청구인으로부터 양수인에게 이전된 것으로 나타난다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 대체토지의 등기사항전부증명서에 의하면 청구인이 대체토지의 소유권을 양수인에게 이전하는 등기원인이 2008.7.31. 매매로 기재되어 있고, 쟁점영업권에 대한 대가는 ① 쟁점기존사업장의 영업권, ② 대체토지취득권리, ③ 대체부지 취득 이후 동 부지에서 LPG충전사업에 대한 허가 및 사업권 일체에 대한 대가로 구성되어 있어 ‘OOO개발사업지구’ 내에서 LPG충전사업을 영위하기 위해서는 대체부지를 취득하는 것이 필연적이고, ①의 경우 상증법상 평가액이 “0”이며 달리 평가 또는 산정한 자료를 제시하지 못하고 있으므로 쟁점영업권의 대가는 ②와 ③의 합체된 권리가액으로 보이나 그 권리를 구성하는 각 구분이 사실상 어렵고, 청구인도 ②와 ③ 권리에 대해 별도 평가액을 제시하지 못하고 있는 등으로 볼 때 쟁점영업권대가는 사업용 고정자산과 함께 양도되는 영업권에 대한 것으로 보인다.

「소득세법」제94조 제1항 제4호 가목에 의하면 부동산을 취득할 수 있는 권리가 사업용 고정자산의 범위에 포함되는 것으로 나타나고, 당초 충전소 영업권 양도양수 계약서에 따른 대체부지 인수권은 대체토지를 특정할 수 있을 때 확정되는 것이므로, 그동안 청구인이 취득한 것으로 보기 어려운 상태에서 청구인이 OOO와 대체토지 매매계약을 체결한 때인 2008.7.31.에 이르러 비로소 대체토지취득권리를 청구인이 취득하여 매매가능한 시점이 된다고 보이며, 그 이후 청구인과 양수인들간에 별도의 금전을 수수한 사실이 없다고 보이는 점에서 청구인이 양수인들에게 양도한 물건은 “취득이 완료된 대체토지 또는 일부 계약금이 납입된 상태의 부동산을 취득할 수 있는 권리가 아닌 청구인이 계약금 등을 전혀 지급하지 않은 상태의 수분양권인 대체토지취득권리와 쟁점영업권”으로 청구인등이 OOO와 대체토지의 취득매수계약을 체결할 시점부터 양수인이 직접 개입하여 대체토지를 취득한 정황과 지상건물의 신축과정 및 임대관련 부가가치세 신고내역 등과 2008.7.31. 이후 청구인이 양수인들로부터 쟁점영업권 및 대체토지취득권리의 양도관련 별도의 금전을 수수한 사실이 없었던 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점영업권과 대체토지취득권리는 2008.7.31. 이후 사실상 양수인들에게 이전된 것으로서 청구인이 아닌 양수인들의 책임과 계산하에 사업이 양도된 것이므로 쟁점영업권의 양도시점은 조건부 매매계약의 조건이 성취되어 매매대상물이 확정된 시점인 2008.7.31.로 보인다.

따라서, 청구인이 쟁점기존사업장의 영업권을 2008.7.31. 대체토지취득권리와 함께 최종적으로 양도하였음에도 처분청은 그 시기를 2013.6.10.로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(나) 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 별도로 심리할 실익이 없으므로 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.