2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2003. 6. 26. 원고의 실제 대표자인 소외 배○호로부터 취득한 별지 기재 제1, 2, 3부동산(이하 '제1부동산, 제2부동산, 제3부동산'이라고 하고, 이를 합하여 '이 사건 각 부동산'이라고 한다) 중 제l부동산을 2004. 7. 13. 소외 주식회사 ○○주택에게 매매대금 76억 7,550만원에 양도하였고, 제2부동산을 2005. 6. 28. 소외 재단법인 AAAAA시험연구원에게 매매대금 22억 5,000만원에 양도하였으며, 제3부동산 중 일부를 2006. 1. 5. 소외 권○배에게 매매대금 1억 9,000만원에, 나머지를 2006. 5. 22. 소외 한○수에게 매매대금 3억 7,000만원에 각 양도하였다.

나. BB지방국세청장은 원고에 대한 세무조사 결과, 원고의 이 사건 각 부동산에 대 한 양도가액은 104억 8,550만원으로서 그 양도차익이 73억 8,556만원임에도 원고가 양도가액을 37억 7,000만원, 양도차익을 6억 7,006만원으로 하여 법인세를 신고한 사실 을 발견하고, 이 사건 각 부동산의 매매대금 중 배○호가 사용한 38억 9,100만원을 제 1부동산의 취득가액으로 추가 인정한 다음, 최종 신고누락가액 28억 2,450만원을 이 사건 부동산의 양도차익으로 보아 이를 피고에게 과세자료로 통보하였다.

다. 피고는 위 통보된 과세자료를 근거로 원고가 2004년도에 양도한 제1부동산에 대 하여는 18억 3,450만원의 양도차익이, 2005년도에 양도한 제2부동산에 대하여는 9억 9,000만원의 양도차익이 각 발생한 것으로 보아 2007. 9. 5. 원고에게 2004년 귀속 법인세 723,102,660원, 2005년 귀속 법인세 330,194,010원을 각 부과하였다(이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2007. 11. 27. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2008. 6. 30. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 6, 7, 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 배○호는 이 사건 각 부동산을 원고에게 명의신탁하였다가 주식회사 ○○주택 등 에 양도하여 그 양도차익의 일부는 개인적으로 사용하고, 그 나머지는 자신이 실제 사주로 있는 원고를 위하여 사용한 것으로서 그 양도차익은 모두 배○호에게 귀속된 것 이므로, 이 사건 각 부동산의 양도로 인한 양도차익이 원고에게 귀속되었음을 전제로 한 이 사건 처분은 실질과세의 원칙에 위배되어 위법하다.

(2) 피고는 이 사건 각 부동산의 매매대금 중 배○호가 개인적으로 사용한 금액 상당 을 특약에 따른 매매대금 추가지급으로 인정하여 이 사건 처분을 한 것인데, 배○호가 개인적으로 사용한 금액 즉, 원고가 배○호에게 추가로 지급한 매매대금은 피고가 인정한 바와 같이 38억 9,100만원이 아니라 위 금원에 배○호의 원고에 대한 가수금반제 8억 1,000만원 및 배○호가 교회기부금 등으로 사용한 3억 2,450만원을 합한 50억 2,550만원이므로, 피고가 인정한 양도차익 중 11억 3,450만원을 추가로 공제하고 그 세액을 다시 산출하여야 한다.

나. 관계법령

국세기본법 제14조 (실질과세)

다. 인정사실

(1) 배○호는 1982. 2. 1.부터 ○○골재상사를 운영하다가 사업부진으로 2003. 6. 30. 폐업하였고, 1992. 8. 5. 원고 회사를 설립하여 자신의 동생인 배○국을 대표이사로 세우고 자신은 원고의 실사주로서 현재까지 경영하고 있다.

(2) 배○호는 IMF 이후 ○○골재상사의 사업부진으로 부채가 많아지자 1998. 6. 1. BB지방법원으로부터 화의인가결정(98거11)을 받았는데, 화의채무를 일정대로 상환하지 못하여 채권자인 대구○○○○ 주식회사가 이 사건 부동산에 대한 경매를 진행하려고 하자 이를 막기 위하여 이 사건 각 부동산을 원고에게 매도하기로 하였다.

(3) 배○호는 2003. 6. 2. 원고와 제1부동산 및 대구 ◇◇군 ◇◇면 ◇동 산 ○○-5 임야 33,445㎡를 매매대금 15억원에, 제2부동산(대구 달서구 ○○동 ○○○-5 대 689.3㎡중 ○○ 명의의 1/2지분 제외) 및 제3부동산을 매매대금 13억 1,000만원에 각 매도하기로 하는 매매계약을 체결하면서 다음과 같은 내용의 특약을 하였고, 2003. 6. 26. 소유권이전등기를 경료하여 주었으며, 원고는 위 각 부동산을 담보로 주식회사 ○○은행으로부터 29억원을 대출받아 위 매매대금을 지급하였다.

한편, ○○ 명의의 위 DD동 277-5 대 689.3㎡도2003. 6. 26. 원고에게 2003. 6. 2.

자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기가 경료되었다.

1. 본 계약서상의 토지 매매대금 중 제1부동산분 14억 7,000만원은 2003. 5. 14. 경매에 의하여 (주) ○○주택에 매도된 인근토지 가격과 비교하여 평당 53만원이나 저가이고, 인근토지의 시가와의 차액은 최소한 평당 70만원 정도 차이가 나므로, 일단 대구○○○○의 부채변제를 위한 임시의 양도가액임을 확약함.

2. 추후 매수자가 토지를 양도하고 그 차액이 발생시 현재 시가와의 차액(최고 평당 70만원 범위 내)에 대하여는 매도자의 개인부채 등을 상환할 수 있도록 자금지원을 하여야 한다.

(4) 원고는 2004. 3. 19. 주식회사 ○○주택과 제1부동산 중 ○○리 1008 전 2,126㎡를 매매대금 13억 5,054만원, 제1부동산 중 나머지 토지를 매매대금 63억 2,496만원 합계 76억 7,550만원에 매도하기로 하는 매매계약을 체결하고, 2004. 7. 13. 소유권이전등기를 경료하여 주었다.

(5) 원고는 2005. 5. 16. 재단법인 AAAAA시험연구원과 제2부동산을 매매대금 22 억 5,000만원(부가가치세 제외)에 매도하기로 하는 매매계약을 체결하고, 2005. 6. 28. 소유권이전등기를 경료하여 주었다.

(6) 원고는 2006. 1. 5. 권○배에게 제3부동산 중 대구 ○○구 ○○동 ○○○-3 대 350.3㎡를 매매대금 1억 9,000만원에 매도하고, 2006. 5. 22. 한○수에게 제3부동산 중 대구 ○○구 ○○동 ○○○-6 대 586.3㎡ 및 그 지상 건물 329.28㎡를 매매대금 3억 7,000만원에 매도하였다.

(7) 원고는 이 사건 각 부동산의 매매대금 합계 104억 8,550만원 중 63억 1,000만원 을 법인장부 입금(37억 7,000만원), 부외부채상환(10억 3,000만원), 부외차입금상환(7억 원), 법인운영자금(8억 1,000만원) 등에 사용하였고, 나머지 38억 9,100만원은 이 사건 각 부동산을 취득할 당시 약정했던 배○호와의 특약사항에 따라 배○호로 하여금 자신의 화의채무상환(22억 5,800만원), 양도소득세 납부(8억 2,600만원), 개인사채상환(7억 3,800만원), 보증채무상환(6,900만원) 등에 사용하도록 하였다.

[인정근거] 앞서 든 증거, 갑 제4, 5호증, 을 제7 내지 11호증의 각 기재, 증인 배○호 의 일부 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 배○호가 이 사건 각 부동산을 원고에게 명의신탁하였다는 원고의 주장에 부합하는 증인 배○호의 증언은 믿기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없으며, 오히려 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 배○호가 자신이 실사주로 있던 원고와 사이에 이 사건 각 부동산을 원고에게 매도하기로 하는 매매계약서를 작성하면 서 특약사항으로, 제1부동산의 매매대금인 14억 7,000만원은 대구○○○○의 부채변제를 위한 임시의 양도가액으로서 추후 원고가 위 부동산을 양도하여 차액이 발생하면 이를 배○호의 개인부채상환 자금으로 지원하기로 약정한 사실, 이에 따라 원고는 이 사건 각 부동산을 담보로 29억원을 대출받아 배○호에게 이 사건 각 부동산에 대한 매매대금 합계 27억 8,000만원을 지급하였고, 이후 이 사건 각 부동산을 주식회사 ○○ 주택 등에 104억 8,550만원에 양도하여 그 중 38억 9,100만원을 배○호의 개인부채 상 환자금으로 지원한 사실, 이 사건 각 부동산의 매매대금 중 대부분이 원고에게 귀속된 사실 등에 비추어 보면, 배○호가 원고에게 이 사건 각 부동산을 매도한 것으로 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유가 없다.

(2) 배○호가 이 사건 각 부동산의 매매대금 중 원고에 대한 가수금반제로 8억 1,000 만원을 사용하고, 교회기부금 등으로 3억 2,450만원을 사용하였다는 원고의 주장에 부 합하는 증인 배○호의 증언은 믿기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없을 뿐만 아니 라, 가사 원고의 주장이 사실이라고 하더라도 피고는 이 사건 각 부동산의 매매대금 중 원고가 특약사항에 따라 배○호의 개인부채 상환자금조로 지급한 금원으로 인정되는 38억 9,100만원을 특약사항의 취지에 따라 원고가 배○호에게 제1부동산에 대한 매매대금을 추가로 지급한 것으로 인정해 준 것으로서, 배○호가 개인적으로 사용한 금원이라는 이유만으로 원고가 배○호에게 매매대금을 추가로 지급한 것으로 볼 것은 아니고 오히려 위와 같은 경우는 원고에게 귀속된 자산이 사외로 유출된 것으로 보아야 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장도 이유가 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.