가. 청구법인은 2011년 제1기 과세기간에 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 수출용 와이퍼블레이드(이하 “쟁점물품”이라 한다)를 매입하고 영세율세금계산서를 교부받았으나, 과세기간종료일로부터 20일 이내에 구매확인서가 발급되지 아니하여 OOO는 영세율세금계산서를 취소하고 2011.7.25. 공급가액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다) 상당의 일반세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발행하였으며, 청구법인은 쟁점세금계산서를 수취하여 관련 매입세액을 공제하여 해당 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서를 과세기간이 종료된 후에 교부받았다고 보아 관련 매입세액 불공제하고 가산세 OOO원(세금계산서 기재불성실가산세 OOO원, 과소신고가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원)를 적용하여 2012.8.2. 청구법인에게 2011년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.10.23. 이의신청을 거쳐 2013.1.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 거래경위

청구법인은 1999.1.5.부터 OOO에서 전화카드, 차량와이퍼, LED 전구 등을 생산하여 미국과 일본 등에 수출하는 업체로 2011년 7월 해당 부가가치세 예정신고를 위하여 거래은행에 구매확인서를 발급받고자 하였으나(그동안 수기로 사후에 구매확인서를 발급받았음) 2011.7.1.부터 전자문서로만 발급하도록 개정된 대외무역관리규정에 따라 구매확인서를 발급받지 못하여 OOO를 통하여 국세청 시스템을 이용하여 수정세금계산서를 발행받으려고 하였으나 발행되지 아니하여 OOO에게 양해를 구하여 영세율세금계산서를 취소하고 일반 세금계산서를 발급받았다.

(2) 청구주장

(가) OOO는 2007년 이후 수십억원을 영세율로 거래하여 온 주거래처이고, 이 건 거래(2011.4.1. OOO원, 2011.5.31. OOO원, 2011.6.30. OOO원)에 대하여 익월 10일 이내에 모두 영세율전자세금계산서가 작성되어 교부받았으며, 2011년 제1기 부가가치세 확정신고 기한 안에 구매확인서가 EDI시스템으로만 발급하도록 변경된 사실을 인지하지 못한 책임을 통감하고 OOO에게 양해를 구하여 일반세금계산서로 수정발급되었는바, 실물거래가 있고 거래내용에 따라 정상 발급된 세금계산서가 규정개정으로 인하여 영세율 첨부서류를 발급받지 못한 상황이 되어 법에 따라 부가가치세를 부담하면서 정상적인 일반세금계산서를 발급받은 행위에 대하여 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다.

(나) 영세율 적용대상 여부에 착오가 있는 경우도 「부가가치세법」제16조 제1항 제3호의 공급가액과 부가가치세액에 관하여 착오가 있는 경우에 해당한다고 보아야 할 것이고(대법원 1984.12.11. 선고 83누328 판결참조), 이러한 착오가 발생한 이유에 관하여 아무런 제한을 두지 않는 이상 당초 세금계산서는 「부가가치세법」제16조 제1항 각호의 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우에 해당한다고 봄이 상당하다 할 것인바, 청구법인은 당초 계속적 반복적 거래로 인하여 당해 거래가 당연히 영세율이 적용되는 거래임에는 부인할 수 없는 사실이지만, 부가가치세 확정신고 기한 이전에 개정된 대외무역관리규정의 내용을 확인하고 세법상의 절차를 존중하여 당초 영세율세금계산서에서 일반세금계산서로 수정발급을 요구한 행위는 「부가가치세법」제16조 제1항에 규정하는 정당한 행위이므로 정당한 수정세금계산서 발행 행위에 대하여 매입세액 불공제한 처분은 부당하다.

(다) 그동안 예규에 의하여 영세율세금계산서를 일반세금계산서로 수정발급하는 것을 금지하여 왔으나 2012년부터는 이 제도의 불합리성을 인정하여 가능하도록 변경하였는바, 이 건 매입자료는 위장이나 가공거래가 아닌 정상적인 거래로서 청구법인의 영세율 처리 미숙으로 인하여 일반세금계산서로 수정요구하여 받은 행위가 국세의 부담을 감소시키거나 질서에 위반되는 행위가 아니므로 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 당초 정상적인 세금계산서를 수취하였다고 주장하나, 구매확인서에 의하여 공급하는 재화에 대하여 영세율을 적용하는 것이기 때문에 구매확인서를 발급받지 못한 상태에서는 일반세금계산서를 교부하고 이후 구매확인서를 발급받는 시점에 영세율세금계산서로 수정하는 것이므로 청구법인이 당초 교부받은 영세율세금계산서는 영세율 적용대상이 아닌 것이다.

(2) 청구법인이 정상적인 수정세금계산서를 교부받았다고 주장하나, 청구법인은 계속거래처 및 관행적이라는 이유로 구매확인서를 발급받지 않은 상태로 영세율세금계산서를 교부받았고, 거래은행으로부터 구매확인서 전자발급 전면시행예정 통보를 사전에 고지받은 사실도 있는 것으로 보아 착오에 의해 영세율세금계산서를 교부받은 것도 아니어서 영세율 적용대상이 아닌 재화 또는 용역을 공급하면서 영세율 세금계산서를 교부한 경우에 그 공급시기 이후에는 10% 세율을 적용하여 수정세금계산서를 교부할 수 없는 것이므로 매입세액공제는 불가능한 것이다.

(3) 청구법인의 매입자료는 위장이나 가공거래가 아닌 정상적인 거래라는 주장이나 부가가치세법상 매입세액 불공제는 위장이나 가공거래는 물론 의무를 태만하였거나 불이행하는 경우에도 해당하는 것이어서 매입세액 불공제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

구매확인서가 발급되지 아니하여 당초 발행된 영세율세금계산서를 취소하고 다시 발행된 일반세금계산서를 과세기간이 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제16조[세금계산서] ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

제17조 [납부세액] ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 부가가치세법 시행령제59조 [수정세금계산서 발급사유 및 발급절차] ① 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우 : 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 작성하되, 당초에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 작성하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2011년 제1기 OOO로부터 2011.4.1. OOO원, 2011.5.31. OOO원, 2011.6.30. OOO원의 원자재 등을 매입하고 각각 영세율세금계산서를 수취하였으나, 과세기간 종료일로부터 20일인 2011.7.20.까지 구매확인서가 발급되지 않게 되자, 2011.7.25. 수정발행된 세금계산서 및 신규로 발행된 일반세금계산서를 수취하고 부가가치세 신고를 하였다.

(2) 청구법인이 제시한 증빙은 다음과 같다.

(가) OOO의 확인서(2012.4.20.)에서 OOO는 청구법인과 같이 수출용 와이퍼 블레이드를 공급하고 영세율세금계산서를 정상 발행하였으나 신고기일까지 구매확인서가 발행되지 아니하여 일반세금계산서로 수정 발행하였고, 수정세금계산서 발행 중 당해부터 시행된 전자세금계산서 업무가 익숙지 아니하여 수정세금계산서가 일반세금계산서로 발행되는 오류가 있었음을 확인하였다.

(나) OOO은행의 공문(2011.4.29.)에는 동 은행이 대외무역관리규정의 변경에 따라 “종이서류를 접수하여 구매확인서를 발급하는 방식과 E.D.I를 통한 전자문서발급방식으로 이원화하던 구매확인서 발급을 2011.7.1.부터 E.D.I를 통해서만 발급이 가능하다”라는 내용이 나타난다.

(3) 위의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 영세율 적용대상 여부에 착오가 있는 경우도 「부가가치세법」제16조 제1항 제3호의 공급가액과 부가가치세액에 관하여 착오가 있는 경우에 해당한다고 보아야 할 것이고, 부가가치세 확정신고 기한 이전에 개정된 대외무역관리규정의 내용을 확인하고 세법상의 절차를 존중하여 당초 영세율세금계산서에서 일반세금계산서로 수정발급을 요구한 행위는 「부가가치세법」제16조 제1항에 규정하는 정당한 행위이므로 이에 대하여 매입세액 불공제한 처분은 부당하다고 주장하나, 수정세금계산서 교부사유 및 교부절차에 대하여 규정하고 있는 「부가가치세법 시행령」제59조 제1항 제5호에 의하면, 필요적 기재사항 등을 착오로 잘못 기재한 경우에는 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 수정세금계산서를 작성·교부할 수 있도록 규정하고 있으나, 이 건의 경우 청구법인이 2011년 7월 해당 부가가치세 예정신고를 위하여 거래은행에 구매확인서를 발급받고자 하였으나 2011.7.1.부터 전자문서로만 발급하도록 개정된 대외무역관리규정에 따라 구매확인서를 발급받지 못하여 OOO를 통하여 영세율세금계산서를 취소하고 일반 세금계산서를 발급받았으므로 필요적 기재사항의 착오기재라고 보기보다는 법령을 알지 못하는 것에서 비롯된 것으로 보이는 점과 사업자가 10% 세율이 적용되는 거래에 대하여 영세율세금계산서를 발급한 경우 수정세금계산서를 발급할 수 없는 것이고, 개정된 「부가가치세법 시행령」제59조 제1항 제9호는 부칙에 따라 2012.7.1. 전에 수정세금계산서 발급사유가 발생한 분부터 적용하는 것이므로 2012.7.1. 전에 수정세금계산서 발급사유가 발생한 경우에는 적용할 수 없는 점(국세청 예규 부가-314, 2013.4.9. 같은 뜻) 등에 비추어 볼 때쟁점세금계산서를 과세기간이 종료된 후에 교부받았다고 보아 관련 매입세액 불공제하여 과세한 처분청 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.