청구인은 1999년 4월부터 서울특별시 OO구 OOO OO OOOOO 서비스업(컴퓨터프로그램 개발)을 영위하는 주식회사 OOOO(비상장법인으로 이하 청구외법인 이라 한다)에 입사하여 근무하다가 2001년 12월에 퇴직한 자로, 1999년 청구외법인의 주식 1,870주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하여 2000년에 양도하고 양도소득과세표준확정신고를 하지 아니하였다.

한편 청구외법인은 수입금액을 1999.1.1.～1999.12.31.사업연도에 3,231,151천원, 2000사업연도에 17,539,997천원, 2001사업연도에 12,165,579천원으로 하여 법인세 신고를 하였으나, 2000사업연도에 실물거래없이 5,203,340천원의 세금계산서를 교부하고 4,938,098천원의 세금계산서를 수취한 혐의로 2002년 3월 OO세무서장이 고발하였고, 동 법인의 대표자 OOO이 2002년 7월 분식결산(가공매출) 및 대출사기혐의로 구속·수감되어 사실상 2002년 상반기부터 폐업상태에 있다.

처분청은 청구외법인의 장부 기타 증빙서류에 의하여 쟁점주식의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없다 하여 소득세법 제114조 제5항에 의거 기준시가로 양도가액(26,768원/주) 및 취득가액(5,000원/주)을 산정하고 2005. 7. 6. 2000년 귀속 양도소득세 7,032,240원 및 증권거래세 183,420원을 결정ㆍ고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2005.10.5. 이의신청을 거쳐 2006.3.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)청구인은 쟁점주식을 청구외법인에 입사(1999년)시 무상 부여받았으나, 2000년 동 법인의 강요에 의하여 무상 포기한 후 그 대가로 2000.6.21. 청구외법인의 주식 444주를 취득할 수 있는 권리를 받았다. 이는 청구인이 쟁점주식을 형식적으로 취득한 것에 불과하여 유상양도로 볼 수 없으므로 이 건 양도소득세 과세처분은 부당하다.

(2) 설령 유상양도로 보아 과세하더라도, 청구외법인이 사후에 소멸되었고, 2000년 6월에 작성된 주식매입선택권부여계약서상에 1주당 부여가격을 1999.12.1. 상속세 및 증여세법 제63조의 규정을 준용하여 평가한 1주당 5,000원으로 기재하고 있는 점 등을 감안할 때 이 건 양도가액을 1주당 5,000원으로 보아야 타당하다.

나. 처분청 의견

(1)OO세무서장의 청구외법인에 대한 주식변동조사시 청구인이 제출한 확인서(이하 “확인서”라 한다)에 의하면 “쟁점주식을 회사에 입사시 액면가액에 취득하였다”고 진술하고 있으며, 동 확인서에서 “회사에서 회사자금이 필요시마다 액면가액으로 매매하여 운전자금으로 사용한 것을 인지하고 있었고 2001년 말 퇴사시에는 주식이 전혀 남아 있지 않은 것으로 통보 받았다”고 진술한 사실을 볼 때, 청구인이 쟁점주식의 양도사실을 전혀 몰랐다는 청구인의 주장이 사실이 아님을 알 수 있으며 또한, 청구외법인의 주식은 비상장주식이지만 위와 같이 회사에서 실지로 매매하고 있는 사실을 청구인이 알고 있었고, 2002년까지 일반인 간에 거래가 되는 현금화 가능한 자산임에도 청구인의 소유인 쟁점주식을 회사에서 임의로 처분하였다면 청구인은 그에 상응하는 조치를 취해야 할 것임에도 이를 묵인하였다는 것은 일반적인 사회통념으로 이해할 수 없으며, 실지로 무상양도 하였다면 이를 입증할 책임은 청구인에게 있다고 할 것인 바, 구체적인 소명자료가 없는 단순 인우보증서(직장동료)만으로 이 건 유상양도로 볼 수 없다는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

(2)쟁점주식의 실지 거래가액에 대한 객관적인 증빙자료가 없으므로 기준시가에 의하여 이 건 과세한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점주식을 유상양도한 것으로 보아 기준시가(취득가액 및 양도가액)로 양도차익을 산정하여 과세한 이 건의 경우

(1) 쟁점주식을 무상으로 취득하여 무상 양도한 것으로 볼 수 있는 지 여부

(2) 위(1)에서 유상양도로 보아 기준시가로 양도차익을 산정하여 과세하더라도, 양도당시 기준시가를 1주당 액면가액 5,000원으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

가. 증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주" 라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 “유가증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

나. 증권거래법에 의한 협회등록법인(이하 “협회등록법인”이라 한다)의 주식등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 협회중개시장(이하 "협회중개시장" 이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

다. 주권상장법인 또는 협회등록법인이 아닌 법인의 주식등

소득세법 제96조 【양도가액】

② 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액에 의한다.

소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액

다.가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

3. 삭 제

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

소득세법 제99조 【기준시가의 산정】

① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

2. 제94조 제2호 내지 제5호의 자산

양도자산의 종류ㆍ규모ㆍ거래상황과 상속재산의 평가가액 등을 감안하여대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액

소득세법 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

소득세법시행령 제176조의 2【추계결정 및 경정】

③ 법 제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 협회등록법인의 주식 등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4.기준시가

소득세법시행령 제165조 【토지ㆍ건물외의 자산의 기준시가 산정】

① 법 제99조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액”이라 함은 다음 각호의 가액을 말한다.

2. 법 제94조 제4호의 규정에 의한 주식 등

상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목(동목에서 준용하고 있는 가목의 규정 중 “평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월”은 각각 "양도일ㆍ취득일 이전 1월" 로 한다) 및 다목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기나 평가액은 재정경제부령이 정하는 바에의한다. 다만, 장부분실 등의 사유로 취득당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득당시의 기준시가로 적용한다.

상속세 및 증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】

① 유가증권 등의 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다. 1. 주식 및 출자지분의 평가

가. 한국증권거래소에서 거래되는 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월간에 공표된 매일의 한국증권거래소 최종시세가액(거래실적의 유무를 불문한다)의 평균액. 다만, 평균액계산에 있어서 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월의 기간중에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 당해 평균액에 의하는 것이 부적당한 경우에는 증자ㆍ합병 등이 있는 날의 다음 날부터 평가기준일 이후 2월이 되는 날까지의 기간의 평균액에 의한다.

나. 대통령령이 정하는 협회등록법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령이 정하는 주식 및 출자지분에 대하여는 가목의 규정을 준용한다. 이 경우 “한국증권거래소 최종시세가액”은 “증권업협회 기준가격”으로 본다.

다.나목외의 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 당해 법인의 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다.

상속세 및 증여세법 시행령 제54조 【비상장주식의 평가】

① 법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조에서 “비상장주식”이라 한다)은 다음의 산식에 의하여 평가한 가액에 의한다.

1주당 가액 = 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액÷금융시장에서 형성되는 평균이자율을 참작하여 재정경제부령이 정하는 율(이하 “순손익가치”라 한다)

② 제1항의 규정에 의하여 평가한 비상장주식의 가액이 다음의 산식에 의하여 평가한 가액에 미달하는 경우에는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1주당 가액 = 당해 법인의 순자산가액÷발행주식총수(이하 "순자산가치" 라 한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)

가) OO세무서장은 청구외법인의 주식변동내역을 조사하는 과정에서 “청구인이 회사에 입사시 쟁점주식을 액면가액에 취득하였고 회사에서 회사자금이 필요시마다 액면가액으로 매매하여 운전자금으로 사용한 것을 인지하고 있었으며 2001년 말 퇴사시에는 주식이 전혀 남아 있지 않은 것으로 통보 받았다”고 기재된 확인서를 징취하여 이를 처분청에 통보하였고, 처분청은 위 확인서 등을 근거로 청구인이 쟁점주식을 유상양도한 것으로 보아 이 건 과세하였음이 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인된다.

나) 청구인은 청구외법인이 직원들에 대한 보상차원에서 쟁점주식을 무상배부하였다가 2000년 6월 동 법인이 청구인에게 위 주식을 포기하도록 일방적으로 통보하고 이에 대한 무마 차원에서 청구인에게 청구외법인의 주식 444주를 취득할 수 있는 주식매입선택권을 부여하였는 바, 이와 같은 일련의 사실로 보아 청구인이 쟁점주식을 유상양도한 것으로 볼 수 없다고 주장하며 주식매입선택권부여계약서(2000.6.21.자)와 청구외법인의 영업부장이던 OOO의 사실확인서를 그 입증자료로 제시하고 있다.

다) 살피건대, 쟁점주식의 취득 및 양도내역에 대한 청구인의 주장은 청구인이 과세관청의 조사시 확인한 위 가)의 내용을 번복하고 있을 뿐만 아니라 과세전적부심사청구에서는 청구외법인이 청구인의 명의를 도용하여 쟁점주식을 양도하였으며 청구인은 양도사실을 모른다고 주장한 것으로 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인되고 있어 청구인의 주장은 일관성이 없다. 또한 주식매입선택권부여계약서는 을측인 OOO 부분에 성명과 주소 만이 인쇄되어 있을 뿐 서명날인은 되어 있지 아니한 점 등으로 보아 그 신빙성이 부족하고, 쟁점주식의 양도와 관련된 것인지가 확인되지 아니하며, 그 밖에 쟁점주식이 무상으로 취득 및 양도된 사실을 뒷받침하는 객관적인 증빙자료가 없다.

따라서, 청구인이 쟁점주식을 형식적으로 취득한 것에 불과하여 유상양도로 볼 수 없으므로 이 건 양도소득세 과세처분은 부당하다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

(2) 쟁점(2)

가) 처분청은 쟁점주식의 양도차익을 기준시가로 산정함에 있어 취득가액은 장부부존재 등으로 실지거래가액이 확인되지 아니한다 하여 소득세법 제99조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제165조 제1항 제2호 단서 규정에 의거 액면가액으로, 양도가액은 장부상 순손익액으로 평가한 1주당 26,768원으로 하여 이 건 과세하였고, 청구인은 위 양도가액에 대하여 청구외법인이 사후에 소멸되었고 주식매입선택권부여계약서상에 청구외법인의 주식매입선택권의 부여가치를 상속세 및 증여세법 제63조의 규정을 준용하여 1999.12.1.현재 1주당 5,000원으로 평가하고 있는 점 등을 감안할 때 1주당 5,000원으로 보는 것이 타당하다고 주장하여 이를 살펴본다.

주식매입선택권부여계약서는 쟁점(1)에서 본 바와 같이 신빙성이 부족할 뿐만 아니라 그 대상물건은 주식매입선택권으로 쟁점주식과는 상이하고, 그 밖에 쟁점주식의 실지양도가액을 확인할 만한 객관적인 증빙자료가 없으므로 기준시가로 양도차익을 산정하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.