가. 청구인은 2004.12.1. OOO 소재 OOO건설 주식회사(이하 “정OOO건설”이라 한다)의 주식 8,990주(액면가액 10,000원, 이하 “쟁점①주식”이라 한다)를 취득하고, 2004.12.2. OOO건설이 신주발행한 주식 26,110주(액면가액 10,000원, 이하 “쟁점②주식”이라 하고, 쟁점①주식과 함께 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하였다.

나. 처분청은 청구인의 쟁점주식 취득에 대하여 OOO건설 주식회사(OOO건설이 2004.12.2. 변경된 명칭으로, 이하 “OOO건설”이라 한다)의 대표이사인 OOO이 쟁점주식을 청구인에게 명의신탁한 것으로 증여의제하고 2010.8.3. 청구인에게 2004.12.1. 증여분 증여세 84,357,050원 및 2004.12.2. 증여분 증여세 198,126,540원을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.11.1. 이의신청을 거쳐 2011.3.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

<쟁점 ①>

쟁점주식을 발행한 OOO건설은 2004.12.2. 회사명을 OOO건설로 변경하였는바, OOO건설은 2007.6.21.부터 2007.8.24.까지 OOO지방국세청 조사국으로부터 2003～2006 사업연도 법인세 조사를 받으면서 주식명의신탁 혐의 및 설립자본금과 증자자본금에 대한 전부조사를 받았고 쟁점주식과 관련하여 국세청 감사도 받았음에도, 처분청에서 2004 사업연도 주식변동조사를 실시하여 청구인에게 이 건 증여세를 과세한 것은 중복조사금지의 원칙에 위배되므로 취소되어야 한다.

<쟁점 ②>

처분청은 청구인이 쟁점주식을 OOO으로부터 명의신탁 받았다는 취지로 OOO지방경찰청에서 진술한 내용을 근거로 이 건 증여세를 과세하였으나, 해당 진술은 청구인이 평온한 심리상태가 아닌 경찰청에서 위축된 상황에서 이루어진 것으로 사실과 다르고, 경찰청 직원이 찾아와 청구인에게 재차 진술을 하였을 때 청구인이 쟁점주식을 정당하게 취득하였음을 밝혔으므로 쟁점주식의 명의신탁에 근거한 증여세 부과처분은 취소되어야 한다.

<쟁점 ③>

OOO건설이 사업을 개시한 2001.9.19.부터 쟁점주식을 유상증자한 2004.12.2.까지는 그 기간이 3년 3개월로서 쟁점주식은 사업개시 후 3년 미만인 법인의 주식에는 해당되지 않으나,

처분청이 직전연도말을 기준으로 3년(2001～2003년)간 손익계산서를 통해 순손익가치를 36,840원으로 평가하고 이를 순자산가치와 가중평균하여 주당가액을 평가한 것은, OOO건설이 2001.9.19. 개업하여 설립연도인 2001년의 정확한 손익을 반영할 수 없어 3개년도마다의 손익금액을 정확하게 파악할 수 없는 관계로 가중평균에 의한 평가취지에 부합하지 않으므로, 쟁점주식은 「상속세 및 증여세법 시행령」 제54조 제4항에 따라 순자산가치법으로 평가하여야 한다.

이에 따라 처분청이 216,495,605원으로 평가한 영업권도 0원으로 평가되어야 할 것인바, 쟁점주식을 순자산가치에 의하여 평가하면 1주당 가치는 0원[2003.12.1. 대차대조표상 순자산가액 : △38,842,964원(자산 887,633,537원 - 법인세법상 유보금액 598,890,999원 - 부채총계 327,585,502원)]이므로 이 건 증여세 부과처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

<쟁점 ①>

OOO건설은 OOO 조사국의 법인세 조사를 받았으나, 조세탈루의 혐의를 인정할 명백한 자료가 있어 OOO의 승인을 받아 2004 사업연도 주식변동조사를 실시한 것으로 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 한 것으로 볼 수 없어 이 건 과세처분은 정당하다.

<쟁점 ②>

청구인이 OOO세무서에 임의출석하여 청구인이 쟁점①주식을 OOO로부터 매매에 의하여 취득한 사실과 쟁점②주식을 유상증자에 의하여 취득한 사실이 없고 OOO에게 그 명의를 빌려준 것으로 답변하였고, 청구인은 현재 OOO 소재 주차장 관리인으로 쟁점주식 취득당시 취득자금을 부담할 능력이 없으며, 쟁점②주식의 취득자금을 주금납입은행에 납입한 증빙을 제출하지 아니하므로, 명의신탁으로 확정한 처분은 정당하다.

<쟁점 ③>

비상장주식을 보충적인 방법에 의하여 평가하는 경우 사업기간이 역에 의하여 3년 이상인 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제63조 및 같은 법 시행령 제54조 제1항, 제55조, 제56조에 따라 평가하는 것이며, 영업권의 평가는 같은 법 시행령 제59조 제3항에 따라 같은 법 시행령 제56조 제1항의 규정을 준용하는 것으로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 중복세무조사 해당여부

② 쟁점주식이 명의신탁받은 주식인지 여부

③ 쟁점주식을 순자산가치로 평가하여야 하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제81조의 4 【세무조사권 남용 금지】 ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(2) 상속세 및 증여세법(2007.12.31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 【명의신탁재산의 증여의제】 ① 권리의 이전이나 그 행사에 등기등을 요하는 재산(토지와 건물을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 있어서 실제소유자와 명의자가 다른 경우에는 국세기본법 제14조의 규정에 불구하고 그 명의자로 등기등을 한 날(그 재산이 명의개서를 요하는 재산인 경우에는 소유권취득일이 속하는 연도의 다음 연도 말일의 다음 날을 말한다)에 그 재산의 가액을 명의자가 실제소유자로부터 증여받은 것으로 본다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 조세회피의 목적없이 타인의 명의로 재산의 등기등을 하거나 소유권을 취득한 실제소유자 명의로 명의개서를 하지 아니한 경우

2. 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)중 1997년 1월 1일전에 신탁 또는 약정에 의하여 타인명의로 주주명부 또는 사원명부에 기재되어 있거나 명의개서되어 있는 주식등에 대하여 1998년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)중 실제소유자명의로 전환한 경우. 다만, 당해 주식등을 발행한 법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)와 특수관계에 있는 자 및 1997년 1월 1일 현재 미성년자인 자의 명의로 전환한 경우에는 그러하지 아니하다.

② 타인의 명의로 재산의 등기등을 한 경우, 실제소유자 명의로 명의개서를 하지 아니한 경우와 유예기간중에 주식등의 명의를 실제소유자 명의로 전환하지 아니하는 경우에는 조세회피목적이 있는 것으로 추정한다. 다만, 양도자가 소득세법 제105조 및 제110조의 규정에 의한 양도소득과세표준신고 또는 증권거래세법 제10조의 규정에 의한 신고와 함께 소유권 변경내역을 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 주주명부 또는 사원명부가 작성되지 아니한 경우에는 법인세법 제109조 제1항 및 제119조의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장에게 제출한 주주등에 관한 서류 및 주식등변동상황명세서에 의하여 명의개서 여부를 판정한다.

④ 제1항 제2호의 규정은 주식등을 유예기간중에 실제소유자 명의로 전환하는 자가 당해 주식을 발행한 법인 또는 그 출자된 법인의 본점 또는 주된 사무소의 관할세무서장에게 그 전환내용을 대통령령이 정하는 바에 따라 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다.

⑤ 제1항의 규정은 신탁업법 또는 간접투자자산운용업법에 의한 신탁재산인 사실의 등기등을 하는 경우와 비거주자가 법정대리인 또는 재산관리인의 명의로 등기등을 하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

⑥ 제1항 제1호 및 제2항에서 "조세"라 함은 국세기본법 제2조 제1호 및 제7호에 규정된 국세 및 지방세와 관세법에 규정된 관세를 말한다.

제63조 【유가증권 등의 평가】① 유가증권 등의 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

가. 한국증권거래소에서 거래되는 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월간에 공표된 매일의 한국증권거래소 최종시세가액(거래실적의 유무를 불문한다)의 평균액. 다만, 평균액계산에 있어서 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월의 기간 중에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 당해 평균액에 의하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월의 기간 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액에 의한다. (2000. 12. 29. 단서개정)

나. 대통령령이 정하는 협회등록법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령이 정하는 주식 및 출자지분에 대하여는 가목의 규정을 준용한다. 이 경우 “한국증권거래소 최종시세가액”은 “증권업협회 기준가격”으로 본다. (1998. 12. 28. 개정)

다. 나목외의 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 당해 법인의 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다.

(3) 상속세 및 증여세법 시행령(2004.12.31. 대통령령 제18627호로 개정되기 전의 것) 제54조 【비상장주식의 평가】① 법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의 2에서 “비상장주식”이라 한다)은 다음의 산식에 의하여 평가한 가액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액에 의한다. 다만, 부동산과다보유법인( 소득세법시행령 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.

1주당가액 = 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액÷금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율(이하 "순손익가치환원율" 이라 한다.)

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1주당 가액＝당해 법인의 순자산가액÷발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다)

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 법 제63조 제1항 제1호 다목의 주식 또는 출자지분을 발행한 법인이 다른 비상장주식을 발행한 법인의 발행주식총수 등의 100분의 10 이하의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식의 평가는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인세법시행령 제74조 제1항 제1호 마목의 규정에 의한 취득가액에 의할 수 있다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 법 제67조 및 법 제68조의 규정에 의한 상속세 및 증여세 과세표준신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 순자산가치에 의할 수 있다.

⑤ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 “발행주식총수”는 평가기준일 현재의 발행주식총수에 의한다.

제55조 【순자산가액의 계산방법】① 제54조 제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 한다. 이 경우 당해 법인의 자산을 법 제60조 제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되, 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 무형고정자산ㆍ준비금ㆍ충당금 등 기타 자산 및 부채의 평가와 관련된 금액은 이를 자산과 부채의 가액에서 각각 차감하거나 가산한다.

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제59조 제2항의 규정에 의한 영업권평가액은 당해 법인의 자산가액에 이를 합산한다. 다만, 제54조 제4항의 규정에 의하여 평가하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제59조 【무체재산권 등의 평가】② 영업권의 평가는 다음 산식에 의하여 계산한 초과이익금액을 평가기준일 이후의 영업권지속연수(원칙적으로 5년으로 한다)를 감안하여 재정경제부령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의한다. 다만, 매입한 무체재산권으로서 그 성질상 영업권에 포함시켜 평가되는 무체재산권의 경우에는 이를 별도로 평가하지 아니하되, 당해 무체재산권의 평가액이 환산한 가액보다 큰 경우에는 당해 가액을 영업권의 평가액으로 한다.

[최근 3년간(3년에 미달하는 경우에는 당해 연수로 한다)의 순손익액의 가중평균액의 100분의 50에 상당하는 가액 － (평가기준일 현재의 자기자본×1년만기 정기예금이자율을 감안하여 재정경제부령이 정하는 율)]

③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 제56조 제1항의 규정을 준용하여 평가한다. 이 경우 동조 제1항 중 “1주당 순손익액 및 1주당 추정이익”은 “순손익액”으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 전산자료에 의하면, OOO건설은 2001.9.19. 자본금 3억 1,000만원으로 사업을 개시하고, 2004.12.1. 기존 주주 OOO 외 3명의 지분이 청구인, OOO, OOO에게 양도되었으며, 2004.12.2. 9억원의 유상증자를 하고, 법인명을 OOO건설 주식회사로, 대표이사를 청구인에서 OOO으로 각각 변경한 사실이 확인된다.

(2) 성오건설의 2004년 귀속 법인세 신고시 제출된 ‘주식등변동상황명세서’ 등에 의하면, 청구인은 2004.12.1. 쟁점①주식을 양도받고, 2004.12.2. 신주발행시 쟁점②주식을 취득한 것으로 나타난다.

(3) 처분청 과세자료에 의하면, 처분청은 OOO이 쟁점주식을 청구인에게 명의신탁한 것으로 보고 증여세를 과세하였는바, 아래 <표>와 같이 2010.8.3. 최대주주 할증률 30%를 적용하여 주당가액을 15,653원으로 평가하고 증여세를 부과하였다가, 청구인의 이의신청 이후 2010.12.3. 직권으로 중소기업에 대한 최대주주 할증률 15%를 적용하여 주당가액을 14,625원으로 평가하고 증여세를 경정한 사실이 이 나타난다.

<표> 과세내역

(단위 : 주, 원)

(4) 처분청의 과세자료에 의하면, 쟁점①주식의 주당가액 28,055원은 「상속세 및 증여세법 시행령」 제54조의 보충적 평가방법에 따라 평가기준일(2004.12.1.) 이전 최근 3년간인 2001, 2002, 2003년간의 순순익액의 가중평균에 의한 1주당 순손익가치 36,840원 및 2003.12.31. 결산 재무제표를 이용하여 산정한 순자산가액 177,652,641(자산 288,742,538원 - 부채총계 327,585,502 + 영업권 216,495,605원)을 발행주식총수(31,000주)로 나눈 1주당 순자산가치 5,730원을 각각 3 : 2의 비율로 가중평균한 가액 24,396원에 중소기업 최대주주 할증률 15%를 적용한 것이고, 2004.12.2. 유상증자 후의 쟁점②주식의 주당가액 14,625원은 아래와 같은 방법으로 산정한 것으로 나타난다.

(증자전 1주당 평가가액×증자전의 발행주식총수)+(신주 1주당 인수가액×증자에 의하여 증가한 주식수)

증자전의 발행주식총수+증자에 의하여 증가한 주식수

(28,055원×31,000주)+(10,000원×90,000주)

31,000주+90,000주

(5) 처분청의 과세자료에 의하면, OOO조사1국에서 2007.6.21.부터 2007.8.24.까지 OOO건설의 대표이사인 OOO을 주조사자로 선정하여 OOO건설을 포함한 OOO 관련 법인에 대한 통합조사를 실시하여 OOO 소유 부동산 임대수입금액 신고누락 및 관련 법인의 임대수입금액 신고누락, 노무비 이중계상, 2006년 OOO건설 주식회사의 불균등증자 사실을 확인한 후 제세 경정·결정한 사실이 조사종결보고서에 의해 확인되고, 처분청은 2010.5.20. OOO으로부터 OOO에 대한 조세범처벌법위반 고발요청을 받고 2010.7.8. OOO의 승인을 받아 2004 사업연도 주식변동조사를 실시한 것으로 나타난다.

(6) 청구인이 2010년 6월 처분청의 세무조사 당시 작성한 확인서에 의하면, 청구인은 쟁점①주식 8,990주를 2004.12.1. 청구인의 명의로 변경한 사실을 2010.6.9.까지 알지 못하였는바, OOO건설의 대표이사로 근무하고 있던 중 OOO건설이 인수하면서 퇴직하게 되어 직업 없이 쉬고 있을 때 OOO이 전화로 OOO건설의 이사로 등재하면 4대 보험을 납부해 준다고 하여 의료보험 관계 등의 용도로 주민등록등본을 요구하여 발행해 준 사실이 있으나, 쟁점①주식을 청구인 명의로 등록한다는 말을 한 사실은 없었고, OOO건설의 유상증자에 의하여 쟁점②주식을 청구인이 취득한 것으로 되어 있으나, 청구인은 조사일 현재(2010.6.9.)까지 알지 못하다가 처분청의 연락에 의해 알게 되었으며, 2009.12.31. 현재 쟁점주식의 실질 소유주는 누구인지 알 수 없다는 사실을 확인하였다.

(7) 먼저, 쟁점①에 대해서 본다.

청구인은 OOO건설이 2007.6.21.부터 2007.8.24.까지 OOO 조사국으로부터 법인세 세무조사를 받고, 쟁점주식과 관련하여 OOO 감사도 받았음에도, 처분청에서 2004 사업연도 주식변동조사를 실시하여 청구인에게 이 건 증여세를 과세한 것은 중복조사금지의 원칙에 위배된다고 주장하나, 2007년 OOO 조사국의 조사내용과 처분청의 세목이 다르고, 처분청이 OOO으로부터 조세범처벌법 위반 고발 요청을 받는 등 탈루 혐의내용이 상당히 구체적이어서 세무조사를 실시하면 탈루사실이 확인될 가능성이 높은 상태에 있었다고 보이는 점에 비추어 보면, 이 건 증여세를 과세하게 된 처분청의 세무조사는 중복세무조사에 해당하지 아니하는 것으로 판단된다.

(8) 쟁점②에 대해서 본다.

청구인은 쟁점주식을 명의신탁받은 것이 아니라 실제로 취득한 것이라고 주장하나, 쟁점주식을 취득한 자금의 출처나 납입의 증명 등 청구인이 쟁점주식을 실제 취득하였다는 증빙이 없는 점, 세무조사를 하는 과정에서 청구인이 명의수탁 사실을 자인하는 내용으로 작성한 확인서가 청구인의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없는 점(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결) 등에 비추어 보면, 청구인은 쟁점주식을 명의신탁받은 것으로 판단된다.

(9) 쟁점③에 대해서 본다.

청구인은 OOO건설이 2001년 9월 설립하여 설립연도인 2001년의 정확한 손익을 반영할 수 없고, 2001, 2002, 2003년 3개년도 마다의 정확한 손익금액을 파악할 수 없으므로 쟁점주식의 1주당 가액은 사업개시 후 3년 미만인 법인의 주식에 대하여 적용되는 순자산가치 평가방법으로 산정되어야 한다고 주장하나, 원칙적으로 비상장주식은 순손익가치와 순자산가치의 가중평균으로 평가하되, 예외적으로 사업개시 후 3년 미만인 법인의 주식을 순자산가치로 평가하도록 규정한 「상속세 및 증여세법 시행령」(2004.12.31. 대통령령 제18627호로 개정된 것) 제54조 제4항 제2호는 부칙(제18627호, 2004.12.31.) 제2조에 따라 2005.1.1. 이후 증여분에 대하여 적용되므로 그 이전인 2004.12.2.에 증여된 쟁점주식을 순자산가치로 평가할 수는 없는 점(조심 2009부2063, 2009.9.3. 같은 뜻임), 쟁점주식의 증여에 대해 적용되는 「상속세 및 증여세법 시행령」(2004.12.31. 대통령령 제18627호로 개정되기 전의 것) 제54조 제4항에서는 예외적으로 순자산가치에 의하여 비상장주식을 평가할 수 있는 사유로 청산절차가 진행중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 경우를 규정하고 있는바, 쟁점주식의 경우는 순자산가치에 따라 비상장주식을 평가할 수 있는 예외적인 사유에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어 보면, 쟁점주식을 순자산가액과 순손익가액의 가중평균액으로 산정한 것은 타당하다고 판단된다.

(10) 따라서, 청구인이 쟁점주식을 OOO으로부터 명의신탁받은 것으로 보아 청구인에게 증여세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.