가. 청구인은 1997.2.21. 취득한 OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2019.12.19. OOO에게 매매가액 OOO에 양도한 후, 2020.2.9. 양도가액을 OOO, 취득가액을 환산가액인 OOO, 양도소득금액을 OOO으로 하여 양도소득세 OOO을 예정신고·납부하였다.

나. 처분청은 쟁점아파트의 전 소유자인 OOO의 양도소득세 경정·결정자료에 의거 청구인의 쟁점아파트 취득가액(OOO의 양도가액)을 OOO으로 정정한 후, 2020.7.17. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2020.10.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점아파트의 전 소유자에 대한 양도소득세 경정·결정 관련 전산기록만으로 이 건 양도소득세를 경정한 것은 근거과세원칙에 위배되어 부당하다.

청구인은 장기간 보유하였던 쟁점아파트의 실지취득가액을 확인할 수 없어 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 예정신고 하였는바, 근거과세 원칙상 사실과 다르거나 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 함에도 불구하고 처분청은 쟁점아파트 전 소유자의 양도가액이 경정되었다는 기록이 전산에 나타난다는 것만을 확인해 줄 뿐 다른 근거나 사실관계를 제시하지 못하고 있으며, 이는 납세자가 추계소득금액에 의해 신고하는 경우라도 조사한 사실 혹은 증명서류에 의해 과세표준 및 세액을 결정하여야 한다는 근거과세의 원칙에 위배되는 것이라 할 것이고, 대법원에서도 과세관청의 입증책임의 범위는 단순 부과처분에 따른 판단의 근거를 적시하라는 것이 아니고 과세관청이 해당 근거를 찾아내어 이를 입증시키는 노력과 책임이 있어야 한다고 판시(대법원 1987.2.10. 선고 86누629 판결 참조)한 바 있다.

처분청은 쟁점아파트의 전소유자가 부동산양도사전신고제도에 따라 1997.2.17.자로 쟁점아파트에 대한 양도소득세를 사전신고한 이력이 있고, 1999.8.20.자로 과세관청이 경정·결정 결의한 이력이 있으며, 「전자정부법」제26조 등을 들어 근거과세를 실현한 사실이 있다고 하나, 「전자정부법」제26조 제1항에서 대통령령으로 정하는 전자적 수단이란 행정전자서명 또는 공인전자서명으로 전자적 수단을 통해 기입하는 서명을 의미하고 있는 것으로 해석되고,「전자정부법」의 제정이 2001년 3월에 이루어진 점을 볼 때, 2000년 이전은 국가, 기업, 민간에 행정시스템의 전산화가 보급되기 시작한 시기로 당시 양도소득세 결정결의 관련 결재이력이 전자적 수단을 통해 이루어지지 않았을 것으로 판단되므로「전자정부법」시행 이전인 1999.8.20.자 양도소득세 결정결의 결재 관련 전산상 이력만으로 이를 종이 문서와 동일하게 취급하기는 어려우며, 쟁점아파트의 전산상 이력은 경정·결정이 있었다는 사실과 경정된 전 소유자의 양도가액만 표기될 뿐 전소유자의 양도가액이 실지거래가액이라고 볼 수 있는 근거로 보기 어려우므로 처분청의 의견은 타당하지 아니하다.

또한, 청구인이 당초 양도소득세 예정신고 당시에는 22년 전 매매계약서를 찾을 수가 없었고, 매매대금과 관련된 금융거래를 확인할 수 없어 환산취득가액으로 양도소득세를 신고하였으나, 최근에 아들을 통해 취득 당시 매매계약서와 부동산 매매대금 영수확인증, 등록세 영수증, 법무사 등기 관련 청구서 등을 확인하였으므로, 동 매매계약서에 기재된 거래가액인 OOO을 쟁점아파트의 실지 취득가액으로 하여 양도소득세를 경정하여야 한다.

(2) 세법상 가산세는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 견해의 대립이 있는 등 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결 참조).

청구인이 쟁점아파트에 대한 양도소득세 예정신고 당시 쟁점아파트를 장기간 보유함에 따라 실지취득 관련 자료를 찾지 못했음에도 불구하고 취득 당시의 매매계약서를 찾기 위해 각고의 노력을 하였으며 결국에 매매계약서를 찾은 점, 세무대리인의 조력을 통해 납세의무를 성실히 이행하고자 노력한 점, 처분청이 전소유자의 양도소득세 결정 관련 전산이력 자료 외에 어떠한 결정근거나 자료를 제출하지 못하고 있는 점, 청구인이 전소유자의 양도가액 결정내용을 확인할 수 없었고, 이를 기대하는 것이 무리라고 보이는 점 등에서 청구인에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 존재한다고 보아 이 건 가산세는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점아파트의 전 소유자는 쟁점아파트를 1년 미만 단기간 보유한 후 양도하였는바, 전 소유자의 양도가액은 구 「소득세법」제96조 제1항 제4호에 따른 실지거래가액에 해당한다.

쟁점아파트의 폐쇄등기부증명서에 따르면, 전 소유자는 쟁점아파트를 1996.7.18. 매매를 원인으로 취득하여 7개월 정도 단기 보유하다가 1997.2.21. 청구인에게 매매를 원인으로 소유권을 이전한 사실이 확인되는바, 청구인이 쟁점아파트를 취득한 1997년 당시에는 1995년도「소득세법」개정에 따라 그해 1월 1일부터 부동산양도사전신고제가 시행되어, 부동산을 양도하는 자는 거래내용을 관할세무서에 신고하고 세무서장이 발급하는 부동산 양도신고확인서를 등기소에 제출해야만 매수인이 소유권이전등기를 할 수 있게 되어 있었다.

국세통합전산망 조회자료에 의하면, 전소유자의 1997년 2월 양도소득세 사전신고이력이 확인되는데, 이는 전소유자가 청구인에게 쟁점아파트를 양도한 후 1997년부터 시행된 부동산양도사전신고제에 따라 쟁점아파트의 양도거래에 대하여 관할세무서장에게 신고한 것으로 보이고, 또한 전소유자의 주소지 관할 관서인 OOO세무서장이 1999.8.20. 쟁점아파트 양도거래에 대하여 양도가액을 OOO으로 하여 양도소득세를 경정·결정 결의한 이력이 확인되며, 동 가액은 보유기간이 1년 미만이었던 전소유자의 양도가액으로 이는 구 「소득세법」제96조 제1항 제4호에 따라 실지거래가액에 해당한다.

아울러, 청구인은 이 건 심판청구 이후인 2021년 1월에야 쟁점아파트 취득 관련 매매계약서와 매매대금 영수증, 법무사 영수(청구)서, 등록세 영수증 등을 제시하였으나, 쟁점아파트 양도시기부터 과세전적부심사와 이 건 심판청구를 거치는 동안 제시하지 못했던 매매계약서와 영수증 등을 찾게 된 경위나 그 출처가 불분명하여 동 매매계약서와 영수증 등은 사후에 임의로 작성하여 제출한 것으로 보이므로 결국, 청구인이 제출한 증빙에 신빙성이 있다고 보기 어려워 매매계약서상 거래가액인 OOO을 실지 취득가액으로 인정하기는 어렵다.

(2) 가산세는 세법상 의무 위반에 대하여 납세자에게 가하는 일종의 제재 또는 행정벌로서「국세기본법」에서는 의무불이행에 대한 정당한 사유와 관련된 규정을 두면서도 정당한 사유에 대한 구체적인 정의 및 범위를 정하고 있지 않으나, 대법원 판례는 납세자가 개별 세법이 정한 의무를 해태하였지만 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있어 책임을 물을 만한 기대가능성이 없을 때를 정당한 사유가 존재한다고 해석하고 있다.

가산세 부과 면제의 정당한 사유에 관하여는 특별한 사정이 없는 이상 납세자가 그 정당한 사유가 존재한다는 점을 증명하여야 하나OOO, 청구인은 가산세 감면의 정당한 사유가 있음을 전혀 입증하지 못하고 있다.

이 건에 있어 청구인은 양도소득세 신고 당시 실지취득 관련 자료를 찾지 못하였고, 이후 노력을 기울여 취득 관련 매매계약서를 찾은 점, 세무대리인의 조력을 통해 납세의무를 이행하려 노력한 점, 쟁점아파트의 취득가액을 확인하기 어려운 사정을 들어 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구인이 양도소득세 신고 당시 쟁점아파트의 취득 관련 매매계약서를 찾기 어려웠다는 사정만으로 가산세 감면의 정당한 사유가 존재하였다고 보기 어렵고, 신빙성이 있다고 보기 어려운 취득 관련 매매계약서를 찾게 된 경위나 그 출처를 밝히지 못하고 있어 가산세 감면의 정당한 사유의 존재에 대한 입증책임을 다하였다고 보기 어려우므로 가산세 감면 주장 또한 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점아파트의 취득가액을 실제 매매계약서상 거래가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

② 가산세 면제의 정당한 사유 존재 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제97조【양도소득 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액( 「지적재조사에 관한 특별법」제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산취득가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법 개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액

다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

(2) 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

4. 취득 후 1년 이내의 부동산인 경우

(3) 소득세법(1997.1.1. 시행, 1995.12.29. 전문개정 된 것) 제165조 【부동산 양도신고 등】① 거주자가 부동산을 매매하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 부동산의 거래내용을 납세지 관할세무서장에게 신고(이하 이 條에서 "不動産讓渡申告"라 한다)하여야 한다. 다만, 주택·농지 등으로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 부동산양도신고를 받은 납세지 관할세무서장은 대통령령이 정하는 바에 따라 부동산양도신고확인서를 교부하여야 한다.

③ 부동산양도신고를 받은 납세지 관할세무서장은 대통령령이 정하는 바에 따라 납부세액에 관한 안내서를 교부하여야 한다.

④ 거주자가 제3항에서 규정하는 안내서에 따라 세액을 자진납부하는 때에는 제106조의 규정에 의한 자산양도차익예정신고자진납부를 한 것으로 본다. 이 경우 자산양도차익예정신고납부세액공제는 제108조의 규정에 불구하고 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 15에 상당하는 금액으로 한다.

⑤ 소유권 매매를 등기원인으로 하여 부동산소유권 이전에 관한 등기를 신청할 때에는 부동산양도신고확인서를 첨부하여야 한다. 다만, 제1항 단서에 해당하는 경우 기타 대통령령이 정하는 경우는 그러하지 아니하다.

⑥ 부동산양도신고 및 확인서의 교부등 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 국세기본법 제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조 제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(5) 국세기본법 시행령 제48조【가산세의 감면 등】① 법 제48조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

2.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 토지 등의 수용 또는 사용,「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시ㆍ군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우

② 법 제48조 제1항 또는 제2항에 따라 가산세의 감면 등을 받으려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 신청서를 관할 세무서장(세관장 또는 지방자치단체의 장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에게 제출하여야 한다.

1. 감면을 받으려는 가산세와 관계되는 국세의 세목 및 부과연도와 가산세의 종류 및 금액

2. 해당 의무를 이행할 수 없었던 사유(법 제48조 제1항의 경우만 해당한다)

③ 제2항의 경우에 같은 항 제2호의 사유를 증명할 수 있는 서류가 있을 때에는 이를 첨부하여야 한다.

④ 관할 세무서장은 제2항에 따른 신청서를 제출받은 경우에는 그 승인여부를 통지하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점아파트의 양도와 관련하여 2020.2.9. 처분청에 제출한 양도소득세 예정신고서에 의하면, 양도가액을 OOO으로 하고, 취득가액을 환산가액인 OOO으로 하여 양도소득금액 OOO을 산정한 후, 양도소득세 OOO을 예정신고·납부한 것으로 나타난다.

(2) 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점아파트의 전소유자가 1996.7.18. 쟁점아파트를 매매를 원인으로 취득하여 7개월 정도 보유하다가 1997.2.21. 청구인에게 매매를 원인으로 소유권을 이전하였고, 청구인은 2019.12.19. OOO에게 매매가액 OOO에 양도한 것으로 나타난다.

(3) 국세통합전산망 조회자료상 쟁점아파트의 전소유자가 쟁점아파트를 청구인에게 양도하고 관할 세무서장에게 양도소득세 사전신고를 한 내역과 관할 세무서장이 전소유자의 양도소득세를 경정·결의한 내역은 아래 ＜표1＞과 같은바, 전소유자는 당초 1997년 2월 양도가액을 OOO으로 신고하였고, 관할세무서장은 1999년 8월 양도가액을 OOO으로 증액하여 양도소득세를 경정한 것으로 나타난다.

＜표1＞ 전소유자의 부동산양도 사전신고내역 및 관할세무서장 경정내역

(4) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 처분청은 청구인의 쟁점아파트 양도 관련 양도소득세 예정신고분에 대하여 전소유자의 양도소득세 결정결의서상 양도가액을 「소득세법」제97조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제163조 제1호에 따라 쟁점아파트의 취득가액으로 적용하여 아래 ＜표2＞와 같이 청구인의 2019년 귀속 양도소득세 OOO을 증액 경정한 것으로 나타난다.

＜표2＞ 청구인의 양도소득세 예정신고 내역 및 처분청 경정내역

(5) 청구인의 쟁점아파트 취득시기(1997.2.21.)를 전후한 기준시가 조회자료 등에 의하면, OOO으로 나타나는데, 취득일인 1997.2.21. 해당 기준시가는 OOO으로, 전소유자의 관할세무서장이 양도가액으로 경정한 OOO보다는 높은 것으로 나타난다.

(6) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 처분청 조사담당자가 2020년 6월경 전소유자에게 전화하여 쟁점아파트의 매매가액에 대하여 문의를 하였는데, 전소유자는 구체적인 매매가액이 기억나지는 않으나, 1997년 당시 서울로 직장을 옮기게 되어 급매로 쟁점아파트를 매도하면서 손해를 보고 팔았다고 진술하였고, 전소유자의 주민등록초본상 전소유자가 1996.7.31. 쟁점아파트에 전입하였다가 1997.2.18. 전출하여 서울로 주소를 옮긴 것으로 확인된다고 하였고, 또한 OOO의 1996.12.14.자 “신도시 입주민 양도세 중과 위기 … 아파트 매매 부진” 제하의 기사에서 1996년 당시 OOO 조성 이후 입주가 본격화되면서 쟁점아파트가 소재했던 수영구는 물론 해운대구의 기존 아파트 가격이 4～5년 전보다 최고 38%까지 하락했던 것으로 나타난다고 하였는데, 처분청이 취득가액으로 경정한 OOO이 당시 고시된 쟁점아파트의 기준시가에 비해 낮기는 하였으나, 매매 당시 전소유자의 상황과 OOO 아파트 시세 동향 등을 고려하면 쟁점아파트가 당시 기준시가보다 낮은 가격으로 매매되었던 사유가 있었던 것으로 보인다고 하고 있다.

(7) 한편, 청구인은 쟁점아파트의 실지취득가액이 OOO이라고 주장하며 아파트매매계약서 원본과 매매대금 관련 영수증 원본, 법무사 영수청구서와 등록세 영수증 원본을 제시하였는바, 계약일이 1996.12.18.로 기재된 매매계약서 원본에는 쟁점아파트 매매대금이 OOO으로 기재되어 있고, OOO에서 중개거래를 한 것으로 기재되어 있으며, 영수증 원본에는 전소유자인 OOO의 대리인 OOO이 OOO을 영수한 것으로 인장이 날인되어 있고, 법무사 영수청구서에는 과세표준액란에 채권최고액 금 OOO이, 등록세 영수증에는 과세표준이 OOO으로 기재되어 있다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점아파트의 실제매매계약서상 거래가액인 OOO을 실제 취득가액으로 하여 양도소득세를 경정하여야 한다는 주장이고, 처분청은 전소유자의 양도소득세 결정결의서상 양도가액인 OOO이 쟁점아파트의 실제 취득가액이라는 의견인바, 청구인이 쟁점아파트의 실제 취득가액이 OOO이라고 주장하며 계약금과 중도금, 잔금 지급시기와 거래를 중개한 공인중개사가 구체적으로 기재된 아파트매매계약서 원본과 전소유자의 대리인 OOO이 작성한 매매대금 관련 영수증 원본 등 객관적인 증빙을 제시하고 있는 점, 전소유자의 주소지 관할 세무서장이 경정한 양도가액OOO은 청구인의 취득일(1997.2.21.) 기준 기준시가인 OOO보다 낮아 통상적인 사례에 비추어 비합리적으로 보이는 점 등에서 청구인이 제시하는 거래가액이 실제 취득가액이라는 청구주장에 일응 타당성이 있어 보이므로, 따라서 처분청이 청구인이 제시한 아파트매매계약서 원본과 매매대금 영수증 원본 등이 쟁점아파트 거래와 관련하여 실체적 사실관계에 부합되는 것인지 여부를 재조사하고, 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(9) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다 할 것인바(대법원 2011.4.28. 선고 2010두16622 판결, 같은 뜻임), 청구인이 당초 양도소득세 예정신고시 제시하지 않았던 취득 당시 실제 매매계약서 원본과 영수증 원본 등을 이 건 심판청구 시 제시하고 있을 뿐만 아니라, 당초 취득가액이 불분명하여 환산가액으로 신고할 수밖에 없었다는 부분에 대하여 구체적인 입증을 하지 못하고 있으므로, 청구인이 당초 양도소득세 예정신고시 취득가액을 환산가액으로 하여 신고한 데에 청구인의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.