가. 처분청은 청구법인이 사업소별 종업원 수가 50인이 초과되고, 사업소 건축물 연면적이 330㎡를 초과하나 지방소득세(종업원분) 및 주민세(재산분)를 신고납부하지 아니하자, 청구법인이 OOO로부터 수탁받아 업무를 처리하는 OOO에 대하여 2008년도분부터 2012년도분까지의 지방소득세(종업원분) OOO원, 2009년도분부터 2012년도분까지의 주민세(재산분) OOO원, 청구법인이 직접 운영하는 OOO에 대하여 2010년도분부터 2012년도분까지의 주민세(재산분) OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 2013.9.12. 부과고지하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 OOO에게 2013.12.10. 이의신청을 하여 2013.12.17. 기각 결정을 받고 2014.2.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 OOO의 위탁을 받아 OOO 소유의 OOO립요양병원 및 OOO립정신병원을 수탁하여 운영하고 있고 단지 수탁자로서의 업무수행을 하고 있을 뿐 이익이 생기면 위탁병원에 재투자하고 있고, 재투자한 의료기기 등은 계약만료시 모두 OOO의 재산으로 귀속되어 실질적인 사업자는 OOO이므로 지방소득세(종업원분)와 주민세(재산분)는 면제되어야 하고,

또한, 청구법인은 위탁병원이 위탁자인 OOO의 사업소에 해당하여 사업소세가 비과세되는지 여부가 불분명하여 2003.10.29. 구 행정자치부에 질의를 하여 “위탁병원은 OOO의 사업소에 해당한다 ”는 회신을 받았고, 이에 근거해서 기 납부한 1998년부터 2003년까지 귀속분의 사업소세(재산할, 종업원할)를 환급받았는데도, 그 후 처분청이 구 행정자치부의 유권해석을 무시하고 2008년부터 2012년까지 귀속분의 지방소득세(종업원분)과 주민세(재산분)를 부과한 처분은 「지방세기본법」 제18조의 신의성실의 원칙과 제20조의 소급과세금지의 원칙에 반하는 것이다.

(2) 처분청은 청구법인이 운영하고 있는 OOO은 「사회복지사업법」에 의한 사회복지법인이 아니어서 주민세(재산분)가 비과세되지 않는다고 하였으나, OOO은 「노인복지법」에 따라 노인복지시설을 설치하였고, 안전행정부에서도 사회복지사업이란 「노인복지법」, 「장애인복지법」 등에 의해 보호․선도 등 복지사업을 목적으로 하는 사업을 의미하는바, 노인요양시설을 운영하고 있다면 양로원 등 사회복지사업으로 볼 수 있다고 질의회신을 하였으므로, OOO은 「의료법」에 의한 의료법인에 해당하지만 「사회복지사업법」에 의한 사회복지사업을 목적으로 하는 단체이므로 주민세(재산분)가 면제되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 OOO립정신병원 및 OOO립요양병원에 대하여 위탁기간 동안 병원의 운영을 책임지고 일체의 경비를 부담하기로 협약서에 되어있고, 청구법인이 직접 직원을 모집하고 고용계약을 체결하여 관리하고 급여를 지급하고 있는 사업소의 실질적인 운영자이며, 사업소 운영과정에서 매년 사업계획 수립을 하고 위탁자에게 실적보고 및 감사를 받는 등 업무영역을 제한받는 것은 수탁자에 대하여 위탁자가 갖는 최소한의 지위·감독 권한이라 하겠고 수탁사무의 처리에 관한 책임은 청구법인에게 있는 것이며, 사업소 의미는 사업 또는 사무를 수행하기 위하여 설치한 인적 및 물적 설비로서 계속하여 사업 또는 사무가 이루어지는 장소적 의미를 가지는 것이지 사업소 내의 물적설비에 대한 소유권이 사업주에게 있는지 여부는 관계가 없다 할 것이므로 처분청에서 지방소득세(종업원분)와 주민세(재산분)를 부과한 처분은 적법하다.

또한, 신의성실의 원칙이나 「국세기본법」 제18조 제3항이 정하는 소급과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없다 할 것이다

(2) 청구법인은 OOO이 사회복지사업 등을 목적으로 하는 단체로서 「노인복지법」에 의한 노인복지시설 설치신고와 「노인장기요양보호법」에 의한 장기요양기관 지정 사실로 수익사업을 영위하지 않으므로 주민세(재산분)가 면제되는 사업소라고 주장하나, 청구법인은 「의료법」에 의하여 설립된 법인으로서 「사회복지사업법」에 의하여 설립된 법인에 해당되지 아니한 사실이 명백하고, 의료기관의 설치․운영이 주된 목적사업이며, 노인복지시설과 장기요양기관은 의료법인의 주된 목적사업을 달성하기 위하여 부수적으로 수행하는 사업에 불과하고, 「지방세특례제한법」 제20조에서도 노인복지시설에 대한 감면규정을 따로 규정하고 있으므로, 처분청에서 주민세(재산분)를 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구법인이 운영하는 OOO립요양병원 및 OOO립정신병원에 대하여 2008년도부터 2012년도까지의 지방소득세(종업원분) 및 주민세(재산분)를 부과한 처분은 신의성실원칙에 위배되어 부당하다는 청구주장의 당부

② 「의료법」에 의하여 설립된 OOO이 사회복지사업을 목적으로 하는 단체에 해당하여 주민세(재산분)가 면제되는지 여부

나. 관련 법률 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구법인은 OOO립정신병원에 부과된 사업소세(재산할, 종업원할)에 대하여 2003.11.21. 구 행정자치부의 질의회신(지방세정담당관-1835, 2003.11.10.)을 근거로 과오납 환급신청을 하여 처분청으로부터 2003.12.1. OOO원을 환급받았음이 제출된 공문 및 OOO으로 알 수 있다.

(나) 청구법인은 OOO립요양병원에 부과된 사업소세(재산할, 종업원할)에 대하여 2003.11.18. 구 행정자치부의 질의회신(지방세정담당관-1835, 2003.11.10.)을 근거로 과오납 환급신청을 하여 처분청으로부터 2003.12.11. OOO원을 환급받았음이 제출된 공문 및 OOO으로 알 수 있다.

(다) OOO(갑)와 청구법인(을)이 2011.6.10. 체결한 “OOO립정신병원 위탁운영협약서 ”에 의하면, 위탁기간은 2010.3.17.부터 2015.3.16.까지로 하고, 을은 수탁받은 병원의 회계를 병원 이외의 회계와 구분 정산하여야 하며, 병원운영에 따른 이익금은 병원운영 및 시설재투자에 사용하여야 하며, 갑은 병원의 설립목적을 달성하기 위하여 관계공무원으로 하여금 병원 운영상황을 지도․감독할 수 있도록 되어 있다.

(라) OOO는 OOO립정신병원과 OOO립요양병원에 대하여 2012.12.20.부터 2012.12.21.까지 위탁사무 운영 전반에 관한 감사를 하였음이 제출된 공문OOO으로 확인 된다.

(마) 청구법인이 OOO에게 제출한 1999년사업연도 법인세 과세표준 및 세액의 경정청구에 대하여 OOO은 “OOO립정신병원의 운영권과 시설물사용 권리권을 위탁받아 이를 관리․운용하고 실질적으로 지방자치단체에 귀속시키는 수익은 「법인세법」 제2조 제3항에 의하여 법인세가 과세되지 아니하는 것 ”이라고 통보하였음이 제출된 공문OOO으로 알 수 있다.

(2) 먼저, 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 위탁병원이 위탁자인 OOO의 사업소에 해당하여 사업소세가 비과세되는지 여부가 불분명하여 구 행정자치부장관에게 질의를 하여 “위탁병원은 OOO의 사업소에 해당한다 ”라는 회신을 받았고, 이에 근거해서 기 납부한 사업소세를 환급받았으며, 그 후로는 과세를 하지 아니하다가 처분청에서 구 행정자치부장관의 유권해석을 무시하고 이 건 지방소득세 등을 부과한 처분은 「지방세기본법」 제18조의 신의성실의 원칙과 제20조의 소급과세금지의 원칙에 반하는 것이라고 주장하므로 이를 살펴보면,

「지방세기본법」제18조에서 “납세자와 세무공무원은 신의에 따라 성실하게 그 의무를 이행하거나 직무를 수행하여야 한다.”고 규정하고 있고, 같은 법 제20조 제3항에서는 “이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.”고 규정하고 있다.

(나) 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것(대법원 2009.10.29. 선고 2007두7741 판결, 같은 뜻임)이며, 「지방세기본법」제20조 제3항에서의 비과세관행을 적용하기 위해서는 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 할 것(대법원 2003.9.5. 선고 2001두7855 판결, 같은 뜻임)으로서,

청구법인은 위탁병원이 위탁자인 OOO의 사업소에 해당하여 사업소세가 비과세되는지 여부가 불분명하여 2003.10.29. 구 행정자치부장관에게 질의를 하여 “위탁병원은 OOO의 사업소에 해당한다 ”라는 회신을 받았고, 이에 근거해서 기 납부한 1998년도부터 2003년도까지 귀속분의 사업소세(재산할, 종업원할)를 환급받았으며, 그 후로는 이 건 부과처분이 있기 전까지 과세를 하지 아니하였던 상태로서, 지방세법령을 관장하는 구 행정자치부장관이 당해 업무와 관련된 사업장에 대하여는 비과세대상이라고 해석하여 이러한 해석이 계속하여 정당한 것으로 인정되어 왔던 것으로 보이고, 장기간 이러한 유권해석이 인정되어 오던 상태에서 처분청이 이 건 부과처분을 하는 것은 신의칙 내지 소급과세금지의 원칙에 위배되는 처분으로 보는 것이 타당하므로, 청구법인이 OOO로부터 위탁받은 위탁법인의 사업장에 대하여 처분청이 이 건 지방소득세(종업원분)와 주민세(재산분)를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

「지방세특례제한법」제22조 제1항에서 「사회복지사업법」에 따라 설립된 사회복지법인과 양로원, 보육원, 모자원, 한센병자 치료보호시설 등 사회복지사업을 목적으로 하는 단체 및 한국한센복지협회를 "사회복지법인 등"이라고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서 사회복지법인 등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 사회복지법인 등에 대한 주민세 재산분 및 종업원분을 각각 면제한다라고 규정하고 있으므로,

청구법인이 사회복지사업을 목적으로 하는 단체에 해당되기 위해서는 당해 단체의 주된 목적사업이 사회복지사업을 목적으로 하여야 할 것이나, 청구법인의 경우「의료법」에 의하여 설립된 의료재단이고, 법인등기부상 의료기관의 설치·운영 등이 목적사업으로 등재되어 있으며, 설사 청구법인의 정관에 노인전문요양시설 등 설치 및 운영 등이 목적사업으로 등재되어 있다고 할지라도, 청구법인은 사회복지사업을 주된 형태로 운영하는 것이 아니라 다른 목적사업을 수행함에 있어서 부수적인 형태로 이를 운영하고 있는 것으로 보여지므로, 처분청에서 청구법인을 사회복지사업을 주된 목적으로 하는 단체에 해당하지 아니하는 것으로 보아 주민세(재산분)를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호․제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.