가. 청구인은 2015.12.31. 현재 OOO의 총발행주식 2,541,668주 가운데 166,666주(지분율 6.56%)를 보유하다 2016.2.25. 35,000주, 2016.12.26. 65,000주(35,000주와 65,000주를 합하여 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 양도하고 세율 20%를 적용하여 양도소득세 OOO을 신고·납부하였다.

나. 청구인은 2017.12.29. 2016년 당시 「소득세법」상 비상장법인 대주주에 대하여는 양도소득세율을 별도로 규정하지 않고 있고, 쟁점주식은 비상장·중소기업 주식이므로 대주주 여부와 관계없이 양도소득세율 10%로 적용하여야 한다는 주장하면서 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2018.3.5. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.5.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

구 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 가목은 그 입법목적이 주권상장법인 대주주의 양도로 발생하는 소득에 대한 근거규정으로서 그 중 대주주의 범위만을 비상장법인에게 차용하여 적용하는 것은 조세법률주의에 위배되는 것이다.

주식에 대한 양도소득세의 세율을 규정한 구 「소득세법」 제104조 제1항 제11호 나목은 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정되면서 중소기업의 주식으로서 대주주가 아닌 자가 양도하는 주식에 한정하여 양도소득세율 10%를 적용하는 것으로 개정되었습니다. 이에 따라 언뜻 보면 중소기업의 주식으로서 대주주가 양도하는 주식의 경우 같은 법 제1항 제11호 다목이 적용되어 양도소득세율 20%가 적용되는 것처럼 보여질 수 있다.

그런데, 주식양도소득의 범위를 규정한 구 「소득세법」 제94조 제1항 제3호는 2015.12.15. 법률 제13558호에서 함께 개정되지 아니하였고 이에 따라 같은 호 가목은 주권상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율·기사총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것과 주권상장법인의 주식 등이지만 증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것을 같은 호 나목에서는 주권상장법인이 아닌 주식 등을 양도하는 것으로 주식양도소득의 범위를 규정하고 있다.

구 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 가목은 애초부터 상장주식을 이용한 변칙증여를 방지하고 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와 과세형평을 기하기 위한 목적으로 상장주식을 양도소득세의 과세대상으로 규정하고 다만 모든 상장주식 등의 양도차액에 대하여 과세하는 것은 기업의 다양한 자금조달을 어렵게 하는 등의 이유로 대주주가 상장주식 등을 거래하는 경우로 한정하여 규정한 것인바, 통상인이라면 주권상장법인 대주주의 양도소득에 대한 근거규정이라 예측할 수 있을 뿐 그 중 대주주의 범위에 대해서는 주권비상장법인까지 확대하여 적용하는 것을 예측할 수 없으므로 양도소득세의 환급을 거부한 이 건 처분은 조세법률주의를 위배하므로 받아들이기 어렵다.

비상장법인 대주주에 대한 과세요건이 불분명한 점이 문제가 되자 2016.12.20. 법률 제14389호로 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”를 “대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주”로 변경되었고,

같은 법 제104조 제11항 가목에서 양도소득세율이 달리 적용되는 대주주 범위를 명확히 시행령에 위임하였으며, 이에 따라 2017.2.3. 대통령령 제27829로 개정된 「소득세법 시행령」 제157조 제4항은 주권상장법인의 대주주를, 함께 개정된 같은 법 시행령 제167조의8 제1항에서 주권상장법인 대주주와 구분되는 주권비상장법인 대주주의 범위가 비로소 명확히 정의되었다.

결국, 구 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 가목은 그 입법목적이 주권상장법인 대주주의 양도로 발생하는 소득에 대한 근거규정으로서 그 중 대주주의 범위만을 주권비상장법인에게까지 차용하는 것은 조세법률주의에 위배되는 것이고 통상인이라면 구 「소득세법 시행령」 제157조 제4항은 주권상장법인 대주주의 범위를 규정한 것이라 예측할 수 밖에 없으며, 2017년 개정 「소득세법」 및 같은 법 시행령에 이르러서야 주권비상장법인 대주주의 범위가 확정되었는바, 이 건 거부처분은 관련 법령을 확대·유추하여 해석함에 따라 조세법률주의 및 포괄위임입법금지의 원칙을 위배하였으므로 부당하다.

나. 처분청 의견

2015.12.15. 법률 제13558호로 「소득세법」 제104조 제1항 제11호 나목이 개정되어 중소기업의 주식 등 세율 10%의 적용대상이 대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정됨에 따라 중소기업 대주주의 양도소득세율은 10%에서 20%로 상향되었다. 또한, 국회의 개정이유를 보면, 2015.12.15. 법률 제13558호로 「소득세법」 제104조 제1항 제11호가 개정되기 전에는 중소기업 주식의 양도소득에 대해서는 대주주인지 여부와 무관하게 양도소득세율이 적용되고 있었으나, 중소기업의 대주주인 경우에는 중소기업과는 별개로 주식양도소득을 과세함에 있어서 우대하여야 할 필요성이 낮은 점 등을 고려하여 일부 중소기업의 대주주에게 주식양도소득세율을 20%로 상향하여 조정하게 되었다.

조세심판원에서도 이 건과 동일한 쟁점에 대하여 대주주의 비상장 중소기업 주식의 양도에 있어서 세율 20%를 적용하도록 해석하고 있는바OOO, 양도소득세의 환급을 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식의 양도는 주권상장법인 대주주의 주식매매가 아니므로 양도소득세를 산정함에 있어 세율 10%를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 경정청구 검토서(2018년 2월)에 따르면 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 “주권상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 규정하고 있으므로 문언해석상 동 규정의 “대주주”는 상장법인 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함하는 것으로 봄이 타당하다고 되어 있다.

(나) 경정청구거부 통지내역(2018.2.27.)에 따르면 청구인이 쟁점세액에 대하여 환급을 구하는 경정청구에 대하여 처분청은 2018.2.27. 거부한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 2015.12.15. 개정된 「소득세법」제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 “주권상장법인인 중소기업의 대주주”를 의미하는 것으로 보아야 하므로 비상장법인으로서 중소기업의 주식인 쟁점주식에 대하여는 10%의 양도소득세 세율이 적용되어야 한다고 주장하나,

2015.12.15. 개정된 「소득세법」제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”와 동일한 것으로 보아야 할 것인바, 위 「소득세법」제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 “주권상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 규정하고 있으므로 문언해석상 동 규정의 “대주주”는 상장법인 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함하는 것으로 봄이 타당하므로 처분청이 대주주가 양도하는 비상장·중소기업 주식에 대해서도 양도소득세율 20%를 적용하는 것으로 보아 청구인의 양도소득세 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 같은 법 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정되기 전의 것)

제94조[양도소득의 범위] ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식 등

제104조[양도소득세의 세율] ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 50의 범위에서 대통령령으로 인하할 수 있다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다) 외의 법인의 주식 등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식 등

양도소득 과세표준의 100분의 30

나. 중소기업의 주식 등

양도소득 과세표준의 100분의 10

다. 그 밖의 주식 등

양도소득 과세표준의 100분의 20

(2) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정된 것)

제94조[양도소득의 범위] ① (개정 전과 동일)

3. (개정전과 동일)

가. (개정전과 동일)

나. (개정전과 동일)

제104조[양도소득세의 세율] ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다) 외의 법인의 주식 등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식 등

양도소득 과세표준의 100분의 30

나. 중소기업의 주식 등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다)

양도소득 과세표준의 100분의 10

다. 그 밖의 주식 등

양도소득 과세표준의 100분의 20

(3) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 일부개정된 것)

제94조[양도소득의 범위] ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 등의 양도로 발생하는 소득

가. 주권상장법인의 주식 등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식 등

1) 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식 등

2) 1)에 따른 대주주에 해당하지 아니하는 자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식 등

나. 주권비상장법인의 주식 등

제104조[양도소득세의 세율] ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

가. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 아닌 자가 양도하는 주식 등으로서 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다)의 주식 등 : 양도소득 과세표준의 100분의 10

나. 대주주가 1년 미만 보유한 주식 등으로서 중소기업 외의 법인의 주식 등 : 양도소득 과세표준의 100분의 30

다. 그 밖의 주식 등 : 양도소득 과세표준의 100분의 20

(4) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부개정되기 전의 것)

제157조[증권예탁증권 및 대주주의 범위] ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 그와 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 “기타주주”라 한다)이 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 2[코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 “코스닥시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다] 또는 코넥스시장상장법인[「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제11조 제2항에 따른 코넥스시장(이하 “코넥스시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식 등과 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제178조 제1항에 따라 거래되는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식 등의 경우에는 100분의 4. 이하 이 조에서 같다]이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 2에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 2 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 50억원[코스닥시장상장법인의 주식 등과 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제178조 제1항에 따라 거래되는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식 등의 경우에는 40억원으로 하고, 코넥스시장상장법인의 주식 등의 경우에는 10억원으로 한다] 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

제167조의8[중소기업의 범위] 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 주식등의 양도일 현재 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다.

(5) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부개정된 것)

제157조[증권예탁증권 및 대주주의 범위] ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 “기타주주”라 한다)이 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식 등의 합계액이 해당 법인의 주식 등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이장에서 “소유주식의 비율”이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

⑤ 제4항 제1호 및 제2호에도 불구하고 주주 1인 및 기타주주의 소유주식의 비율 또는 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인 및 기타주주를 대주주로 본다. 이 경우 소유주식의 비율이 직전 사업연도 종료일 현재에는 그 기준에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 그 기준에 해당하게 되는 경우에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 대주주에 포함한다.

1. 코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 “코스닥시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식 등의 경우 : 소유주식의 비율이 100분의 2이상이거나 시가총액이 20억원 이상인 경우

2. 코넥스시장상장법인[「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제11조 제2항에 따른 코넥스시장(이하 “코넥스시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식 등의 경우 : 소유주식의 비율이 100분의 4 이상이거나 시가총액이 10억원 이상인 경우

3. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제178조 제1항에 따라 거래되는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우 : 소유주식의 비율이 100분의 4 이상이거나 시가총액이 40억원 이상인 경우

제167조의8[중소기업의 범위] 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 주식 등의 양도일 현재 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다.

(6) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 일부개정된 것)

제157조[주권상장법인 대주주의 범위] ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목 1)에서 “대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조 및 제167조의8에서 “주권상장법인대주주”라 한다)를 말한다.

1. 주식 등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(이하 이 장에서 “기타주주”라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식 등의 합계액이 해당 법인의 주식 등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이 조 및 제167조의8에서 “소유주식의 비율”이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

가. 주주 1인 및 그와 「법인세법 시행령」 제43조 제8항 제1호에 따른 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 “주주 1인 등”이라 한다)의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인 등 중에서 최대인 경우 : 다음의 어느 하나에 해당하는 자

1) 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자

2) 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제3항 제1호에 해당하는 자

나. 주주 1인 등의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대가 아닌 경우 : 다음의 어느 하나에 해당하는 자

1) 직계존비속

2) 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 제3호 또는 제4호에 해당하는 자

3) 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제3항 제1호에 해당하는 자

2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액(이하 이 조 및 제167조의8에서 “시가총액”이라 한다)이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

가. 2018년 3월 31일까지 주식 등을 양도하는 경우 : 25억원

나. 2018년 4월 1일부터 2020년 3월 31일까지의 기간 동안 주식 등을 양도하는 경우 : 15억원

다. 2020년 4월 1일 이후 주식 등을 양도하는 경우 : 10억원

제167조의8[대주주 및 중소기업의 범위] ① 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다.

1. 주권상장법인대주주

2. 주권비상장법인의 주주로서 제157조 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주주. 다만, 대주주 여부를 판단할 때 소유주식의 비율은 100분의 4 이상으로 하고, 시가총액은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제178조 제1항에 따라 거래되는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식 등에 한정하여 40억원 이상으로 한다.