2.소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2005년 제2기부터 2006년 제2기 부가가치세 과세기간까지 □□유리로부터 실물거래 없이 공급가액 879,860,000원의 매입세금계산서 19매를 받아 부가가치세 및 법인세 신고를 하였다가, 2007. 6. 11. 위 공급가액을 익금산입하고 사내유보로 처분한 후 법인세 및 부가가치세 수정신고를 하였다.

나. 피고는 2008. 4. 8. 전항 기재 가공매입금액을 원고가 회수하지 아니한 것으로 보아 위 공급가액에 부가가치세를 합한 967,846,000원을 원고의 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였고, 원고가 소득세법 소정기간까지 위 상여처분된 금액에 대한 원천징수세액을 납부하지 아니하는 등 원천징수의무를 이행하지 아니하자, 피고는 2008. 6. 12. 근로소득세의 원천징수의무자인 원고에게 근로소득세 318,336,100원의 부과처분을 하였다(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다).

다. 원고는 조세심판원에 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 2009. 10. 20. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제6호증 2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가.원고의주장

원고가 세금계산서를 실물거래 없이 수취한 것은 사실이나, 세액의 경정이 있을 것을 알게 된 시점인 2007. 5. 31. 이전에 가공매입금을 모두 회수하였으므로, 위 금액은 사외유출된 것이 아니다. 따라서 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지와 같다.

다.판단

구 법인세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것) 제106조 제4항은 본문에서 '내국법인이 국세기본법 제45조의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사 에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금 산입하는 경우에는 그러하지 아니하다'고 규정하고 있는데, 이는 일정한 요건을 갖춘 경우에 한하여 법인에게 자기시정의 기회를 부여하고자 하는 취지인 점, 매출누락 ・ 가공경비 등으로 부당하게 사외유출된 금액은 사후에 회수되었다고 하여 이를 사외유출 자체에 해당하지 않는다고 볼 수는 없는 점, 사외유출된 금원을 경정이 있을 것을 알기 전에 회수한 것만으로는 익금에 산입한 것으로 평가하기는 어려운 점에 비추어 보면, 사외유출된 금액을 위 시행령 규정에 따라 사내유보로 처리하려면 경정이 있을 것을 알기 전에 사외유출된 금액을 회수하는 것만으로는 부족하고, 그와 같이 회수한 금액을 세무조정으로 익금에 산입하여 신고까지 마쳐야만 한다고 봄이 상당하다.

이 사건에 관하여 보건대, 원고가 2007. 5. 31. 용인세무서장으로부터 과세자료 소명안내문을 송달받은 사실 및 같은 해 6. 11. 수정신고서를 제출한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 원고는 경정이 있을 것을 알기 전에 사외유출된 금액을 회수하여 익금에 산입하여 신고하지 아니하였고, 따라서 피고가 위 금액을 사내유보로 처리 하지 아니하였다 하여 이를 위법하다고 볼 수 없다(나아가, 원고가 회수하였다고 주장 하는 금원 중 248,000,000원에 관하여는 피고도 위 금원이 원고의 대표이사 계좌로부터 원고의 계좌로 입금된 사실을 인정하고 있으나, 그렇다 하더라도 위와 같은 결론에는 영향이 없다).

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.