가. 피고가 AAAAAAA 주식회사에 대하여 한, 2014. 9. 23.자 2011년 1기분부가가치세 ○○○원, 2011년 2기분 부가가치세 ○○○원, 2012년 1기분 부가가치세 ○○○원의 경정청구 거부처분 및 2014. 9. 17.자 2012년 2기분 부가가치세 ○○○원, 2013년 1기분 부가가치세 ○○○원, 2013년 2기분 부가가치세 ○○○원의 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 3/4은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

제1심 판결을 취소한다. 주문 제1의 가.항 및 피고가 AAAAAAA 주식회사에 대하여 한 2014. 7. 24.자 2009년 1기분 부가가치세 ○○○원, 2009년 2기분 부가가치세 ○○○원, 2010년 1기분 부가가치세 ○○○원, 2010년 2기분 부가가치세 ○○○원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

가. 당사자의 지위

AAAAAAA 주식회사는 조선업 등을 목적으로 한 법인으로 2016. 6. 7. 서울중앙지방법원 2016회합100109호로 회생개시결정을 받았고, 원고는 위 법원으로부터 위 회생회사의 관리인으로 선임되어 이 사건 소송을 수계하였다(이하 편의상 소송수계전후의 당사자를 통틀어 '원고'라 한다).

나. 원고의 부가가치세 신고 및 경정청구

1) 원고는 원고의 수출용 선박(상선) 및 특수선(군함, 경비함 등) 제작과정에 임가공용역을 공급한 각 거래처들에게 "공급자가 부가가치세법 시행령 제26조 제1항 제2호 본문에서 규정하는 수출재화 임가공용역을 제공하였음을 확인한다."는 내용이 기재된 '임가공 용역제공 사실 증명 확인서'(이하 '이 사건 확인서'라 한다)를 발급하였고, 원고의 거래처들은 위 임가공용역에 관한 부가가치세 신고 시 이 사건 확인서를 첨부하여 영세율을 적용한 매출을 신고하였다.

2) 피고는 2014. 4.경 원고의 위 거래처들 중 특수선 관련 임가공용역(이하 '이 사건 용역'이라 한다)을 공급한 업체들(이하 '이 사건 거래처들'라 한다)의 부가가치세 신고 내용을 조사한 결과 영세율의 적용이 잘못되었음을 확인하고 이 사건 거래처들에 대하여 부가가치세 수정신고를 안내하였고, 그에 따라 이 사건 거래처들(폐업자 포함)은 별지 1 표 '경정청구 세액'란 기재 각 부가가치세를 원고로부터 거래징수하여 수정신고・납부하였다.

3) 원고는 2014. 7. 22.경 피고에게, 일반 과세거래인 이 사건 용역의 공급에 착오로 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고・납부하였으나 이후 이 사건 거래처들에 대하여 2009년 1기분부터 2014년 1기분까지의 부가가치세(10%) 상당액 합계○○○,○○○원을 지급하였다고 주장하면서 별지 1 표 '경정청구 세액'란 기재 각 부가가치세를 각 해당 과세기간의 매입세액으로 공제하여 환급하여 달라는 취지의 경정청구(이하 '이 사건 경정청구'라 한다)를 하였다.

다. 피고의 처분 및 원고의 불복 경과

1) 피고는 2014. 7. 24. 원고에게, 이 사건 경정청구 중 2009년 1기분 부가가치세○○○원, 2009년 2기분 부가가치세 ○○○원, 2010년 1기분 부가가치세 ○○○원, 2010년 2기분 부가가치세 ○○○원에 관한 부분은 경정청구기간인 3년이 도과하여 제기된 부적법한 청구임을 이유로 이를 거부하는 처분(이하 '이 사건 제1처분'이라 한다)을 하였다[경정청구기간이 도과한 후 제기된 경정청구는 부적법하여 과세관청이 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 거부처분을 할 의무가 없으므로, 과세관청이 경정을 거절하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없지만(대법원 2015. 3. 12. 선고 2014두44830 판결 등 참조), 원고가이 사건 경정청구를 하면서 제출한 서면에는 경정청구의 근거를 '국세기본법 제45조의2 및 동법 시행령 제25조의3'(일반적 경정청구와 후발적 경정청구 모두에 관계되는 조항이다)이라고만 기재하였을 뿐 그 경정청구가 일반적 경정청구인지 후발적 경정청구인지를 명시하여 구분하지 않고 있는 점, 이 사건 경정청구 자체가 이 사건 제1처분과 관계된 부가가치세의 경정청구 기간이 지나서 이루어진 점, 이 사건에서 원고가 이 사건 제1처분에 관련된 경정청구가 후발적 경정청구에 해당한다고 다투고 있는 점에 비추어보면, 이 사건 경정청구 중 이 사건 제1처분에 관련된 부분에 후발적 경정청구의의미가 포함되어 있지 않다고 단정할 수 없고(조세심판원도 이 사건 제1처분에 대한 결정의 주문을 각하가 아닌 기각으로 내었다), 그러한 후발적 경정청구를 거부한 이 사건 제1처분은 항고소송의 대상이 되는 처분에 해당한다].

2) 이어 피고는 2014. 9. 17. 원고에게, "2012년 2기분부터 2014년 1기분 예정까지는 폐업자와의 거래분을 제외하고 경정청구를 인용하여 환급결정 하였다."고 통지하는 방법으로 이 사건 경정청구 중 2012년 2기분 부가가치세 ○○○원, 2013년 1기분 부가가치세 ○○○원, 2013년 2기분 부가가치세 ○○○원에 관한 부분(같은 기간 계속사업자와의 거래분에 대하여는 2014. 9. 1. ○○○,○○○원을 환급하였다)을 거부하는 처분을 하였다(이하 '이 사건 제2처분'이라 한다).

3) 피고는 이 사건 제2처분과 함께 같은 날 원고에게 "2011. 1기부터 2012. 1기까지 부가가치세 경정청구는 쟁점 사안에 대해 국세청 해석과 상이한 판례가 있어 과세기준 자문 중에 있음을 알려드리며 결과에 따라 인용여부를 알려드릴 예정입니다."는 내용의 통지를 하였지만, 그 이후에도 원고에게 위 부분에 관하여 별다른 처분을 하지 않았다. 이에 원고는 국세기본법 제45조의2 제3항 단서에 따라 이 사건 경정청구 중 2011년 1기분부터 2012년 1기분까지에 관한 부분에 대하여도 2014. 9. 23.(이 사건 경정청구가 있었던 때로부터 2개월이 되는 날의 다음날이다) 피고의 거부처분이 있었던것으로 보고 그 중 폐업자와의 거래분에 해당하는 2011년 1기분 부가가치세 중 ○○○원, 2011년 2기분 부가가치세 중 ○○○원, 2012년 1기분 부가가치세 중 ○○○원에 관하여 다투고 있다(이하 '이 사건 제3처분'이라 한다).

4) 원고는 이 사건 제1, 2, 3처분에 불복하여 2014. 10. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 위 심판청구는 2015. 6. 16. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 제1처분에 관하여

가) 원고는 납세의무자인 사업자에게 사후적으로 부가가치세액을 거래징수당하였는 바, 이는 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제2항 제4호에서 규정한 후발적 경정청구사유에 해당하거나, 원고가 이

사건 거래처들과 사이에 영세율 계약을 취소하고 부가가치세액 상당액을 부담하기로 하는 새로운 계약을 체결한 것으로 해석되어야 할 것이어서 구 국세기본법 제45조의2제2항 제5호 및 같은 법 시행령 제25조의2 제2호의 후발적 경정청구사유에 해당한다.

나) 설령 이 사건 경정청구를 일반적 감액경정청구라고 보더라도 그 경정청구기간의 기산점은 원고의 각 부가가치세액 신고시점(확정신고기한)이 아니라 원고가 납세의무자로부터 부가가치세액을 거래징수당한 시점으로 보아야 한다.

2) 이 사건 제2, 3처분에 관하여

매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하는 경우를 규정한 부가가치세법 제39조 제1항 제2호에서의 '세금계산서를 발급받지 아니한 경우'에는 '수정세금계산서를 발급받지 아니한 경우'가 포함되지 않고, 당초 원고가 이 사건 거래처들로부터 받은 세금계산서(이하 '이 사건 당초 세금계산서'라 한다)만으로도 거래사실이 충분히 확인되므로 원고가 폐업자들로부터 수정세금계산서를 발급받아 제출할 수 없다 하더라도 부가가치세법 시행령 제75조 제2호에 의하여 매입세액의 공제가 허용되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 2 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 제1처분의 적법 여부

가) 원고의 첫 번째 주장에 관한 판단

(1) 구 국세기본법 제45조의2 제2항은 "과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다."고 규정하면서, '결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 가세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때'(제4호), '제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때'(제5호) 등을 후발적 경정청구가 가능한 사유로 들고 있고, 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호의 위임에 의하여 '대통령령으로 정하는 사유'를 규정하고 있는 국세기본법 시행령 제25조의2는 '최초의 신고・결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우'(제2호),'그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우'(제4호)를 그러한 사유로 규정하고 있다.

한편 국세기본법이 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데에 있다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두28254 판결 등 참조).

(2) 앞서 본 바와 같이 후발적 경정청구는 '당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 아니하였던 후발적 사유'를 이유로 하는 것이므로, 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 거래 또는 행위의 존재 여부나 그 법률효과가 달라지는 경우 등의 사유는 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제4호가 정한 후발적 경정청구사유에 포함될 수 있다고 할 것이

나, 이 사건과 같이 법령 해석의 착오로 일반 과세거래인 용역의 공급에 영세율이 적용되는 것으로 오인하여 이를 전제로 부가가치세를 신고・납부하고 이후 그와 같은 오류가 시정되어 부가가치세를 거래징수당하였다는 사유는, 당초 신고나 부과처분 시에 예측하기 어려웠던 감액사유가 통상적 경정청구기간이 경과한 후에 발생한 경우라고 보기 어려우므로, 이를 '당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 아니하였던 사유'로서 후발적 경정청구사유에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 경정청구가 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호 혹은 같은 항 제5호 및 같은 법 시행령 제25조의2 제2호의후발적 경정청구사유에 해당함을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 원고의 두 번째 주장에 관한 판단

구 국세기본법 제45조의2 제1항은 "과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다."고 규정하여 경정청구기간의 기산점을 '법정신고기한'으로 명시하고 있을 뿐만 아니라, 경정청구기간을 일정하게 제한하는 것은 납세의무자에 대하여 그 기한 내에 자신의 과세표준 및 세액에 대한 계산을 충분히 검토하도록 하여 기한 내 신고의 적정화를 기함과 함께 조세법률관계의 조기안정, 세무행정의 능률적 운용 등 제반 요청을 만족시키기 위한 것인데(헌법재판소 2004. 12. 16.자 2003헌바78 전원재판부 결정 등 참조), 원고 주장과 같이 원고가 이 사건 거래처들에게 부가가치세액을 거래징수당한 시점을 경정청구기간의 기산점으로 삼게 되면 위와 같은 규정의 취지가 몰각된다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

2) 이 사건 제2, 3처분의 적법 여부

가) 부가가치세법 제39조 제1항 제2호의 '세금계산서' 해석

부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 '세금계산서를 발급받지 아니한 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다'고 규정하고 있다.

살피건대, ① 세금계산서는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에 발급하고, 수정세금계산서는 세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 일정한 사유가 발생할 때 발급하는 것으로서 그 발급목적이 상이한 점, ② 세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 당사자 사이의 거래를 노출시킴으로써 세원 포착을 용이하게 하는 납세자간 상호검증의 기능을 하는 반면, 수정세금계산서는 위와 같은 세금계산서의 오류를 시정하기 위한 것으로서 그 기능상에 차이가 있는 점, ③ 세금계산서는 사업자에게 발급의무가 있으나, 수정세금계산서는 당초 발행된 세금계산서의 거래내용이 변경되었다고 해서 반드시 발행하여야 하는 것은 아닌 점, ④ 부가가치세법은 '세금계산서'와 '수정세금계산서'라는 용어를 구분하여 사용하고 있는데 부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 '세금계산서'라고만 규정하고 있는 점, ⑤ 조세법령은 과세요건은 물론 비과세요건이나 감・면세요건을 막론하고 법문대로 엄격하게 해석하여야 하는 점 등에 비추어보면, 부가가치세법 제39조 제1항 제2호의 '세금계산서를 발급받지 아니한 경우'에 '수정세금계산서를 발급받지 아니한 경우'까지 포함되는 것으로 볼 수는 없다.

나) 폐업자 거래분의 공제 여부

부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우 그 세금계산서에 의한 매입세액은 공제하지 않는 것으로 하면서도 같은 호 단서에서는 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서이더라도 매입세액의 공제를 허용하는 경우를 시행령으로 정하도록 위임하고 있고, 그 위임에 따른 부가가치세법 시행령 제75조 제2호는 매입세액의 공제가 허용되는 경우의 하나로 '법제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우'를 규정하고 있다.

살피건대, 앞서 든 증거 및 갑 제6호증의 기재, 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 당초 세금계산서는 영세율 적용 대상이 아닌 용역에 관하여 영세율이 적용된다는 착오를 바탕으로 발행된 것으로 보이고, 이와 같이 영세율 적용대상 여부에 착오가 있는 경우도 부가가치세법 제32조 제1항 제3호의 '공급가액과 부가가치세액'에 관하여 착오가 있는 경우에 해당한다고 보아야 할 것이므로(대법원 2013. 10. 17. 선고 2010두12972 판결 참조), 이 사건 당초 세금계산서는 필요적 기재사항이 착오로 잘못 기재된 경우에 해당한다. 나아가 이 사건 당초 세금계산서의 기재 내용 중 세율을 제외한 나머지만으로도 원고와 이 사건 거래처들이 한 이 사건 용역 거래가 확인된다 할 것이므로(피고도 이를 다투지 않는다), 원고가 이 사건 경정청구 당시 폐업자 거래분과 관련된 수정세금계산서를 발급받지 못하였다 하더라도 그것만으로 매입세액의 공제를 거부할 수는 없다.

다) 따라서 수정세금계산서가 발급되지 않아 폐업자 거래분에 대한 매입세액 공제가 허용될 수 없다는 전제에 선 이 사건 제2, 3처분은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구 중 이 사건 제2, 3처분에 관한 부분은 이유 있어 이를 인용하고 나머지는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.