가. 청구법인은 1961.7.3. 배합사료 제조의 기술증진과 품질향상을 도모하여 회원 간의 복리증진에 기여함을 목적으로 설립된 단체로, 부설연구소인 OOO’를 두고 있으며, OOO는 정부가 지정한 사료수입의 신고수리 및 사료검정 인정기관으로서 위탁받은 수입사료의 검정 및 자가품질검사를 대행하고 있다.

청구법인은 아래와 같이 회원사로부터 정기회비와 연구소 이용에 따른 검사비용을 받고 있고, 성분검사를 위해 연구소 이용만 하는 비회원사는 정기회비 없이 사료성분검사 비용 성격의 회비(이하 “쟁점회비”라 한다)만 부담하고 있다.

<연도별 회비 수입 내역 >

(단위 : 천원)

* 회원사에 대한 연구소 이용회비는 과세전적부심사청구에서 용역의 제공에 따른 대가 관계 없이 받는 회비로서 면세로 채택되어 비회원사에 대한 쟁점회비만 과세하였음.

나. 처분청은 2016년 1월 청구법인에 대한 현장확인을 실시한 결과, 청구법인이 2008년 제2기 2015년 제1기 과세기간 동안 비회원사로부터 받은 쟁점회비 OOO원은 사료성분검사 용역의 대가로 부가가치세 과세대상으로 보아 2016.1.15. 및 2016.7.14. 청구법인에게 아래와 같이 부가가치세 합계 OOO원을 결정·고지하였다(2008년 제2기분은 당초 회원사 연구소 이용회비를 포함하여 OOO원을 결정·고지하였다가 과세전적부심사청구 결과에 따라 2016.7.25. 쟁점회비만 과세대상으로 하여 OOO을 감액경정하였음).

<부가가치세 결정고지 내역>

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.4.11. 및 2016.9.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 쟁점회비는 「부가가치세법」제26조 제1항 제18호 및같은 법 시행령 제45조 제1호에 의하여 공익을 목적으로 하는 단체가 실비로 공급하는 재화 또는 용역에 해당하므로 부가가치세 면세대상에 해당한다.

(가) 청구법인은 「민법」제32조 및 「농림축산식품부장관 및 그 소속청장 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제4조에 따라 설립되었으며, 농림축산식품부장관이 고시한「사료검사기준」제23조 제1항 및 「사료관리법」제22조에 따라 정부의 사업을 위임 및 지정받아 구성원의 경제적 이익추구를 목적으로 법인을 운영하지 아니할 것을 전제조건으로 법인설립 허가를 받았다.

주1)수입업자 및 수입대행업체는 신고단체를 정하여 신고하여야 하며, 신고단체의 승인없이 다른 신고단체를 통해서 수입신고할 수 없다.

이와 더불어 배합사료 제조의 과학적 기술향상 및 축산업 발전에 기여할 것을 정관에 정하고 있는 바(협회정관 및 등기부등본), 청구인은 그 목적사업으로 사료산업에 관한 조사연구 홍보 및 출판물간행, 교육훈련 및 연수, 사료산업을 위한 부설연구소 설치운영, 사료가공업의 기술증진과 품질향상 도모 등 공익목적의 사업을 수행하는 비영리법인이라고 할 수 있다.

(나) 공익을 목적으로 하는 단체라 함은 영리를 목적으로 설립된 단체가 아닌 사회일반의 복리증진을 그 고유의 직접목적사업으로 하는 단체를 말한다고 할 것이며(대법원 2000.7.4.선고, 98두9301판결), OOO와 같이 비영리법인임에도 불구하고 특정계층이나 지위 또는 일정한 자격을 가진 자나 특정 업종에 종사하는 회원사들만의 이익증진 내지 권리보호를 그 고유의 목적으로 하는 단체는 공익을 목적으로 하는 단체에 해당하지 않는다 할 것인바,

청구법인은 회원사들만의 권리보호가 고유목적이 아닌, 사료의 안정성을 확보하여 불특정 다수의 복리증진을 목적으로 하고 있으며 정관 제4조의 영리를 목적으로 하지 않는 범위 내에서 사업을 시행하고 있어 공익을 목적사업으로 하는 단체에 부합한다고 할 것이다.

(2) 청구법인이 공익목적으로 용역을 제공하고 수령한 쟁점회비는 실비에 해당한다.

(가) 청구법인의 쟁점회비는 국립농산물품질관리원에서 고시하는 사료검사수수료 단가를 초과하지 않는다.

청구법인의 연구소는 「사료관리법」제20조 제2항 및 제21조와 「사료검사기준」제23조 제1항에 따라 사료검정기관으로 지정 및 정부의 사업을 위임받은 기관으로서, 제조업자 또는 수입업자 사료의 품질관리 및 안전성 확보를 위하여 검사를 의뢰받은 경우에 사료검사를 실시하고 있다. 즉, 인체 또는 동물 등에 해로운 유해물질이 허용기준 이상으로 함유되거나 잔류된 것인지 여부, 동물 등의 건강유지나 성장에 지장을 초래하여 축산물의 생산을 현저하게 저해하는 것인지의 여부 등의 사항을 검사하고, 국립농산물품질관리원이 고시하는 사료검사수수료 단가를 초과하지 않는 범위 내에서 농림수산식품부장관의 승인을 받아 회원사들로부터 회비를 징구하고 있다.

*1 : OOO 제2014-40호, 2014.10.17.

(나) 청구법인의 과거 6년간의 연구소 이용회비에 대한 수지계산서를 살펴보면, 매년 결손금이 발생하고 있다. 이는 연구소 이용회비로 받는 대가가 인건비, 관리비, 사업비 등의 실비수준에 미치지 못하는데 원인이 있다고 할 수 있다.

주무관청의 인가를 받아 설립된 비영리법인이 그 고유목적 사업의 일환으로 공익목적의 재화 또는 용역을 공급하고 인건비, 관리비, 사업비 등 원가에 미치지 못하는 실비정도의 용역대가를 받는 경우 「부가가치세법」제26조 제1항 제18호에 따라 부가가치세를 면제함이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 공익목적으로 설립된 단체라 할지라도 쟁점회비는 청구법인 부설 연구소가 수행한 수익사업에 따른 용역의 대가로 부가가치세 과세대상이다.

쟁점회비는 청구법인 부설 OOO가 제공한 사료성분검사 용역의 대가로서 동 사료성분 검사용역은 공익목적의 사업이 아니다.

청구법인의 기술연구소가 수행하는 사료성분검사 용역은 사료관리법(제19-20조)에서 정하는 자가품질검사로서 이는 사료의 제조ㆍ수입업자가 사료를 공급·유통하기 위해서 반드시 거쳐야 하는 유통공정의 일부에 해당하고,

자가품질검사는 농림축산부장관이 인정하는 검정인정기관에서 수행할 수 있으며 2015.8.21. 현재 청구법인을 포함하여 12개 연구소 등이 인정을 받아 고시되어 있는바, 이들 인정기관에는 연구소 외에도 (주)OOO 등 3개의 주식회사가 포함되어 있으며 「사료관리법 시행규칙」(제21, 22조)에 따라 일정 시설요건 등을 갖춘 자가 검사용역 사업을 위해 인정을 신청하는 경우 농림식품부장관은 요건 부합 여부를 검토하여 인정서를 발급하도록 강제하고 있다.

청구법인의 주장과 달리 사료품질검정 용역은 공익사업의 일부가 아니라 건축물의 준공을 위해 반드시 받아야 하는 건축물 감리용역과 같이 사료의 제조ㆍ유통을 위해 반드시 거쳐야 하는 일반 과세용역으로 보아야 하고,

실제 농림식품부장관으로부터 인정받은 12개 인정기관 중 청구법인과 부가가치세 신고가 없었던 OOO 두 곳을 제외한 모든 인정기관에서 자가품질검사 용역을 부가가치세 과세대상으로 신고하고 있다.

<고시 사료검정인정기관 및 신고현황>

(2) 자가품질검사가 일반 과세용역에 해당하는 이상 그 실비 여부는 부가가치세법상 과ㆍ면세 여부를 가리는 이 건의 쟁점과는 무관하다.

품질검사 수수료의 결정은 농림축산부장관이 고시하는 수수료단가를 고려하여 다른 검정인정기관과의 경쟁관계, 용역의 수행에 필요한 시설규모, 사료수입업자 및 수입업자와의 거래 관계 등 제반 사정을 고려하여 인정기관이 자율적으로 정하는 것으로 그 단가의 크기는 이건 검사용역의 과세여부와 무관하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점회비가 부가가치세 과세대상인지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 부가가치세법

제4조【과세대상】부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

제11조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

(구 부가가치세법 제12조 제1항 제16호)

(2) 부가가치세법 시행령

제25조【용역 공급의 범위】다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 법 제11조에 따른 용역의 공급으로 본다.

1. 건설업의 경우 건설업자가 건설자재의 전부 또는 일부를 부담하는 것

2. 자기가 주요자재를 전혀 부담하지 아니하고 상대방으로부터 인도받은 재화를 단순히 가공만 해 주는 것

3. 산업상·상업상 또는 과학상의 지식·경험 또는 숙련에 관한 정보를 제공하는 것

제45조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】[구 부가가치세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21304호로 개정되기 전의 것) 제37조]

법 제26조 제1항 제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

(3) 상속세 및 증여세법 시행령

제12조【공익법인 등의 범위】법 제16조 제1항에서 “공익법인등”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자(이하 “공익법인등”이라 한다)를 말한다.

5. 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업

9. 「법인세법 시행령」 제36조 제1항 제1호 각목의 규정에 의한 지정기부금단체 등 및 「소득세법 시행령」 제80조 제1항 제5호에 따른 기부금대상 민간단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다.

10. 「법인세법 시행령」 제36조 제1항 제2호 다목에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다.

11. 제1호 내지 제5호·제7호 또는 제8호와 유사한 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업

(4) 부가가치세법 시행규칙

제34조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】① 영 제45조 제1호에서 “기획재정부령으로 정하는 사업”이란 비영리법인의 사업으로서 종교, 자선, 학술, 구호, 사회복지, 교육, 문화, 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.

(5) 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률

제2조【적용 범위】이 법은 재단법인이나 사단법인으로서 사회 일반의 이익에 이바지하기 위하여 학자금ㆍ장학금 또는 연구비의 보조나 지급, 학술, 자선(慈善)에 관한 사업을 목적으로 하는 법인(이하 “공익법인”이라 한다)에 대하여 적용한다.

(6) 사료관리법

제19조【사료의 수입신고 등】① 수입업자는 농림축산식품부장관이 정하여 고시하는 사료를 수입하려는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관에게 신고하여야 한다.

② 농림축산식품부장관은 사료의 안전성확보ㆍ수급안정 등 농림축산식품부령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 제1항에 따라 신고된 사료에 대하여 통관절차 완료 전에 관계 공무원으로 하여금 필요한 검정을 하게 하여야 한다.

③ 수입업자가 제1항에 따른 신고를 할 경우 제20조 제2항에 따른 사료검정인정기관이나 제22조에 따른 사료검정기관에서 검정을 받아 그 검정증명서를 제출하는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 제2항에 따른 검정에 갈음하거나 그 검정항목을 조정하여 검정할 수 있다.

제20조【자가품질검사】① 제조업자 또는 수입업자는 사료의 품질관리 및 안전성 확보를 위하여 농림축산식품부령으로 정하는 시설을 갖추고 그가 제조 또는 수입하는 사료에 대하여 다음 각 호의 사항을 검사하여야 한다. 이 경우 제조업자 또는 수입업자는 다른 제조업자 또는 수입업자와 공동으로 시설을 갖출 수 있다.

1. 사료공정에 적합한지의 여부

2. 성분등록된 사항과 차이가 있는지의 여부

3. 제14조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 해당하는지의 여부

② 제조업자 또는 수입업자는 제1항에 따른 검사를 농림축산식품부장관이 인정하는 자(이하 “사료검정인정기관”이라 한다)에게 의뢰하여 검정을 할 수 있다.

③ 사료검정인정기관은 제2항에 따라 검정을 실시한 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 제조업자 또는 수입업자에게 사료검정증명서를 발급하여야 한다.

⑤ 제1항에 따른 검사의 기준ㆍ절차 등과 사료검정인정기관의 인정절차ㆍ인정기준 등에 필요한 사항은 농림축산식품부령으로 정한다.

제21조【사료검사】① 농림축산식품부장관 또는 시ㆍ도지사는 사료의 안전성확보와 품질관리에 필요하다고 인정하거나 사료의 수요자로부터 제20조제1항 각 호의 사항 등에 대한 검사를 의뢰받은 경우에는 사료검사를 실시할 수 있다.

② 농림축산식품부장관 또는 시ㆍ도지사는 제1항에 따라 사료검사를 실시하는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 관계 공무원 또는 농림축산식품부장관이 지정하는 자(이하 “사료검사원”이라 한다)로 하여금 제조업자ㆍ수입업자 또는 판매업자가 제조ㆍ수입 또는 판매하는 사료를 검사하거나 검사에 필요한 최소량의 시료를 무상으로 수거하게 할 수 있다.

③ 사료검사원의 자격ㆍ직무범위 등에 필요한 사항은 농림축산식품부령으로 정한다.

제22조【사료검정기관 지정 등】① 농림축산식품부장관은 제21조에 따라 수거한 사료의 검정을 행하게 하기 위하여 다음 각 호의 시설을 모두 갖춘 기관을 사료검정기관으로 지정할 수 있다.

② 제1항에 따른 사료검정기관의 지정방법 및 사료의 검정방법 등에 필요한 사항은 농림축산식품부령으로 정한다.

제28조【수수료 등】② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 검사료를 납부하여야 한다.

1. 제20조제2항에 따라 사료의 검사를 의뢰하는 자

2. 제21조제1항에 따라 사료의 검사를 의뢰하는 자

3. 제23조제2항에 따라 사료의 재검사를 의뢰하는 자

제31조【권한의 위임ㆍ위탁】② 농림축산식품부장관은 제19조에 따른 사료의 수입신고의 수리 및 검정업무를 대통령령으로 정하는 바에 따라 사료관련 단체에 위탁할 수 있다.

제32조【벌칙 적용에서의 공무원의제】사료검정 인정기관에서 검정 업무에 종사하는 임직원, 제22조에 따라 검정업무에 종사하는 사료검정기관의 임직원, 또는 제31조 제2항 및 제3항에 따라 위탁한 업무에 종사하는 사료관련 단체의 임직원은 「형법」 제129조부터 제132조까지의 규정에 따른 벌칙의 적용에서는 공무원으로 본다.

(7) 사료관리법 시행규칙

제38조【수수료 및 검사료 등】① 법 제28조 제1항 제1호 및 제2호와 법 제28조 제2항에 따른 수수료 및 검사료 등은 “별표 12”와 같다.

④ 제1항의 수수료 및 검사료 등은 등록 검사관청이 국가인 경우에는 수입인지로, 지방자치단체인 경우에는 해당 지방자치단체의 수입증지로 내고, 제2항의 수수료 및 제3항에 따른 수수료는 현금으로 내야 한다. 다만, 납부자가 정보통신망을 이용하여 수수료 및 검사료를 납부하려는 경우 수납기관의 장은 전자화폐 전자결제 등의 방법으로 수수료 및 검사료를 납부하게 할 수 있다.

【별표 12】 수수료 및 검사료 등(제38조 제1항 관련)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 사업자등록증상 1961.7.6. 개업한 비영리법인(사업자등록번호 : 2**-8*-00***)으로 되어 있고,청구법인 정관의 목적 및 회원자격 규정은 다음과 같다.

(2) 청구법인의 법인등기부상 목적 및 사업내용은 다음과 같다.

(3) 청구법인의 OOO 이용에 관한 규정상 회원가입 및 이용회비 내용은 다음과 같다.

(4) 처분청은 청구법인의 결산보고서상 이월금 증가 사실로 볼 때 연구소 이용대가를 실비수준으로 볼 수 없다며, 청구법인의 “2014년 결산보고서”를 제시하고 있다.

* 2014.12.31. 현재 수입항목 이월금 OOO원, 지출항목 당기이월금 OOO원이나,청구법인은 이월금의 증가는 정기회비 수입에 의한 것이지 연구소이용회비 때문이 아니라고 주장

(5) 청구법인은 국립농산물품질관리원이 2014.10.17. 고시한 「사료검사수수료」조정안을 아래와 같이 제출하였는바, 동 고시 사료검사수수료는 유사기관(농림축산식품부, 농촌진흥청, 식품의약품안전처)의 수수료와 형평성을 고려하여 원가수준에서 산정하였으며, 쟁점회비가 동 고시 사료검사수수료 단가보다 낮은 수준이므로 실비에 해당한다고 주장한다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「부가가치세법」제26조 제1항 제18호 및 같은 법 시행령 제45조 제1호에서 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 종교, 자선, 학술, 구호, 사회복지, 교육, 문화, 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세 면세대상으로 규정하고 있는바, 쟁점회비는 청구법인의 부설 연구소가 수익사업인 사료성분검사 용역을 비회원사에게 계속적으로 제공하고 받는 대가로서 관련법에서 사료의 품질관리 및 안정성 확보를 위하여 반드시 검사를 거치도록 규정하고 있는 점, 청구법인이 제출한 자료만으로 쟁점회비가 실비라고 보기에 부족한 점, 다른 사료검정 인정기관도 대부분 사료성분검사 용역을 부가가치세 과세대상으로 보아 신고하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점회비를 부가가치세가 과세되는 용역을 공급하고 받은 대가로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.