가. 청구인은 2001.6.29. OOOOO OOO OOO OOOOO OO O,OOOO, 같은곳 593-1번지 대지 757.5㎡, 같은곳 593-13번지 대지 956.6㎡ 합계 2,786㎡(이하 “쟁점토지㉮”라 한다)를 OOOOOO와 매매계약한 OOOO(주)로부터 2002.4.22. 취득하였다가 2002.8.16. 양도하고 양도가액 3,500,000천원을 실지거래가액으로 하여 신고하였으며,

청구인은 같은곳 593-3번지 대지 1,021㎡(이하 “쟁점토지㉯”라 한다)를 2001.6.29. OOOOOOO OOOOO (O)OOOO으로부터 2002.6.28. 취득하였다가 2003.5.15. 양도하고 양도가액 1,236,000천원을 실지거래가액으로 하여 양도소득세를 신고하였고,

청구인은 2001.4.3. OOO OOO OOO OOO OOO OOOOOOOOO OOOOOOOOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 취득하여 2002.10.21. 양도하고 양도가액 225,000천원을 실지거래가액으로 하여 양도소득세를 신고하였다.

나. OOOO국세청장의 세무조사 실시 결과, 쟁점토지㉮는 청구인이 OOOO(주)와 매매계약하고, OOOO(주)가 OOOOOO와 2001.6.29. 계약한 토지대금 3,655,200천원 중에서 청구인이 선납할인금 583,024천원은 공제 받고 2002.4.22. 잔금 3,072,193천원을 지급하여 취득한 다음, 쟁점토지㉮ 중에서 593번지 및 593-13번지 토지는 2002.8.16. (주)OOOOOO에 소유권을 이전하였고, 593-1번지 토지는 (주)OOOOOO 대표이사인 이OO에게 소유권을 이전하면서 동 3필지의 대가로 4,812,084천원을 받았으나 청구인은 양도가액을 3,500,000천원으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 확인되었으며,

쟁점토지㉯는 청구인이 2002.6.28. 특수관계에 있는 (주)OOOO으로부터 1,125,050천원에 취득한 후 2003.5.16. 김OO외 1인에게 2,120,000천원에 양도하였으나, 양도가액을 1,236,000천원으로 하여 신고한 사실이 확인되었고,

쟁점아파트는 청구인이 2001.4.3. OOOOOO(주)로부터 분양권을 취득하여 2002.10.21. 박OO에게 309,000천원에 양도하였으나 실거래가액으로 양도소득세를 신고하면서 양도가액을 225,000천원으로 하여 신고한 사실을 확인하였는 바, 처분청은 쟁점토지㉮·㉯ 및 쟁점아파트의 양도차익을 확인된 실지거래가액으로 결정하여 2002년 및 2003년 귀속 양도소득세 1,385,531천원을 고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2007.9.28. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점① 관련

쟁점토지㉮·㉯ 및 쟁점아파트에 대한 양도소득세를 신고함에 있어 정상적인 매매계약서에 의하여 실지거래가액으로 신고하였음에도 처분청은 청구인이 다운계약서를 작성하여 양도소득세를 회피하였다는 명백한 근거 및 증빙을 밝혀내지 못하였고, 쟁점토지 등의 양도시기에 쟁점토지 등을 양수한 자 또는 관련인이 청구인의 계좌에 입금한 금액 및 청구인 명의의 대출상환금 등을 전부 합하여 양도가액으로 결정하였으나 위 계좌 입금액중에는 청구인과 평소 알고 지내던 매수자 사이의 금전차입거래가 있을 수 있고 쟁점토지 등의 매각대금과 관련 없는 금액이 입금될 수 있음에도 단지 청구인 계좌에 입금되었다는 사실만으로 입금액이 전액 양도가액에 해당하는 것으로 보는 것은 국세기본법상 근거과세원칙을 위배한 것으로 부당하므로 청구인이 신고한 거래가액으로 양도차익을 산정하여야 한다.

(2) 쟁점② 관련

청구인은 2001.6.29. 쟁점토지㉮를 OOOOOO와 매매계약한 OOOO(주)로부터 2001.7.5. 잔금을 주고 사실상 취득하였으나, 소유권이전 등기는 계약상 OOOOOO로부터 2001.6.29. 매매를 원인으로하여 2002.4.22. 이전한 것이며, 청구인은 이후 쟁점토지㉮를2002.8.16. (주)OOOOOO과 이OO에게 각각 양도하였으므로 쟁점토지㉮의 보유기간은 1년 1개월 되는 것이고,

한편 2001.6.29. 쟁점토지㉯를 OOOOOO와 매매계약한 (주)OOOO으로부터 2002.1.30. 잔금을 주고 사실상 취득하였으나, 그 소유권이전 등기는 계약상 OOOOOO로부터 2001.6.29. 매매를 원인으로하여 2002.6.28. 이전한 것이며, 청구인은 이후 쟁점토지㉯를 2003.5.16. 김OO외 1명에게 양도하였으므로 쟁점토지㉯의 보유기간은 1년 3개월이 되는 것이다.

그리고 쟁점아파트는 2001.4.3. 취득하였다가 2002.10.21. 양도하여 1년이상 보유한 사실이 확인되므로 처분청은 쟁점토지㉮·㉯ 및 쟁점아파트에 대한 양도가액 및 양도차익을 산정함에 있어 기준시가를 적용하여 산정하여야 한다.

설령 청구인이 신고기한 내에 양도소득세를 실지거래가액으로 신고하였고, 이후 신고한 양도가액과 달리 진정한 실지거래가액이 확인되었다 하더라도 그 확인된 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 것이 아니라 그러한 경우에도 기준시가를 적용하여 양도차익을 산정(OOOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO)하여야 하므로 처분청이 기준시가가 아닌 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 경정고지한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점① 관련

쟁점토지㉮에 대한 실지거래계약서는 확인되지 않았으나, 매수자인 (주)OOOOOO 및 그 관련인으로부터 출금된 금액이 청구인의 매매계약서상 계약일인 2002.7.16.부터 등기일인 2002.8.16.까지 청구인의 계좌에 2,400,000천원 입금되었고, 2002.8.20.부터 2002.9.13.까지 (주)OOOOOO과 그 관련인으로부터 출금된 금원으로 청구인의 대출금 1,000,000천원을 상환하거나 청구인의 이자 12,084천원을 변제하였고 청구인의 대출금 1,400,000천원을 매수인이 인수한 사실이 확인되어 쟁점토지㉮의 실지양도가액을 4,812,084천원으로 보는 것이 타당하다.

청구인과 매수자 (주)OOOOOO 또는 자금거래 관련인과는 세금계산서 수수 및 채권채무 관계가 전혀 없어 자금거래가 있을 수 없으며, 이 건 양도대금과 다른 대금이라는 증거 제시도 없으며 정상적인 자금거래라면 무기명식 양도성예금증서를 이용하는 등의 자금세탁과정을 거칠 이유도 없다.

쟁점토지㉯에 대하여 매수자 김OO외 1명과 작성한 실지거래계약서에 의하면, 계약금 200,000천원, 중도금 1,000,00천원, 잔금 920,000천원, 양도가액 2,120,000천원으로 하고 OOOO OOOO 대출금 920,000천원을 승계하는 것으로 계약한 사실이 확인되었고 김OO외 1명이 2006.11.30. (주)OOOO에 양도하고 양도소득세 신고시 취득가액을 2,120,000천원으로 신고한 바 있으며, 양도가액 중 대출금 승계액을 제외한 1,200,000천원을 청구인의 계좌(OOOOOOOOO,OOOOOO, OOOOOOOOOOOOO, OO)로 수취한 사실이 확인되었다.

쟁점아파트는 당초 청구인이 실지거래가액을 신고하였으나 이 건 조사시 청구인이 양도가액을 허위로 신고하였음이 확인되었는 바, 쟁점토지㉮·㉯ 및 쟁점아파트에 대하여 양도가액을 확인된 실지거래가액으로 결정한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 쟁점② 관련

쟁점토지㉮의 취득시기와 관련하여 청구인은 2002.10.31. 양도소득세 신고시 취득일자를 2002.4.22.로 하여 단기양도라고 신고한 바 있고, OOOOOO의 토지매각원부에 의하면 쟁점토지㉮의 매수자를OOOO(주)에서 청구인의 명의로 변경(2002.4.15)하기 전에 OOOO(주)가 731,100천원을 납부하였고, 청구인 명의로 변경한 후 2002.4.22. 잔금 2,341,093천원을 지급한 것으로 나타나며, 토지등기부등본에도 2001.6.29. 매매를 원인으로 하여 2002.4.22. 소유권이전 등기를 완료하였으므로 단기양도에 해당되고, 쟁점토지㉮를 매도한 OOOO(주)는 청구인이 대표이사로서 60%를 출자하여 지배하고 있는 회사로 청구인이 제출한 쟁점토지㉮의 부동산매매(취득)계약서 및 매수대금 영수증은 나중에 작성한 후 이를 근거로 주장하고 있는 것이며,

쟁점토지㉯의 취득시기와 관련하여 청구인이 2003.7.7. 양도소득세 신고시 제출한 매매(취득)계약서 및 부동산거래사실확인서를 보면, (주)OOOO과 2002.6.26. 계약하고 2002.6.28. 잔금을 지급하기로 약정한 계약서를 제출하였고 청구인이 스스로 단기 양도로 신고한 바 있으며, 토지등기부등본에도 소유권이전 등기일이 2002.6.28.이며, (주)OOOO은 청구인 형이 20% 출자하고 인척이 80% 출자한 법인으로 청구인이 제출한 부동산매매(취득)계약서 및 매수대금 영수증은 나중에 작성하여 이를 근거로 주장하는 것이므로 쟁점토지㉮·㉯의 보유기간을 1년이하로 보아 실지거래가액으로 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①양도소득세 신고시 제출한 매매계약서를 사실과 다른 매매계약서로 보아 청구인 계좌에 입금된 금액 또는 실지매매계약서에 기재된 금액을 기준으로 양도차익을 결정한 처분의 당부

②쟁점토지㉮·㉯의 보유기간이 1년 이상인지 여부

나. 관련 법령

소득세법 제94조 (양도소득의 범위) ①양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

제96조 (양도가액) ①제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

1. 제89조제3호의 규정에 의한 고급주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우

2. 제94조제1항제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리인 경우

3. 제104조제3항의 규정에 의한 미등기양도자산인 경우

4. 취득후 1년 이내의 부동산인 경우

5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

제114조 (양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지)④납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조제1항제6호 및 제97조제1항제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지㉮·㉯ 및 쟁점아파트를 양도하고 양도가액을 실지거래가액으로 하여 양도소득세를 신고하였으며, 중부지방국세청장은 세무조사를 실시하여 아래 <표>와 같이 실지 양도가액을 확인하여 2002년 및 2003년 귀속 양도소득세를 고지한 사실이 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

OOOO OO OOOO O OO OOOO OOOOOO

(OO O OO)

(2) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 처분청이 쟁점토지㉮에 대한 다운계약서를 작성하였다는 명백한 근거 및 증빙을 밝히지 못하였고, 처분청이 제시한 쟁점아파트 실지계약서는 청구인의 날인이 없으며 실행된 적도 없는 계약서이며, 설령 청구인이 신고기한 내에 양도소득세를 실지거래가액으로 신고하였고, 이후 신고한 양도가액과 달리 진정한 실지거래가액이 확인되었다 하더라도 그 확인된 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 것이 아니라 그러한 경우에도 기준시가를 적용하여 양도차익을 산정(OOOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO)하여야 한다고 주장한다.

(나) 소득세법제96조 제1항은자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의하되, 취득 후 1년 이내의 부동산인 경우이거나, 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우에는 실지거래가액에 의할 수 있도록 하고 있으며, 같은 법 제114조 제4항 단서는 거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 따라 실지거래가액으로 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 과세관청이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액으로 양도소득과세표준과 세액을 경정하도록 규정하고 있다.

(다) 처분청은 쟁점토지㉮에 대한 실지매매계약서는 확인되지 아니하였지만 금융조회 결과, 청구인이 매수인으로부터 매매대금을 청구인의 계좌로 송금받고 청구인의 차입금을 상환받거나 인계시킨 금액이 4,812,084천원이라는 사실을 확인하였으며, 쟁점토지㉯는 실지매매계약서의 양도가액이 2,120,000천원으로 확인되었고, 금융조회 결과 차입금을 인수하고 매매대금을 청구인의 계좌로 송금받은 사실이 확인되었으며, 금융조회로 확인한 쟁점토지㉮의 ㎡당 양도금액을 실지매매계약서가 확인된 쟁점토지㉯의 ㎡당 양도금액과 비교하면 아래표와 같이 비슷하게 나타나는 점에서 처분청이 결정한 쟁점토지㉮의 양도가액이 시가에 근접한 가액이라고 할 수 있으며, 쟁점아파트는 청구인이 제출한 계약서를 실지계약서로 보아 과세한 것으로 나타난다.

(OO O OO)

(라) 처분청이 제출한 쟁점토지㉮에 대한 금융자료에 의하면, 청구인이 매수자인 (주)OOOOOO 및 그 관련인으로부터 매매대금을수령하고 대출금을 상환받거나 인계시킨 것으로 아래 표와 같이 확인된다.

(OO O OO)

O (O)OOOOOOO OOOO O OOOOO O O OOO가 70%를 보유하고 있으며, (주)두손건설은 이OO 및 유OO가 37.5% 보유

처분청이 제출한 쟁점토지㉯의 실지매매계약서에 의하면, 매매대금이 2,120,000천원이고, 계약금 200,000천원, 중도금 1,000,000천원, 잔금 920,000천원으로 잔금은 2003.5.15.까지 지불하는것으로 나타나며, 특약사항으로 OOOO OOOO 대출금 920,000천원은 소유권이전과 동시에 승계하기로 기재되어 있고, 금융조회 자료에 의하면, 계약금 200,000천원은 OO OOOO 청구인 계좌(OOOOOOO OOOOOOOOO)O, OOO O,OOO,OOOOOO OO OOOOO OOO OO(OOOOOOOOOOOOO)에 입금된 사실이 확인된다.

청구인이 처분청에 제출한 쟁점아파트 계약서를 보면, 2002.9.23. 매매대금 309,000천원(계약금 10,000천원, 잔금 299,000천원)으로 계약하였고 수기로 특약사항이 작성되어 있으나, 청구인의 날인이 되어 있지 아니하고 중개업자의 성명만이 날인되어 있으며, 청구인이 신고시 제출한 계약서를 보면, 2002.10.5. 매매대금 225,000천원(계약금 20,000천원, 잔금 205,000천원)으로 계약한 것으로 기재되어 있으나 특약사항이 없고 중개업자 없이 계약한 것으로 나타나며, 동일단지내 같은동 동일평형의 매매사례아파트(111-2801)를 확인한 결과, 쟁점아파트 매매계약일보다 약 2개월 전인 2002.8.13. 매매계약한 아파트가 270,500천원에 매매된 것으로 나타난다.

(마) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하면, 청구인은 처분청이 양도소득세를 회피하였다는 명백한 근거 및 증빙을 밝혀내지 못하였고, 처분청이 과세근거로 삼은 쟁점아파트의 매매계약서에는 청구인의 날인이 없는 것이며, 실지거래가액으로 신고한 양도가액과 달리 진정한 실지거래가액이 확인되었다 하더라도 기준시가를 적용하여 양도차익을 산정하여야 한다고 주장하나, 처분청이 쟁점토지㉯의 실지매매계약서와 금융조회 자료를 제시하고 있고, 쟁점토지㉮에 대한 금융조회를 통하여 확인된 가액을 실지거래가액으로 과세한데 대하여 청구인은 이를 부인할 수 있는 증빙서류를 제출하지 아니하고 있으며, 청구인이 처분청에 실지매매계약서라고 제출한 쟁점아파트의 매매계약서는 비록 청구인의 날인은 없지만 수기로 특약사항이 자세하게 기재되어 있는 점, 중개업자의 날인이 되어 있고, 매매가액이 당초 신고시 제출한 계약서보다는 매매사례아파트의 매매가액과 유사한 점으로 보아 실지계약서로서 신빙성이 있어 보이며, 청구인이 제시한 대법원 판례(OOOOOOOOOO, OOOOOOOOO)는 2001.12.31. 소득세법 개정 이전에 적용된 것이고, 2001.12.31. 소득세법 제114조 단서조항을 개정하여 처분청이 실지거래가액을 확인하는 때에는 그 확인된 실지거래가액으로 과세하도록 개정하였다.

따라서, 청구인이 쟁점토지㉮·㉯ 및 쟁점아파트에 대하여 실지거래가액으로 양도소득세를 신고하였고, 처분청이 청구인의 양도소득 금액이 사실과 다르게 신고된 사실을 확인하고 소득세법 제114조 제4항 단서에 따라 확인된 실지 양도가액으로 양도소득 과세표준과 세액을 결정한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 쟁점토지㉮를 OOOO(주)로부터 2001.7.5, 실제 취득하여 2002.8.16. 양도하였고, 쟁점토지㉯를 (주)OOOO으로부터 2002.1.30. 잔금을 지급하고 사실상 취득하여 2003.5.15. 양도하였으므로 쟁점토지㉮·㉯의 보유기간이 1년이상이라고 주장한다.

(나) 청구인이 증빙서류로 제출한 매매계약서 및 영수증에 의하면, 쟁점토지㉮ 중 593번지는 1,194,730천원, 593-1번지는 822,450천원, 593-13번지는 1,055,000천원으로 하여 2001.7.2. OOOO(주)와 매매계약서를 작성하였고, 매매대금을 2001.7.5.까지 지급하고 영수증을 받은것으로 나타나며, 쟁점토지㉯는 매매대금 1,125,050천원으로 하여 2002.1.12. (주)OOOO과 매매계약서를 작성하였고, 매매대금을 2002.1.30.까지 지급하고 영수증을 받은것으로 나타난다.

국세청 자료에 의한 청구인과 OOOO(주) 및 (주)OOOO의 출자관계를 보면, 청구인은 OOOO(주) 지분을 74% 보유하고 있으며, (주)OOOO은 청구인의 누나 박OO가 60% 보유하고 있어 청구인과 OOOO(주) 및 OOOO(주)는 소득세법 시행령 제98조에 의한 특수관계자에 해당하는 것으로 나타난다.

(다) 처분청이 제출한 OOOOOO의 토지매각원부에 의하면, 쟁점토지㉮의 매수자를 당초 계약자인 OOOO(주)에서 청구인으로 2002.4.15. 명의 변경한 사실이 확인되고, 그 후 2002.4.22. 청구인이 잔금을 납부한 것으로 나타나며, 토지등기부등본에는 청구인이 쟁점토지를 2002.4.22. 취득하여 2002.8.16. 양도한 것으로 나타난다.

청구인이 쟁점토지㉯를 (주)OOOO으로부터 취득하면서 작성하여 처분청에 제출한 검인 매매(취득)계약서 및 부동산거래사실확인서에는 2002.6.28. 잔금을 지급하기로 되어 있으며, 토지등기부등본에는 2002.6.28. 취득하여 2003.5.16. 양도한 것으로 나타난다.

(라) 살피건대, 청구인은 쟁점토지㉮·㉯에 대하여 매도자인 OOOO(주) 및 (주)OOOO과 체결한 매매계약서 및 영수증을 제출하면서 보유기간이 1년이상이라고 주장하나, OOOO(주)와 (주)OOOO은 청구인과 특수관계자에 해당하고 매매계약서와 영수증은 임의작성이 가능하므로 취득대금의 지급을 입증하기에는 부족해 보일 뿐 아니라 청구인이 주장하는 취득시기는 매도자인 OOOO(주)와 (주)OOOO이 쟁점토지㉮·㉯ 소유자인 OOOOOO와 매매계약을 체결하고 계약금만 지급한 상태에서 청구인에게 쟁점토지㉮·㉯를 취득할 수 있는 권리를 양도한 것으로서 쟁점토지㉮·㉯의 취득시기가 아니라 쟁점토지㉮·㉯를 취득할 수 있는 권리의 취득시기로 보이고, 쟁점토지㉮·㉯ 소유자인 OOOOOO의 토지매각원부에 의하면, 쟁점토지㉮는 당초 계약자인 OOOO(주)에서 청구인으로 명의 변경일이 2002.4.15.이며, 2002.4.22. 잔금을 납부하고 같은날에 소유권이전 등기되었으며, 쟁점토지㉯는 검인 매매(취득)계약서 및 부동산거래사실확인서에 잔금지급일이 2002.6.28.로 되어 있고 같은날에 소유권이전 등기된 것으로 나타나고 있어 잔금 지급일자와 등기 접수일자가 동일하므로 등기부등본상의 접수일자를 쟁점토지㉮·㉯의 실제 취득시기로 보아 쟁점토지㉮·㉯의 보유기간을 1년이하로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 모두 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.