[사실관계]

- 서울 강서구청 도시계획시설(도로)사업으로 20여 년간 소유한 토지 수용

- 강서구청이 감정평가가격에 의하여 강제협의매수 예정

[질의사항]

- 토지수용법 등에 의하여 수용되는 토지에 대한 양도소득세 감면 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제77조 [ 공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면(2003.12.30 제목개정) ]

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2009년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 10(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 15)에 상당하는 세액을 감면한다.(2006.12.30 개정)

1. 공익사업을 위한 토지등의 취득및보상에관한법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득(2003.12. 30 개정)

2. 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역을 제외한다) 안의 토지 등을 동법에 의한 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득(2002.12.30 개정) [ 부칙 ]

3. 공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률 기타 법률에 의한 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득 (2002.12.11 개정)

② 다음 각호의 1에 해당하는 경우 당해 사업시행자는 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.(2000.12.29 개정) [ 부칙 ]

1. 제1항 제1호의 규정에 의한 공익사업의 시행자가 사업시행의 인가 등을 받은 날부터 3년 이내에 당해 공익사업에 착수하지 아니하는 경우(2003.12.30 개정)

2. 제1항 제2호의 규정에 의한 사업시행자가 대통령령이 정하는 기한 내에 도시 및 주거환경정비법에 의한 사업시행인가를 받지 아니하거나 그 사업을 완료하지 아니하는 경우(2002.12.30 개정) [ 부칙 ]

③ 제1항 제1호 또는 제2호의 규정에 의하여 감면받은 세액을 제2항의 규정에 의하여 납부하는 경우에는 제40조 제2항 중 이자상당가산액에 관한 규정을 준용한다.(2001.12.29 개정)

④ 제1항 제1호 또는 제2호의 규정에 의하여 세액을 감면받고자 하는 경우에는 당해 공익사업 또는 정비사업의 시행자가 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.(2003.12.30 개정)

⑤ 제1항 제3호의 규정에 의한 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.(1998.12.28 개정)

○ 조세특례제한법 시행령제72조 [ 공익사업용토지등에 대한 양도소득세 등의 감면(2003.12.30 제목개정) ]

① 법 제77조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 채권"이라 함은 「토지수용법」 제45조 또는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조의 규정에 의한 보상채권을 말한다.(2005.02.19 법명개정)

② 법 제77조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기한”이라 함은 사업시행인가에 있어서는 「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 사업시행자의 지정을 받은 날부터 1년이 되는 날, 사업완료에 있어서는 「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 사업시행인가를 받은 사업시행계획서상의 공사완료일을 말한다.(2005.02.19 법명개정)

③ 법 제77조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 공익사업 또는 사업시행자는 당해 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 당해 공익사업 또는 사업시행자임을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 양도자의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.(2003.12.30 개정)

④ 법 제77조 제5항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자와 「법인세법」 제62조의 2 제7항의 규정에 의하여 예정신고를 한 비영리내국법인의 경우에는 예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 수용된 사실을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.(2005.02.19 법명개정)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 재산46014-464, 2000.04.17.

【질의】

본인은 한국토지공사에서 시행하는 ○○택지개발 사업지구에 편입된 토지에 대해 채권으로 보상금을 수령한 바, 양도소득세 감면적용 방법과 양도소득세 물납 관련하여, 소득세법 제112조의 2, 동법시행령 제175조의 2에 의한 평가를 실시하여 관할세무서에서 지방국세청장의 승인을 받아야 한다고 하는데 재경부 장관의 승인을 받은 이율로 사업시행자가 일방적으로 지급 발행한 토지보상용 채권을 평가하여 수납한다는 것은 불합리하다고 판단되어 질의함.

【회신】

1.토지수용법 기타 법률에 의하여 같은법에 의한 사업시행자에게 토지 등을 양도하는 경우로서 당해 토지 등이 당해 사업지역에 대한 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등인 경우에는 조세특례제한법 제77조의 규정에 의하여 양도소득세의 100분의 25(토지 등의 양도대금을 같은법시행령 제72조 제1항의 규정에 의한 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 35)에 상당하는 세액을 감면받을 수 있는 것임.

또한, 당해 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세 물납은 당해 토지 등의 대금으로 교부받은 채권으로 예정·확정신고기한 10일전까지 신청할 수 있음.

2. 이 경우 물납에 충당할 채권의 수납가액은 신고납부기한일(이하 “평가기준일”이라 함)을 기준으로 상속세 및 증여세법시행령 제58조 제1항의 규정에 의하여 평가하는 것이며, 한국증권거래소에서 거래되지 않은 채권으로서 발행기관으로부터 액면가액으로 취득한 경우 당해 채권의 평가액은 평가기준일에 처분할 경우 예상되는 가액이 되는 것임.

다만, 처분예상액을 산정하기 어려운 경우 당해 채권의 평가액은 당해 채권을 2 이상의 증권회사에서 평가한 금액의 평균액으로 하는 것임.