청구인은 서울특별시 OO구 OOO동 OOOOO 소재 OO빌딩 지하1층 1, 2, 3호 대지 110.4㎡, 건물 221.63㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득(등기부상 대지는 91.2.23 매매를 원인으로 91.9.27 취득하였고, 건물은 81.2.23 매매를 원인으로 81.2.26 취득)하여 이를 청구외 OOO과 OOO 2인에게 양도(등기부상 토지, 건물 공히 90.2.9 매매를 원인으로 91.9.27 양도)하고 91.10.31 실지거래가액(취득가액 : 93,400,000원, 양도가액 : 140,000,000원)으로 자산양도차익 예정신고를 한 바 있다.

처분청은 청구인이 신고한 취득시 매매계약서상 금액 93,400,000원 이외에 또다른 매매계약서상 금액이 85,000,000원으로 되어있다 하여 청구인이 제시한 취득가액을 불분명한 것으로 보고 기준시가로 양도차익을 산정하여 97.4.15 청구인에게 91년도분 양도소득세 214,666,630원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 97.6.2 심사청구를 거쳐 97.9.6 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점부동산을 81.2월경 93,400,000원에 취득하여 청구외 OOO에게 임대하여 왔으나 입주자의 임대료미납 등으로 인하여 90.2.9 청구외 OOO에게 140,000,000원에 양도하기로 매매계약을 체결하고 계약금 20,000,000원은 계약일에 중도금 40,000,000원은 90.3.25 각각 영수하였으나 잔금 80,000,000원은 90.4.25자로 수령하면서 등기이전을 하려 했는데 쟁점대지의 등기가 서울특별시로 되어 등기이전을 해줄수 없게 되자 매수자인 위 OOO이 90.6.14자로 서울민사지방법원에 소유권이전등기절차 이행소송을 제기하여 90.12.27 원고가 승소함에 따라 91.9.25자로 잔금에 대한 공탁통지서를 받고 잔금 80,000,000원을 서울민사지방법원으로부터 수령하였는 바, 쟁점부동산 취득가액은 당시 매도자인 OOO와의 계약은 85,000,000원이었으나 당시 세입자의 명도문제로 세입자의 시설비 8,400,000원을 청구인이 부담하기로 하여 계약서를 93,400,000원으로 하여 재작성한 것일뿐 양도소득세를 부당하게 감소시킨 의도가 전혀없었고 이 사실은 당시 매도자인 위 OOO가 사실확인을 하고 있으므로 이 건 취득가액을 93,400,000원으로 하고 양도가액을 140,000,000원으로 하여 과세함이 타당하다.

나. 국세청장 의견

(1) 처분청이 실지거래가액을 부인하고 기준시가로 과세한 처분의 적법여부에 대하여 살펴보면,

첫째, 청구인이 쟁점부동산을 81.2.23자로 93,400,000원에 취득하였다고 신고한 가액이 정당한 거래가액인지에 대하여 살펴본 바, 청구인이 자산양도차익 예정신고시 제출한 매매계약서상에는 쟁점부동산을 청구외 OOO로부터 93,400,000원에 취득한 것으로 기재되어 있고, 처분청이 실지거래가액 조사시 확인한 또다른 매매계약서에는 거래금액이 85,000,000원으로 기재되어 있는 사실로 미루어보아 같은거래 내용에 대하여 이중으로 매매계약서를 작성하였음이 확인되고 또한, 청구인이 쟁점부동산을 93,400,000원에 취득하였는지 또는 85,000,000원에 취득하였는지를 알 수 있는 구체적이고 객관적인 입증자료 제시가 없어 실지취득가액이 불분명하다고 판단된다.

둘째, 쟁점부동산을 91.9.25 140,000,000원에 양도하였다는 청구주장에 대하여 살펴본 바, 청구인이 쟁점부동산 취득 및 양도와 관련된 서울민사지방법원의 판결문(90가합OOOOO, 90.12.27)에 의하면, 청구인이 서울특별시 OO구 OO동 OOOOOOO 대지 921.7㎡, 그 지상에 지하1층, 지상4층 근린생활시설 3,172㎡중 지하1층1호 110.95㎡, 지하1층2호 55.34㎡, 지하1층3호 55.34㎡ 합계 221.63㎡와 그 건물의 대지지분 110.4㎡를 81.2.23 청구외 OOO로부터 취득하여 부동산임대업을 하고 있다가 90.2.9 쟁점부동산을 청구외 OOO에게 140,000,000원에 양도하기로 매매계약을 체결하고 계약금 20,000,000원을 계약일에, 중도금 40,000,000원을 90.2.25에 수령하고 잔금 80,000,000원을 같은해 4.25 지급하기로 약정하고 잔금을 지급하면서 소유권이전등기에 필요한 제반서류와 교환하기로 한 사실에 대하여는 청구인과 청구외 OOO, OOO가 이를 인정하고 있으나,

쟁점부동산 대지지분 110.4㎡를 당초 서울특별시가 매도하고 체비지면적이 확정되지 않았다는 이유로 소유권이전등기를 이행하지 않자 쟁점부동산 최종 매수자인 청구외 OOO이 서울특별시, 청구외 OOO, 청구인을 상대로 소유권이전등기절차 이행소송을 제기 90.12.27 승소하자 청구외 OOO이 91.9.25 서울민사지방법원에 양도대금 잔액 80,000,000원을 공탁하고 91.9.27 소유권이전등기를 완료하였음을 알 수 있다.

셋째, 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 양도하고 양도소득세 신고시 제출한 매매계약서상에 매수자가 OOO인데 청구외 OOO이 대신 날인한 것으로 보아 매매계약서가 신빙성이 없는 것으로 판단하였으나, 이 건과 관련하여 청구외 OOO이 증인으로 법원에서 증언시 매매계약서 및 중도금 영수증이 진실한 것으로 증언하였고 판결문에서도 이를 인정한 사실로 미루어 보아 청구인이 제시한 매매계약서는 진실한 것으로 판단된다.

위와 같은 사실로 보아 양도가액은 판결문에 의하여 확인되므로 청구인이 주장하는 140,000,000원이 정당하다고 판단되나 실지취득가액은 불분명하므로 공정과세협의회의 자문을 거쳐 실지거래가액을 부인한 후 기준시가로 결정한 처분청의 처분은 달리 그 잘못이 없다.

(2) 기준시가에 의한 양도차익이 실지양도가액을 초과하는 경우에 해당하는지 여부에 대하여 살펴보면,

청구인이 쟁점부동산을 140,000,000원에 양도한 사실이 판결문 및 공탁통지서에 의하여 확인되고 처분청에서도 쟁점부동산을 140,000,000원에 실지양도한 사실에 대하여는 인정하고 있으므로 실지양도가액에는 다툼이 없다.

한편 처분청이 실지거래가액을 부인하고 기준시가를 적용 과세한 양도가액 563,568,760원이 실지양도가액 140,000,000원보다 높은 가액이고, 기준시가에 의한 양도차익 516,257,904원이 실지양도가액 140,000,000원보다 376,568,760원을 초과하여 과세하였는 바, 이 건의 경우 기준시가에 의한 양도가액에서 기준시가에 의한 취득가액을 공제한 금액은 어떠한 경우에도 실지양도가액을 초과해서는 안될 것으로 보는 것이 합리적이라 할 것이므로(대법원판결 84누442, 85.2.26, 국세청 중부94-15, 94.3.7외 다수 같은 뜻임) 기준시가에 의하여 계산한 양도차익 516,257,904원이 실지양도가액 140,000,000원을 초과하므로 실지양도가액을 양도차익으로 하여 양도소득세를 결정함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산의 청구인 취득가액을 93,400,000원으로 하여 실지거래가액으로 양도차익을 산정할 수 있는지에 그 쟁점이 있다.

나. 관련법령

소득세법 제100조 제1항 본문에서는 “양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다”고 규정하고, 같은법시행령 제166조 제4항에서 취득·양도가액을 실지거래가액으로 할 수 있는 경우로서 그 제3호에 “양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우”를 규정하고 있으며, 같은 조 제5항에서 신고한 실지거래가액이 거래증빙등에 의하여 확인되지 아니하는 경우에는 일OO문을 거쳐 실지거래가액의 적용대상에서 제외할 수 있도록 규정하고 있다.

한편, 같은 령 부칙(1995.12.30 대통령령 제14860호) 제8조 제2항에서는 위 제166조의 개정규정은 이 영 시행후 양도소득금액을 결정하는 것부터 적용한다고 규정하고 있다.

다. 심리 및 판단

청구인 주장 실지거래가액은 취득가액 93,400,000원, 양도가액 140,000,000원이고 처분청이 양도차익계산시 적용한 기준시가는 취득가액 45,809,390원, 양도가액 563,568,760원이나, 심사결정에서 위 청구인 주장 양도가액 140,000,000원을 실지거래가액으로 인정하고 처분청이 기준시가로 계산한 양도차익 516,257,904원이 실지양도가액 140,000,000원을 초과한다고 하여 실지양도가액 140,000,000원을 양도차익으로 하여 양도소득세를 결정함이 타당하다고 판단하였다.

따라서 청구인 제시 취득가액 93,400,000원이 실지거래가액인지가 쟁점인 바, 청구인은 취득시의 매매계약서를 매매대금 85,000,000원인 계약서와 93,400,000원인 계약서를 2중으로 작성하였고 청구인은 이에 대하여 쟁점부동산 취득당시 세입자의 시설비 8,400,000원을 청구인이 부담하기로 하여 매매대금 93,400,000원인 계약서를 재작성하였다고 하나, 위 청구주장을 인정할 만한 증빙의 제시가 없고 취득시의 계약서가 2중 작성되어 신빙성이 없으므로 쟁점부동산의 실지취득가액은 불분명하다고 판단된다.

따라서 처분청이 공정과세협의회의 자문을 거쳐 청구인 주장 실지거래가액을 부인하고 기준시가로 과세하였음에는 달리 잘못이 없다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.