처분청은 청구인이 78.12.22 서울특별시 은평구 OO동 OOOOO 소재의 대지 112㎡와 그 지상의 각각의 주택 33.06㎡ 및 주택 34.05㎡, 서울특별시 은평구 OO동 OOOOO 소재의 대지 136㎡와 그 지상의 각각의 주택 49.26㎡ 및 주택 29.42㎡(이하“쟁점부동산” 이라 한다)을 취득하여 90.6.21 쟁점부동산 소재의 주택을 멸실하고 90.7.20 쟁점부동산을 청구외 OOO에게 양도한 것을 확인하고 양도당시에는 나대지이므로 장기보유특별공제를 배제하여 93.8.16 청구인에게 90년 귀속 양도소득세 22,332,860원 및 그 방위세 4,673,870원을 결정·고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 93.10.14 심사청구를 거쳐 93.12.24 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

청구인은 쟁점부동산을 90.4.5 매매계약(20,000,000원)하고 90.4.30 중도금(60,000,000원)수령, 90.6.13 잔금(107,500,000원)을 수령하였으며 쟁점부동산의 매매당시 대지 위에는 2년이상 보유한 국민주택 규모의 주택이 있었고 이를 토지와 함께 양도한 증빙인 대금지급자료, 매수인과 청구인의 내용증명 등이 있음에도 이를 나대지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분은 부당하다고 주장하고,

청구외 매수인이 92.12.4 청구인에게 발송한 내용증명서에는 청구인과 (주)OO건설간 90.4.5 매매계약체결한 것으로 되어있으나 주택과 함께 매매한 입증자료와 대금지급 관련 입증자료의 제시가 없으며 주택을 멸실한 후 대지만 양도한 것으로 판단되어 장기보유특별공제를 배제하고 과세한 처분에는 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 쟁점은 건물철거 전에 매매계약을 체결하였으나 잔금지급일 이전에 건물이 철거된 경우 장기보유특별공제의 대상이 되는지 여부를 가리는데 그 다툼이 있다.

나. 관계법령

소득세법 제23조(양도소득) 제2항의 규정에는 같은조 제2항 제2호에서 규정하고 있는 자산 즉 토지(대통령령이 정하는 토지는 제외함) 또는 건물로서 그 자산의 보유기간이 5년 이상인 것에 대하여는『당해 자산의 보유기간이 10년이상인 것은 양도차익의 100분의 30』을 계산한 금액 즉 장기보유특별공제액을 양도차익에서 공제하여 양도소득금액을 산출하도록 규정하고 있고, 같은법시행령 제46조의 3(장기보유특별공제대상에서 제외되는 토지) 『법 제23조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 지적법상의 지목이 대지로서 건축물이 없는 토지와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다. 다만, 다음 각호의1 에 해당하는 토지는 그러하지 아니하다.

1. 양도일 현재 건축 및 사용이 금지 또는 제한된 토지

2. 토지소유자의 책임없는 사유로 인하여 사용할 수 없는 재무부령이 정하는 토지』라고 규정하고 있다.

다. 이 건 사실관계를 본다.

청구인은 쟁점부동산의 매매당시 대지 위에는 2년이상 보유한 국민주택 규모의 주택이 있었고 이를 나대지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분은 부당하다고 주장하면서 토지와 함께 양도한 증빙인 대금지불자료, 매수인과 청구인의 내용증명 등을 제시하는 바 이를 살펴보면,

첫째, 쟁점부동산의 등기부등본 및 건축물관리대장을 보면 청구인은 쟁점부동산을 78.10.22 취득하여 11년 9개월 보유하다가 90.7.20 청구외OOO에게 양도하였고 쟁점부동산 지상의 주택은 90.6.21 멸실되었음이 확인되고 있고,

둘째, 청구인은 쟁점부동산의 양도에 관련된 매매계약서는 분실하여 제시하지 않고 있으나 청구외 매수인 OOO이 청구인에게 발송한 내용증명에 의하면 90.4.5 매매계약 및 계약금 20,000,000원지급, 90.4.30 중도금 60,000,000원지급, 90.5.10 잔금 107,500,000원을 완불하였다고 명시되어 있고, 김포군 OO면사무소의 인감증명 발급대장에는 청구인이 청구외 (주)OO건설에게 90.6.14 매도용 인감증명을 발급하고 90.7.18 청구외 OOO에게 매도용 인감증명을 발급한 사실이 확인되고 있으며,

셋째, 청구인 명의로 개설된 OOOO은행 OOO지점OOOOOOOOOOOOO 통장원본을 보면 90.4.7에 20,000,000원 입금, 90.4.30에 60,000,000원 입금, 90.6.13에 106,000,000원 입금되었음이 확인되고 있고,

넷째, 이 건과 관련하여 청구외 매수인 OOO은 매매대금이외에 세액 상당액에 해당하는 추가부담하라는 청구인의 요구로 10,000,000원을 청구인에게 지급하고 인감증명을 수령하여 등기를 경료하였으나 청구외 OOO은 기지급한 10,000,000원의 반환을 요구하는 내용증명을 92.12.4 청구인에게 발송하였으며, 청구인의 회신 내용증명을 보면 청구인은 10,000,000원을 추가로 수령하고 청구외 OOO에게 소유권이전등기를 위한 매도용 인감증명을 교부한 바 있고 10,000,000원을 포함한 197,500,000원에 청구외 매수인 OOO에게 매도한 것이며 (청구인은 위 10,000,000원이 청구외 매수인 OOO이 계약위반에 대한 위약금이라고 당심에 구두진술한 바 있음) 매수인이 잔금도 다 지불하기 전에 청구인의 가옥을 중장비를 동원하여 파헤친 바 있음을 청구외 OOO에게 발송한 내용증명에 의하여 확인되고 있고,

다섯째, 김포군 OO면사무소의 인감증명발급대장에는 90.6.14 청구외 (주)OO건설에게 매도용 인감증명을 발급하였고, 90.7.18 청구외 OOO에게 매도용 인감증명을 발급한 사실이 확인되고 있으며,

여섯째, 이 건의 부동산 중개인인 청구외 OOO은 청구인과 (주)OO건설간에 90.4.5 지상물건을 포함한 쟁점부동산의 대지를 매매계약을 체결한 바 있음을 인감증명을 첨부한 거래사실 증명서에 의하여 확인되고 있고,

일곱째, 장기보유특별공제는 자산의 양도후 매수인의 이용측면을 고려한 것이 아니라 양도자의 기왕의 보유기간과 이용상태 등을 고려하여 양도자의 양도소득세 부담을 경감시켜 주려는데 그 목적이 있으므로, 대지의 경우 장기보유특별공제 해당 여부를 판단함에 있어서 언제까지 그 대지위에 건물이 존재하고 있어야 되는지의 기준일은 잔금청산일이 아닌 매매계약체결일(92.4.5)로 봄이 타당하다 하겠다. (국심 90서2300, 91.2.11 합동회의, 국심 93중2221, 93.11.22 등 다수 같은 뜻임)

라. 이상의 사실과 관계법령을 종합하여 보면, 청구인은 92.4.5에 지상주택을 포함한 쟁점부동산의 대지를 청구외 OOO에게 매매계약하고 쟁점부동산의 잔금을 청산하기 이전에 주택을 멸실한 것이라 할 것이므로 쟁점부동산의 부속토지는 장기보유특별공제에 해당하므로 동 토지의 양도로 인하여 발생한 소득에 건축물의 바닥면적에 소득세법 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적에 해당하는 동 공제액을 공제하지 아니한 처분청의 이건 처분은 관련법리를 오해한 것으로 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.