청구법인은 청구외 (주) OO철강공업(이하 “청구외법인”이라 한다) 및 (주) OO에너지와 공동으로 대전지방국토관리청으로부터 공유수면매립법에 규정된 공유수면매립면허를 받아 충청남도 당진군 송악면 OO리 지선지역에 대한 공유수면매립공사(이하 “전체공사”라 한다)중 제2공구공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 청구법인이 쟁점공사를 주관한 청구외법인으로부터 전액도급받아 공사를 시행한 뒤 그 공사의 대가로 이에 상당하는 매립지(이하 “쟁점매립지”라 한다, 면적 115,324.5㎡ : 전체취득매립지 대비 7.9%, 정산사업비 14,948,815,983원)를 취득하였으나 이에 대한 부가가치세를 신고누락하였다.

이에 처분청은 청구법인이 쟁점공사를 시행하고 그에 따라 쟁점매립지를 취득한 것을 국가에 대한 건설용역의 공급 및 그 대가로 보아 청구법인이 신고누락한 쟁점매립지상당 공사비를 과세표준으로 하여 1997.10.10 청구법인에게 1995년 제1기 부가가치세 1,943,346,290원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1997.11.26 심사청구를 거친 뒤 1998.3.20 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 쟁점매립지는 청구법인이 국가에 대한 용역제공의 대가로 취득한 것이 아니라 원시취득한 것이며 쟁점공사의 시행과 쟁점매립지의 취득은 경제적·실질적 대가관계가 성립되지 아니하는 토지등의 조성을 위한 자본적지출에 해당되므로 부가가치세를 과세한 당초처분은 위법·부당하다.

(2) 당초 국세청의 유권해석에 따라 청구법인은 공유수면매립공사를 토지의 조성과 관련된 자본적지출로 보아 매입세액을 공제하지 아니하였으며 이러한 과세관청의 공적 견해표명에 따른 청구법인의 부가가치세 신고는 정당한 반면, 종전의 해석과 상이한 새로운 해석으로 과년도 부가가치세를 소급하여 과세한 당초처분은 신의성실 및 소급과세금지의 원칙에 위배되므로 취소되어야 한다.

(3) 청구법인이 쟁점공사를 전액도급받아 시행한 뒤 해당지분 상당토지를 정산인도받은 후 동 공사와 관련된 부가가치세를 신고납부한 바 있으므로, 이 건 부과처분은 청구법인이 동일한 매립공사용역을 청구외법인과 청구외 대전지방국토관리청에 이중으로 공급하게 되어 결국 당초처분은 동일한 용역의 공급에 대하여 청구법인에게 부가가치세 매출세액을 이중부과하는 결과가 되어 잘못이 있다.(청구법인은 심사청구까지 이 부분에 대하여 주장하지 아니하였음)

나. 국세청장 의견

(1) 공유수면매립면허를 받은 청구법인이 비용을 전담하여 공사를 시행한 결과 준공인가를 받아 매립지에 대한 소유권 등을 취득한 경우에 동 법인은 국가에 토지매립공사란 용역을 제공하고 그 대가로 소유권 등을 취득한 것이므로 용역제공과 소유권등 취득은 경제적·실질적 대가관계가 있다고 봄이 타당한 바, 결국 쟁점공사는 부가가치세 과세대상인 용역의 유상공급에 해당된다고 할 것이므로 청구주장은 이유없다.

(2) 신의성실의 원칙 및 비과세관행은 장기간에 걸쳐 과세관청이 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니한 객관적인 사실, 과세가능함에도 특별한 사정에 의하여 과세하지 아니하겠다는 의사표시 및 위의 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것을 요하는 바, 공유수면매립에 의한 토지등의 취득에 관하여 과세관청이 용역의 제공으로 보지 아니한다는 공적견해를 표명한 적이 없으며 공유수면매립대가로 토지등을 취득한 경우 이를 용역의 공급으로 보아 과세한 사실이 있고 한편 대법원의 일관된 판례가 성립되어 있음에도 이 건 부과처분이 신의성실 및 비과세관행에 위배된 것이라는 청구주장은 이를 받아들일 수 없다 할 것이다.

(3) 청구법인이 쟁점공사와 관련하여 부가가치세 매출세액으로 자진신고납부한 세액은 동 공사를 재화의 공급으로 보아 신고한 것인 반면, 당초처분은 쟁점공사를 용역의 유상공급으로 보아 부과한 것이므로 서로 성격이 다른 것이라 이중과세에 해당되지 아니하는 것이므로 청구주장은 이유없다.(처분청 의견)

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 공유수면매립면허를 공동으로 받은 청구법인이 매립공사를 시행한 뒤 공사비에 해당되는 쟁점매립지의 소유권을 취득한 것을 국가에 대한 건설용역의 유상공급으로 보아 총공사비중 동 법인에 귀속되는 정산사업비를 과세표준으로 하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

(2) 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙에 위배되는 처분인지 여부

(3) 청구법인이 청구외법인으로부터 전액도급을 받아 쟁점공사를 포함한 전체공사를 시행한 뒤 각 과세기간별로 공사비 수령할 때 부가가치세를 거래징수하여 이를 신고·납부한 경우 이 건 부과처분이 동일한 용역의 공급에 대한 이중과세에 해당되는지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법(1976.12.22 법률 제2934호로 개정된 것, 이하같다) 제1조【과세대상】“부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.라고 규정하면서 그 제1호에 “재화 또는 용역의 공급”이라고 규정하고 있으며, 제7조【용역의 공급】제1항에 “용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.”라고 규정되어 있고, 또한 제13조【과세표준】제1항 본문에 “재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 ‘공급가액’이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.” 라고 규정하면서 같은항 제2호에, “금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가”라고 규정하고 있다.

(2) 부가가치세법 시행령(1976.12.31 대통령령 제8409호로 개정된 것) 제48조 제1항에 “법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.”라고 규정되어 있다.

(3) 국세기본법(1984.8.7 법률 제3746호로 개정된 것, 이하같다) 제15조【신의·성실】에 “납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.”라고 규정하고 있으며, 또한 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】제3항에는 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세의무자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.”라고 규정되어 있다.

(4) 국세기본법 기본통칙(1988.2.5 개정된 것) 2-2-1…18【세법해석의 기준】에 “법 제18조 제3항에서 ‘세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후’ 라 함은 성문화의 여부에 관계없이 행정처분의 선례가 반복됨으로써 납세자가 그 존재를 일반적으로 확신하게 된 것을 말하며 명백히 법령위반인 경우는 제외한다.” 라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

먼저 이 건 과세내역을 살펴보면, 청구법인은 1989.12.30 청구외법인 및 청구외 (주) OO에너지와 공동으로 대전지방국토관리청장으로부터 공유수면매립면허를 받아 1990.12.20 쟁점공사를 착공하여 1995.3.2 준공인가를 받았으며, 처분청은 쟁점공사의 정산총사업비(188,026,381,000원, 공급가액)를 쟁점공사로 조성된 토지전체의 감정평가액(184,220,218,300원) 대비 쟁점매립지 감정평가액(14,646,211,500원)의 비율(7.95%)을 기준으로 안분계산하여 정산사업비14,948,815,983원(이하 “쟁점사업비” 라 한다)를 산출하고, 또한 쟁점사업비가 청구법인의 국가에 대한 용역의 유상공급에 대한 대가로 부가가치세 과세대상으로 보아 쟁점사업비를 과세표준으로 하여 이 건 부과처분을 하였음을 알 수 있다.

(1) 쟁점 1에 대하여

(가) 쟁점매립지는 청구법인이 국가에 대한 용역의 제공대가로 취득한 것이 아닌 원시취득한 것이며, 또한 쟁점공사의 시행과 쟁점매립지의 취득은 경제적·실질적 대가관계가 성립되지 아니하는 토지등의 조성을 위한 자본적지출에 해당되어 부가가치세 과세대상이 아니라고 주장하나,

(나) 공유수면매립면허를 받은 청구법인이 비용을 부담하여 공사를 시행한 뒤 준공인가를 얻어 소유권등을 취득한 경우, 청구법인은 국가에 쟁점공사의 용역을 제공하고 그 대가로 쟁점매립지의 소유권등을 취득한 것이므로 청구법인의 국가에 대한 용역의 제공과 쟁점매립지의 취득간에는 경제적·실질적 대가관계가 있다고 보는 것이 타당하므로 쟁점공사는 부가가치세의 과세대상이 되는 용역의 유상공급에 해당된다(대법원 95누 15308, 1996.3.12 / 국심 96부 3447, 합동회의 1998.5.27 / 재경부 예규 소비 46016-71, 1998.5.9외 다수 같은 뜻임)고 보아야 할 것이므로 쟁점공사가 토지재화의 공급이라는 청구주장은 이유없다고 판단된다.

(2) 쟁점 2에 대하여

(가) 청구법인은 당초 국세청의 유권해석에 따라 공유수면매립공사를 토지의 조성과 관련된 자본적지출로 보아 매입세액을 공제하지 아니하였으며 이러한 과세관청의 공적인 견해표명에 따라서 행한 청구법인의 부가가치세 신고는 정당한 것인 반면, 처분청이 종전의 해석과 상이한 새로운 해석으로 부가가치세를 소급하여 과세한 당초처분은 국세기본법에 규정된 신의성실 및 소급과세금지의 원칙에 위배되는 것으로 취소되어야 한다고 주장하고 있으나,

(나) 법에 규정된 신의성실의 원칙 또는 비과세관행이 성립되기 위해서는 장기간에 걸쳐 과세관청이 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 아니하겠다는 객관적인 의사표시가 있고 이와같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것을 요하는 바(대법원 88누3, 1989.2.14 같은 뜻임), 공유수면매립에 의하여 매립지의 소유권등을 취득하는 경우 과세관청이 용역의 제공으로 보지 아니한다는 공적인 견해를 표명한 바 없으며 1993년 12월 공유수면매립공사를 용역의 제공으로 보아 과세한 적이 있고, 한편 대법원은 판례 92누 2400, 1992.9. 25부터 일관되게 공유수면매립공사를 용역의 유상공급으로 판단하고 있는 점과 최근 선결정례와 예규가 공유수면매립공사를 용역의 유상공급으로 인정하고 있는 사실 등을 종합하면, 공유수면매립공사를 재화의 공급으로 보는 세법해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 상태라 볼 수 없으므로 당초처분이 신의성실 및 소급과세금지원칙에 위배되는 위법·부당한 것이라 보기 어려워 청구주장은 이를 받아들일 수 없다.

(3) 쟁점 3에 대하여

(가) 전체공사에 대한 계약내용의 변경과 관련된 수정도급계약서(당초부터 3차까지), 청구법인의 부가가치세 예정·확정신고서〔1990년 제2기 확정신고 및 1995년 제1기 예정신고～1992년 제2기 예정신고 : 전체공사비(공급가액)·부가가치세액(241,410,000,000원-24,141,000,000원) 및 쟁점사업비(공급가액) 및 부가가치세액 (14,948,815,983원-1,494,881,598원)〕, 관련세금계산서 및 납부서 사본 등의 증빙을 근거자료로 제시하며 청구법인이 청구외법인으로부터 전체공사를 일괄도급받아 공사를 시행하면서 쟁점사업비에 대한 부가가치세를 청구외법인으로부터 각 과세기간마다 거래징수하여 당해 부가가치세 신고기간에 신고납부하였으므로, 이 건 부과처분은 청구법인이 동일한 매립공사용역을 청구외법인과 대전지방국토관리청에 이중으로 공급하게 되어 결국 이건처분은 동일한 용역의 공급에 대하여 청구법인에게 부가가치세 매출세액을 이중부과하는 결과가 되어 잘못이 있다고 주장하나,

(나) 이건처분은 청구법인이 자신의 면허지분에 상당하는 용역을 국가에 제공하고 그 대가로 쟁점매립지를 취득한 것에 대하여 동 용역의 공급과 동 매립지의 취득에 경제적·실질적 대가관계가 성립된 것으로 보아 동 용역의 공급을 부가가치세 과세대상으로 하여 쟁점사업비에 대하여 부과처분한 것인 반면, 청구법인이 신고한 내용은 국가에 대한 용역의 공급이 아닌 쟁점공사를 주관한 청구외법인과의 관계에서 청구법인이 청구외법인에게 공사용역을 제공하고 수령한 공사비상당액에 대한 부가가치세를 동 법인이 거래징수하여 자진신고납부한 것을 말하는 것이므로 결국 이건처분과는 거래단계 및 과세대상을 서로 달리한다고 보여지고 또한 청구법인이 쟁점공사에 대하여 각 사업연도별로 신고납부한 부가가치세 과세표준 및 세액은 쟁점공사의 시행중 청구법인이 실제부담한 공사비상당액인 반면, 이건처분시의 과세표준은 쟁점공사의 준공시점에서 청구법인이 취득하는 쟁점매립지의 평가액상당이므로 청구주장의 과세표준도 이건처분의 그것과는 서로 다른 것이다. 따라서, 청구법인이 쟁점공사에 대하여 기신고납부한 부가가치세액이 확인되는 범위내에서 그에 대하여 수정신고나 경정청구 등의 구제방법으로 다투는 것은 별론으로 하더라도, 처분청의 이건처분이 동일한 용역의 공급에 대한 이중과세에 해당되어 위법하다는 청구주장은 이유없다고 판단된다.

라. 결론

따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 모두 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.