가. 청구인은 1996.2.1. 식품 첨가물 등의 제조·도매업으로 사업자등록을 신청한 법인사업자로서, 2005.6.27. OOOOOOO를 OOOOOOOOOOO에게 신고하여 인정서를 교부받고 2005사업연도 및 2006사업연도 법인세 신고시 연구 및 인력개발비 발생액 606,346,081원 및 681,253,688원에 대해 조세특례제한법 제10조 제1항 제2호의 규정에 의거 당해 발생금액의 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 법인세에서 공제하여 신고하였다.

나. 그 후 청구인은 위 인구 및 인력개발비 발생액에 대해 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호의 규정에 의거 초과발생금액의 100분의 50을 곱하여 계산한 금액을 세액공제로 적용하고, OOOOOOO의 신고일 이전에 발생한 연구원 인건비도 세액공제대상으로 인정하여 달라는 경정청구를 2008.6.24. 처분청에 제기하였으며, 처분청은 2005년 및 2006년의 연구 및 인력개발비 발생액의 경우 연평균발생액 기준에 의한 세액공제를 적용받을 수 없고, 신고일 이전에 발생한 연구개발비는 세액공제대상이 아니다 하여 2008.7.19. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.9.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 1996년 2월 창업하여 10년 이상 계속 운영하여 온 중소기업으로, 최초에 연구 및 인력개발비가 발생한 과세연도에 있어서는전년도 평균 발생한 연구 및 인력개발비가 전혀 없다 하더라도 당해 발생된 금액이 100% 증가된 비용으로 보아서 당해 금액에 50%를 곱하여 계산한 금액이 세액공제로 적용되어야 하는 것인 바, 2005년에 처음 발생한 연구 및 인력개발비 633,349,371원은연평균발생액 기준에 의한 세액공제적용대상에 해당하고 환산할 수없는 것이며, 2006년에 발생한 연구 및 인력개발비 681,253,688원은 연평균발생액 기준에 의한 세액공제방식을 적용하여 산정한 금액 261,458,173원이 세액공제액에 해당한다.

(2) 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받기 위하여는 과학기술부장관에게 연구전담부서의 신고를 마쳐야 하는 것은 아니고 그 요건만 갖추면 되는 것이므로, 2005년 1월부터 연구개발전담부서를 실질적으로 운영하여 발생한 연구원 인건비 27,003,290원을 세액공제대상에 추가하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 조세특례제한법 제10조의 규정에 의거 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 계산함에 있어 연구 및 인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비가 없을 경우에는 연평균발생액 기준으로 세액공제를 적용받을 수 없으며, 2006년에 발생한 연구 및 인력개발비에 대해 연평균발생액 기준에 의한 세액공제액이 당초 신고한 세액공제액보다 적게 산출되므로 경정청구의 실익이 없다.

(2) 기술개발촉진법 시행규칙 제7조의 규정에 의하여 인정받은 OOOOOOO와 같은 법 시행규칙 제8조의 규정에 의하여 OOOOOOO(OOOOOOOOOOO)에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서를 적법하게 신고하여 확인서를 교부받은 경우 신고일 이후 발생되는 비용은 인구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있으나, 신고일 이전에 발생한 연구 및 인력개발비에 대하여는 세액공제를 적용받을 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 2005년 최초로 발생한 연구 및 인력개발비와 2006년의 발생액이 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호의 규정에 의거 연평균발생액 기준에 의한 세액공제방식 적용대상에 해당하는지 여부

(2) OOOOOOO의 신고일 이전에 발생한 연구 및 인력개발비를 세액공제대상에 포함할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

같은법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.

③ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해내국인의 최초 과세연도개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다.

당해 과세연도개시일부터

소급하여 4년간 발생한 연구

및 인력개발비의 합계액 당해 과세연도의 월수

────────────── × ───────────

4 12

⑤ 제3항의 산식을 적용함에 있어서 월수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도 개시일이 속하는 달이 1월 미만인 경우에는 이를 1월로 하고, 과세연도 종료일이 속하는 달이 1월 미만인 경우에는 이를 산입하지 아니한다.

⑥ 법 제10조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액공제신청서 및 연구 및 인력개발비명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

같은법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항의 규정에 의한 영 별표 6의 1. 기술개발란 가목 ①에서 “재정경제부령이 정하는 자”라 함은 제6조 제2항의 규정에 의한 연구요원 등을 말한다.

같은법 시행규칙 제6조【연구 및 인력개발준비금의 사용기준】① 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목 본문 중 “재정경제부령이 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제7조의 규정에 의하여 인정받은 OOOOOOO와 동규칙 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

② 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목①에서 "전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자" 라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.

(2) 기술개발촉진법 시행규칙 제7조【OOOOOOO의 신고 등】① 영 제15조 제1항 제3호에서 “과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업”이라 함은 법 제7조 제1항 제1호ㆍ제5호 및 제7호의 규정에 의한 연구기관에 소속된 연구원이 퇴직한 후 3년 이내에 창업한 연구개발형 중소기업을 말한다.

② 영 제15조 제1항에 따라 OOOOOOO로 인정을 받으려는 자는 별지 제7호서식에 따른 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

1. 연구사업개요서 1부

2. 연구소의 조직 및 직원 현황 1부

3. 연구시설명세서 1부

4.「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」제13조 제2항에 따라 작성한 안전 및 유지관리비 내역서(연구원 총수가 10인 이상인 OOOOOOO에 한한다)

5.「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」제14조 제1항에 따라 가입한 보험의 가입증명서(연구원 총수가 10인 이상인 OOOOOOO에 한한다)

6. 중소기업자가 설립한 OOOOOOO임을 입증하는 서류(중소기업자가 설립한 OOOOOOO에 한한다)

7. 벤처기업자가 설립한 OOOOOOO임을 입증하는 서류( 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조에 따른 확인서류를 말하며, 벤처기업자가 설립한 OOOOOOO에 한한다)

8. 제1항의 규정에 의한 연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소임을 입증하는 서류 1부(연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소에 한한다)

③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 OOOOOOO로 인정하는 때에는 별지 제8호 서식에 의한 OOOOOOO인정서를 교부하여야 한다.

④ 영 제15조 제1항의 규정에 의한 OOOOOOO의 신고에 관하여 그 밖의 필요한 사항은 과학기술부장관이 따로 정하여 고시한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점1에 대하여 본다.

(가) 이 건 경정청구관련서류 등에 의하면, 청구인은 1996.2.1. OOOO OOO OOO OOO OOOOOOOOO OOOOOO 제조·도매업으로 사업자등록을 신청한 법인사업자로서(매출액 200억원 규모의 중소기업에 해당), 2005.6.27. 기술개발촉진법에 의하여 OOOOOOOOOOO에게 OOOOOOO의 신고를 하고 인정서를 교부받은 후, 2005년 및 2006년에 발생한 연구 및 인력개발비에 대해 조세특례제한법 제10조 제1항 제2호(경상발생분 세액공제방식으로, 당해 연도 발생액의 15%)를 적용하여 신고하였고,

OOO O OOOOOO OO OOOOOOOOO

(OO O O)

그 후 청구인은 직전연도에 발생된 바 없이 2005년에 비로소 연구 및 인력개발비가 지출되었다 하더라도 그 발생액 전부를 증액부분으로 보아 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호(연평균발생액 기준)에 의한 세액공제를 허용하여야 하고, 2006년에도 청구인에게 유리한 연평균발생액 기준에 의한 세액공제방식을 적용하여 달라는 경정청구를 2008.6.24. 처분청에 제기한 사실이 확인된다(2005년의 경우 당초 발생액 606,346,081원에 OOOOOOO의 신고일 이전의 발생액 27,003,290원을 포함).

OOOOO OOOOOOO

(OO O O)

OOO,OOO,OOO OO

O」OOOO,OOO,OOO O (OOOOOOOOOO O OOOO)OO OOO O OOO,OOO,OOO

O OO

(나) 처분청은 이에 대해 조세특례제한법 제10조의 규정에 의거 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 계산함에 있어 당해 사업연도의 개시일로부터소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비가 없을 경우에는 연평균발생액(초과발생분)을 기준으로 세액공제를 적용받을 수 없다 하여 2008.7.19. 청구인의 경정청구를 거부한 사실이 확인된다.

(다) 조세특례제한법 제10조 제1항 및 같은 법 시행령 제9조 제2항에 의하면, 중소기업이 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용이 있는 경우 세액공제를 적용받기 위한 산출방법은 ① 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과한 금액의 50%와 ② 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비의 15% 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있고, 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균 발생액을 계산함에 있어 최초 과세연도개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다고 규정하고 있다.

(라) 살피건대, 청구인은 2005년에 최초로 발생하고 2006년에 발생한 연구 및 인력개발비에 대해 연평균발생액 기준에 의한 세액공제방법을 적용하여야 한다고 주장하나, 연평균발생액 기준에 의한 세액공제방법은 과거 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 평균액을 초과하는 금액에 대해 적용하는 것으로 청구인과 같이 2005년에 최초로 발생한 연구 및 인력개발비의 경우 초과발생액의 비교대상자체가 없으므로 연평균발생액 기준에 의한 세액공제를 적용받을 수 없는 것이고,

또한, 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 계산함에 있어 “최초 과세연도개시일”은 연구 및 인력개발비가 발생한 최초 과세연도개시일(2005년)로 해석함이 타당하며(OOOOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O), 2006년의 연구 및 인력개발비를 연평균발생액 기준에 의하여 계산한 금액(37,453,803원)이 당초 신고한 세액공제액(102,188,053원)보다 적게 산정되므로, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점2에 대하여 본다.

청구인은 인구 및 인력개발비 세액공제를 적용받기 위하여는 과학기술부장관에게 연구점담부서의 신고를 마쳐야 하는 것이 아니라 그 요건만 갖추면 되는 것이므로 청구인이 OOOOOOO의 인정서를 교부(2005.6.27.)받기 이전인 2005년 1월부터 실질적으로 연구전담부서를 운영하여 발생한 연구원 인건비 27,003,290원을 세액공제대상에 추가하여야 한다고 주장하나, 기술개발촉진법 시행규칙 제7조의 규정에 의하여 인정받은 OOOOOOO와 동 규칙 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발 전담부서를 적법하게 신고하여 확인서를 교부받은 경우 신고일 이후 발생되는 비용이 조세특례제한법 시행령 별표6의 비용에 해당되는 경우에는 조세특례제한법 제10조에 의거 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 것이나, 신고일 이전에 발생된 비용에 대하여는 세액공제를 적용받을 수 없는 것이므로(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O), 이 부분 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.