청구인은 서울시 용산구 OO O동 OOOOOO OOO에 거주하는 자로서 85.6.20자로 부산시 OO구 OO동 OOOOOO OOO 소재 토지외 13필지 토지 807.67평 (이하 “쟁점 토지”라 한다)을 취득하여 88.12.2자로 (주)OO 관광호텔에 양도하고 자산 양도차익 예정신고시 양도가액은 실지거래가액을 적용하고 취득가액은 환산한 기준시가를 적용하여 방위세 462,602,970원을 납부한 사실이 있는바 (양도소득세는 도시 재개발 지구 토지 양도로서 전액 면제되었음), 처분청이 쟁점 토지 양도에 대하여 취득 및 양도가액 모두 실지거래가액을 적용하여 89.4.17자로 방위세 253,377,780원을 추가 고지한데 대하여 불복하고 89.6.10 심사청구를 거쳐 89.9.20 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

청구인은 85.6.20자로 청구외 OOO외 5인으로부터 쟁점 토지를 취득하여 소유하다가 도시재개발 사업용 토지로 88.12.2 (주)OO관광호텔에 양도한 후 자산양도차익 예정신고시 양도가액은 위 법인에 양도한 실지거래가액을 적용하고 취득가액은 취득당시 실지거래가액의 증빙이 되는 매매계약서등이 없어서 부득이 소득세법 시행령 제115조 제1항 제3호(다)목에서 규정한 환산가액인 기준시가를 적용하였으며 취득당시 등록세 과세표준액의 100분지 7에 상당하는 금액을 필요경비로 공제하여 양도차익을 계산한데 따른 방위세를 납부한 바 있고 처분청은 법인과의 실지거래가액 3,655,250,000원을 양도가액으로 보고 취득가액은 청구인신고와는 달리 취득시 거래상대방 중 1인인 청구외 OOO이 확인한 평당 약 1,400,000원을 기준으로 계산한 금액인 1,130,738,000원을 실지거래가액으로 보아 이 건 양도차익을 계산하였는바, 처분청이 근거로 한 취득시 거래상대방 OOO의 사실확인서는 “평당 약 1,400,000원에 매도하였다”고 매우 애매하게 표현했는데도 이를 근거로, 양도차익을 계산함은 부당하며, 특히, 쟁점 토지 807.67평의 전 소유자는 OOO을 포함하여 모두 6인으로서 위 OOO으로부터 매입한 토지는 295.085평에 불과하며 여타 토지는 별개의 계약에 의하여 취득하고 위 OOO과 일괄 계약에 의거 매입한 사실이 없음에도 위 OOO이 일방적으로 확인한 평당 약 1,400,000원을 타인 소유의 토지를 포함한 전체 쟁점 토지 807.67평에 적용한 것 등은 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에만 엄격히 적용토록 한 소득세법 제23조 제4항 단서와 동법 제45조 제1항 제1호 단서 및 동법 시행령 제170조 제1항 및 제4항 제2호등 제반 규정에 위배된 부당한 처분이며, 또한 이 건 양도차익 계산시 필요경비는 소득세법 시행령 제94조 제5항의 규정에 의하여 취득당시 기준시가에 등록세 과세표준액의 100분지 7 상당액을 가산하는 것이 타당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

소득세법 시행령 제170조 제1항에 법 제23조 제2항에 규정하는 양도차익을 결정함에 있어 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여 결정하고, 어느 하나를 기준시가에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여 결정하여야 한다. 다만 제4항 제1호 및 제2호의 경우로서 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 제115조 제1항 제1호 다음의 규정에 의한 기준시가에 의하여 결정하도록 규정하고 동조 제4항 제1호에서 위 제1항 단서 규정이 적용되는 경우의 하나로 국가, 지방자치단체 기타 법인과의 거래에 있어서 양도 또는 취득당시의 실지거래가액이 확인된 경우를 들고 있으며, 양도자산의 필요경비에 관하여 동법 시행령 제94조 제5항에서는 토지 또는 건물의 양도차익을 기준시가에 의하여 계산하는 경우에는 취득당시의 기준시가에 취득당시 등록세 과세표준액의 100분지 7을 가산하도록 규정하고 있음을 알 수 있는바, 처분청이 쟁점토지 양도가액은 법인과의 실지거래가액 3,655,250,000원을 적용하고 취득가액은 쟁점 토지 소유자 중 1인인 OOO이 “쟁점 토지 전체를 평당 약 1,400,000원 합계금액 1,130,738,000원을 매도하였다”고 확인한 내용에 따라 확인서상의 기재금액인 1,130,738,000원을 적용하여 양도차익을 계산한데 잘못이 없다는 의견이며, 양도가액 및 취득가액 모두를 쌍방 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산하는 이 건의 경우 청구인은 필요경비에 관한 아무런 증빙을 제시한 바 없으므로 처분청이 소득세법 기본통칙 3-8-3 ... 45 제1항에 의하여 양도차익 계산시 취득가액에 산입하는 필요경비로서 등록세, 취득세 상당액에 상당하는 쟁점 토지의 취득당시 등록세 과세표준액의 100분지 5.6 만을 인정한 데에도 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점

이 건 청구는 확인서상의 기재금액을 실지취득가액으로 인정할 수 있는 것인지 여부와 양도차익 계산시 필요경비로서 취득당시 등록세 과세표준의 100분지 7을 공제할 수 있는 것인지 여부에 그 쟁점이 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단

법인과의 거래에 있어서 양도 또는 취득당시의 실지거래가액이 확인된 경우에는 위 법 규정에 따라 실지거래가액에 의하여 양도차익을 결정할 수 있는 것이고 이 건의 경우 청구인이 쟁점 토지를 법인에게 양도함으로써 양도가액이 밝혀진 경우이므로 처분청이 확인한 취득시 실지거래가액을 정당한 것으로 인정할 수 있는 것인지 여부를 살펴본다.

먼저, 이 건 처분의 근거가 된 취득시 거래상대방 OOO의 사실확인서(89.3.18)내용을 살펴보면, “별지 부동산을 1985.6.20 현 소유자 OOO에게 평당 약 1,400,000원 합계금 1,130,738,000원에 본인 OOO이 대표로 매도하였음을 확인함”이라고 기재되어 있고 별지에는 쟁점 토지 13필지의 지목, 지적, 지분율등이 표시되어 있으며 총 매매대금의 계산근거로 807.67평 × 1,400,000원 = 1,130,738,000원 이라고 기재되어 있음을 알 수 있는바, 쟁점 토지의 전소유자(청구인의 취득시 거래상대방)를 보면 전체 807.67평 중 590.17평은 위 OOO과 OOO의 공동소유로 되어 있고 110.72평은 OOO와 OOO의 공동소유이며 53.39평은 OOO이 소유하고 53.39평은 OOO이 소유한 것으로 나타나고 있고 위 OOO, OOO, OOO은 OOO의 자녀이고 OOO은 OOO의 처로 확인되고 있어 사실상 당해 토지의 취득시 거래상대방은 OOO과 OOO 2인으로 볼 수 있고 공동소유자 중 1인인 OOO은 일응 당해 토지 전체의 거래대금을 확인할 수 있는 위치에 있는 자라고 추정될 수 있다 할 것이다.

한편, 청구인은 당해 토지 취득시 소유자별로 각각 계약을 체결하였으므로 OOO은 자신의 소유 토지이외에 대하여는 거래대금을 확인할 수 없다는주장이나 청구주장을 입증할만한 별도 계약서등을 제시하지 못하고 있어 위 확인 내용을 번복하기는 어렵다 할 것이고 쟁점 토지는 전체가 인접되어 있는 대규모 토지로서 통상 이러한 토지의 매매대금 결정시 평당 평균가격에 의하여 전체 매매대금이 결정되는 사례가 많으므로 OOO이 확인한 평당 단가 1,400,000원은 전체 토지의 평균단가로 인정될 수 있다 할 것이므로 처분청이 전체 토지 807.67평 중 590.17평을 공유하고 있는 OOO의 거래 확인 금액을 쟁점 토지의 취득시 실지거래가액으로 보고 이 건 양도차익을 결정한 데에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

또한 실지거래가액에 의하여 양도차익을 결정할 경우에는 소득세법 제45조 제1항 단서의 규정에 따라 그 자산의 취득에 소요되는 실지거래가액을 필요경비로서 공제하는 것이며, 이 경우에는 청구인이 제시하는 증빙서류에 의하여 취득에 소요된 것으로 확인되는 경우에만 필요경비로써 공제하는 것이나 등록세 과세표준액의 100분지 5.6 상당액은 취득시 취득세, 등록세 및 방위세로서 지출된 것이 분명하므로 증빙을 제시하지 아나하더라도 공제하는 것이므로 (소득세법 기본통칙 3-8-3...45)청구법인이 취득에 소요된 비용을 특별히 제시한 바 없는 이 건의 경우 처분청이 취득시 등록세 과세표준액의 100분지 5.6 상당액만을 필요경비로 공제한 데에도 잘못이 없는 것으로 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.