과세기간의 법인세 46,343,230원 및 동 방위세 7,981,280원의

부과처분은 이를 취소한다.

청구법인과 청구법인의 대표이사 OOO는 계열법인인 청구외 주식회사 OO시스템(이하 “청구외법인”이라 한다)의 주식을 소유하고 있는 대주주(청구법인 79.53%, OOO 20.47%)로서, 청구외법인이 89.11.30 자본금 100% 유상증자(4억원 80,000주)시 청구외 OOO는 소유지분에 해당하는 16,376주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 실권하고 청구법인이 증자주식 100%를 주당 액면가액 5,000원에 인수한 후, 90.5.30 청구외법인의 주식 전체를 청구외법인의 이사 OOO에게 주당 1,600원에 양도하였다.

처분청은 청구법인이 청구외법인의 증자당시 주당가액(평가액 77원)이 액면가액을 훨씬 하회함에도 자기지분을 초과하여 쟁점주식을 인수한 후 90.5.30 저가양도함에 따라 청구법인이 80,619,048원(처분손 부인 55,678,400원, 처분익 누락 24,940,648원)의 주식양도손실을 부담함으로써 부당하게 청구법인의 소득금액을 감소시켰다 하여 행위계산을 부인하고, 실지로 소득이 감소된 90사업년도(90.1.1～12.31) 소득금액에 동 금액을 익금산입하여 95.7.16 청구법인에게 법인세 46,343,230원 및 동 방위세 7,981,280원 합계 54,324,510원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 95.9.12 심사청구를 거쳐 95.12.16 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 처분청은 청구외 OOO의 증자지분까지 청구법인이 인수함으로써 OOO가 볼 손실까지 청구법인이 대신 보았으므로 이를 부당행위로 보아 이건 처분을 하였으나, 청구법인은 청구외법인의 차입금 약 10억원에 대하여 지급보증을 하였고, 청구외법인이 변제능력이 없으므로 부도 또는 파산이 되면 청구법인이 차입금 10억여원을 모두 변제하여야 하는 큰 손실을 보게 되므로 이를 모면하기 위하여 부득이 단독증자를 하였던 것으로서, 청구법인의 단독증자는 법인세법시행령 제46조 제2항의 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”에 해당되지 않으므로 이를 부당행위로 보는 것은 부당하고,

(2) 설사 부당행위로 본다 하더라도 OOO가 분여받은 이익은 40,309,524원이므로 동 금액에 대해서만 과세하여야 하며,

(3) 처분청은 청구법인이 OOO에게 이익을 분여한 날을 쟁점주식의 양도일로 보고 있으나, 이를 양도일로 보는 경우 청구법인이 쟁점주식을 매각하지 않고 계속 보유하고 있으면 OOO가 이익을 분여받지 않게 되고, 주식이 액면가 이상으로 매각되거나 주식매각일에 특수관계가 해소된다면 부당행위대상도 될 수 없는 모순을 안고 있다. 따라서 청구법인이 OOO에게 이익을 분여한 날은 증자일인 89.11.30이며, 95.5.31로 부과제척기간이 경과하였으므로 95.7.15에 한 처분청의 부과처분은 무효이다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구외 OOO는 청구법인의 대표이사로 청구법인과 특수관계에 있는 자에 해당하고 이에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없고, 청구법인은 청구외법인의 대주주이며, 청구외 OOO 또한 청구외법인의 주주로 되어 있는 바, 청구외법인의 유상증자시(89.11.30) 청구외 OOO가 실권하자 청구법인이 그 실권주인 쟁점주식을 취득하였으며, 당시 청구외법인의 실제 주식의 1주당가액은 77원에 해당함에도 상법상 액면가 이하로는 발행할 수 없다고 하여 액면가인 5,000원에 취득하였다고 하더라도 청구법인의 지분에 해당하는 것은 취득사업년도의 청구법인의 소득에는 전혀 영향이 없으나, 청구외 OOO의 지분에 해당하는 것은 당초 청구외 OOO가 증자를 하여야 하는 것으로 그 유상증자 주식을 청구법인이 취득함으로 인하여 법인의 소득을 특수관계자에 해당하는 청구외 OOO에게 분여된 것으로 보아야 할 것인 바, 법인세법 제20조의 규정에 의거 특수관계자와의 거래에 의하여 청구법인의 소득에 대한 법인세를 부당히 감소시킨 것으로 부당행위계산을 부인하여 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없다.

(2) 처분청에서는 쟁점주식의 처분손익에 대한 법인세를 90사업년도(90.1.1～90.12.31)의 귀속으로 보아 과세하였는 바, 이는 쟁점주식의 양도일이 속하는 90사업년도로 국세부과제척기간이 91.4.1부터 5년간으로 그 기간은 96.3.31까지로 이 건 과세일인 95.7.15일은 그 기간이 경과하지 않았으므로 처분청의 과세는 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 쟁점주식을 청구법인이 인수한 행위가 법인세법상 부당행위계산의 부인대상에 해당하는지 여부

(2) 부당행위계산 부인대상에 해당된다면 청구법인의 법인세 과세표준에 산입할 금액은 얼마인지 여부

(3) 부당행위계산 부인대상에 해당된다면 과세시점은 언제로 보아야 할 것인지를 가리는데 있다.

나. 쟁점(1)에 대하여 본다.

(1) 관련법령

법인세법 제20조 【부당행위계산의 부인】 제1항에서 정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있고,

같은법시행령 제46조 제1항에서는 “특수관계에 있는 자”에 대하여 기술하고 있으며, 제2항에서는 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정하는 경우”에 대하여 서술하면서 제9호에서 “기타 출자자 등에게 법인의 이익을 분여하였다고 인정이 되는 것이 있을 때”의 경우에는 부당행위계산 부인을 하도록 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

청구외 OOO는 청구법인의 대표이사로 청구법인과 특수관계에 있는 자에 해당되고 이에 대하여는 다툼이 없으며, 원처분 개요에서 밝힌 바와 같이 청구법인과 청구외 OOO는 청구외법인의 대주주로서 89.11.30 청구외법인의 유상증자시 청구외 OOO가 실권하자 청구법인이 그 실권주인 쟁점주식 16,376주를 액면가 5,000원에 취득하였으며, 증자당시 청구외법인의 1주당 평가액은 77원에 해당한다는 사실 등이 처분청의 과세자료에 의해 확인되며 이러한 사실에 대해서는 다툼이 없다.

청구법인이 동법인의 대표이사인 OOO가 청구외법인의 주주로서 당해 증자에 참여할 수 있는 권리(이하 “신주인수권”이라 한다)를 인수하여 증자에 참여한 행위를 보면, 그 거래의 외형은 청구외 OOO가 단지 신주인수권을 포기하고 청구법인은 OOO와의 거래없이 단순히 증자에 참여한 것으로 되어 있으나, 거래의 실질내용을 살펴보면 청구외법인의 증자당시 주당평가액이 액면가에 미달하여 그 신주인수권의 가액이 부(-)의 가치를 가지고 있음에도 불구하고 청구법인이 OOO로부터 동 신주인수권을 무상으로 인수(실질적으로 고가인수)하여 증자에 참여하고 외형상 OOO가 신주인수권을 포기하는 것으로 거래가 위장·은폐됨으로써 청구법인에게 경제적 손실이 발생하고 동 청구법인의 손실이 특수관계자인 OOO에게 이익으로 분여되었다고 보아야 할 것이다.

이러한 거래행위는 상거래 관행과 손익의 귀속측면을 고려할 때 경제적 이익을 추구하는 정상인간에는 성립될 수 없는 비정상적인 거래로서 법인세법 제20조, 같은법시행령 제46조 제1항 및 제2항 제9호에 규정하는 특수관계자간의 부당한 행위 또는 계산에 해당된다 할 것이며, 부당행위 대상자는 청구법인이 OOO의 신주인수권을 실질적으로 고가매입한 거래이므로 신주인수권을 포기하여 이익을 본 청구외 OOO로 보아야 할 것이다.

다. 쟁점(2)에 대하여 본다.

(1) 관련법령

법인세법 제9조 제1항의 규정에 의하면 법인의 각 사업년도 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 제3항에서는 “손금”을 정의하면서 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

처분청의 과세자료에 의하면 89.11.30 청구법인이 쟁점주식을 인수한 때에 고가매입액 80,619,480원{(5,000원 - 77원) × 16,376주}을 익금산입하고 기타 사외유출로 처분함과 동시에 손금가산 유보처분하고, 90.5.30 청구법인이 쟁점주식을 청구외법인의 이사 OOO에게 양도할 때 처분손부인 55,678,400원{(1,600원 - 5,000원) × 16,376주}, 처분익 누락 24,940,648원{(1,600원 - 77원) × 16,376주} 합계 80,619,048원의 주식양도손실이 발생한 것으로 보아 동 금액을 청구법인의 90사업년도에 익금가산 유보처분하여 법인세를 과세하였음이 확인된다.

청구법인이 청구외 OOO의 신주인수권을 인수함에 있어서 신주인수권 가액은 주금을 납입하고 신주를 교부받아 매각할 경우 획득할 수 있는 이익으로 평가되는 바( 상속세법시행령 제41조의 4 제2항 준용), 청구외법인의 증자후 주당가액은 {(증자전 1주당 평가액 77원 × 증자전 발행주식총수 80,000주) + 증자액 400,000,000원} ÷ 증자후 발행주식총수 160,000주의 계산에 의하여 2,538.5원으로 평가되고, 신주인수권가액은 (증자후 주당가액 2,538.5원 - 주금납입액 5,000원) × 실권주식수 16,376주의 계산에 의해 △ 40,309,524원으로 평가된다. 따라서 청구법인은 △ 40,309,524원에 해당하는 신주인수권을 무상으로 인수(실질적으로 고가인수)하여 증자에 참여함으로써 청구법인에 40,309,524원에 해당하는 손실이 발생되었고 동시에 동 금액은 청구법인이 OOO에게 법인의 이익을 분여한 것으로 볼 수 있다 하겠다.

따라서 신주인수권이 실질적 고가매입금액에 해당하는 40,309,524원은 신주의 취득가액이 아니고 청구법인의 순자산을 감소시킨 거래로 인한 손실이므로, 청구법인의 순자산을 감소시킨 손실금액의 실질귀속자에 대한 소득처분은 별론으로 하고, 법인세법제20조의 부당행위계산부인 규정에 따라 손금불산입하여 세무조정을 하고, 쟁점주식 처분시에는 동 금액을 익금산입하고 유보처분하여 조정하여야 할 것이다.

라. 쟁점(3)에 대하여 본다.

(1) 관련법령

국세기본법 제26조의 2 제1항 제2호에서 소득세, 법인세, 토지초과이득세, 재평가세, 부당이득세, 부가가치세, 증권거래세 및 교육세는 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다고 규정하고 있으며,

법인세법 제17조 제1항에서는 법인의 각 사업년도의 익금과 손금의 귀속 사업년도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업년도로 한다고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

처분청은 자산의 양도에 대한 처분손익은 양도시점이 속하는 사업년도에 반영되는 것이므로 90.5.30 쟁점주식의 양도에 대한 처분손익의 국세부과제척기간은 90사업년도(90.1.1～12.31)의 신고납부기한인 91.3.31의 다음날부터 96.3.31까지이므로 이 건 과세일(95.7.15) 현재 그 기간이 경과되지 않은 것으로 보고 있다.

법인세법 제17조 제1항의 규정에 의하면 익금과 손금의 귀속 사업년도는 익금과 손금이 확정되는 사업년도이며, 익금과 손금이 확정되는 사업년도란 일반적으로 청구권이 발생되고 금액이 확정되는 시점이며, 손금은 일반적으로 현금지급일 또는 손비의 발생일이 속하는 사업년도에 확정·귀속된다고 보는 것이다.

이 건의 경우 청구법인이 청구외 OOO로부터 신주인수권을 실질적으로 고가인수함에 따라 청구법인의 순자산을 감소시키는 실제 손실이 발생되었으나 청구법인이 이를 장부상 손실로 계상하지 아니하고 취득가액에 계상하고 있었을 뿐이므로, 고가매입에 따른 손실은 신주인수권 매입일에 발생·확정된 것이며, 신주인수권 매입일은 신주에 대한 권리가 확정되고 실제대금이 지급된 것으로 볼 수 있는 주금납입일이라 할 것이다.

따라서 청구법인이 쟁점주식을 인수함으로써 발생하는 손금의 귀속시기는 신주인수권의 인수일에 해당하는 주금납입일(89.11.30)이 속하는 사업년도(89.1.1～12.31)이고, 위 89사업년도에 속하는 손금을 부당행위계산의 부인규정에 의하여 손금부인하는 것이므로, 처분청이 쟁점주식의 인수시에는 정상적인 거래로 보아 신주인수권의 고가매입으로 인한 손실을 당해 신주의 정상적인 취득가액으로 인정한 후 쟁점주식의 양도시점에서 다시 당초 쟁점주식의 인수가 부당행위에 의한 고가매입에 해당한다고 보아 쟁점주식의 인수가액중 일부를 손금부인하여 과세한 것은 법인세법 제17조 제1항이 규정하는 손익의 귀속시기를 오해한 잘못이 있다 할 것이다.

이렇게 볼 때 국세기본법 제26조의 2의 규정에 의한 국세부과제척기간은 청구법인이 쟁점주식을 인수한 89.11.30이 속하는 사업년도(89.1.1～12.31)의 신고납부기한의 다음날인 90.4.1부터 5년이 되는 95.3.31에 만료되므로 95.7.15 과세한 이 건 부과처분은 부과제척기간이 경과된 무효의 처분이라 하겠다.

마. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.