가. 청구인은 2007.10.8.～2014.3.31. 기간 동안 강원도 OOO에서 OOO 무역업을 영위한 OOO의 대표이사로 재직한 자로, OOO㈜는 2008사업연도 법인세 신고시 OOO원을 익금산입하면서 청구인 외 2명에 대한 상여로 소득처분하고, 동 상여처분금액에 대하여 2009년 6월에 원천징수이행상황 수정신고를 하였으나 관련 세액을 납부하지는 아니하였다.

나.OOO세무서장은 2009.8.7. OOO㈜에게 원천징수분 근로소득세를 무납부고지하고, 2010.12.22. 청구인에 대한 상여처분금액 OOO원(동 금액에 대한 원천징수분 근로소득세 해당액을 이하 “쟁점근로소득세”라 한다)에 대한 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 2011.6.29. 청구인의 종합소득세 계산시 쟁점근로소득세를 기납부세액으로 공제하여 과세자료 처리(고지세액은 없음)하였다가, 원천징수의무자에게 고지결정한 원천징수세액이 결손처분된 경우 기납부세액으로 공제하는 것은 부당하다는 감사결과(2013년 6월)에 따라 쟁점근로소득세를 기납부세액으로 공제하지 아니하여 2013.12.23. 청구인에게 2008년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2014.3.19. 이의신청을 거쳐 2014.8.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)원천징수의무자에 의하여 원천세가 징수된 후에는 원천징수의무자가 이를 세무관서에 납부하지 아니하였다는 사유로 납세의무자에게 다시 이를 부과할 수 없는 것(대법원 1981.10.13. 선고 80누288 판결, 같은 뜻임)인바, OOO㈜는 쟁점근로소득세와 주민세를 합한OOO원을 청구인에 대한 대여금(이하 “쟁점대여금”이라 한다)으로 계상하였고, 청구인은 2009년 말까지 쟁점대여금을 포함한 OOO㈜에 대한 대여금 OOO원을 현금, 급여, 경비 등으로 상환함으로써 OOO㈜에 쟁점근로소득세를 지급하였다고 할 것이므로 OOO㈜가 원천징수 후 신고만 하고 세액을 납부하지 못한 상태라 하더라도 청구인의 종합소득세 계산시 쟁점근로소득세를 기납부세액으로 공제하여야 한다.

(2) 한편, 처분청은 청구인이 OOO㈜의 주·임·종 단기채권 거래처원장에 2009.3.10. 청구인에 대한 대여금으로 계상된 OOO원이 쟁점근로소득세와 관련된 금액인지를 객관적으로 판단할 수 있는 금전대차약정서, 내부기안문 등의 자료는 없다고 회신한 사실이 있다는 의견이나, 금전대차약정서 등이 없다 하여 대여행위와 상환행위를 부인할 수는 없는 것이고, 처분청은 OOO㈜가 원천징수세액을 납부하지 아니한 것에 대하여 청구인이 2009.10.31.까지 어떠한 조치도 취한 사실이 없다는 의견이나, 이는 OOO㈜가 원천징수세액을 납부하지 아니한 것이 청구인에게 어떤 피해를 주게 될 것인지를 몰랐기 때문이며, 처분청은 OOO㈜의 계좌에 청구인의 명의로 입금된 금액OOO원은 OOO이 배서한 자기앞수표이고, OOO원은 OOO의 계좌에서 송금이 이루어졌으므로 상환의 증거로 인정할 수 없다는 의견이나, OOO은 청구인이 대여금을 상환하기 위하여 개인적으로 차입한 차주이고, OOO는 OOO㈜의 경영지원실에서 근무하는 직원으로 청구인이 OOO의 계좌를 이용하여 청구인의 대여금을 관리하고 있었으므로 청구인의 자금으로 상환한 것이고, 처분청은 단기대여금 상환이 진행중이던 2008년과 2009년의 청구인의 급여OOO와 상환이 종료된 2010년의 급여OOO 간의 차이가 현저히 크다는 의견이나, 급여가 감소한 것과 대여금 상환 여부를 관련짓는 것을 이해하기 어렵고, 2009년 10월부터는 회사 사정이 어려워 무리하게 급여를 많이 가져갈 필요가 없어서 줄인 것에 불과하며, 처분청은 해외출장비 등에 관한 증빙의 일부만 제출되었고, 제출된 증빙에 간이영수증 등이 포함되어 있어 대여금 상환의 객관적인 증빙으로 보기 어렵다는 의견이나, 간이영수증은 전체 증빙의 극히 일부분에 불과하다.

나. 처분청 의견

청구인은 OOO㈜의 주·임·종 단기채권 거래처원장에 2009.3.10. 청구인에 대한 대여금으로 계상된 OOO원이 쟁점근로소득세와 관련된 금액인지를 객관적으로 판단할 수 있는 금전대차약정서, 내부기안문 등의 자료는 없다고 회신한 사실이 있는 점, 청구인은 OOO㈜의 최대주주 겸 대표이사로서 회사의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자이므로 OOO㈜가 쟁점근로소득세 등을 청구인에 대한 대여금으로 계상하였다면 그 세액이 관할세무서장에게 정상적으로 납부되었는지까지 지휘·감독할 책임이 있음에도 청구인에 대한 대여금 잔액이 OOO원으로 확인되는 2009.10.31. 까지 어떠한 조치도 취하지 않은 점, 청구주장대로 OOO㈜로부터 쟁점근로소득세를 대여받은 후 추후 상환하였다 하더라도 OOO㈜의 계좌에 청구인의 명의로 입금된 금액OOO 중 청구인의 계좌에서 OOO㈜의 계좌로 직접 송금된 금액OOO원은 청구인이 아닌 OOO이 배서한 자기앞수표이고, 나머지 금액은 청구인이 OOO㈜로 직접 송금하지 않고 OOO㈜의 직원 OOO의 계좌에서 OOO㈜의 계좌로 송금이 이루어진 점, 청구인은 OOO㈜의 대표이사인데 단기대여금 상환이 진행중이던 2008년, 2009년의 총급여OOO와 상환이 종료된 2010년의 총급여OOO 간의 차이가 현저히 큰 점, 청구인이 선지출한 해외출장비, 경비 등은 경비정산서 등이 일부만 제출되었을 뿐만 아니라 제출한 증빙에 실제 지출 여부가 불분명한 간이영수증 등이 포함되어 있어 대여금 상환의 객관적인 증빙으로 보기 어려운 점 등에 비추어 OOO㈜가 청구인으로부터 쟁점근로소득세를 실제 원천징수한 것으로 보기 어려우므로 기납부세액으로 공제하지 아니한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점근로소득세를 청구인(대표이사)의 종합소득세 계산시 기납부세액으로 공제할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제20조 [근로소득] ① 근로소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 갑종

다. 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액

제127조 [원천징수의무] ① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나의 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 자는 이 절의 규정에 의하여 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

4. 갑종에 속하는 근로소득금액

제128조 [원천징수세액의 납부] ① 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 원천징수 관할세무서·한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.(단서 생략)

② 제1항 단서의 규정에 의한 원천징수의무자는 「법인세법」 제67조의 규정에 의하여 처분된 상여·배당 및 기타소득에 대하여는 제1항 본문의 규정에 따라 납부하여야 한다.

(2) 소득세법 시행령 제134조 [추가신고자진납부] ① 종합소득 과세표준확정신고기한 경과후에 「법인세법」에 의하여 법인이 법인세 과세표준을 신고하거나 세무서장이 법인세 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액이 배당‧상여 또는 기타 소득으로 처분됨으로써 소득금액에 변동이 발생하여 종합소득 과세표준확정신고의무가 없었던 자, 세법에 의하여 과세표준확정신고를 아니하여도 되는 자 및 과세표준확정신고를 한 자가 소득세를 추가 납부하여야 하는 경우에 있어서 당해 법인(제192조 제1항 단서의 규정에 의하여거주자가 통지를 받은 경우에는 당해 거주자)이 제192조 제1항의 규정에 의한 소득금액변동통지서를 받은 날(「법인세법」에 의하여 법인이 신고함으로써 소득금액에 변동이 있는 경우에는 당해 법인의 법인세 신고기일)이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 추가신고자진납부한 때에는 법 제70조 또는 법 제74조의 기한내에 신고납부한 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, OOO㈜는 2007.10.8.～2014.3.31. 기간 동안 담배 무역업을 영위하였고, 2009.9.24. 이후 국세를 납부한 사실이 없으며, OOO장은 2009.8.7. OOO㈜에게 무납부고지한 2009년 2월 귀속 원천징수분 근로소득세 체납액 OOO원을 무재산을 사유로 2012.8.29. 정리보류하였고, OOO㈜는 그 외에도 국세 8건 OOO원을 체납하고 있는 것으로 나타난다.

(2) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 청구인은 2007.10.8.부터 폐업시까지 OOO㈜의 대표이사로 재직하였고, 2008.12.31.현재 OOO㈜ 발행주식의 38.93%를 소유한 최대주주인 것으로 나타난다.

(3) OOO㈜가 2009년 3월 원천징수이행상황 신고시제출한청구인에 대한 근로소득 원천징수 영수증에 의하면, 청구인에 대한 상여처분금액OOO원으로 인해 추가로 원천징수‧납부하여야 할 세액은 근로소득세 OOO원으로 나타난다.

(4) OOO㈜의 표준대차대조표와 합계잔액시산표에 의하면, 주주‧임원‧관계회사 단기대여금의 2009년 발생금액은 OOO원이고, 회수금액은 OOO원이며, 2009.12.31. 현재 OOO원이 계상되어 있는 것으로 나타나고, OOO㈜의 청구인에 대한 2009년의 주‧임‧종 단기대여금 거래처원장에 의하면, 단기대여금의 전기 이월액은 OOO원이고, 2009.10.31.까지의 회수액은 대여액과 동일한 OOO원으로 2009.10.31. 현재 잔액은 OOO원이며, 2009.3.10. “2008년 연말정산”을 적요로 하여 OOO원(“쟁점대여금”, 쟁점근로소득세와 주민세를 합한 금액과 동일한 금액)의 대여금이 계상되어 있는 것으로 나타난다.

(5) 청구인은 OOO㈜가 쟁점근로소득세를 청구인에 대한 대여금으로 계상하였고, 청구인이 동 대여금을 전액 상환하였으므로 OOO㈜가 청구인으로부터 쟁점근로소득세를 원천징수한 것으로 보아쟁점근로소득세를 기납부세액으로 공제하여야 한다고 주장하면서 OOO㈜의 단기채권 거래처원장과 대여금 상환증빙서류 및 예수금원장, OOO의 차용증, OOO의 확인서 등을 제출하였고, 이에 대한 처분청의 답변내용은 아래와 같다.

(가) OOO㈜의 2009년 1월～2009년 10월 동안의 주·임·종 단기채권 거래처원장(상대방 : 청구인)의 주요 내용은 아래 <표1>과 같다.

(나) OOO㈜의 OOO에 청구인의 명의로 2009.1.2. 외 OOO에 청구인의 명의로 2009.7.29. 외 4건 OOO원이 입금되었는데 그 중 청구인의 OOO에서 직접 송금된 금액은 2009.1.2. 외 21건 OOO원은 아래 <표2>와 같이OOO이 배서한 자기앞수표로 입금되거나 OOO의 계좌에서 송금된 것으로 나타난다.

(다)OOO㈜의 단기채권 거래처 원장에 의하면, 청구인은 2009. 2.27. OOO㈜에 OOO원을 송금하였으나, OOO㈜는 청구인에 대한 대여금 상환액을 OOO원으로 계상한 것으로 나타난다.

(라) 청구인은 매월 지급받을 급여로 대여금을 상환하였다고 주장하면서 이에 대한 증빙으로 청구인의 2009년 급여대장을 제출하였는바, 청구인은 2009년 1월부터 9월까지 매월 OOO원의 급여를 지급받았는데 급여대장상의 실지급액은 OOO㈜의 주·임·종 단기채권 거래처원장상 대여금과 상계처리되었고, 단기대여금의 상환이 완료된2009년 10월부터는 매월 OOO원의 급여를 지급받은 것으로 나타난다.

(마) 청구인이 개인자금으로 선지출한 해외출장비를 정산하면서 OOO㈜로부터 지급받을 OOO원을 대여금으로 상환하였다고 주장하면서 제출한 해외출장사용경비정산서와 해외출장여비 지급기준표 및 지출증빙서류를 살펴본바, 해외출장 4건 중 3건의 해외출장사용경비정산서만 제출되었고, 정산서는 청구인이 기안하여 담당자란에 청구인의 서명만 날인되어 있으며, 해외출장여비는 출장지 및 직급에 따라 지급하는 것으로 나타나고, 제출한 증빙서류는 간이영수증, 현금영수증, 신용카드매출전표 등이며, 숙박비 및 식대외 영수증은 실제 지출여부를 확인하기 어려운 간이영수증 및 정산서가 포함되어 있다.

(바) 청구인이 개인자금으로 선지출한 경비 OOO원을 대여금으로 상환하였다고 주장하면서 그 내역과 관련 증빙을 제출하였는바, 정산주장내역은 아래 <표3>과 같고, 정산된 경비는 OOO㈜의 여비교통비, 복리후생비, 소모품비 등의 계정별 원장에 계상되어 있으나, 제출한 증빙서류에는 실제 지출여부를 확인하기 어려운 간이영수증 등이 포함되어 있다.

(6) 청구인이 2009.2.6. 작성한 차용증에 의하면, 청구인이 OOO로부터 OOO원을 대여기간 2년, 이자율은 연 10%로 하여 차용하고, OOO은 본인 소유의 OOO㈜ 발행주식 100만주를 담보로 제공하고, 담배제조 승인을 득한 이후 OOO은 대여금을 현금 혹은 OOO 소유의 주식으로 상환을 요구할 수 있는 것으로 되어 있다.

(7) OOO는 청구인의 지시로 본인의 통장을 이용하여 청구인의 자금을 관리하였고, 2009회계연도 중에 본인의 명의로 OOO㈜의 계좌에 입금을 하고 청구인의 대여금 상환으로 처리한 금액은 청구인 소유의 자금임을 확인한다는 내용으로 2014. 8.5. 확인서를 작성‧제출하였다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,OOO㈜의 청구인에 대한 2009년의 주‧임‧종 단기대여금 거래처원장에 의하면, 2009.3.10. ‘2008년 연말정산’을 적요로 하여 OOO원의 대여금이 계상되어 있고, 동 금액은 쟁점근로소득세와 주민세를 합한 금액과 동일한 금액인 점에 비추어 OOO㈜가 쟁점근로소득세를 청구인에 대한 대여금으로 계상하였다는 청구주장은 사실로 보인다.

다만,원천징수제도는 납세의무자가 세액을 직접 납부하지 아니하고 소득을 지급하는 자가 납세의무자로부터 세액을 징수하여 납부하는 제도로서 원칙적으로는 소득을 지급하는 자가 납세의무자로부터 세액을 원천징수하였다면 납부에 불구하고 그 범위내에서는 납세의무자의 납세의무가 소멸된다고 할 것이나, 납세의무자가 원천징수의무자의 의사결정과 원천징수‧납부에 대한 책임을 지는 대표이사에 해당하는 경우에는 원천징수의무자가 납세의무자로부터 세액을 원천징수하였다고 하더라도 실질적으로 동 세액이 납부되지 아니하는 한 납세의무가 소멸하였다고 보기 어렵다고 할 것(조심 2010서2950, 2010. 12.29., 조심 2011부3238, 2011.11.9. 등 다수, 같은 뜻임)인바, 청구주장과 같이 OOO㈜가 쟁점근로소득세를 청구인에 대한 대여금으로 계상하고, 청구인이 이를 실제로 상환하였다고 하더라도 OOO㈜가 동 세액을 관할세무서장에게 납부하지 않는 한 청구인의 종합소득세 계산시 기납부세액으로 공제하기는 어려우므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.