청구법인의 본점인 OO사업장은 산업용전기부품을 판매하고, 창원공장은 지점으로 산업용전기제어시스템을 제조하고 있다. 청구법인은 2000사업연도 중 본점에서 발생한 판매비와 일반관리비 OOO,OOO,OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 본점의 총인건비(OOO,OOO,OOO원)에 대한 총무팀의 인건비(OOO,OOO,OOO원)의 비율을 곱하여 공통손금(OOO,OOO,OOO원)을 산정하고, 동 공통손금을 본점과 지점의 매출원가를 기준으로 안분계산하여 지점의 중소제조업 등에 대한 감면세액을 OO,OOO,OOO원으로 결정하여 법인세를 신고하였다.

처분청은 쟁점금액을 전부 공통손금으로 보아 본점과 지점의 매출원가를 기준으로 공통손금을 안분계산하여 지점의 감면세액을 OO,OOO,OOO원으로 결정하여 2002.4.16 청구법인에게 2000사업연도 법인세 OO,OOO,OOO원을 경정고지하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

본점인 OO사업장은 산업용전기부품 전문대리점으로 지점에서 생산되는 제품은 취급하지 않고 있고, 지점인 창원공장은 본점의 영업팀과는 독립적인 생산 및 영업을 하고 있는 바, OO사업장과 창원공장을 공통지원하는 부서는 본점의 총무팀(대표이사 1명 포함)뿐이고, 본점의 영업1팀, 영업2팀, 지원팀은 본점의 판매부서로 지점영업과는 무관하므로 쟁점금액을 인건비의 점유비에 따라 공통손금을 산정하여야 함에도, 처분청이 본점에서 발생한 판매비와 일반관리비 전액을 공통손금으로 보아 과세표준 및 감면세액 등을 계산하여 경정고지한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

일반적으로 본점과 지점을 두고 있는 법인에서 본점이 지점의 생산 및 영업활동을 지원함에 있어 본점 조직의 일부인 총무팀만 지점을 지원한다는 주장은 설득력이 없고, 청구법인의 지점인 창원공장은 제품을 생산하는 독립된 사업장이나 영업팀이 없으므로 본점과 유사한 제품을 생산하는 지점의 제품판매와 원재료 구매는 본사의 영업팀이 수행하여야 하고, 지원팀은 회계업무 및 거래처를 관리하고 있으므로 이들 부서의 손금은 본·지점의 공통손금으로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

본점에서 발생한 판매비와 일반관리비 전액을 본점 및 지점의 공통손금으로 보아 안분계산하여 법인세 과세표준과 감면세액 등을 결정한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 제조업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 엔지니어링사업，정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 내국인중 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 법인세법 제113조【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 구분경리의 방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 개정)

법인세법시행령 제156조 【구분경리】

법 제113조 제1항 내지 제3항의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 재정경제부령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

법인세법시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】

⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제시한 청구법인의 주요 대리점 계약서에 의하면 청구법인의 OO본점은 OO산전(주)의 특약점, OOOOO(주)의 특약점, OOOOO(주)의 판매점으로 계약되어 있고, 청구법인이 제출한 세금계산서에 의하면 청구법인은 2000사업연도중 위 회사들의 제품을 공급받아 판매한 것을 알 수 있다.

(2) 청구법인이 제시한 청구법인의 조직도를 보면 다음과 같다

OOOOOO OOOOOO

(3) 살피건대, 청구법인의 본점은 지점에서 생산되는 제품은 취급하지않고 다른 회사와 대리점계약을 체결하여 타사제품을 판매하고 있는 것으로 확인되며, 영업팀을 보면 본점에는 영업1팀과 영업2팀이, 지점에는 생산영업팀과 기술영업팀이 별도로 조직되어 있고, 지원팀을 보면 본점에는 지원팀이, 지점에는 경영지원팀과 기술지원팀이 별도로 조직되어 있으며, 단지 총무팀만이 본점에 조직되어 있는 점으로 볼 때, 본점과 지점에 공통적으로 관련되는 부서는 총무팀만으로 보여지고, 그렇다면 본점과 지점의 공통손금은 본점의 판매비와 일반관리비 전액으로 볼 것이 아니라 총무팀에 관련되는 비용으로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다.

따라서 본점과 지점의 공통손금을 본점의 판매비와 일반관리비로보아 동 공통손금 전액을 본점과 지점의 매출원가 비례로 안분계산하여과세한 이 건 처분은 잘못이 있다 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.