2. 소송비용은 피고들이 부담한다.

이의신청이 받아들여지지 않자, 2010. 8. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2010. 11. 17. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3 내지 5, 10호증(이하 가지번호 있는 서증의 경우 별도로 가지번호를 특정하지 않는 이상 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고 주장의 요지

이 사건 각 부과처분은 아래와 같은 이유로 어느 모로 보나 위법하므로 취소되어야 한다.

(1) 이 사건 각 부과처분은 그 부가가치세 및 종합소득세를 부과할 수 있는 날로부터 5년 내지 7년이 경과하여 이루어진 것으로 국세부과 제척기간을 도과하였다.

(2) 이 사건 건물의 신축공사를 도급받은 주식회사 △△아이디(이하 '△△아이디'라 한다)가 공사를 중단한 이후에 우AA가 직접 나머지 공사를 진행하는 과정에서 원고가 현장관리자로서 우AA에게 근로용역을 제공하였을 뿐 원고가 사업상 독립적으로 위 용역을 제공한 것이 아니고 나아가 원고가 우AA로부터 공사대금 11억 8천만 원 가량을 지급받았다고 볼만한 아무런 근거도 없으므로, 당초 이 사건 각 부과처분의 과세대상이 존재한다고 할 수 없다.

(3) 서울지방국세청장은 우AA가 원고에게 이 사건 건물의 신축공사대금을 실제 지급하였는지 여부가 불분명하다는 이유로 그 양도소득세액 산정시 취득가액을 환산결정하였는데, 피고들이 이 사건 건물의 신축공사대금의 실제 지급을 전제로 하여 원고의 위 금액 신고누락을 이유로 이 사건 각 부과처분을 하는 것은 과세의 형평성 내지 일관성이라는 측면에서 타당하지 않다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 국세부과 제척기간 도과 여부에 관한 판단

(1) 『구 국세기본법(2010. 3. 31. 법률 제10219호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국 세기본법'이라 한다)』 제26조의2 제1항에 의하면, 국세는 이를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과한 후에는 부과할 수 없고(제3호), 매만 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급 ・ 공제받는 경우에는 10년(제1호), 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 7년(제2호)이 경과한 후에는 부과할 수 없다고 규정하고 있는데, 이와 같은 국세부과의 제척기간이 경과한 후에 이루어진 부과처분은 무효이다(대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10522 판결 등 참조).

이 때, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1효의 '사기나 그 밖의 부정한 행위'는 조세범처벌법 제3조의 '사기나 그 밖의 부정한 행위'와 통일한 의미로 해석할 수 있는데, 여기서 '사기나 그 밖의 부정한 행위'라 함은 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장, 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취, 장부와 기록의 파기, 재산의 은닉, 소득 ・ 수익 ・ 행위 ・ 거래의 조작 또는 은폐, 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작, 『조세특례제한법』 제24조 제1항 제4호에 따른 전사적 기업자원관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작, 그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위 중 어느 하나에 해당하는 것으로 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 의미한다(조세범처벌법 제3조 제6항).

위 각 규정의 내용을 종합하면, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 정한 '사기나 그 밖에 부정한 행위'라 함은 조세포탈의 의도를 가지고, 그 수단으로서 조세의 부과징수를 불능 또는 현저하게 곤란하게 하는 위계 그 밖에 부정한 적극적인 행위가 있음을 의미하는 것이고, 이러한 행위가 수반됨이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 과세표준을 과소신고하여 이에 대한 조세를 납부하지 아니한 사실은 부정행위에 해당되지 아니한다고 보아야 한다(대법원 2005. 3. 25. 선고 2005도370 판결 등 참조).

한편, 구 국세기본법 제26조의2 제5항, 『구 국세기본법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22038호로 개정되기 전의 것)』 제12조의3 제1항 제1호에 의하면, 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 부과제척기간은 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고 기한 또는 신고서 제출기한의 다음날부터 기산되는데, 『구 소득세법(2010. 3. 22. 법률 제10175호로 개정되기 전의 것)』 제70조 제1항은 당해 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고, 『구 부가가치세법(2010. 12. 27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것)』 제19조 제1항은 사업자가 각 과세기간 에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일(외국법인 의 경우에는 50일) 이내에 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있다.

(2) 이 사건으로 돌아와 살피건대, 을 제2, 3, 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 우AA가 원고를 통해 △△아이디로부터 이 사건 건물의 신축공사용역과 관련하여 2001년 하반기에 공급가액 395,000,000원인 세금계산서 1매, 2002년 상반기에 공급가액 205,000,000원인 세금계산서 1매를 각 교부받아 이로써 부가가치세 환급을 받은 사실을 인정할 수 있으나, 한편, 갑 제6, 11호증, 을 제4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 우AA가 2001. 7. 30.경 △△아이디와 사이에 이 사건 건물에 관한 공사도급계약을 체결한 사실, 그 후 이 사건 건물의 골조 및 외벽공사 등 공사진행이 50% 정도에 이른 2002. 2. 경 △△아이디와 우AA 사이에 도급금액의 지급을 둘러싼 분쟁이 발생하여 △△아이디가 그 무렵 위 공사와 진행을 중단하였는데, 그 때까지 △△아이다는 원고를 통하여 우AA로부터 도급금액 죽 기공사분에 해당하는 6억 원을 지급받고서 그에 상응하는 세금계산서를 발행한 사실을 인정할수 있다.

위 각 인정사실에 의하면, 원고가 직접 이 사건 건물에 관한 공사용역을 사업상 독립적으로 공급하고서도 허위로 △△아이디 명의의 위 각 세금계산서를 발행하였다고 보기는 어렵고. 오히려 △△아이디 명의의 위 각 세금계산서는 △△아이디가 우AA에게 제공한 공사용역의 공급가액에 관하여 발행된 것으로 당초 이 사건의 쟁점인 '△△아이디의 공사 중단 이후에' 원고가 사업상 독립적으로 우AA에게 공사용역을 공급하였는지 여부와는 아무런 관련이 없다고 봄이 상당하다.

나아가 피고들의 주장대로 원고가 이 사건 건물에 관한 나머지 공사를 사업상 독립적으로 공급하고도 그 공사대금에 관하여 부가가치세 및 종합소득 과세표준 확정신고를 하지 않았다고 하더라도, 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 소극적으로 그 신고를 누락하여 그에 상응하는 조세를 납부하지 않은 위 행위를 두고 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 정한 '사기나 그 밖에 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우'에 해당하다고 할 수는 없고, 달리 원고가 조세포탈의 의도를 가지고서 그 수단으로서 조세의 부과징수를 불능 또는 현저하게 곤란하게 하는 위계 그 밖에 부정한 '적극적인 행위'를 하였다고 볼만한 사정을 찾을 수 없다.

따라서 원고에 대한 2001년 제2기분 및 2002년 제1기분 각 부가가치세, 2001년 및 2002년 귀속 각 종합소득세의 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 의하여 5년이라고 보아야 한다.

(3) 결국 이 사건 각 부가가치세 부과처분은 원고에 대한 2001년 제2기분 및 2002년 제1기분 각 부가가치세의 부과제척기간 기산일인 2002. 1. 26. 및 2002. 7. 26.부터, 이 사건 각 종합소득세 부과처분은 2001년 및 2002년 귀속 각 종합소득세의 부과제척 기간 기산일인 2002. 6. 1. 및 2003. 6. 1.부터 각 5년이 경과하였음이 역수상 명백한 2010. 2. 1. 및 2010. 2. 8.에야 비로소 이루어졌으므로, 이 사건 각 부과처분은 국세부과의 제척기간을 도과한 것으로 모두 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 나머지 점에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.