가. 청구법인은 2016.4.15. OOO 소재 OOO(토지 66.2㎡, 건물 261.47㎡, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후, 같은 날 취득신고를 하면서 이 건 부동산이 「지방세특례제한법」제58조의3 제1항의 창업벤처중소기업이 해당 사업(소프트웨어 개발)을 영위하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 해당된다는 사유로 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세의 100분의 75를 감면받고 나머지 취득세 등 OOO원을 신고․납부하였다.

나. 처분청은 2018.5.8., 2018.6.5. 이 건 부동산에 현지 출장하여 확인한 결과, 청구법인이 이 건 부동산 중 건축물을 복층화하여 그 중 일부(토지 49.24㎡, 건축물 261.47㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 물류창고로 사용하고 있는 것을 확인하고, 쟁점부동산을 취득한 날로부터 2년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 않고 다른 목적으로 사용하고 있으므로 감면한 취득세 등의 추징대상에 해당하는 것으로 보아, 쟁점부동산에 대하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 2018.10.8. 청구법인에게 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.15. 이의신청을 거쳐 2019.2.18. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 물류창고로 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과하였으나,

처분청은 이 건 부동산의 취득일부터 2년이 경과하여 현장 조사를 하고 이를 물류창고로 사용하는 것으로 조사하였으며, 청구법인의 2016사업연도 재무제표상 재고자산이 전혀 없고, 통신판매업의 특성상 물류업무는 제조업체와 총판업체에서 물품을 발송하는 것이므로 이 건 부동산을 물류창고로 사용할 필요성이 없었으며, 2017년부터 물류 솔루션 개발과 전자상거래 빅데이터 수집 및 확장을 이유로 재고가 발생하여, 이 건 부동산과 연접한 A동 B203호를 새롭게 임대하여 물류창고로 사용 중에 있는 상태임에도, 처분청에서 청구법인이 이 건 부동산을 취득일부터 2년 이내에 물류창고로 사용하였다고 보아 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라 할 것이다.

나.처분청 의견

청구법인은 쟁점부동산을 유예기간 내에 청구법인의 목적사업인 소프트웨어 개발에 사용하였다고 주장하지만,

「지방세특례제한법」제58조의3 제1항의 규정을 종합하여 볼 때, 창업벤처중소기업이 취득한 부동산을 당해 사업에 직접 사용한다고 함은 현실적으로 제조업, 광업 등 창업벤처중소기업의 범위에 속하는 사업 자체에 직접 사용하는 것(조심 2011지536, 2012.4.26. 같은 뜻임)을 말한다 할 것이고, 취득세 감면대상이 되는 사업시설용 부동산은 목적사업인 소프트웨어개발업을 영위하기 위한 시설을 갖춘 것을 의미하는 것(조심 2017지797, 2017.12.19. 같은 뜻임)인바,

처분청에서 이 건 부동산에 현지 출장하여 확인한 결과, 이 건 부동산의 1층에 설치된 선반에는 박스, 택배용 비닐포장지 및 도소매업을 영위하기 위한 생활용품 등이 적재되어 있고 포장을 할 수 있는 작업대가 있는 점, 이 건 부동산의 입구에 ‘물류창고’라고 적혀있고, 실제로도 물류창고로 사용하고 있는 것이 처분청의 출장복명서에서 확인되고 있는 점 등으로 볼 때, 쟁점부동산은 청구법인의 목적사업인 소프트웨어 개발 및 공급업에 사용되었다기보다는 사실상 도‧소매업과 관련된 물류창고로 사용한 것으로 보이며,

청구법인이 인터넷쇼핑몰의 기본정보란에 게시한 내용은 청구법인의 본점이 제공하는 플랫폼 특성상 상품의 발송 자체를 제조 총판업체에서 하고 있으며 택배사의 송장정보를 추적하면 증명이 가능하다고 주장하면서 이를 입증할만한 별도의 증빙자료를 제출하지 아니한 점, 더욱이 청구법인이 쟁점부동산 중 1층 면적을 2년 이상 해당 사업에 사용하였다고 주장하면서 이를 확인하기 위한 자료제출을 거부한 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 쟁점부동산에 대하여 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

창업벤처중소기업인 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후 유예기간 이내에 목적사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 감면한 취득세를 추징한 처분이 적법한지 여부

나. 관련 법률

지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부개정된 것)

제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 「중소기업창업 지원법」제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산( 「지방세법」제127조 제1항 제1호에 따른 비영업용 승용자동차는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 경감한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 처분하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

1. 2016년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)

2. 2016년 12월 31일까지 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 "창업벤처중소기업"이라 한다). 이 경우 창업벤처중소기업의 창업일은 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 날(이하 이 조에서 "확인일"이라 한다)로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 감면 대상 창업중소기업 및 창업벤처중소기업의 범위는 제100조 제3항 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다. 다만, 제100조 제3항 제20호의 업종 중 「체육시설의 설치·이용에 관한 법률」에 따라 골프장을 경영하는 기업과 같은 조 제6항에 해당하는 경우에는 제1항부터 제3항까지의 취득세, 재산세 및 등록면허세 감면대상이 되는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업의 범위에서 제외한다.

제100조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.

1. 광업

2. 제조업

3. 건설업

4. 음식점업

5. 출판업

9. 컴퓨터 프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업

10. 정보서비스업(뉴스제공업은 제외한다)

11. 연구개발업

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 2014.2.14. OOO를 본점 소재지로, 목적사업을 농수축산물, 음식료품, 기타 생활상품의 도소매 및 중개업, 전자상거래업, 소프트웨어의 개발․판매․임대업 등으로 하여 설립한 것으로 법인등기사항일부증명서에서 확인된다.

(나) 청구법인은 2016.2.11. 기술보증기금 이사장으로부터 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조의 규정에 의하여 벤처기업확인(유효기간 : 2016.2.11.〜2018.2.10.)을 받은 사실이 확인된다.

(다) 청구법인이 운영하고 있는 인터넷쇼핑몰OOO에서 주소 등 기본정보사항은 다음과 같이 기재되어 있고, 청구법인의 인터넷홈페이지에는 2016년 4월에 “OOO 사무실 및 물류센터 오픈”이라고 기재되어 있다.

(라) 처분청에서 2018.5.8.과 2018.6.5. 2차례 이 건 부동산을 방문하여 작성한 출장복명서상 아래와 같이 조사한 것으로 기재되어 있고, 현장사진에서 외부에 물류창고라고 표기되어 있고, 내부는 복층구조로 되어 있으며, 그 중 1층에 해당하는 부분에 물건을 적재할 수 있는 선반이 설치되어 있고, 여러 물품이 적재되어 있는 것으로 나타난다.

1) 2018.5.8. 현장 방문시 조사내용을 보면, 이 건 부동산의 내부는 확인하지 못하고, 이 건 부동산의 입구에 물류창고라고 표기되어 있고, “물류창고라 담당자가 부재중이므로 필요한 용무가 있는 경우에는 OOO 팀장에게 연락하라”는 안내문이 부착되어 있다.

2) 2018.6.5. 현장 방문시 조사내용을 보면, 내부는 복층구조이며, 1층에는 물품을 적재할 수 있는 철재선반이 설치되어 있고, 각종 박스와 플라스틱 생활용품 등이 선반에 올려져 있었으며, 내부 복층에는 컴퓨터와 책상이 있어 사무실로 사용하고 있다.

(마) 청구법인은 이 건 부동산을 취득한 이후인 2016년 8월 이 건 부동산 내부에 복층을 설치한 것으로 2016년 매입매출장에서 확인된다.

(바) 청구법인의 매입원장에서 2016.5.31.∼2017.12.31. OOO에 납부한 관리비 내역(매입유형 : 과세)은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 관리비 납부내역

(사) OOO 기업정보OOO에서 청구법인은 응용소프트웨어 개발 및 OOO을 영위하는 중소기업으로 확인된다.

(아) 청구법인의 2016사업연도 및 2017사업연도 손익계산서에서 확인되는 매출실적은 아래 ＜표2＞와 같으며, 재무상태표상 2015년 및 2016년도 말에 재고자산은 없는 것으로 나타난다.

＜표2＞ 매출실적

(자) 처분청은 2018.11.16. OOO 관리단(이하 “OOO”라 한다)에 청구법인의 입주일자, 부과된 관리비 내역 등 관련 자료를 요청(OOO 세정과-15302, 2018.11.16.)하였으나, OOO는 “입주업체에서 처분청에 직접 연락할 것”이라는 사유로 자료제출을 거부하였다.

(차) 청구법인은 OOO로부터 ‘OOO’을 임차(임차기간 2017.11.15.∼2019.11.14.)하기로 하고 부동산임대차계약서를 체결(계약일자 확인불가)하고, 계약서 일부를 제출하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제58조의3 제1항 및 제100조 제3항의 규정을 종합하면, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항에 따른 벤처기업으로서 창업 후 3년 이내에 벤처기업 확인을 받은 창업벤처중소기업이 벤처기업 확인을 받은 날부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산( 「지방세법」제127조 제1항 제1호에 따른 비영업용 승용자동차는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 경감하되, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 제조업 등 창업중소기업 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 처분하는 경우에는 감면받은 세액을 추징하도록 규정하고 있다.

(나) 청구법인의 경우를 보면, 처분청이 현지조사한 결과 이 건 부동산의 출입구에 물류창고라고 표기되어 있고, 그 내부에도 물품을 적재할 수 있는 선반을 설치하고 각종 생활용품 등이 적치되어 있는 것으로 확인되는 점, 청구법인의 홈페이지에서 2016년 4월에 물류센터를 오픈하였다고 기재되어 있는 점, 청구법인의 목적사업에 도소매 및 중개업이 포함되어 있고 2014년에 통신판매업 신고를 한 점, 청구법인의 매출실적이 2016년까지 모두 상품매출로 인하여 발생한 것으로 손익계산서에서 확인되는 점 등을 종합하면, 청구법인은 이 건 부동산을 취득하여 물류창고로 사용하다가, 2016년 8월에 복층으로 구조변경을 한 후 그 중 2층 부분을 사무실로 사용한 것으로 보는 것이 타당하므로, 처분청에서 쟁점부동산에 대하여 유예기간 이내에 창업벤처중소기업의 해당 사업에 사용하지 아니한 것으로 보아 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 에 의하여 주문과 같이 결정한다.