가. 청구인은 1981.6.3. 증여를 원인으로 취득한 OOO과수원 1,389㎡ 및 같은 동 612-1 과수원 261㎡에 대하여 2018.9.6. 같은 동 612-2 과수원 321㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다) 및 같은 동 612-3 과수원 88㎡(이하 “쟁점②토지”라 하고, 쟁점①토지와 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다)를 각 분필․등기한 후, 주식회사 OOO(이하 “양수법인”이라 한다)에게 2018.12.14. 쟁점①토지를 OOO2019.1.4. 쟁점②토지를 OOO각 양도하고, 2018년 및 2019년 귀속 양도소득세 예정신고를 하면서「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조에 따라 각 산출세액에서 자경농지에 대한 양도소득세의 감면세액OOO을 각 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO(2019년 귀속 양도소득세 결정세액은 OOO)을 납부하였다.

나. 처분청은 2019년 9월경 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점①․②토지에 대한 양도거래를 그 경제적 실질이 동일한 하나의 거래에 해당한다고 보아 「국세기본법」제14조 제2항에 따라 쟁점토지에 대한 과세연도를 2019년으로 하여, 양도가액은 OOO자경농지에 대한 양도소득세의 감면세액은 OOO으로 합산하여 2019.12.10. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2020.2.17. 이의신청을 거쳐 2020.4.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지를 2회로 나누어 양수도하게 된 이유는 쟁점①토지 외 OOO(이하 “4개 필지”라 한다)를 취득하여 건물 신축을 하려던 양수법인이 OOO(이하 “OOO시청”이라 한다)과 건축허가 협의과정에서 쟁점②토지에 대한 기부채납의 요청이 있자 이를 이행할 목적으로 쟁점②토지를 추가 양수하였기 때문이며, 이후 제주특별자치도가 공공용지의 협의취득을 통해 이를 매수하였던 것으로, 청구인은 세법상 어떠한 혜택을 부당하게 얻기 위하여 과세연도를 달리하여 2개의 거래형식을 작위하였던 것이 아니다.

(가) 대법원 2001.8.21. 선고 2000두963 판결은 “ 「국세기본법」제14조의 제정 취지는 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 부당하게 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로 부당하게 조세를 감소시키는 경우에 실질과세원칙을 적용하여 과세할 수 있도록 하기 위함이고, 이는 목적물을 취득하여 건축함에 있어 여러 거래로 나누어 부당하게 조세의 혜택을 받는 것을 말한다”는 취지로 판시하고 있다.

(나) 쟁점①ㆍ②토지는 별개의 필지에서 각 분할하고, 계약금, 중도금, 잔금 등을 구분하여 별도로 수수한 후, 2018.12.14. 및 2019.1.4. 매매를 원인으로 소유권이전등기를 각 경료하였다.

(다) 쟁점①ㆍ②토지의 소유자는 청구인으로 동일하나, 4개 필지의 소유자는 각기 다르며, OOO시청의 건축허가서 상 허가내용에 “쟁점①토지 외 4개 필지의 대지면적 9,800㎡ 및 건축 연면적 992㎡”로 기재되어 있어, 이들은 ‘건축허가’라는 경제적 실질이 동일하나, 쟁점②토지는 양수법인이 OOO시청에 기부채납할 목적으로 양수한 것으로 그 매매목적이 상이하다.

(라) 양수법인은 건물 신축을 위하여 청구인 등으로부터 쟁점①토지 외 4개 필지를 취득하였다가, OOO시청으로부터 건축허가 조건부로 쟁점②토지에 대한 기부채납을 요청하였고, 이에 OOO상당의 쟁점②토지를 추가로 취득한 것으로, 쟁점①토지의 매매목적과는 뚜렷한 차이가 있음에도, 처분청은 이에 대한 구체적인 사실관계 등을 확인하지 아니하고 추정에 따라 2개의 거래에 대하여 부당하게 조세를 감소시킨 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세하였던바, 이는 실질과세원칙의 취지에 위배되는 부당한 처분이다.

(2) 쟁점토지에 대한 부동산매매계약서의 별지 상 특약사항 제2호에 “여러 필지의 동시계약” 및 “해약시 OOO지급한다”고 기재한 이유는 양수법인의 매매계약 불이행 시 위약벌의 강화목적에 있었던 것이고, 토지사용승낙서는 청구인이 쟁점①토지의 경우 건축허가에, 쟁점②토지의 경우 기부채납에 대한 각 사용을 승낙한 것으로, 처분청이 이를 근거로 과세연도를 달리한 쟁점토지의 매매계약을 경제적 실질이 동일한 하나의 계약이라고 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 납득하기 어렵다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점①․②토지를 같은 일자(2018.8.11.)에 매매계약을 체결하면서 2회로 나누어, 2개의 계약서를 작성할 합리적인 이유가 없는바, 2개의 양도거래를 경제적 실질이 동일한 하나의 거래로 보아 실질과세원칙을 적용하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(가) 쟁점토지에 대한 각 매매계약서의 체결일(2018.8.11.)과 매매당사자(양수법인)가 동일하고, 한 공인중개사가 중개한 직ㆍ인접한 토지로, 인감증명서 등의 매매계약에 필요한 관련 서류를 한 번에 일괄로 발급받아 간편하게 이전할 수 있음에도 관련 서류 추가로 발급받아 과세연도를 달리하여 2회에 걸쳐 매매계약 체결을 할 만한 객관적이고 합리적인 이유가 없다.

(나) 양수법인은 쟁점②토지를 취득할 수 없는 경우 진입도로가 확보되지 않아 건물 신축을 위한 건축허가 자체가 불가능하게 될 뿐 아니라 같은 시기에 매입한 4개 필지는 맹지 상태가 될 것이므로, 쟁점토지를 별개로 2회로 나누어 2개의 매매계약서를 각 작성하면서까지 양수할 이유는 없다.

(다) 2개의 매매계약서 상에 첨부된 설계도면을 보면, 쟁점토지를각 독립하여 별개로 계약할 성질의 것이 아니고, 매매계약을 체결할 당시 쟁점토지 외 4개 필지에 대하여 이미 건축허가 예정지로 되어 있어 양수법인은 쟁점①ㆍ②토지를 일괄하여 동시에 매입할 수밖에 없었다.

(2) 양수법인이 OOO시청에 제시한 청구인의 토지사용승낙서를 보면, 청구인이 같은 일자(2018년 8월경)에 쟁점①ㆍ②토지에 대한 사용승낙을 동시에 한 것으로 나타나고, 건축허가서 상 쟁점①토지 321㎡ 중 2㎡에 한정하여 창고로 허가된 것을 감안할 때, 그 나머지 부분과 쟁점②토지는 같은 진입로로 그 매매목적이 상이하다고 볼 수 없으므로 2개의 양도거래는 경제적 실질이 동일한 하나의 거래에 해당하므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점①․②토지에 대하여 과세연도를 달리하여 2회로 나누어 양도한 거래를 실질과세원칙에 따라 하나의 거래로 보아 자경농지에 대한 양도소득세의 감면한도를 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 소득세법

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(3) 소득세법 시행령

제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

(4) 조세특례제한법

제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 처분청은 청구인이 쟁점①․②토지를 과세연도를 달리하여 2회로 나누어 양도한 거래에 대하여 그 경제적 실질이 동일한 하나의 거래에 해당한다고 보아 「국세기본법」제14조 제2항에 따라 과세연도를 2019년도로 하여, 양도가액은 OOO자경농지에 대한 양도소득세의 감면세액은 OOO으로 합산하여 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO경정․고지하였다.

(나) 자경농지에 대한 양도소득세의 감면적용을 함에 있어 청구인의 거주, 소득, 경작 등 자경요건의 충족에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.

(다) 양수법인은 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점토지 외 4개 필지를 취득한 후, 2018.9.7. OOO시장에게 그 지상의 창고 가동(495㎡), 나동(495㎡) 및 부속창고(2㎡)에 대한 건축허가신청을 하였고, OOO시장은 2018.10.31. 이를 허가하였다.

＜표1＞ 양수법인의 쟁점토지 외 4개 필지에 대한 양수내역

(단위 : 백만원, ㎡)

(라) 청구인은 2018년 8월경 OOO시장 및 양수법인에게 건물 신축을 함에 있어 쟁점토지를 사용하는 것을 승낙하며 차후 토지사용에 따른 민․형사상의 어떠한 이의도 제기하지 않겠다는 취지의 토지사용승낙서를 인감증명서와 함께 작성․교부하였다.

(2) 쟁점토지에 대한 매매계약서 상 주요내용은 다음과 같다.

(가) 매매계약일, 대금수령 및 등기접수(원인)일은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 부동산매매계약서 상 주요 계약내용

(단위 : 백만원)

(나) 쟁점토지에 대한 매매계약서 상에 각 별지(특약사항)가 첨부되어 있고, 특약사항 중 제9호에는 “잔금지급일까지 청구인은 도면과 같이 분할하여 쟁점①토지(321㎡) 및 쟁점②토지(88㎡)를 청구법인에게 인도한다”고 동일하게 기재되어 있다.

(3) 청구인이 제시한 쟁점②토지의 등기사항전부증명서에 의하면, 양수법인이 2019.1.4. 청구인으로부터 쟁점②토지를 취득한 후, 동 토지의 소유권은 2019.5.27. 공공용지의 협의취득을 등기원인으로 하여 제주특별자치도로 이전된 것으로 등재되어 있다.

(4) 청구인은 양수법인이 OOO시청과 건축허가 협의과정에서 쟁점②토지에 대한 기부채납을 요청받고 이를 추가로 양수도하였다고 주장하면서 증빙으로 OOO확인서를 제시하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 「국세기본법」제14조 제3항은 “제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다”고 규정하고 있다.

(나) 청구인은 쟁점①․②토지의 양도거래가 법률적․경제적 측면에서 완전히 동일한 하나의 거래가 아니라고 주장하나, 쟁점토지에 대한 매매계약서 상 동일한 일자(2018.8.11.)에 동일한 양수법인에게 매매계약이 각 체결된 후 계약금 및 중도금은 2018.8.14. 동시에 수수하고, 잔금지급일만 2018. 12.14. 및 2019.1.4.로 상이한 것으로 기재되어 있으며, 그 특약사항에는 ‘여러 필지 동시 계약’ 및 ‘쟁점①토지와 쟁점②토지를 각 일괄 분할한다’고 기재되어 있는 점, 청구인의 토지사용승낙서 상 ‘양수법인의 건물신축을 함에 있어 쟁점토지를 사용하는 것을 승낙하며 이의를 제기하지 않겠다’는 취지로 작성되어 있는 점, 양수법인의 건축허가서 등을 볼 때, 쟁점①토지 지상에는 연면적 2㎡의 소형 창고만을 설치하는 것으로 예정되어 있고, 그 나머지와 쟁점②토지는 신축예정건물의 진입로로 보이므로 청구인과 양수법인 간에 쟁점토지의 용도나 목적을 구분하여 순차적으로 매매계약을 다르게 체결하였다고 보기는 어려운 점, 계약 당시부터 쟁점토지가 지방자치단체에 수용될 예정으로 있었던 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 하겠다.

(다) 따라서 처분청이 쟁점토지에 대한 양도거래를 그 경제적 실질이 동일한 하나의 거래로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.