가. 청구인은 2006.5.22. OOO 소재 토지98.6㎡ 및 건물 98.4㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2018.6.29. OOO 외 1인에게 양도한 후 2018.8.22. 쟁점부동산의 실지취득가액이 불분명하다는 사유로 취득가액을 환산가액인 OOO원으로 하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고‧납부하였다.

나. OOO은 2019년 4월 처분청에 대한 정기종합감사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점부동산을 취득하면서 「부동산거래신고 등에 관한 법률」 제3조에 따라 관할 지방자치단체에 신고한 OOO원을 실지취득가액으로 보아 취득가액을 재산정하라는 감사의견을 제시하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점부동산의 취득가액을 위 금액으로 감액하여 2019.9.6. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.12.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 청구인이 당초 양도소득세 신고시 쟁점부동산의 실지취득가액이 불분명하여 취득가액을 환산가액으로 신고한 것을 부인하고, 취득세 신고시 OOO에 제출한 검인계약서상 가액인 OOO원을 실지취득가액으로 보아 이 건 처분을 하였으나, 양도자인 OOO의 회장인 OOO이 확인한 바와 같이 실지거래가액은 OOO원이었으나 시가표준액과 유사한 금액으로 다운계약서를 작성하자고 제의함에 따라 위와 같은 가액으로 검인계약서를 작성하고 이에 근거하여 취득세를 신고하였다.

일반적인 부동산매매계약서는 특약사항으로 임대료와 임대보증금, 관리비, 건물분에 대한 부가가치세의 처리 등에 대하여 구체적으로 명시하고 있으나, 이 건 검인계약서는 이러한 사항에 대한 구체적인 금액과 처리방법이 기재되어 있지 아니하고, 청구인이 쟁점부동산에 관한 2009년 제1기 부가가치세 확정신고시 첨부한 ‘부동산임대공급가액 명세서’에 의하면, 임대보증금으로 OOO원이 신고되어 있음에도 위 검인계약서에는 이러한 내용이 기재되어 있지 아니한바, 이는 검인계약서가 실지계약서가 아님을 반증한다 할 것이다.

따라서 쟁점부동산의 매도자인 OOO의 회장인 OOO이 확인한 바와 같이 쟁점부동산의 실지거래가액은 OOO원이나 이를 실지계약서 및 그 밖의 증명서류에 의하여 객관적으로 확인할 수 없으므로 취득가액이 불분명한 것으로 보아 환산가액을 적용한 당초 양도소득세 신고는 정당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점부동산의 실지취득가액이 불분명하다고 보아 환산가액으로 양도소득세를 신고하였으나, 청구인이 지방자치단체에 신고한 부동산거래신고내역을 통하여 쟁점부동산의 실지거래가액이 확인되므로 이를 취득가액으로 하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(1) 청구인은 쟁점부동산의 실지취득가액이 OOO원이라고 주장하나, 이를 입증할 만한 객관적인 금융증빙을 제시하지 못하고 있다. 즉 쟁점부동산 취득 전후 등기부등본상 근저당채무가 없는 점을 감안하면외부 차입을 통한 자금조달 없이 매입한 것으로 보이므로 최소한 청구인이 주장하는 실지취득가액 OOO원에서 임대보증금 등을 차감한 금액에 대한 금융증빙이 제시되어야 한다.

또한 쟁점부동산의 전소유자는 OOO이므로 청구인이 분실하였다고 주장하는 실지계약서와는 별개로 종중의 재산 처분과 관련된 종중 회의록, 매각대금 운용과 관련한 종중 회계 장부 등이 확인되어야 함에도 거래사실확인서 외에는 제시된 것이 없다. 따라서 이와 같은 자료만으로는 관할구청에 신고된 실지거래가액을 반증할 증거력이 부족하므로 전소유자의 요청으로 다운계약서를 작성하였다는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

(2) 청구인은 지방자치단체에 신고한 거래가액이 거래 당시의 시가표준액과 큰 차이가 없어서 당해 가액을 실지거래가액으로 볼 수 없다고 주장하나, 쟁점부동산 취득 당시 매매사례가액 또는 감정평가법인이 평가한 감정가액 등 합리적인 시가를 산출할 수 있는 근거나 비교대상이 존재하지 아니하므로 검인계약서상 기재가액을 허위로 추정할 수 없고, 실지거래가액이 시가표준액에 근접한다는 이유만으로 지방자치단체에 신고한 가액이 허위라고 단정할 수도 없으며, 청구인이 쟁점부동산을 사업장으로 하여 사업자등록을 한 후 부동산임대업을 영위하면서 장부기장(외부조정)을 통해 신고한 종합소득세 신고서의 표준대차대조표에 기재되어 있는 최초 장부가액은 OOO원으로 계상되어 있는데, 이는 청구인이 주장하는 실지거래가액 OOO원과 큰 차이가 있을 뿐만 아니라 동 장부가액은 쟁점부동산을 양도하기 직전까지 변동이 없는 것으로 나타난다.

(3) 구「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률」 제27조는 부동산의 실제거래가격을 관할 시장․군수 또는 구청장에게 신고하도록 규정하고 있는바, 매매당사자들은 자유로이 작성한 매매계약서를 관할 지방자치단체에 제출하고 이에 따라 관할 구청장이 발급한 부동산거래계약신고필증을 교부받은 부동산거래계약신고서는 검인을 받은 검인계약서와 마찬가지로 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되어야 하며, 그 계약서가 실제와 달리 작성되었다는 점은 그 주장하는 자가 입증하여야 한다.

일반적으로 매매 과정에서 부동산에 대한 임차인의 권리 또는 의무를 승계할 경우 해당 금액을 매매대금에서 정산한다 하더라도 이 건 검인계약서에 해당 권리 또는 의무와 관련된 채무 및 이를 승계한다는 내용 등이 기재되어 있지 않다는 사유만으로 동 검인계약서가 임의로 작성된 다운계약서로 보기는 어렵다. 따라서 다운계약서를 작성한 사실에 대하여는 청구인에게 그 입증책임이 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

환산취득가액을 부인하고 지방자치단체장에게 신고한 취득가액을 쟁점부동산의 실지거래가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제97조[양도소득의 필요경비 계산] ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액( 「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액(중 략)

⑦ 제1항 제1호 가목을 적용할 때 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지 거래가액으로 본다.

제100조[양도차익의 산정] ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

제114조[양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지] ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제163조[양도소득의 필요경비 계산] ⑪ 법 제97조 제7항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.

2. 거주자가 부동산 취득시 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조 제1항에 따른 부동산의 실제거래가격(이하 이 호에서 "실제거래가격"이라 한다)을 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 확인하는 방법. 다만, 실제거래가격이 전소유자의 부동산양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고시의 양도가액과 동일한 경우에 한한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점부동산의 취득가액이 불분명하다고 보아 환산가액(OOO원)을 적용하여 양도소득세를 신고․납부하였으나, 처분청은 청구인이 지방자치단체에 신고한 거래가액(OOO원)을 실지취득가액으로 보아 이 건 양도소득세를 경정․고지하였다.

(2) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인이 쟁점부동산을 양도한 후 소유권이전등기 및 취득세(OOO원) 신고시 제시한 검인계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

(나) 쟁점부동산의 양도자인 OOO의 전회장인 OOO이 작성한 거래사실확인서(2019년 10월)의 주요 내용은 다음과 같다.

(다) 쟁점부동산의 양도 및 취득시 기준시가는 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 쟁점부동산의 기준시가 비교

(라) 청구인은 쟁점부동산을 사업장 소재지로 하여 부동산임대업 사업자등록을 하였고, 2008년 및 2017년 귀속 종합소득세 신고시 첨부한 표준대차대조표에 계상되어 있는 쟁점부동산의 장부가액은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 쟁점부동산의 장부가액

(마) 그 밖에 청구인은 쟁점부동산의 실지취득가액을 OOO원으로 주장하나, 이를 입증할 수 있는 금융증빙 등은 제시되지 아니하였고, 쟁점부동산의 양도자인 OOO은 양도소득세 신고시 양도가액을 OOO원(실지거래가액)으로 신고한 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 처분청이 쟁점부동산의 취득가액으로 본 검인계약서상 거래가액은 매도인측 요청에 의하여 다운계약서를 작성하면서 취득세를 납부하기 위하여 시가표준액과 유사한 금액을 임의로 신고한 것이므로 취득가액이 불분명하다고 보아 환산가액을 적용함이 타당하다고 주장하나,

검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 매매계약의 내용대로 작성된 것으로 추정되고 검인계약서가 실제 계약 내용과 다르다는 주장에 대한 입증책임은 청구인에게 있음에도 청구인은 쟁점부동산의 취득 당시 실지거래가액이 검인계약서상 기재액과 다르다고 주장할 뿐 이를 확인할 수 있는 금융거래내역 등 객관적 증빙자료를 제시하지 못하는 점, 청구인이 관할구청에 신고한 취득가액(OOO원)과 대차대조표상 장부가액(2008년 OOO원)은 거의 유사한 것으로 나타나는 반면, 청구인이 실지취득가액이라고 주장하는 금액(OOO원)과는 그 차이가 상당하여 이를 그대로 신뢰하기 어려운 점, 그 밖에 쟁점부동산을 취득한 시점은 부동산실거래가신고제도가 도입․시행(2006.1.1.)된 이후이므로 청구인이 관할 구청에 신고한 가액을 실지거래가액이 아니라고 단정할 수 없는 점 등에 비추어 청구인이 관할 구청에 신고한 검인계약서상의 거래가액을 쟁점부동산의 취득가액으로 봄이 타당하다 할 것이다.

따라서 처분청이 쟁점부동산의 환산취득가액을 부인하고 지방자치단체장에게 신고한 취득가액을 실지거래가액으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.