청구법인은 종합건설업을 주택으로 영위하고 있는 법인으로서 ,’88.4월부터 ’90.9.4까지의 사이에 대구광역시 수성구 OO동 OOOO 외 4필지의 대지에 단독주택 4개동 1,318.91㎡, 근린생활시설용건물 1동 347.5㎡(이하 “쟁점상가”라 한다)를 신축하여 주택 4개동은 분양하고, 근린생활시설용건물은 임대하고 있는 바, 위 건물의 신축공사당시 주택과 상가의 공사비를 구분하여 기장하지 아니하고 총공사비를 쟁점상가와 주택의 건물취득가액으로 계상한 후, 각 건물의 취득가액은 총공사비에 각 건물의 면적비율을 곱하여 산정하여 위 건물가액을 기준으로 취득세와 등록세를 납부하고, 주택분양시 분양수입금액에 대응하는 분양원가로 계상하여 왔다.

처분청은 건물면적비율에 의하여 산정한 쟁점상가의 건물취득가액에 공시지가에 의하여 평가한 토지가액을 합하여 쟁점상가의 가액을 평가하고, 쟁점상가의 1년간 임대수입금액이 위 부동산가액의 3%에 미달된다는 이유로 쟁점상가를 비업무용부동산으로 판정하여 비업무용부동산가액에 상당하는 차입금이자와 관리유지비를 손금불산입한 다음, ’96.8.22 청구법인에 아래와 같이 ’91사업년도부터 ’95사업년도까지의 법인세 210,491,950원을 부과하였다.

- 아 래 -

(단위: 원)

청구법인은 이에 불복하여 ’96.9.30 이의신청, ’96.11.30 심사청구를 거쳐 ’97.3.25 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

일반적으로 상가의 건축비는 주택의 건축비와 현저히 차이가 있으며 관련법령에서 취득원가의 배분방법에 관하여 특별한 규정이 없으므로 상가와 주택을 함께 신축하면서 공사비를 구분 기장하지 아니한 경우, 상가와 주택의 취득가액은 전체 취득가액을 합리적이고 객관적인 방법으로 배분하여 산정해야 할 것인 바, 청구법인이 비록 쟁점상가와 주택 4개동을 함께 신축하면서 상가와 주택의 공사비를 개별적으로 구분 계상하지 아니하였지만 공사당시 대한건설협회에 제출한 공사내역서에 쟁점상가와 주택의 공사예정원가가 구분하여 산출되어 있으므로, 쟁점상가와 주택의 취득가액은 실제 투입한 총공사비를 위 공사예정원가로 안분하여 산출함이 타당하다 할 것이다.

따라서, 쟁점상가의 건물취득가액은 위와 같은 방법에 의하여 산출된 131,683,909원으로 보아야 할 것이며, 위 건물취득가액에 의하여 쟁점상가의 가액을 평가하면 쟁점상가의 1년간 수입금액은 부동산 가액의 3%를 초과하므로, 처분청이 쟁점상가의 건물취득가액을 323,330,995원으로 확정하고, 쟁점상가의 1년간 수입금액이 부동산가액의 3%에 미달된다는 이유로 쟁점상가를 비업무용부동산으로 판정함은 부당하다.

나. 국세청장 의견

청구법인과 처분청이 제시한 법인세신고서, 건물분 취득세 자진신고시 작성한 전표 및 지출결의서, 청구법인의 보조부, 청구법인의 장부가액 확인서 등 관계서류에 의하면, 청구법인은 ’88～’90 사업년도에 주택 4동과 쟁점상가를 신축하여 그 중 주택 2동은 ’94 사업년도에 양도하고 특별부가세를 신고한 사실이 있음이 확인되며, 또한 쟁점상가와 주택의 취득세 신고과표, 장부가액, 특별부가세 신고시 계상한 취득가액, 보조부에 기장된 장부가액의 현황은 아래와 같음을 알 수 있다.

- 아 래 -

※ 당초확인 장부가액은 청구법인이 서면확인한 금액임.

또한, 처분청이 제시한 법인소유자산(부동산·차량·입목) 명세서에 의하면, 청구법인은 쟁점상가 등에 대한 취득세 결정과 관련하여 ’90.12.31 현재의 장부가액이 OO동 OOOO 주택 319,714,947원, OO동 OOOOOO 주택 322,026,257원, OO동 OOOOOO 주택 322,026,257원, OO동 OOOOOO 상가 339,855,407원임을 확인하고 있는 바, 이와 같은 사항을 종합하여 볼 때 청구법인은 비록 대차대조표상에는 주택 및 상가의 취득가액을 각각 구분 계상하지 않았다 하더라도 법인세신고서 및 기타 서류에 쟁점상가와 주택의 장부가액을 구분하여 기장·신고한 사실이 인정되고, 청구법인이 주택과 쟁점상가의 장부가액을 위 표1의 당초확인 장부가액과 같음을 서면으로 확인하고 있음을 알 수 있으며, 토지에 대하여는 공시지가를 기준으로 평가하였음에는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

위와 같은 사실관계를 바탕으로 청구법인이 재계산한 가액을 쟁점상가의 장부가액으로 인정하여 달라는 청구주장에 대하여 살펴보면,

청구법인이 제시하고 있는 공사현장별 공사원가내역서는 당초 처분청의 조사당시에나 과세적부심사청구시에 제출되지 않았던 것일 뿐만 아니라 그 공사원가내역서가 건축당시의 증빙을 토대로 하여 작성된 것임이 입증되는 거증자료를 제시하지 아니하는 바, 청구법인은 지금까지 각종 신고시에 구분하여 적용하던 장부가액을 쟁점상가가 비업무용부동산으로 판정되어 법인세가 고지되자 객관적인 증빙없이 번복하는 것으로 판단된다.

나아가 청구주장이 사실과 같다면 청구법인은 그동안 국세기본법 제45조의 규정에 의하여 수정신고를 할 수 있었을 것임에도 이 건 법인세가 부과되자 쟁점상가의 장부가액이 과다하게 계상되었다고 주장하고 있으며, 청구법인이 재계산한 쟁점상가의 공사비를 검토하여 보면 쟁점상가의 공사비는 174천원/㎡이며, 주택의 공사비는 1,012천원/㎡으로서 상가의 건축비가 주택의 건축비에 미치지 못한다는 청구주장을 감안한다 하더라도 위 상가의 건축비로는 현실적으로 건축이 불가능 한 것으로 보여져 청구법인이 주장하는 쟁점상가공사비의 신빙성이 인정되지 아니하는 바, 쟁점상가의 공사비에 관한 객관적인 증빙을 제시하지 않고 막연히 재계산한 공사비를 인정하여 달라는 청구주장은 당초의 총공사비를 임의배분한 것으로 판단되어 받아들이기 어렵다.

또한, 법인세법시행령 제43조의 2 제8항 및 같은법시행규칙 제18조 제8항에서 비업무용부동산 해당여부 판단에 있어서의 부동산가액은 취득가액, 당해 사업연도 종료일 현재의 장부가액 또는 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지의 지가(건축물의 경우는 사업연도 개시일 현재의 지방세 과세시가표준액)중 가장 큰 금액으로 하도록 규정하고 있으므로(같은 뜻: 국세청 예규 법인 22601-1966, ’90.10.15), 청구주장의 감정가액은 처분청의 서면분석업무가 종결된 이후에 가격시점을 ’90.9.4로 하여 ’96.9.11에 작성한 소급감정가액일 뿐만 아니라 이는 관련법령에 의거 비업무용부동산을 판정할 때의 부동산가액으로 인정되지 아니하는 것이기 때문에 이를 받아들일 수 없다.

위와 같이 쟁점상가의 장부가액은 통일성은 결여되어 있지만 보조부기장내용 및 취득세결정내용, 법인세 신고내용에 의하여 구분기장되었음이 확인되고, 위 가액을 기준으로 제세를 신고한 사실이 인정되는 바, 처분청에서 청구법인이 서면확인한 장부가액을 토대로 쟁점상가의 1년간 임대수입금액이 당해 부동산가액의 100분의 3에 미달한다는 이유로 쟁점상가를 비업무용부동산으로 판정하고 지급이자와 유지관리비를 손금불산입한 당초 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은 비업무용부동산의 해당여부를 판정함에 있어 주택과 함께 신축한 쟁점상가의 건물취득가액을 청구법인이 작성한 공사내역서상의 공사예정원가로 안분계산할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 법인세법 제18조의 3 제1항에서 『다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업년도에 지급하는 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것(2호 생략)』이라고 규정하고,

같은법시행령 제43조의 2 제1항에서 『법 제18조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 “비업무용부동산등”이라 한다)을 말한다고 규정하고, 그 제3호에서 부동산을 이용하여 얻은 수입금액이 부동산가액의 일정비율에 미달하는 부동산』이라고 규정하고 있다.

(2) 또한, 같은법시행규칙 제18조 제3항에서 『영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항에서 “비업무용부동산등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다』고 규정하고, 그 제11호에서 『임대(전세권 또는 지상권 설정계약에 의한 부동산의 사용을 포함한다)에 쓰이고 있는 부동산으로서 다음 각목의 1에 해당하는 것』이라고 규정하면서 그 가목에서 『1년간의 수입금액이 당해 부동산가액의 100분의 3에 미달하는 부동산(단서 생략)』이라고 규정하고 있다.

(3) 한편, 같은법시행규칙 제18조 제8항에서 『제3항 및 제9항의 규정을 적용함에 있어서 부동산가액은 다음의 가액중 큰 금액으로 한다.

1. 취득가액

2. 사업년도 종료일(사업년도중에 양도한 경우에는 양도일) 현재의 장부가액

3. 건축물의 경우에는 사업년도 개시일 현재의 소득세법시행령 제115조의 규정에 의한 기준시가

4. 토지의 경우에는 소득세법시행령 제115조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의한 개별필지에 대한 지가로서 사업년도 개시일 현재 공시된 지가 또는 동법시행령 제115조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 평가한 가액』이라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세기록에 의하면, 처분청은 아래와 같이 쟁점상가의 가액을 토지는 공시지가로, 건물은 장부가액(취득가액과 동일)으로 평가한 후, 쟁점상가의 1년간 수입금액이 부동산가액의 3%에 미달된다는 이유로 쟁점상가를 비업무용부동산으로 판정하였음이 확인된다.

- 아 래 -

(단위: 원)

(2) 한편, 청구주장에 의하면 쟁점상가의 토지가액평가, 임대수입금액에 대하여는 다툼이 없으며, 쟁점상가의 건물가액이 과대평가되었다고 주장하고 있는 것으로 확인되는 바, 쟁점상가의 건물가액에 대하여 살펴보면,

첫째, 청구법인은 ’88.4월부터 ’90.9.4까지의 사이에 쟁점상가와 주택 4개동을 함께 신축하면서 쟁점상가와 주택의 공사비를 구분 기장하지 아니하고 전체 공사비를 상가와 주택의 취득가액으로 계상한 다음, 위 취득가액을 각 건물의 면적비율에 안분하여 상가와 주택의 건물취득가액을 산정하여, 위 가액을 기준으로 취득세 및 등록세를 납부하고, 주택분양시 분양원가를 계상하였음이 관계기록에 의하여 확인되는 바, 청구법인이 분양원가로 손금산입한 주택 4개동의 취득가액과 ’94.12.31 현재 재고자산(완성주택)으로 계상하고 있는 쟁점상가의 취득가액은 아래와 같이 확인된다.

- 아 래 -

(단위: 원)

* 쟁점상가의 취득가액중 건물가액은 323,330,995원이며, 토지가액은 15,371,939원임.

둘째, 청구법인은 처분청이 쟁점상가를 비업무용부동산으로 판정하여 이 건 법인세를 부과하자 쟁점상가의 취득가액이 실제보다 과다 평가되었다는 이유로 쟁점상가의 건물취득가액을 청구법인이 신축공사 당시 작성한 공사내역서에 기재된 쟁점상가와 주택의 공사예정원가에 의하여 재계산해야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인이 이 건 불복청구단계에서 제출하는 공사내역서는 청구법인이 작성한 것으로 위 공사내역서가 신축공사당시 작성된 것인지 여부, 공사내역서에 기재된 공사예정원가의 산출근거가 객관성있는 것인지 여부가 입증되지 아니하므로 위 공사내역서상의 공사예정원가를 합리적인 배분기준으로 인정하기는 어렵다고 보여진다.

(3) 그런데 상가와 주택을 함께 신축하는 경우로서 상가와 주택의 실지 공사비를 구분할 수 없는 경우에는 전체 공사비를 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 합리적이고 객관적인 방법으로 배분하여 각 건물의 취득가액을 산정할 수 있다고 할 것이나 달리 합리적인 배분방법이 없는 때에는 전체 건물면적비율에 의하여 배분할 수 밖에 없다고 할 것이며, 또한 회계처리에 관한 기준은 정당한 사유없이 변경할 수는 없다고 할 것인바, 이 건의 경우 앞서 본 사실관계에서와 같이 청구법인이 작성한 공사내역서에 기재된 쟁점상가와 주택의 공사예정원가를 합리적이고 객관적인 배분기준으로 보기는 어렵고, 달리 합리적인 배분기준도 발견되지 아니하며, 청구법인이 처음부터 전체 공사비를 건물면적비율에 안분하여 쟁점상가와 주택의 건물가액을 산정하여 이를 기준으로 취득세·등록세를 납부하고, 법인세를 신고하여 왔으므로, 처분청이 비업무용부동산의 해당여부를 판정함에 있어 쟁점상가의 건물취득가액(장부가액)을 청구법인이 건물면적비율에 의하여 산정한 가액으로 확정함은 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

그러므로 처분청이 쟁점상가의 가액을 건물면적에 의하여 산정한 건물의 취득가액(장부가액)에 공시지가에 의하여 평가한 토지가액을 합하여 평가한 다음, 쟁점상가의 1년간 수입금액이 위 부동산가액의 3%에 미달된다는 이유로 쟁점상가를 비업무용부동산으로 판정하고, 쟁점상가의 가액에 상당하는 차입금이자와 쟁점상가에 관련된 관리유지비를 손금불산입한 당초처분은 정당하다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.