가. 청구법인은「사회복지사업법」및「정신보건법」에 따라 1978.9.14. 설립(최초 허가일)되어 정신질환의 예방, 정신질환자의 치료와 사회복귀를 위한 위탁치료사업 등의 공익사업을 영위하고 있는 법인으로, 1982.2.22. OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 보유하다가 2009.5.20. OOO에 편입·수용되어 OOO로부터 OOO원을 양도대가로 수령하였으나 법인세를 무신고하였다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 3년 이상 고유목적사업에 사용하지 아니하지 않은 것으로 보아 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로 하고, 취득가액은 실지취득가액이 확인되지 아니하므로 1991.1.1. 현재 개별공시지가를 적용한 기준시가인 OOO원으로 하여 2013.5.9. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO원을 결정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.8.1. 이의신청을 거쳐 2013.12.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「법인세법」(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 것, 이하 같다)제3조 제2항 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 의하면, 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 토지의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세를 과세하지 아니한다고 규정되어 있는바, 고유목적사업에 직접 사용된 토지의 범위는 당해 비영리법인의 사업목적과 취득목적으로 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것(대법원 2002.10.11. 선고 2001두878 판결)으로, 「정신보건법」제46조의2 및 같은 법 시행규칙 제23조의2에서는 정신요양시설내 입원환자에 대해 치료의 일환으로 작업요법에 대해 규정하고 있는 점에서 작업치료활동도 청구법인의 고유목적사업에 해당하는 것이며, 관련법령 및 청구법인의 정관에 의하면, 청구법인의 고유목적사업은 “정신질환자의 의료 및 사회복귀를 위해 정신요양시설 및 사회복귀시설의 운영을 통한 정신질환자의 삶의 질 향상”을 위해 직접 수행하는 모든 사업이 청구법인의 고유목적사업에 해당함을 알 수 있다.

(2) 청구법인은 「정신보건법」제18조의3 제1항에 따라 3년마다 실시하는 보건복지부장관의 정신보건시설에 대한 평가에서 작업치료일지를 제출하여 평가위원으로부터 원내의 작업요법 항목에서 4가지 평가항목의 요건을 모두 충족하여 평가내용 우수를 받은 사실과 쟁점토지를 직접 사용한 농작물 재배등 작업치료가 청구법인의 고유목적사업에 해당함을 국가기관인 보건복지부장관으로부터 객관적으로 확인 받은 사실이 있는바, 이는 청구법인이「정신보건법」에 따라 쟁점토지를 재활작업장으로 활용하여 작업치료에 직접 사용한 사실이 농작물 재배 등을 비롯 기타 작업치료활동을 포함하여 환우들의 작업시간, 작업내역, 작업장소, 작업지도원들이 구체적으로 기재하고 정신과전문의의 날인이 되어 있는 작업치료일지가 이를 증명하고 있고, 이로부터 발생된 수익 전액을 고유목적사업을 위한 운영비로 사용한 사실이 있으므로 쟁점토지는 고유목적사업인 환우들의 치료 목적으로 활용된 「법인세법」제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조에서 규정한 청구법인의 고유목적사업을 수행하기 위해 3년 이상 직접 사용한 자산에 해당하는 것이다.

(3) 처분청이 과세근거로 삼은 청구법인의 정관과 주무부처인 대전광역시장에게 보고한 서류에 쟁점토지가 기본재산 중 수익사업용으로 기재되어 있으나, 청구법인이 쟁점토지를 기본재산 중 수익사업용 기본재산으로 분류한 이유는「법인세법」상 수익사업과는 무관한 단지 수익의 발생여부 및 수익사업용 기본재산을 갖추도록 강제한「사회복지사업법 시행규칙」에 의한 분류일 뿐 쟁점토지의 실질 사용목적과는 전혀 무관한 것이고,

위 (1)과 (2)에서 보듯이 청구법인이 쟁점토지를 환우들의 재활작업장으로 활용하여 농작물 재배등 작업치료의 일환으로 사용하였고, 이와 관련하여 발생된 농업수익은 원칙적으로「법인세법」상 법인세 과세대상인 수익사업에 해당하지 않으며, 쟁점토지의 실질 사용도 청구법인의 고유목적사업 수행의 일환으로 사용되었음이 확실함에도, 처분청이 쟁점토지의 양도로 인해 발생한 소득을「법인세법」상 과세대상소득에 해당하는 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)「사회복지사업법」,「법인세법」및「상속세 및 증여세법」은 밀접한 관련이 있으며, 「사회복지사업법」제17조에서 정관의 기재사항 등에 대해 규정하고 있고,「법인세법」은 고유목적사업인지 여부에 대하여 법령 또는 정관에 설립목적을 직접 수행하는 사업일 것으로 규정하고 있으며, 처분청도 환우들의 사회복귀를 위한 재활치료는 청구법인의 고유목적사업이고, 농작물 재배는 정신장애인들의 재활치료에 도움이 된다는 점에 대하여 인정하고 있으나, 청구법인의 정관에 의하면, 농업은 목적사업 수행에 지장을 주지 않는 범위 안에서 할 수 있는 수익사업으로 규정하고 있어 고유목적사업에 해당하지 않는 것이고, 쟁점토지에서 발생된 수익을 청구법인의 운영에 사용하였더라도 동 수익사업에서 마련된 재원은 고유목적사업에 모두 사용하도록 세법이 규정하고 있어 청구법인이 농작물 재배를 통해 얻어지는 수익과 쟁점토지 양도차익을 최종적으로 고유목적사업에 사용하는 것은 당연한 것이다.

(2) 청구법인은 정관과 주무부처 등록사항이 단지 청구법인의 발생수익을 구분하기 위한 형식적인 분류일 뿐「법인세법」에서 규정하는 수익사업과 연결시킬 수 없는 것으로 주장하나, 정관은 비영리법인 설립과 목적의 기본이 되는 것이며, 공익적인 목적의 관리·감독을 위해 주무부처에서 생산·관리하는 문서에 수익사업용 재산으로 기재된 사항을 단순히 사실과 다르다 하여 부인할 수는 없는 것으로, 사회복지법인인 청구법인이 주무부처인 대전광역시와 기본재산의 처분·대체에 대하여 주고받은 공문서에 의하면, 쟁점토지는 수익사업용 기본재산임이 확인되고 있다.

또한, 청구법인은 쟁점토지를 고유목적사업에 직접 사용했는지 여부는 형식상 요건보다는 실질에 따라 판단하여야 할 것이라고 주장하나, 청구법인의 2008년～2010년 이사회 회의록에 의하면, 매회 쟁점토지를 수차례 “수익사업용 기본재산”으로 언급하고 있고, 2009.12.18. 이사회 회의시 제출된 「2010년도 법인 사업계획서」에 의하면, “1. 수익사업증대, (사업추진방향) 법인 기본재산 농지에 채소류 재배로 수익사업, (사업계획) 2～3모작으로 수입을 증대시켜 수익사업 증대 예정”이라고 하여 쟁점토지가 고유목적사업에 사용되지 않았음을 재차 확인해 주고 있는바, 청구법인의 주장과 같이 “농작물 경작이 정신질환자 등의 치료에 도움을 줄 것이다”라는 것은 상식적으로 납득이 되는 사항이나, 청구법인은 쟁점토지 외에도 OOO(이하 “쟁점외토지”라 한다)의 농지를 OOO로부터 임차하여 사용하고 있는데, 쟁점토지와 쟁점외토지를 합하면 10,574㎡(3,198평) 면적으로 이 넓은 면적을 정신질환이 있는 환우들이 경작했다고 한다면 이는 이미 치료수준을 넘어섰다고 볼 수 있어 청구법인의 주장과 같이 농사가 작업치료의 일환으로 활용될 수 있다.

(3) 비영리법인은 수익사업을 영위할 수 있고, 수익사업에서 마련된 재원은 고유목적사업에 모두 사용하도록 세법은 규정하고 있으며, 수익사업과 고유목적사업을 엄격히 구분경리하도록 하고 있는바, 「법인세법 시행령」제2조 제1항 제1호에 의해 농업 자체는 비영리법인의 수익사업을 구성하지 않으므로 농업수익은 과세소득에 포함되지 않지만, 「법인세법」제3조 제3항 제5호에 의해 수익사업용으로 분류한 후 농업에 사용된 쟁점토지의 양도차익은 과세소득에 포함되는 것이므로 쟁점토지가 고유목적사업에 사용되지 아니하였다 하여 쟁점토지의 양도차익에 대하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지를 3년 이상 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령 :〈별지〉기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1982.2.22. 쟁점토지를 취득하여 2009.5.20. OOO원에 양도하였으나 이와 관련된 법인세를 무신고 하였고, 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 청구법인의 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하지 아니하지 않은 것으로 보아 이 건 과세처분을 하였는바, 청구법인은 자산양도차익에 대하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 자산양도소득에 대한 신고특례를 선택하여 신고할 수 있었음에도 예정신고기한을 경과함으로써 자산양도소득 신고특례를 적용할 수 없었고, 또한 쟁점토지의 양도차익에 대하여 고유목적사업준비금을 설정한 경우 양도차익의 100%를 손금 산입할 수 있었음에도 법인세 신고서를 제출하지 아니하여 고유목적사업준비금 설정내용이 없는 것으로 나타난다.

(2) 청구법인의 정관을 보면, 제5조(자산구분)에서 청구법인이 보유하고 있는 재산을 기본재산과 보통재산으로 구분하되, 기본재산은 목적사업용 기본재산과 수익용 기본재산으로 구분 관리하도록 규정하고 있고, 청구법인이 주무부서인 OOO 보건위생과에 신고한 기존재산 목록에 의하면 쟁점토지를 기본재산 중 수익사업용으로 분류·기재되어 있는바, 이에 대하여 청구법인은「법인세법」상 수익사업의 분류와는 무관하게 국고보조금을 줄이기 위해 수익사업용 기본재산을 갖추도록 강제한「사회복지사업법 시행규칙」에 따라 부득이하게 형식적으로 분류한 것일 뿐, 실질적으로는 농작물의 경작을 통한 환우들의 정신질환치료목적으로 사용한 것이라고 주장하고 있다.

(3) 청구법인은「사회복지사업법」및「정신보건법」에 따라 1978.9.14. 설립(최초 허가일)되어 아래〈표1〉과 같이 정신질환의 예방과 정신질환자의 의료 및 사회복귀를 위한 위탁치료사업등 공익사업을 영위하고 있는 사회복지법인(공익법인)으로, 그 운영재원은 아래〈표2〉와 같이 OOO의 보조금(국고+시 금고)과 후원금, 입소자 부담금, 자체 수익사업 수입금으로 충당하고, 동 재원의 운용상활 등 운영전반에 관한 사항을 OOO로부터 관리·감독을 받고 있으며, 1982.2.22. 쟁점토지를 취득하여 2009.5.20. OOO로 수용될 때까지 정신장애인들의 재활을 위한 작업치료와 생활보호대상자들의 자활차원에서 영농활동에 사용하고 여기서 발생된 영농수입은 전액 고유목적사업에 사용하였고, 쟁점토지가 매각될 것으로 예상되어〈표3〉과 같이 2009.1.1. 이후부터 대체토지 확보를 위해 쟁점토지 외에 국유재산인 쟁점외토지 4,648㎡를 OOO로부터 대부받아 종전과 같이 경작을 통한 환우들의 정신질환치료목적으로 계속 사용하고 있는 것으로 나타난다.

OOO

(4) 2009년 8월 주무부처인 OOO에게 한 쟁점토지 (관리·처분)변경허가신청서를 보면, 쟁점토지를 OOO 고시 제2007-75(2007.10.19.)호로 실시계획인가 된 OOO외 하천조성공사에 법인의 토지와 건물 등이 편입되어 OOO에서 2009.3.24. 수용재결되었고, OOO에 토지대금 및 건물 보상금액이 전량 공탁되었기에 공탁금 수령을 하고자 하며, 「사회복지사업법」제23조 제3항 및 같은 법 시행규칙 제14조 제1항에 따라 사회복지법인의 기본재산을 처분하고자 신청하오니 허가하여 주시기 바랍니다.”로 기재되어 있고, 이에 대한 대전광역시장의 2009.8.24. 회신(보건위생과-20826)에 의하면, 법인의 기본재산을 허가권자의 허가를 득하지 않고 다른 용도로 사용하실 경우 「사회복지사업법」제26조 및「공익법인설립에 관한 법률」에 의거 행정처분(설립허가 취소 등)이 된다는 것을 부관으로 하여 쟁점토지의 관리·처분을 변경허가한 사실로 볼 때 쟁점토지는 주무부처의 통제하에 관리되고 있는 것으로 나타난다.

(5) 「정신보건법」제18조의3 제1항의 규정에 의해 보건복지부 장관은 정신보건시설에 대한 평가를 매 3년마다 실시하되 평가지침상 평가항목, 평가지표에 따라 “원내의 작업요법”에 대하여 ① 작업이 자발적(생활인 및 가족의 동의서)으로 실시되는지, ② 정신과 의사의 작업처방이 확인되는지, ③ 작업에 대한 적절한 보상이 이루어지고 있는지, ④ 작업환경이 양호한 재활작업장(보호작업장)을 확보하고 있는지 여부를 확인하여 평가하도록 하고 있는바, 청구법인은 1982.2.22. 쟁점토지를 취득하여 2009.5.20. OOO 사업지구의 택지에 편입되어 수용될 때까지 정신장애인들의 재활을 위한 작업치료와 생활보호대상자들의 자활차원에서 영농활동에 사용한 작업치료일지를 제출하여 평가위원으로부터 4가지 평가항목의 요건을 모두 충족하여 우수로 평가받은 사실이 있고, 그 당시 제출된 작업치료일지를 보면 쟁점토지를 재활작업장으로 활용하여 작업치료에 직접 사용한 사실이 농작물 재배 등을 비롯 기타 작업치료활동을 포함하여 환우들의 작업시간, 작업내역, 작업장소, 작업지도원들이 구체적으로 기재하고 정신과전문의의 날인이 되어 있으며, 2008년～2009년 작업치료일지에는 환우들을 조울증, 정신분열증, 기질성정신병으로 분류하여 작업시간을 개인별 카드화하고, 작업종류를 무, 고추, 호박, 배추, 파, 열무, 근대, 고구마순, 상추, 강낭콩 등 농작업(밭), 하수구 및 쓰레기작업, 퇴비, 비료 작업(밭), 소막주변정리, 볏집작업, 제초작업 등으로 구분하여 실시한 것으로 나타난다.

(6) 「법인세법」제3조 제3항 제5호에서 비영리내국법인의 각 사업년도의 과세소득은 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입으로 규정하면서, 같은 법 시행령 제2조 제2항에서 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말하며, 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 보도록 규정하고 있고, 「국세기본법」제14조 제2항에서 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용하도록 규정하고 있으며, 「정신보건법」제46조의2 및 같은 법 시행규칙 제23조의2에서는 정신요양시설내 입원환자에 대해 치료의 일환으로 작업요법에 대해 규정하고 있어 작업치료활동도 청구법인의 고유목적사업에 해당하는 것이다.

(7) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 「법인세법」제3조 제3항 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 의하면, 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 토지의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세를 과세하지 아니한다고 규정되어 있는바, 이 때 타 법에 의한 수익용 기본재산에 해당하고 동 법인이 관할교육청 등에 수익용 기본재산으로 신고하였더라도「법인세법」상 고유목적사업에 직접 사용된 토지에 해당하는지 여부는 당해 비영리법인의 사업목적과 취득목적을 고려하여「법인세법」에 의거 그 실질사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하는 것(대법원 2002.10.11. 선고 2001두878 판결)으로, 「정신보건법」제46조의2 및 같은 법 시행규칙 제23조의2에서는 정신요양시설내 입원환자에 대해 치료의 일환으로 작업요법에 대해 규정하고 있어 작업치료활동이 청구법인의 고유목적사업에 해당하는 점, 보건복지부의 사회복지시설 평가지침에 농작물 재배등 작업치료의 운영이 중요한 평가지표로 나타나고 있고, 청구법인이「정신보건법」에 따라 쟁점토지를 재활작업장으로 활용하여 작업치료에 직접 사용한 사실이 환우들의 작업시간, 작업내역, 작업장소 등이 구체적으로 기재하고 정신과전문의의 날인이 되어 있는 작업치료일지에 의하여 확인되며, 보건복지부장관으로부터 위임받은 OOO으로부터 우수한 운영평가결과를 받은 것으로 나타나고 있는 점, 2010년 임시이사회회의록에 의하면, 쟁점토지의 경작으로 인하여 발생된 수익 전액을 고유목적사업을 위한 운영비로 사용한 사실이 있는 점, 쟁점토지의 매각대금을 고유목적사업을 위한 자산을 취득하는데 사용한 사실이 확인되는 점, 비록 청구법인의 정관과 주무부처인 OOO에게 보고한 서류에 쟁점토지가 기본재산 중 수익사업용으로 기재되어 있으나, 이는 국고보조금 등을 줄이기 위하여「사회복지사업법 시행규칙」에서 수익사업용 기본재산을 어느정도 갖추도록 강제하고 있어 「법인세법」상 소득의 분류기준인 수익사업과 실질적인 사용목적과는 달리 수익사업용 기본재산으로 분류한 것이라는 청구주장에 신빙성이 있는 점 등에 비추어 볼 때 쟁점토지는 「법인세법」제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조에서 규정한 청구법인의 고유목적사업(정신질환자들의 치료목적)을 수행하기 위해 3년 이상 직접 사용한 자산에 해당하는 것으로 보인다.

따라서, 처분청이 쟁점토지를 3년 이상 고유목적사업에 사용하지 아니한 것으로 보아 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.