가. 코스닥 상장법인인 OOO 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)는 광통신 및 유무선 통신장치 관련 제품을 제조판매하는 법인으로 2011사업연도 종료일 현재 발행주식 총 수 OOO(발행주식의 0.92%)를 자기주식으로 보유하고 있었고, 쟁점법인의 최대주주는 대표이사 OOO으로 2011사업연도 종료일 현재 쟁점법인 발행주식의 23.9%를 보유하고 있었으며, 청구인은 2011사업연도 종료일 현재 쟁점법인 발행주식의 1.27%를 보유하고 있었다.

나. 청구인은 쟁점법인에서 비등기 상근 이사의 직위로 근무하다 2011.12.31. 퇴사한 후, 2012년 중 청구인이 보유하던 쟁점법인 주식 전부를 코스닥 시장에서 매각(이하 “쟁점거래”라 한다)하였고, 청구인은 쟁점거래를 양도소득세가 비과세되는 상장주식의 양도로 보아 양도차익에 대한 양도소득세를 신고납부하지 아니하였다.

다. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.3.17.부터 2016.4.5.까지 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시하여 쟁점거래가 대주주의 주권상장법인 주식양도에 해당한다고 보아 관련 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 조사청의 통보에 따라 2016.9.2. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세OOO원을 결정고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2016.11.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 쟁점법인이 보유하고 있는 자기주식을 청구인의 보유주식과 합산하여 청구인을 대주주로 보아 이 건 양도소득세를 과세하였으나, 청구인은 쟁점법인에 대한 경영권을 행사하고 있지 않음에도 불구하고 쟁점법인의 자기주식을 청구인의 보유주식과 합산하여 대주주 여부를 판단하는 것은 부당하다. 당초 기타주주가 보유한 주식까지 합산하도록 한 규정은 주식 분산을 통한 조세회피를 방지하고자 하는데 그 취지가 있고, 같은 취지에 비추어 주식 양도인이 해당 법인에 경영권을 행사할 수 있을 경우에 한하여 그 법인이 보유중인 자기주식을 합산하여 대주주 여부를 판단하는 것이 타당하다.

현재 많은 상장법인들은 주가부양 등 여러 목적을 달성하기 위해 자기주식을 보유하고 있고, 해당 법인의 경영권 없는 임직원이 단 OOO의 주식만을 보유하다 장내에서 거래해도 대주주로서 양도소득세를 부담하게 되는 기이한 결론에 도달하게 된다. 관련 유권해석(법령해석과-1922, 2016.4.14.)의 경우 대주주 판단시 경영권 행사가 가능한 경우 자기주식을 합산해야 한다고 회신한 사실이 있다.

따라서 청구인이 영향력을 행사할 수 없는 쟁점법인의 주식을 장내매도한 이 건의 경우, 쟁점법인의 자기주식을 청구인 보유주식과 합산하여 대주주 여부를 판단하는 것은 부당하다.

(2) 2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정된 「소득세법 시행령」제157조 제4항 제1호는 대주주의 범위에 포함되는 ‘기타주주’가 되는 특수관계 여부 판단 시점을 주식 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일로 규정하고 있으나, 이 건에 적용되는 2012.2.2. 대통령령 제23588호 개정된 「소득세법 시행령」(이하 “구법시행령”이라 한다)에 의하면 ‘기타주주’가 되는 특수관계 여부에 대한 판단 시점을 규정하고 있지 아니하다. 따라서 동 조항이 2016.2.17. 개정된 후에야 기타주주의 판단 시점이 ‘직전 사업연도 종료일 현재’가 되는 것인바, 동 조항이 2016.2.17. 개정되기 전까지는 별다른 규정이 없으므로 주식 등의 양도 당시를 기준으로 ‘기타주주’의 범위를 확정한 후 이러한 기타주주가 ‘직전 사업연도 종료일 현재’ 보유한 지분까지 합산하여 대주주 해당 여부를 판단하는 것이다.

따라서, 2012년 주식 양도 당시에는 청구인이 쟁점법인을 퇴사한 상태여서 쟁점법인과 특수관계가 해소되었음에도 불구하고, 양도 당시 쟁점법인을 청구인의 특수관계인으로 보아 쟁점법인이 보유한 주식까지 합산하여 대주주 해당 여부를 판단하는 것은 타당하지 아니하다. 청구인은 쟁점법인 퇴사로 특수관계가 소멸된 이후인 2012년에 주식을 양도하였기에 청구인만을 기준으로 할 경우 2011.12.31. 현재 보유한 쟁점법인 주식(OOO주)은 보유비율 5% 미만 및 시가총액 OOO억원 미만이어서 양도소득세가 과세되는 대주주에 해당하지 아니하므로, 이 건 부과처분은 위법하다.

처분청은 청구인이 2012.6.30.까지 쟁점법인으로부터 근로소득을 지급받은 사실이 있어 2012.6.30. 쟁점법인과의 특수관계가 소멸된 것으로 보아야 한다는 의견이나, 쟁점법인의 임원으로서 3년이상 재직하고 퇴직한 임원에 대한 비상근 상담역에 대한 보수 명목으로 퇴직위로금을 지급한 것이다. 청구인과 같이 비상근 상담역으로 지급받은 대가는 사업소득에 해당함에도 쟁점법인의 착오로 인해 근로소득으로 원천징수된 것이므로 청구인의 퇴사일은 2011.12.31.이다.

나. 처분청 의견

(1) 관련 유권해석(법령해석과-OOO, 2016.6.14.)은 「국세기본법 시행령」제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계 해당여부에 관한 사례로, 처분청이 국세기본법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24366호로 개정되기 전의 것)」제1조의2 제2항 제1호에 따라 청구인을 쟁점법인의 임원으로 보아 특수관계 해당한다고 판단한 것과 관련 없는 해석으로 보인다. 따라서 청구인(주주 1인) 및 그가 임원으로 있는 법인(쟁점법인)이 「국세기본법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24366호로 개정되기 전의 것)」제1조의2 제2항 제1호에 따른 특수관계인에 해당하는 경우로, 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도(2012년)의 직전사업연도(2011년) 종료일 현재 청구인이 보유하는 주식의 시가총액과 특수관계인인 쟁점법인이 보유하고 있는 자기주식의 시가총액을 포함하여 OOO원(코스닥시장상장법인의 주식 등의 경우에는 OOO억원) 이상인 경우에 해당하므로, 「소득세법 시행령」(2016.2.17. 대통령령 제24356호로 개정되기 전의 것) 제157조 제4항 제2호 및 소득세법 제94조 제3항에 따라 양도소득세를 과세한 처분은 적법하다.

(2) 청구인은 특수관계인의 범위를 양도일을 기준으로 판단하는 것이 타당하다고 주장하나, 특수관계를 판단하는 시점은 양도시점이 아닌 직전 사업연도 종료일을 기준으로 판단하는 것이 타당하다. 설령 특수관계를 양도일 기준으로 판단해야 한다는 청구주장이 타당하다고 하더라도 청구인은 2011.12.31. 쟁점법인을 퇴사한 후 2012년 중 쟁점법인의 주식을 양도한 것이 아니라 청구인이 쟁점법인으로부터 2012.6.30.까지 근로소득을 지급받은 사실이 국세청 전산망으로부터 확인되어 이를 고려하면 2012.6.30. 이전에 청구인이 쟁점주식을 양도한 부분은 양도소득세 과세 대상이 된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점법인이 보유한 자기주식을 청구인이 보유한 주식과 합산하여 대주주에 해당한다고 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

② 특수관계 여부를 주식 양도일이 아닌 양도일 직전사업연도 종료일을 기준으로 판단하여 양도소득세를 과세한 처분 및 청구인의 쟁점법인 퇴사일에 특수관계가 소멸하였다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 쟁점거래와 관련하여 아래와 같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구인은 쟁점법인이 설립된 2001.4.20.부터 2011.12.31.(토)까지 쟁점법인에서 근무하였고, 퇴사일 현재 마케팅 총괄임원(비등기 상무이사)이었던 것으로 나타난다. 청구인은 2011년말 기준 쟁점법인 주식 OOO를 보유하다 2012년 중 코스닥시장에서 전량 매각한 것으로 나타난다.

OOO

(나) 청구인은 아래 <표1>과 같이 2010년말 기준 쟁점법인의 발행주식 OOO)를 보유하다 2011년 중 유무상 증자로 OOO를 추가 취득하였고, 같은 해 11월경 쟁점법인의 주식OOO를 장내 매각한 후, 「소득세법」 제94조 제1항 및 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 규정한 대주주(보유비율 5% 이상 또는 시가 OOO억원 이상) 범위에 해당하는 것으로 보아 양도소득세 신고 및 납부한 것으로 나타난다.

OOO

(다) 청구인이 쟁점법인에서 퇴사한 2011.12.31. 현재 아래 <표2>와 같이 쟁점법인의 최대주주는 쟁점법인의 대표이사인 OOO(보유비율 : 23.39%)이고 청구인은 쟁점법인의 주식 OOO주(보유비율 : 1.27%, 시가 OOO원)를 보유하고 있었던 것으로 나타나며, 청구인은 2012년 중 수차례에 걸쳐 쟁점법인의 주식을 코스닥 시장에서 전량 매각하면서 청구인이 양도소득세가 과세되는 대주주 요건을 충족하지 아니하는 것으로 판단하여 쟁점거래에 따른 양도차익에 대해 양도소득세를 신고납부하지 아니한 것으로 나타난다.

OOO

(2) 청구인은 쟁점거래일이 속한 사업연도(2012년) 이전에 청구인과 쟁점법인은 특수관계가 소멸(2011.12.31.)하였으므로 특수관계가 없는 청구인이 소유한 쟁점법인의 주식과 쟁점법인이 소유한 쟁점법인의 주식을 합산하여 대주주 여부를 판단해서는 안된다고 주장하면서 아래와 같은 심리자료를 제시하였다.

(가) 청구인이 제시한 「소득세법 시행령」제157조 제4항 제1호 신구조문 대비표는 아래 <표3>과 같고, 동 시행령에 따르면 합산 대상이 되는 주식 소유자의 인적범위를 주식 양도일이 아닌 직전 사업연도 종료일을 기준으로 판단하도록 개정된 것으로 보인다.

(나) 청구인은 취득 후 1년 이상 업무에 사용하지 않은 업무무관부동산 양도(취득 후 1년 이내 매매계약)시 특별부가세를 과세할 수 있는지 여부에 대해 대법원은 ‘특별부가세는 양도소득세와 마찬가지로 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하는 특성을 지니고 있으므로 그 과세요건·면세요건에 해당하는지 여부는 특별부가세에 준용되는 구 소득세법 시행령(1998.12.31. 대통령령 제15969호로 개정되기 전의 것) 제162조 소정의 양도시기(대금청산일)를 기준으로 판정하여야 하는 것’이라는 취지의 대법원 판례(대법원 2001.7.27. 선고 99두8268 판결)를 제시하였다.

(다) 청구인은 대주주 범위 판단에 있어 특수관계 여부는 주식의 양도시점을 기준으로 판단한다고 기재된 20042014년 국세청 양도소득세 신고해설 책자 일부를 발췌하여 제출하였다.

(3) 처분청은 2012.1.1.～2012.6.30. 청구인이 쟁점법인으로부터 수취한 총급여액이 OOO이라고 기재된 소득내역을 제시하면서 쟁점법인이 청구인에게 2012.1.1.～2012.6.30. 기간 중OOO원을 지급한 사실이 기재된 근로소득 원천징수영수증을 제출하였다.

(4) 청구인은 2012.1.1.～2012.6.30. 쟁점법인으로부터 수령한 금원이 근로소득이 아니라는 주장을 뒷받침하기 위해 아래와 같은 증빙을 제출하였다.

(가) 쟁점법인의 청구인에 대한 인사기록카드에는 청구인의 퇴직일이 2011.12.31.로 기재되어 있고, 서약서(2011.12.26.)에 의하면 청구인은 퇴직을 원인으로 한 비밀유지서약을 한 것으로 나타나며, 청구인이 쟁점법인에 제출한 사직원의 작성일은 2011.12.26.로 기재되어 있다.

(나) 쟁점법인의 경영지원실 OOO에서 작성한 품의서(2011.12.30.)에 의하면 3년 이상 재직한 퇴직임원에 대한 예우 및 업무상 취득한 기밀유지를 목적으로 청구인을 2012년 1월부터 2012년 6월까지 비상근 상담역으로 선임하고, 월OOO과 3개월간 법인차량을 지원하는 보상을 제공하되 청구인은 경쟁업종이나 영업활동이 금지되고, 쟁점법인에서 취득한 업무상 비밀에 대해 2년간 비밀유지의무를 부담하는 내용이 기재되어 있다.

(다) 비상근 상담역 선임에 따른 합의서(2011.12.31.)에 의하면 청구인과 쟁점법인은 2011.12.31. 근로관계를 종료하고 2012.1.1.～2012.6.30. 비상근 상담역으로 선임하며 청구인의 의무와 쟁점법인이 청구인에게 지급할 보수내용이 기재되어 있다.

(라) 청구인이 제시한 OOO, 2005.6.15. 질의회신에 의하면 지방자치단체에서OOO’ 상담원(OOO간)을 배치하면서 활동비(월OOO만원)를 지원하는 경우 고용관계 없이 상담용역을 제공하고 받는 대가는 사업소득에 해당한다는 취지의 답변을 한 사실이 나타난다.

(마) 청구인은 2012년 쟁점법인의 출입기록을 제출하였고, 제출된 출입기록에 의하면 청구인의 출입기록은 없는 것으로 나타난다.

(5) 청구인과 처분청은 쟁점법인에 영향력을 행사할 수 없어 쟁점법인이 보유한 쟁점법인의 주식(자기주식)은 대주주 판단 시 합산 대상이 아니라는 청구주장에 대해 아래와 같은 심리자료를 제시하였다.

(가) 청구인은 자기주식을 보유중인 법인의 사례들을 제시하면서 쟁점법인이 보유한 자기주식을 대주주 판단시 합산대상으로 본다면, 자기주식을 보유하고 있고, 자기주식을 보유한 법인의 임직원이 그 법인의 주식을 단 OOO주라도 보유하다 장내에서 매각하는 경우 대주주에 해당하여 양도소득세 과세대상이라는 부당한 결과에 이른다는 의견을 제시하였다.

(나) 청구법인과 처분청은 특수관계 있는 법인이 보유한 자기주식을 대주주 판단시 합산한 해석사례(법령해석-21371922)를 제시하였다

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 자기주식을 처분할 경우 경제적 효익의 유입을 기대할 수 있다는 측면에서 자기주식을 발행법인의 자산에 해당하는 것으로 보는 견해가 있으나 기업회계기준상 자기주식을 취득하는 경우 원가법으로 계상하고, 자본의 차감항목으로 계상하고 있는 점, 「상법」(2011.4.14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것)상 회사는 원칙적으로 자기주식의 취득이 제한되었을 뿐만 아니라 자기주식은 의결권, 이익배당청구권 등의 주주권 행사가 제한되어 유통 주식수의 감소라는 측면에서 유상감자와 경제적 실질이 동일한 것으로 보이는 점, 자기주식의 처분은 신주발행절차가 아닌 이사회의 결의로 그 가액과 상대방, 처분방법을 정할 수 있도록 하여 자기주식의 보유가 출자의 환급과 완전히 동일하다고 보기 어려우나 「국세기본법 시행령」제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에서 정한 자기주식을 보유한 회사의 이사회에 실질적인 영향력 행사와 같이 실질적 경영권을 행사하고 있는 주주에 대해서만 자기주식수를 합산하는 것은 예외로 하더라도 「소득세법 시행령」에서 정한 규모 이상의 자기주식을 보유하고 있는 법인의 임직원들을 예외없이 대주주에 포함하는 것이 불합리해 보이는 점, 쟁점법인이 일시적으로 자기주식을 보유하였다 하여 주주권행사의 대상이 되는 당해법인 자체를 동 법인의 주주로 보는 것은 논리적·순환론적 모순으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점법인을 「소득세법 시행령」제157조 제4항 제1호의 주주 1인 또는 기타주주로 보기 어렵다고 할 것인바, 청구인이 쟁점법인의 주식을 양도한 직전사업연도 종료일 현재 청구인 단독으로 보유한 쟁점법인의 주식만으로는 쟁점법인의 대주주에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 청구인을 쟁점법인의 대주주로 보아 이 건 2012년 귀속 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(나) 쟁점①이 인용되어 쟁점②는 별도로 심리할 실익이 없으므로 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.