2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고의 영업:1998.10.경부터 귀금속 제조 및 도・소매업을 영위하고 있는 법인

나. 원고의 매입거래(이하 '이 사건 매입') 및 세금신고

(1) 2004년 2기 과세 기간 세금계산서 3매(이하 '이 사건 세금계산서')수수

(가) 매입처 : 주식회사 □□금속(이하 '소외 회사')

(나) 거래품목 : 공급가액 합계 109,656,100원 상당의 지은(Ag,은괴)

(2) 2004년 2기 부가가치세 및 2004년 귀속 법인세 각 신고・납부 : 해당 매입세액 공제 및 공급가액 상당의 매입액을 손금산입

다. 중부지방국세청장의 소외 회사에 대한 세무조사

: 실물거래 없이 허위의 세금계산서를 발행하는 이른바 자료상 행위로 고발

라. 피고의 경정・고지(2008.6.4., 이하'이 사건 처분')

(1)사유 : 실물거래 없이 허위의 이 사건 세금계산서 수취. 이사건 매입은 가공거래

(2)경정 내역

(가)2004년 제2기 부가가치세 매입세액 불공제

(나)2004년 법인세 해당 매입액 손금불산입

(3)고지 세액

(가)2004년 2기 부가가치세 : 17,185,289원

(나)2004년 귀속 법인세 : 38,675,190원

[인정근거 : 갑 1호증의 1 내지 4, 갑 3호증, 을 1호증, 을 2호증, 을 3호증의 1 내지3, 을 4호증 을 8호증의 1내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 처분의 적법여부

가.원고의 주장

원고는 소외 회사로부터 세차레에 걸쳐 지은을 매입하고 거래대금을 현금으로 지급하는 등 정상거래를 하였음에도 불구하고, 소외 회사의 대표이사가 자료상 행위로 고발되었다는 이유만으로 위 거래까지 모두 가공거래로 본 이 사건 처분은 위법하다.

나.판단

(1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있음이 원칙이나, 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지금의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 경우에는, 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 1997.9.26.선고 96누8192 판결, 대법원 2006.4.14 선고 2005두16406 판결 등 참조).

(2) 이 사건 세금계산서가 실제 거래관계 없이 허위로 작성된 것인지에 관하여 살피건대, 을 6호증, 을 7호증의 1 내지 4, 을 16호증의 1내지 3의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 박○○는 1999.7.29.부터 2005.12.31.까지 실질적으로 소외 회사를 운영해온 사람으로서, 위 기간 동안에 원고 회사뿐 아니라 여러 업체들에게 지은등에 관한 실물거래를 가장하여 세금계산서 144매 금액 합계 5094,983,959원 상당을 발행함으로써 조세범처벌법을 위반하였다는 혐의로 중부지방국세청장에 의하여 형사고발되었고 현재 소재불명으로 기소중지된 상태인 사실, 소외 회사는 귀금속 가공업체로부터 폐수,폐기물을 수거하여 여기에서 금,은 등을 추출한 다음 추출물을 되돌려주면서 수수료를 지급받는 것을 주된 영업으로 하고 있고, 금・은 등 귀금속을 판매하는 업체는 아닌 사실, 소외 회사는 월매출이 약 5천만원에서 1억원 정도로 소규모라는 점을 감안할 때 위 세금계산서상 공급금액이 비정상적으로 과다한 사실, 세무조사 당시 소외 회사의 경리직원 정○○,김○○은 폐수,폐기물 관련 수수료 매출은 그때그때 회사 매출장부에 기입하였으나 지은 매출과 관련하여서는 월말에 대표이사 박명수로부터 교부받은세금계산서의 내용을 그대로 장부에 옮겨 적었을 뿐이고, 실제로 세금계산서 상당 판매대금이 회사로 입금되었는지 여부는 알지 못한다는 취지의 확인서9을 7호증의 1,3)를 작성하여 제출한 바 있고, 소외 회사의 공장장 박□□도 소외 회사에서 지은을 판매한 적이 없고, 원고 회사를 비롯하여 지은 판매처로 되어 있는 회사들과 실제로 거래한 바 없다는 취지의 확인서(을 7호증의 4)를 작성하여 제출한 바 있는 사실이 인정되는바, 위 각 인정사실에 의하면 이 사건 세금계산서가 소외 회사로부터 지은을 공급받고서 작성 ,교부받은 것이 아니라 허위로 작성한 것으로 봄이 상당하다.

이에 대하여 원고는 소외 회사로부터 지은을 공급받고, 거래대금을 지금하기 위하여 대표이사 가지급금을 회수하여 현금으로 지급하였다 주장하면서 확인서(갑 2호증),입금표(을 9호증의 1 내지 3),현금출납장(을 10호증의 1 내지 3),현금지불에 대한 요약서(을 11호증)등을 입증자료로 제출하고 있다.살피건대,①박□□ 작성의 확인서(갑 2호증)는 박□□가 자료상행위로 고발되어 기소중지 상태에 있는 소외 회사 대표이사 박○○의 친동생이고, 위 확인서의 내용이 세무조사 단계에서의 진술을 완전히 번복하는 것임에도 불구하고 번복 경위에 대하여 납득할 만한 해명이 없고, 번복 내용도 구체적이지 않은 점,②입금표(을 9호증의 1 내지 3)는 당사자 사이에 임의로 작성,교부할 수 있는 문서에 불과하여 이를 그대로 믿기 어려운 점,③원고의 현금출납장(을 10호증의 1내지 3)에는 이 사건 거래 당일에 대표이사 가지급금을 회수한 것으로 기재되어 있기는 하나, 이는 원고 회사의 법인 계좌(을11호증)의 입출금 내역과 일치하지 않을 뿐만 아니라 가지급금 회수 과정을 뒷받침할만한 객관적인 금융자료가 없는 점,④일반 거래관행에 비추어 1억원이 넘는 큰 돈을 상대방 회사의 법인 통장이 아닌 현금으로 교부한다는 것은 납득하기 어려운 점 등의 사정에 비추어 보면 원고가 제출한 입금표 등의 입증자료는 실제 거래 내역을 그대로 반영하여 정확하게 만들어진 것이라고 보기 어렵거나, 앞서의 판단을 뒤집기에는 부족하다.

(3)소결

따라서, 이 사건 세금계산서가 실제 거래 없이 가공으로 작성된 것이거나 실제와 다르게 허위로 작성된 것임을 전제로 한 이사건 각 부과처분은 적법하다.

3.결 론

그렇다면 ,원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.