가. 청구인은 2000.10.16. 취득한 OOO 및 724-6 토지 합계 2,741㎡ 및 그 지상 공장 등의 2층 건물 1,577.5㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 자가 사용하거나 임대하다가 2017.3.14. OOO 외 1명에게 OOO원에 양도한 후, 2017.5.31. 그 취득가액을 환산가액OOO으로 산정하여 양도소득세 OOO원을 신고납부하였다.

나. OOO장이 2018.4.6.부터 2018.4.27.까지 실시한 처분청에 대한 감사결과, 청구인이 양도소득세 신고시 한 쟁점부동산 양도가액의 각 자산별(토지․건물) 안분계산에 오류가 있고, 청구인이 쟁점부동산과 그 외 같은 리 723-18 외 1필지 토지 합계 217㎡(이하 “전체부동산”이라 한다)를 함께 취득한 실지거래가액이 OOO원인 것으로 보아 증액경정하도록 감사지적하였고, 이에 따라 처분청은 2018.8.9. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.10.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) (주위적 청구) 청구인의 쟁점부동산 실지취득가액은 다음과 같은 이유로 불분명한 것으로 보아 환산가액을 적용하여 산정함이 타당하다.

(가) 청구인은 2000.10.16. 쟁점부동산을 OOO(이하 “전소유자”라 한다)으로부터 매수하였으나, 그 후 양도당시까지 17년이 경과하여 취득당시 매매계약서를 보관하고 있지 않고, 전소유자는 이미 사망한 상황이다.

(나) 처분청은 1년 미만의 기간 동안 쟁점부동산을 소유하다가 단기양도한 후 전소유자가 양도소득세 신고한 쟁점부동산 실지양도가액OOO을 청구인의 쟁점부동산 실지취득가액으로 보아 경정하였으나, 전소유자의 쟁점부동산 양도소득세 신고내용이 아래 ＜표1＞과 같은바, 그 양도차손 신고내용과 기준시가에 맞춰 매매계약서를 작성한 당시의 관행 등에 비추어 신빙성이 낮아 보인다.

＜표1＞ 전소유자의 양도소득세 신고내용

(다) 청구인은 사업용 고정자산으로 쟁점부동산을 취득하였고, 2000년말 현재 대차대조표상 그 장부가액은 OOO이며, 2001.6.14.을 평가기준일로 하여 작성된 OOO의 외부감정평가서를 보면, 감정평가액이 OOO으로 되어 있는바, 쟁점부동산 전소유자의 양도소득세 신고내용에 신빙성이 낮다는 청구주장을 뒷받침한다.

(라) 검인계약서는 실지계약서로 추정되는 것이지만 그 검인계약서상 부동산의 매매가액이 기준시가를 기준으로 작성되었고, 시가와 상당한 차이가 나는 경우 그 추정력은 번복되고, 달리 매매계약서 및 금융증빙 등 객관적인 증빙자료에 의하여 양도한 부동산의 실지취득가액을 확인할 수 없는 경우, 그 취득가액이 불분명한 것으로 보아 환산가액을 적용하여야 하고(OOO 2009.5.28. 선고 2008구합2485 판결, 조심 2010중3762, 2010.12.29. 외 다수 참조), 과세관청이 이 건 청구인의 주장과 유사한 이유로 취득가액을 환산가액으로 경정하여 양도소득세를 과세하자 조세심판원은 이를 정당한 처분으로 본 사례(조심 2018중2311, 2018.6.29.)도 있다.

(2) (예비적 청구) 설령, 청구인의 쟁점부동산 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하더라도 청구인이 쟁점부동산을 사업에 공하면서 작성한 대차대조표상 자산가액이 실지취득가액으로 적용되어야 한다.

(가) 전소유자가 신고한 쟁점부동산의 실지양도가액이 당시 기준시가와 감정평가액 보다 낮아 시세에 부합하지 않음은 전술한 바와 같으므로 청구인의 쟁점부동산 실지취득가액은 장부가액에 의하여 산정되어야 한다.

(나) 따라서, 청구인의 쟁점부동산 실지취득가액을 대차대조표에 계상한 2000년말 현재 쟁점부동산 중 토지의 가액인 OOO원과 2016년말 현재 쟁점부동산 중 건물의 가액인 OOO원의 합계액에서 2016년말까지의 감가상각누계액 OOO원을 차감한 가액인 OOO원으로 하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인의 쟁점부동산 실지취득가액은 전소유자가 양도소득세 신고한 그 실지양도가액에 의하여 확인되므로 청구인의 쟁점부동산 취득가액을 환산가액으로 산정하여야 한다는 청구주장을 받아들일 수 없다.

(가) 청구인은 전체부동산 전소유자가 신고한 실지양도가액이 기준시가보다 낮으므로 이를 실지거래가액과 다른 것으로 보아야 한다고 주장하나, OOO장이 처분청에 대한 감사시 청구인에게 이를 직접적으로 입증할 증빙자료를 제출하도록 여러 차례 요청하였음에도 불구하고 이에 응하지 아니하였다.

(나) 이 건 부과처분은 단순히 전소유자가 신고한 실지양도가액이 확인되었다는 사유만으로 양도소득세를 부과한 것이 아니라 전체부동산의 취득시점에 청구인이 채권최고액 OOO원의 근저당권(통상적인 설정비율 OOO 감안시 그 채권 원금은 OOO원인 것으로 추정됨)을 설정한 사실이 확인되는 점, 전체부동산을 담보로 한 전소유자의 채무가 과다하였고, 우리나라에 외환위기가 발생하여 경제가 어려운 상황이었으므로 전소유자가 이를 헐값에 매각하였을 개연성이 있는 점, 청구인에게 상기 대여금 외에 전체부동산의 전소유자에게 추가로 전체부동산의 매수대금을 지급하기 위해 청구인의 통장에서 현금을 출금한 내역이라도 제출하도록 요청하였으나 이마저도 불응한 점 등을 종합적으로 고려하여 이 건 부과처분을 한 것이다.

(2) 청구인이 제시한 조세심판원 선결정례와 이 건은 쟁점과 관련한 사실관계가 달라 원용할 수 없고, 처분청의 의견과 부합하는 조세심판원 선결정례가 다수 있다.

(가) 청구인이 제시한 조세심판원 선결정례(조심 2010중3762, 2010.12.29.)의 경우, 처분청이 부동산의 취득가액으로 본 금액을 초과하는 전세권 설정액 등을 종합적으로 고려하여 재결한 것인 반면, 이 건의 경우 그러한 사정이 없고 사실관계가 다르므로 원용할 수 없다.

(나) 반면, 조심 2011중1525, 2011.6.17., 조심 2009서2453, 2009.10.20., 조심 2009전2441, 2009.9.3. 등 다수의 조세심판원 선결정례가 처분청의 의견과 부합한다.

(3) 청구인의 예비적 청구에 대한 처분청의 의견은 다음과 같다.

(가) 청구인은 ‘OOO’이라는 상호로 종이상자를 제조하는 개인사업을 영위하다가 매수한 전체부동산으로 기존의 사업장을 이전하였으며, 계속하여 외부조정으로 종합소득세 신고를 하고 있다.

(나) 전체부동산 중 토지의 장부가액 OOO원은 취득시 기준시가와 동일하여 취득당시의 기준시가를 장부에 계상한 것으로 추정되고, 쟁점부동산 중 건물의 장부가액 OOO원은 이를 계상한 근거가 확인되지 않으며, 당시의 지방세 시가표준액을 준용하여 계상한 것으로 보이므로 처분청은 이를 실지취득가액으로 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인의 쟁점부동산 취득가액을 전소유자가 신고한 양도가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 따른다.

제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조에 따른 가액에 따라야 한다.⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계 조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제163조【양도자산의 필요경비】① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 “취득에 든 실지거래가액”이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

제176조의2【추계결정 및 경정】① 법 제114조 제7항에서 대통령령으로 정하는 사유 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 감정평가법인 이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 전소유자로부터 2000.10.16. 쟁점부동산을 자가 사용하거나 임대하다가 2017.3.14. OOO원에 양도한 후, 2017.5.31. 그 취득가액을 환산가액OOO으로 산정하여 양도소득세를 신고하였고, 그 구체적인 신고내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 청구인의 쟁점부동산 양도소득세 신고내역

(2) 처분청은 OOO장의 감사지적에 따라 청구인이 양도소득세 신고시 한 쟁점부동산 양도가액의 각 자산별(토지․건물) 안분계산 오류를 바로잡고, 청구인의 전체부동산 실지취득가액이 OOO원인 것으로 보아 이를 취득당시의 각 자산별 기준시가 비율로 안분계산하여 쟁점부동산 취득가액을 OOO원으로 산정(구분)한 후, 이를 반영한 증액경정을 하여 2018.8.7. 청구인에게 이 건 양도소득세 부과처분OOO을 하였다.

(3) 청구인은 쟁점부동산의 양도소득세 신고시 토지․건물의 일괄양도가액을 각 자산별 양도당시의 기준시가 비율로 안분계산하여 각 자산별 양도가액을 구분하는 과정에서 건물의 기준시가를 잘못 산정(건물의 신축연도를 오인으로 인한 잔가율 적용 오류)하였고, 처분청은 위 부과처분 중 이와 관련한 양도소득세액이 OOO원(주위적 청구주장이 인용되더라도 감액경정 후 잔존할 부과세액)이라는 의견이며, 청구인은 이에 대하여는 항변하지 아니하였다.

(4) 전체부동산의 전소유자인 OOO은 2000.5.3. 이를 OOO원에 취득하였다가 2000.10.16. 청구인에게 OOO원에 양도한 것으로 양도소득세 신고(단기양도에 해당하여 실지거래가액으로 양도소득세 신고함)를 하였다.

(5) 청구인이 종이상자 제조업을 영위하여 온 개인사업체 ‘OOO’의 표준재무제표증명, 표준대차대조표 등에 의하면, 장부상 1999년말에는 토지․건물이 없었고, 2000년말 현재 장부가액은 토지 OOO원, 건물 OOO원으로 나타나며, 2016년말 현재 장부가액은 토지 OOO원, 건물 OOO원(감가상각누계액 OOO원)으로 되어 있다.

(6) 청구인이 2018년 11월 제출한 항변서상 추가된 주요 주장내용은 다음과 같다.

(가) 청구인이 개인사업체인 ‘OOO’을 경영하면서 농민을 상대로 포장 박스를 판매하는 등 영위 업종의 특성상 현금 매출이나 무자료 매출이 많아 상당한 현금을 보유하고 있었다고 추정함이 타당하고, 이를 금원으로 전체부동산 취득당시 기준시가에 맞춘 검인계약서상 매매대금 외에 추가로 매수대금을 현금으로 지급하였을 개연성이 높다고 보아야 한다.

(나) 처분청은 전체부동산의 전소유자가 전체부동산에 대한 양도소득세 신고시 제출한 양도계약서가 허위의 검인계약서가 아닌 실제 매매계약서인지 여부를 확인한 사실이 없다.

(다) 제1금융권에서 대출시 담보물의 시가에 OOO 상당액을 한도로 대출하므로 전체부동산을 담보로 한 대출금 상당액OOO을 그 시세로 볼 수 있다는 처분청의 의견은 타당하지 않다.

(라) 따라서, 처분청이 실지거래가액으로 본 전소유자와 청구인 간의 전체부동산에 대한 매매가액 OOO원은 당시 그 기준시가인 OOO원을 기준으로 관행적으로 작성된 검인계약서상의 거래금액에 불과하다.

(마) 예비적 청구에 대하여 처분청은 청구인이 기준시가 등을 기준으로 임의로 전체부동산의 장부가액을 계상한 것으로 보인다는 의견이나, 청구인이 전체부동산을 취득할 당시 기준시가가 토지 OOO원, 건물 OOO원인 반면, 장부가액의 경우 토지는 OOO원, 건물은 OOO원이므로 서로 차이가 상당하며, 2001.6.14.을 평가기준일로 하여 작성된 OOO의 외부감정평가서를 보면, 감정평가액이 OOO원으로 되어 있는바, 시세에 근접하므로 청구인이 계상한 취득당시 전체부동산의 장부가액 중 양도한 쟁점부동산 상당액을 그 실지취득가액으로 인정하여야 한다.

(7) 청구인의 항변에 대하여 처분청이 2018년 12월 제출한 답변서의 요지는 다음과 같다.

(가) 부동산의 취득은 납세의무자의 지배 영역하에서 이루어지는 것이고, 청구인은 ‘OOO’을 개업한 이후 쟁점부동산을 사업장으로 하여 사업을 영위하면서 이를 장부에 사업용 자산으로 계상하여 종합소득세를 신고하여 왔음에도 이와 관련한 매매계약서, 금융증빙, 계정원장 등을 제시하지 아니하고 있는 반면, 쟁점부동산 중 724-4번지 소재 토지에 대하여 장부에 계상한 가액과 청구인이 이를 취득할 당시의 기준시가가 OOO원으로 일치하는바, 청구인이 제시한 장부가액은 신뢰할 수 없다.

(나) 청구인은 제시한 전체부동산에 대한 감정평가는 그 취득일(2000.10.16.)로부터 3개월 이상 경과한 2001.6.14.을 평가기준일로 하여 이루어진 것이므로 이를 취득당시의 시가로 적용할 수 없고, 그 외 항변내용은 이 건의 본질적인 쟁점을 흐리는 논거에 불과하다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 전소유자가 신고한 전체부동산의 양도가액을 청구인과의 실지거래가액으로 보았으나, 동 신고가액이 실지거래가액인지 여부를 확인하기 위하여 필요한 매매(검인)계약서, 영수증, 기타 증빙서류가 전혀 없으므로 이를 실지거래가액으로 단정하기 어렵다 할 것이다.

한편, 청구주장과 같이 청구인이 양도한 쟁점부동산의 실지취득가액을 환산가액으로 산정하려면 「소득세법」제114조 제7항에 따라 그 실지취득가액을 장부 등에 의하여 달리 인정 또는 확인할 수 없는 경우이어야 하나, 청구인이 제조업 등의 사업을 영위하면서 전체부동산을 취득당시(2000.10.16.)부터 사업용 고정자산으로 사용하면서 계상한 장부가액OOO이 표준재무제표증명, 표준대차대조표 등에 의하여 확인되는 점, 청구인이 이를 취득할 무렵의 감정가액에 비추어 위 장부가액이 시세에 부합하지 않는 것으로 보기 어려운 점, 청구인이 쟁점부동산을 취득한 후 양도(2017.3.14.)하기 직전 과세기간까지의 기간 동안 건물분 장부가액을 기초로 감가상각비를 계상OOO한 것에 대하여 처분청이 사업소득의 필요경비에 불산입하는 결정․경정을 한 사실이 없는 것으로 보이는 점, 처분청이 청구인의 전체부동산 취득당시 장부가액을 부인할 만한 객관적인 근거를 제시하지 못하고 있는 점, 장부가액도 실지와 부합하는 것이 확인되는 경우 실지거래가액으로 인정되는 점 등을 종합할 때, 청구인이 전체부동산을 취득할 당시 계상한 장부가액 중 쟁점부동산에 해당하는 가액을 그 실지취득가액으로 인정하되, 기 사업소득의 필요경비에 산입한 건물 감가상각비를 공제하여 청구인의 쟁점부동산 양도가액에서 공제할 취득가액을 산정함이 타당하다고 판단되고, 이러한 이상 「소득세법 시행령」제176조의2 제1항에 따른 추계결정 및 경정의 적용은 배제되므로 청구인의 쟁점부동산 취득가액을 환산가액으로 하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.