청구인은 91.6.8 OO 청도군 청도읍 OO리 OOOOOOO 잡종지 2,787㎡, 건물 1,012.93㎡(이하 “쟁점부동산”이라고 한다)를 청구외 OOO으로부터 취득하여 식품가공제조업을 영위하다가 95.9.13 청구외 OOO에게 양도하고 기준시가로 양도차익을 산정하여 96.5.31 95년귀속분 양도소득세 57,702,883원을 신고하고 납부하지 아니하였다.

처분청은 청구인이 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 납부하지 아니한 데 대하여 96.7.16 청구인에게 95년도 귀속분 양도소득세 63,501,400원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 98.2.10 심사청구를 거쳐 98.4.27 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

쟁점부동산의 실제 양도일은 잔금청산일인 95.6.5이므로 94년도 개별공시지가를 적용하여야 함에도, 당초 양도소득세 신고시 쟁점부동산의 소유권이전등기일인 95.9.13에 양도한 것으로 하여 신고함에 따라 95년도 개별공시지가를 적용함으로써 양도소득세가 과다신고되었으므로 97.5.30 경정청구를 하였으나 이에 대한 처분청의 회신이 없어 97.12.6 진정서를 제출하였으며, 97.12.13 이유없다는 회신을 받고 98.2.10 심사청구를 제기하였으나 98.3.29 각하처분되어 98.4.27 심판청구를 제기하였는 바, 97.12.13자 진정서에 대한 회신을 경정청구에 대한 결정통보로 보아야 하므로 그로부터 59일이 경과한 98.2.10 심사청구를 제기한 것은 적법한 청구이며,

쟁점부동산은 청구외 OOO에게 325,000,000원에 양도하기로 계약하고 잔금 305,000,000원중 145,000,000원은 95.6.5 자기앞수표로 영수하여 95.6.7 청구인의 OOOO은행에 대한 차입금 상환에 사용하였고, 나머지 잔금 160,000,000원은 청구인의 OO상호신용금고에 대한 차입금을 매수인인 OOO가 상환하기로 약정하고 96.2.1 동 채무를 OOO가 상환한 사실이 영수증등에 의하여 확인되므로 쟁점부동산의 매매대금중 OOO가 부담하기로 한 청구인 명의의 은행채무를 제외한 잔금 145,000,000원을 지급한 95.6.5을 잔금청산일로 보아야 함(같은 뜻 : 대법원 93누 12855, 94.1.25)에도 처분청이 등기접수일을 양도시기로 보아 과세함은 부당하다.

나. 국세청장 의견

본안심리에 앞서 이 건 심사청구가 적법한 청구인지를 보면, 경정청구에 대한 세무서장의 조사결과 통지가 없는 경우에는 경정청구일로부터 2월이 되는 때에 거부처분이 있는 것으로 보아 국세기본법 제55조의 규정에 의한 불복을 제기하여야 함(같은 뜻 : 대법원 85누 883, 89.1.31외 다수)에도 청구인은 95년귀속분 양도소득세에 대하여 96.5.31 확정신고한 후 97.5.30에 경정청구하였으며, 경정청구에 대한 회신이 없자 97.12.6 진정서를 제출하였고, 이에 대하여 처분청이 경정할 이유가 없다는 뜻으로 97.12.13 진정서에 대한 회신을 하자 청구인은 진정서에 대한 회신을 받고 98.2.10 심사청구를 하였는 바,

청구인이 경정청구를 한 날로부터 2월 이내에 경정청구에 대한 처분청의 조사결과 통지가 없었으므로 경정청구일인 97.5.30로부터 2월이 되는 때인 97.7.30에 경정청구에 대한 거부처분이 있은 것으로 보아 이 때로부터 60일인 97.9.28까지는 국세기본법 제55조의 규정에 의한 불복을 제기하여야 함에도 이를 경과한 98.2.10 이 건 심사청구를 제기하였으므로 부적법한 청구이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 이 건 심사청구가 청구기간이 경과한 부적법한 불복청구인지의 여부

② 쟁점부동산의 양도시기가 언제인지를 가리는데 있다.

나. 쟁점①에 대하여 본다.

(1) 관련법령

국세기본법 제55조 제1항 및 제2항과 제61조 제1항에 의하면 “이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 심사청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있고, 그 처분이 국세청장이 조사·결정 또는 처리하거나 하였어야 할 것인 경우를 제외하고는 그 처분에 대하여 심사청구에 앞서 이의신청을 할 수 있으며, 심사청구를 한 자는 그 청구에 대한 결정에 이의가 있거나 결정을 받지 못한 경우에는 심판청구를 할 수 있고, 심사청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 60일(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 90일)내에 하여야 한다.”고 규정하고 있고,

같은 법 제65조 제1항 제1호에서는 “심사청구가 제61조에 규정하는 청구기간이 경과한 후에 있었던 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.”고 규정하고 있다.

같은 법 제45조의 2 제1항 및 제3항에서는 “과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 법정신고기한 경과후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있으며, 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날로부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.”고 규정하고 있다.

또한, 같은 법 제66조 제5항에서는 “제61조 제1항·제3항 및 제4항·제62조 제2항·제63조와 제65조의 규정은 이의신청에 관하여 준용한다.”고 규정하고 있다

(2) 사실관계 및 판단

청구인의 불복청구 경위를 살펴보면, 청구인은 쟁점부동산의 양도에 대하여 96.5.31 양도소득세 자진신고를 하였다가 96.7.16 처분청이 양도소득세 결정고지를 하자 이에 대하여 청구인은 97.5.30 감액 경정청구를 하였고, 이에 대한 처분청의 회신이 없자 그로부터 186일이 지난 97.12.6 청구인은 경정청구에 대한 처분을 요하는 진정서를 제출하였으며, 97.12.13 이유없다는 처분청의 진정서에 대한 회신을 받고 98.2.10 심사청구를 거쳐 98.4.27 이 건 심판청구를 제기하였는 바,

이에 대하여 처분청은 청구인이 97.5.30 경정청구한 후 처분청의 통지가 없는 경우에는 경정청구일로부터 2월이 경과한 97.7.30을 간주처분일로 보아 이 날로부터 60일내인 98.9.28까지 심사청구를 제기하여야 함에도 98.9.28부터 135일이 경과한 98.2.10 심사청구를 하였으므로 부적법한 청구라 하여 각하처분하였으며,

청구인은 97.5.30 경정청구를 하였으나 이에 대한 처분청의 회신이 없으므로 97.12.6 진정서를 제출하였으며, 97.12.13 이유없다는 회신을 받고 98.2.10 심사청구를 제기하였으나 98.3.29 각하처분을 받고 98.4.27 심판청구를 제기하였으므로 97.12.13자 진정에 대한 회신을 경정청구에 대한 결정통보로 보아야 하며, 그로부터 59일이 경과한 98.2.10 심사청구를 제기하였으므로 이를 적법한 심사청구로 보아야 한다는 주장으로서 경정청구에 대한 적법한 불복청구가 있었는지에 대하여 다툼이 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

청구인은 97.5.30 이 건 세액의 감액을 위한 경정청구를 적법하게 하였으므로 처분청은 청구인의 경정청구에 대한 결과를 통보하여야 함에도 이를 통보하지 아니하다가 청구인의 진정서를 받고서야 97.12.13자로 청구인의 경정청구가 이유없음을 통보한 결과가 되므로 그로부터 59일이 경과하여 98.2.10자로 제기한 심사청구는 적법한 것으로 보아야 할 것이며, 98.3.29 심사결정통지를 받고 그로부터 29일이 경과한 98.4.27 심판청구를 제기한 이 건 불복청구는 적법한 청구로 인정되므로 본안심리함이 타당할 것으로 판단된다. (같은 뜻 : 국심 97중0597, 98.3.24 합동회의)

다. 쟁점②에 대하여 본다.

(1) 관련법령

소득세법 제4조 제1항 제3호에는 “자산의 양도로 인하여 발생하는 소득은 양도소득으로 한다.”고 규정하고 있고, 같은 법 제88조 제1항에는 “법 제4조 제3호 및 이 장에서 『양도』라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여( 상속세법 제29조의 4 제2항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.”고 규정하고 있으며, 같은 법 제94조 제1호에는 “당해 연도에 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득은 양도소득으로 한다.”고 규정하고 있다.

또한, 같은 법 제98조에는 “자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제1호 및 제2호에는 “법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로 하고, 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 하며, 대금을 청산하기 전에 소유권 이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일(이하생략)로 하고 그 이외에는 대금을 청산한 날로 한다.”고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

청구인은 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고시 쟁점부동산의 소유권이전등기일(95.9.13)에 양도한 것으로 하여 신고한 탓에 쟁점부동산의 양도가액을 계산함에 있어 95년도 개별공시지가를 적용하게 되었으나, 쟁점부동산의 실지양도일은 잔금청산일인 95.6.5로서 95년도 개별공시지가가 시행(95.7.1)되기 이전이므로 94년도 개별공시지가를 적용하여야 한다는 주장인 바, 이에 대하여 살펴본다.

쟁점부동산의 등기부등본에 의하면, 95.9.1 매매를 원인으로 하여 95.9.13(등기접수일) 청구외 OOO 앞으로 소유권 이전등기되었음이 확인되고, 쟁점부동산에 대하여 채무자를 청구인, 채권자를 주식회사 OO상호신용금고로 하여 91.11.27 채권최고액 150,000,000원에 근저당 설정하고, 다시 94.12.30 채권최고액 70,000,000원에 근저당 설정하였다가 96.2.15 모두 해지한 사실이 확인된다.

또한, 쟁점부동산의 매매계약서에 의하면, 계약체결일은 95.9.1이고, 매매대금 320,000,000원중 잔금 200,000,000원의 지급약정일이 95.9.13로 약정되어 있으며, 검인계약서에 의하면, 계약체결일이 95.5.9이고, 매매대금 325,000,000원중 잔금 305,000,000원의 지급일이 95.6.5로 기재되어 있는 등 실지매매계약서와 검인매매계약서의 내용이 서로 다르고 어느 것이 사실과 부합되는지 확인되지 아니한다.

이에 대하여 청구인은 검인계약서상의 잔금 305,000,000원중 145,000,000원은 95.6.5 자기앞수표로 영수하였고, 잔금 160,000,000원은 주식회사 OO상호신용금고에 대한 청구인의 채무를 매수인인 OOO가 부담하기로 약정하고 96.2.1 OOO가 이를 상환하였다고 주장하나, 위 근저당 채무를 OOO가 인수하거나 상환한다는 약정내용이 매매계약서등에 나타나 있지 아니할 뿐만 아니라 채무상환이나 잔금지급에 대한 금융자료등 구체적이고 객관적인 입증자료의 제시가 없으므로 청구주장을 신빙성이 있는 것으로 받아들이기 어렵다 하겠다.

위의 사실을 종합해 볼 때, 쟁점부동산의 잔금지급일이 거래증빙등에 의하여 확인되지 아니하므로 등기접수일인 95.9.13을 쟁점부동산의 양도일로 보아 기준시가로 이 건 양도소득세를 과세한 처분청의 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.