가. 청구인은 OOO를 2017.5.10. OOO원에 양도하고, OOO원의 양도소득세를 신고․납부하였다.

나. 청구인은 2017.11.28. 쟁점토지는 8년 이상 자경농지에 해당함에도 잘못 신고하였다고 판단하여, 기 신고․납부한 세액 중 OOO원을 환급해 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2018.2.1. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.4.11. 이의신청을 거쳐 2018.9.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인이 쟁점토지를 자경한 사실은 자경농지 증명원, 인근 주민이 확인해 준 경작사실 확인서, 씨앗구입영수증 등으로 확인된다.

(2) 사업소득금액이 OOO원 이상 발생한 과세연도를 자경기간에서 제외한다는 규정은 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 ｢조세특례제한법 시행령｣(이하 “쟁점규정”이라 한다)의 시행일(2014.7.1.) 이후부터 적용되어야 하는바, 청구인은 2014.7.1. 이전에 이미 8년 이상 자경 요건을 충족하였다.

(3) 쟁점토지 OOO평은 텃밭 수준의 소규모 농지로 농가부업 면적에 해당하므로, 청구인의 자가 노동력에 의해 충분히 영농할 수 있다.

(4) 씨앗구입영수증이 부실하다거나 청구인이 사업자등록을 유지하고 있었다는 사실 등은 사소한 것일 뿐, 이를 근거로 자경사실 전체를 부인한 처분청의 과세처분은 합리화될 수 없다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점규정은 2014.7.1. 이후 양도하는 분부터 적용되고, 청구인의 쟁점토지 양도일은 2017.5.10.에 해당하므로, 소급과세라는 청구인의 주장은 이유 없다.

(2) OOO평 규모의 밭농사는 1～2 사람이 겸업으로 하기에는 넓은 면적으로, 청구인 소유의 사업장OOO은 2005년부터 아들OOO이 실질 관리하였기 때문에 청구인이 시간적 여유가 있어 자경하였다는 주장은 상식에 어긋난다. 또한, OOO은 2007.3.1.부터 OOO 근무를 시작한 것으로 근로소득지급명세서상으로 확인된다.

(3) 청구인은 1986년부터 2003년까지 귀금속 소매업을 영위하였고, 2003년 하반기부터 양도일인 2017.5.10.까지는 OOO을 운영해 왔는바, 사업소득 수입금액은 11년간(2006～2016) 계속하여 OOO원 이상이었던 것으로 확인된다.

(4) 청구인은 자신이 제출한 씨앗구입영수증이 제일농원에서 구입한 것이라고 주장하나, 제일농원 사장은 자신이 발급한 영수증이 아니라고 진술하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점규정에 따라 쟁점토지에 대한 자경 여부를 판단하여 8년 자경농지 감면을 배제한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것)

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ④ 법 제69조제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지를 말한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다.

⑬ 법 제69조제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의 「소득세법」 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

＜부칙＞

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터 시행하고, 제66조제14항, 제66조의2제13항, 제67조제1항ㆍ제3항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제6항 및 제116조의2제5항ㆍ제6항ㆍ제8항ㆍ제19항ㆍ제20항ㆍ제21항의 개정규정은 2014년 7월 1일부터 시행하며, 제63조제1항ㆍ제2항ㆍ제3항ㆍ제7항ㆍ제8항ㆍ제10항, 제64조, 제65조, 제100조의2제4항 및 제100조의6제2항제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.

(3) 국세기본법

제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2000.5.26. 쟁점토지를 OOO원에 취득하여, 2017.5.10. OOO원에 양도하였다.

(2) 사업소득금액 및 총급여액의 합계가 OOO원 이상인 과세기간을 실제 자경 여부에도 불구하고 자경기간에서 제외하는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조 제14항은 2014.2.21.(대통령령 제29241호) 신설되었고, 관련 부칙 제1조 및 제3조에 따르면 2014.7.1. 이후 양도하는 분부터 적용하도록 규정되어 있다.

(3) 청구인은 2003.12.8. OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 개업한 후, 2007년부터 사업소득금액(부동산임대소득 제외)이OOO원 이상이며, 2000년 이후 종합소득세 신고내역은 다음 ＜표1＞과 같다.

(4) 청구인이 자경사실을 입증하고자 제출한 자료는 다음과 같다.

(가) 청구인은 쟁점사업장에 상주하지 않고, 오후에 출근하여 매출 점검 및 재고파악 등의 업무만 하였으며 그 외의 시간에는 쟁점토지에서 농작물을 재배하였다고 주장하고 있으며, 이에 대한 증빙으로 쟁점사업장에 근무하는 직원들이 서명한 사실확인서를 제출하였다.

(나) 청구인은 쟁점토지에서 매년 고추․상추 등의 농작물을 직접 재배하였다고 주장하면서, 이에 대한 증빙으로 쟁점토지 인근 주민들의 경작사실확인서를 제출하였다.

(다) 청구인은 2008년부터 2017년까지 OOO에서 비료 및 농약을 구입하였다며, 그 내역을 제출하였다.

(라) 청구인은 상추, 고구마, 고추 등의 씨앗을 OOO에 위치한 제일농원에서 구입하였다고 주장하며 10장의 씨앗구입 영수증을 제출하였다.

(마) 청구인은 자신이 경영주이고, 최초등록일자는 2011.9.24. 재배품목은 건고추, 고구마, 상추 등이 기재된 OOO이 2017.7.20. 확인한 농업경영체 등록(변경등록)확인서를 제출하였다.

(바) 청구인은 2010.10.4. OOO에서 발행된 농지원부와 쟁점토지 양도 후 2017.8.8. OOO에서 발행된 농지원부를 각각 1부씩 제출하였으며, 최초작성일자는 2006.2.21.로 농지원부 상 소유자는 청구인이고, 자경한 것으로 확인된다.

(5) 처분청에 따르면 청구인이 제출한 씨앗구입 영수증의 구입처OOO는 야채 소매업을 하는 면세사업자OOO로서 1988.12.31. 폐업한 것으로 확인된다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 8년 자경 양도소득세 감면 규정은 자경농민에게 예외적으로 세액을 감면하여 조세정책상 특혜를 주는 것으로서 감면요건을 엄격하게 적용하여야 하고 입증책임은 이를 주장하는 청구인에게 있다 할 것이다.

청구인이 쟁점토지를 실제로 자경하였는지 여부를 확인․검증하기에 앞서, 청구인은 2003.12.8. 쟁점사업장을 개업한 후 2007년부터 사업소득금액(부동산임대소득 제외)이 OOO원을 초과한 것으로 확인되는바, 청구인이 쟁점토지를 보유한 기간에서 청구인의 사업소득금액이 OOO원을 초과한 과세기간을 제외할 경우, 8년 미만이 되므로 8년 이상 자경하여야 한다는 감면 요건을 충족하지 못하게 된다.

이에 대하여 청구인은 쟁점규정은 2014.7.1. 이후에 발생하는 소득부터 적용되는 것이 상식에 해당함에도, 그 이전 과세기간에 발생한 소득에 대해서까지 쟁점규정을 적용하는 것은 소급 적용이므로 위법하다고 주장하나, 쟁점규정에 대한 부칙 규정을 살펴보면 2014.7.1. 이후에 양도하는 분부터 적용하도록 규정되어 있고, 청구인은 쟁점토지를 2017.5.10. 양도하여 쟁점규정의 적용대상에 해당함이 명확하므로 청구인의 주장은 이유 없다.

2014.7.1. 이전 과세연도 대하여 쟁점규정을 적용하도록 규정한 부칙이 소급과세에 해당하는지에 대하여 살피건대, 쟁점규정이 시행되기 전에 농지를 취득․보유․경작하고 있는 경우까지 쟁점규정을 적용하는 것이므로, 기존 농지 보유자에 대한 기대 또는 신뢰를 전혀 침해하지 않았다고 볼 수는 없겠으나, 쟁점규정은 시행 후 새로이 성립하는 납세의무, 즉 이미 양도되어 법률관계가 종료된 농지에는 적용하지 아니하고, 쟁점규정이 시행된 이후 새로이 양도하는 분에 한정하여 적용되는 것이므로 ｢국세기본법｣ 제18조 제2항에서 규정한 소급과세의 금지 원칙을 위배한 것이라 보기는 어렵다 하겠다.

또한, 쟁점규정은 감면요건을 강화한 것이지만, 개정되기 전에도 실제 자경 여부를 판단함에 있어 소득이 발생한 경우에는 현실적으로 자경이 어려웠을 것이라고 합리적으로 추정해 왔기 때문에 이미 고려되었던 사항으로 보이고, 실제 영농에 종사한 자에 한하여 조세감면의 혜택이 귀속되어야 한다는 8년 자경농지 감면제도의 입법취지에 따라 그 요건이 강화된 것인 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지에 대해 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인한 이 건 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.