가. 청구인은 2003.3.21. 취득한 OOOO OOO OOO OOO OOOOO OOOO OOOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2005.3.18. OOO에게 158,500천원에 양도한 후 2005년 귀속 양도소득세 신고를 하지 아니하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시 2003.2.25. 취득한 OOOO OOO OOO OOOOO 3층 주택(이하 “OOOO”이라 한다) 및 2005.2.11. 취득한 OOOO OOO OOO OOOOO OOOOOOO OOOO OOOO(이하 “OOOO”이라 한다)를 보유한 것으로 확인하고, 청구인이 쟁점주택 양도일 현재 1세대가 3주택을 보유하고 있어, 쟁점주택의 양도에 대하여 실지거래가액에 의한 양도소득세 과세표준을 계산한 후 단기양도(보유기간이 1년 이상 2년미만) 세율(40%)을 적용하여, 2010.1.4. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 18,815,740원을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.1.27. 이의신청을 거쳐 2010.4.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 전세로 살던 쟁점주택을 2003.3.21. 취득하여 거주하던 중 사업상의 이유로 전세를 놓고 2004.4.23. OOOO으로 이사하였으나, 2004년 6월경 유방암 진단을 받은 아내의 치료경과가 좋지 아니하여 공기와 물이 좋은 요양처를 찾다가 2005.2.11. 미분양 상태인 OOOO을 분양받아 이사하게 된 것으로, 개정된 법을 알았으면 시기를 조정할 수도 있었는데 워낙 경황이 없었던 터라 그럴 여유가 없어 사실상 부득이한 사유로 일시적 3주택을 소유하게 되었다가 2005.3.18. 쟁점주택을 양도하게 되었으므로, 처분청이 단기양도 세율(40%)을 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「소득세법」제96조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제162조의2 제5항의 규정에 따라 1세대 3주택 보유자의 주택양도는 보유사실 자체를 기준으로 실지거래가액을 적용하는 것이며, 청구인은 쟁점주택을 2003.3.21. 취득하였다가 2005.3.18. 양도하여 보유기간이 2년 미만으로 「소득세법」제104조 제1항 제2호에 의거 단기양도 세율인 40%를 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

부득이한 사유로 일시적 3주택을 보유하였다가 단기양도한 주택에 대하여 양도소득세 일반세율이 아닌 단기양도 세율(40%)을 적용하여 과세한 처분은 부당하다는 주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2005.12.31, 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

제96조 (양도가액) ① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

7.기타 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ보유수ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우

제104조 (양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산

〈양도소득과세표준〉 〈세율〉

1천만원 이하 과세표준의 100분의 9

1천만원 초과 90만원 ＋ 1천만원을 초과하는

4천만원 이하 금액의 100분의 18

4천만원 초과 630만원 ＋ 4천만원을 초과하는

8천만원 이하 금액의 100분의 27

8천만원 초과 1천710만원 ＋ 8천만원을 초과하는

금액의 100분의 36

2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것

양도소득과세표준의 100분의 40

2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)

양도소득과세표준의 100분의 60

(2) 소득세법 시행령(2005.12.31, 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것)

제162조 (양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

제162조의2 (양도가액) ⑤ 법 제96조 제1항 제7호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 3주택 이상을 소유한 1세대가 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도하는 경우를 말한다. 이 경우 다가구주택의 주택수 계산에 대하여는 제155조 제15항의 규정을 준용(거주자가 선택하는 경우에 한한다)하며, 2개 이상의 주택을 같은 날에 양도하는 경우의 양도주택의 결정방법에 대하여는 제154조 제9항의 규정을 준용한다.

제167조의3 (1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위)① 법 제104조 제1항 제2호의3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택(제1호에 해당하는 주택을 제외한다)을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시(다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한다)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

가. 광역시에 소속된 군 및 「지방자치법」제3조 제3항ㆍ제4항의 규정에 의한 읍ㆍ면

나. 수도권 중 당해 지역의 주택보급률ㆍ주택가격 및 그 동향 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 지역

다. 사실관계및 판단

(1) 쟁점주택을 비롯한 OOOO, OOOO의 건물등기부등본을 보면, 청구인은 쟁점주택을 2003.3.21. 취득하여 2005.3.18. 양도한 것으로 되어 있고, OOOO은 2003.2.25. 취득하여 2006.10.13. 양도한 것으로 되어 있으며, OOOO은 2005.2.11. 취득하여 2009.11.2. 양도한 것으로 되어 있어, 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시인 2005.3.18. 현재 3주택을 보유하고 있었던 것으로 나타난다.

(2) 처분청은 청구인이 쟁점주택 양도당시 1세대 3주택을 보유하고 있어 「소득세법」제96조(양도가액) 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제162조의2(양도가액) 제5항의 규정에 따른 실지거래가액의 의한 양도가액을 산정하고, 쟁점주택의 취득시기와 양도시기가 각각 등기접수일인 2003.3.21.과 2005.3.18.로 보아 양도자산인 쟁점주택의 보유기간이 1년 이상 2년 미만에 해당하여 양도소득세 세율 40％를 적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 사실이 결정결의서 등 처분청 과세자료에 의하여 확인된다.

(3) 청구인은 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 실가과세대상으로 하고 단기양도 세율(40%)을 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 사실에 대하여, 2004년 6월경 유방암 진단을 받은 아내의 치료경과가 좋지 아니하여 공기와 물이 좋은 요양처를 찾다가 2005.2.11. 미분양 상태인 OOOO을 분양받아 이사하게 된 것으로, 개정된 법을 알았으면 시기를 조정할 수도 있었는데 워낙 경황이 없었던 터라 그럴 여유가 없어 사실상 부득이한 사유로 일시적 3주택을 소유하게 되었다가 2005.3.18. 쟁점주택을 양도하게 된 것으로, 처분청이 단기양도 세율(40%)을 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다는 주장이다.

(4)살피건대, 「소득세법」제96조(양도가액) 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제162조의2(양도가액) 제5항의 규정에서 자산의 양도가액을 기준시가로 하되, 3주택 이상을 소유한 1세대가 주택을 양도하는 경우에는 실지거래가액의 의한 양도가액을 산정하고, 같은 법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) 제1항에서 당해 자산의 취득시기 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기접수일을 취득시기 및 양도시기로 하는 것으로 규정하고 있는 바,

청구인이 쟁점주택을 양도할 당시 쟁점주택을 비롯하여 OOOOO OOOO 등 1세대가 3주택을 소유하고 있어 쟁점주택의 양도가액은 실지거래가액에 의하여 산정하여야 할 대상이며, 쟁점주택의 건물등기부등본 상 취득일이 2003.3.21.이고 양도일이 2005.3.18.로서 그 보유기간이 2년 미만에 해당하는 것으로 나타나는 점에 비추어, 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 경우의 양도소득세율인 40%를 적용하여야 할 대상인 것으로 판단된다.

따라서 처분청이 쟁점주택의 보유기간이 2년 미만이라 하여 양도소득세 세율 40％를 적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.