2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지주문과 같다.

가. 원고는 2007. 11. 1. 실리콘코팅제 제조 및 판매, 플라스틱 첨가제 및 가공원료 수출입 및 매매, 재생 화학제품 수출입 및 매매 등을 목적으로 설립되어 본점을 천안시 서북구 소재에 두고 있는 회사이다.

나. 피고는 부산지방국세청장으로부터 원고가 허위세금계산서 거래를 하였다는 통보를 받고, 원고에 대한 세무조사를 실시한 후, '원고가 ① 2008년 1기 부가가치세 과세기간 중 aa베스트뷰 주식회사(이하 'aa베스트뷰'라 한다)에 공급가액 32,400,000원의 허위 세금계산서를 발급하였고, ② 2008년 2기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 bbb(이하 'bbb'라 한다)로부터 공급가액 490,560,000원의 허위 세금계산서를 발급받았으며, ③ 2010년 1기 부가가치세 과세기간 중 ccc 주식회사(이하 'ccc'라 한다)로부터 공급가액 574,000,000원의 허위 세금계산서를 발급받았고, 주식회사 ddd(이하 'ddd'라 한다)에 공급가액 199,404,000원의 허위 세금계산서를 발급하였고, 주식회사 eee코퍼레이션(이하 'eee'이라 한다)에 공급가액 381,600,000원의 허위 세금계산서(이하 각 세금계산서를 통틀어 '이 사건 각 세금계산서'라 한다)를 발급하였다.'는 이유로, 원고에 대하여 2008년 1기 부가가치세 648,000원, 2008년 2기 부가가치세 114,857,400원, 2010년 1기 부가가치세 22,399,680원(각 가산세 포함)을 각 경정・고지하였다(이하 '이 사건 각 처분'이라 한다).다. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2016. 4. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2016. 8. 18. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장 요지

원고는, 'aa베스트뷰, bbb, ccc, ddd, eee과 실제로 거래를 하였으므로 위 거래가 위장 또는 허위임을 전제로 한 이 사건 각 처분은 위법하다. 설령 이 사건 각 세금계산서가 허위의 세금계산서라 하더라도 이 사건 각 처분은 5년의 부과제척기간이 도과하였다.'고 주장한다.

나. 관련법령

별지 관련법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 각 세금계산서가 허위의 세금계산서에 해당하는지 여부 가) 갑 제2, 6, 9, 12, 13, 15호증, 을 제3 내지 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 다음 사실이 인정된다.

(1) 이 사건 각 세금계산서 공통부분

(가) 2009. 12. 31. 기준으로 ccc의 대표이사 fff이 eee의 지분 100%를 소유하고 있고, eee은 ddd의 지분 74.18%를 소유하고 있었다. (나) ○○회계법인은 2013. 3.경 ccc 회생절차개시명령 신청사건의 조사위원으로서 '회사의 제시 재고자산은 1,533억이며... 이번 재조사를 통해 확인된 재고자산금액은 75억으로...과거 재고자산에 대한 분식회계가 존재하였으며, 이러한 재고자산에 대해 전략재고라고 하여 관리하고 있습니다...전략재고자산은 과거에 불량품 및 반품된 제품을 재포장하거나, 중질탄산칼슘, 폐타이어가루, 심지어는 폐기물을 제품 및 원재료처럼 포장하여 재고자산으로 위장한 것으로 가치는 전혀 없는 것으로 파악되었 습니다.'라는 의견을 제시하였다.

(다) eee, eee 소속 직원들 및 ddd의 이사는 '○ fff의 지시에 따라 ccc의 매출액을 유지 또는 증가시키기 위하여 ddd의 주도로 실제와 다른 제품을 거래처에 공급하고 이를 다시 매입하는 형태의 거래를 수행했다. ○ 이때 거래처는 ddd의 대표이사인 ggg가 정한다(을 제5호증의 4, 8면). ○ hhh 로지스틱스 주식회사(이하 'hhh'라 한다)는 위 거래에 사용되는 제품을 운송하는 한편, 실제와 다른 외형을 꾸미기 위해 위 거래에 사용되는 제품의 라벨을 교체하기도 하였다(을 제4호증의 15면, 을 제5호증의 11면). ○ 위 거래에 사용되는 제품은 ddd가 인계받도록 하였다(을 제6호증의 7면). ○ 특히 eee은 별도의 사업이 없었고 ccc의 위와 같은 업무를 수행하는 역할을 하였다(을 제5호증의 5면).'라고 구체적으로 진술하고 있다.

(2) 원고가 aa베스트뷰에 발급한 세금계산서 부분

(가) 원고는 ddd 소속 직원의 소개로 aa베스트뷰를 알게 된 후 2008. 1. 31. aa베스트뷰와 사이에 경화제(EB) 2,400kg을 32,400,000원에 매도하기로 하는 매매계약서를 작성하였다.

(나) 원고는 위 매매계약 체결, 경화제 공급 및 세금계산서 발급 과정에서 aa베스트뷰 임직원과 만나거나 연락을 한 사실이 전혀 없고, aa베스트뷰의 사무실, 공장 또는 창고를 방문한 사실도 없다. 원고는 aa베스트뷰의 사업등록증 사본도 ddd 소속 직원으로부터 수령하였을 뿐이다.

(다) 원고는 경화제(EB)를 최종적으로 ddd가 사용할 것을 알고 있었고, 이에 따라 경화제(EB)를 aa베스트뷰가 아닌 ddd에 직접 공급하였다.

(3) 원고가 bbb로부터 발급받은 세금계산서 부분

(가) ddd는 2008년 2기 부가가치세 과세기간 중 bbb로부터 55억 원 상당의 세금계산서를 발급받는 등 bbb와 사이에 직접 거래를 하고 있었다.

(나) 당시 원고의 본점은 천안에 위치하고 있고, ddd의 본점은 김해시에, bbb의 본점은 경남 창녕군에 위치하고 있었다.

(다) 원고는 ddd 소속 직원으로부터 'bbb로부터 실버페이스트를 구매하여 공급해 달라'는 요청을 받았고, 이에 따라 bbb로부터 실버페이스트를 매입하여 ddd에 공급하면서 bbb로부터 받은 실버페이스트 포장상자를 개봉하여 제품의 품질 또는 수량 등을 전혀 확인하지 않았다.

(라) 원고가 ddd에 실버페이스트를 공급할 때 이용한 차량도 ddd에서 제공해주었다.

(4) 원고가 ccc로부터 발급받은 세금계산서, ddd, eee에 발급한 세금계산서 부분

(가) 당시 원고의 본점은 천안에 위치하고 있고, ccc의 공장은 구미시에, ddd의 본점은 김해시에 위치하고 있었다.

(나) 원고는 ddd 소속 직원으로부터 'ccc로부터 PDP 특수필터를 구매하여 ddd 및 eee에 공급해 달라'는 요청을 받고, ccc로부터 PDP 특수필터를 매입하여 ddd 및 eee에 공급하면서 ccc로부터 받은 PDP 특수필터 포장상자를 개봉하여 제품의 품질 또는 수량 등을 전혀 확인하지 않았고 위 포장상자의 라벨을 교체하였을 뿐이며, 매매계약 체결, PDP 특수필터 공급 및 세금계산서 발급 과정에서 eee 임직원과 만나거나 연락을 한 사실이 전혀 없다.

(다) ccc로부터 원고에게 PDP 특수필터를 운송한 업체는 hhh이고, 원고가 ddd 및 eee에 PDP 특수필터를 공급할 때 이용한 차량은 ddd에서 제공해주었다.

나) 살피건대, 갑 제3, 4, 5, 8, 16호증의 각 기재에 의하면, fff이 인천지방검찰청으로부터 '원고에 실물거래 없이 574,000,000원의 세금계산서를 발급하였다'는 등의 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세) 혐의에 대하여 혐의없음(증거불충분)의 불기소처분을 받고, 서울중앙지방검찰청으로부터 'ccc의 매출액을 늘리기 위하여 aa베스트뷰의 실질적인 운영자로서 실물거래 없이 원고로부터 32,400,000원의 세금계산서를 발급받았다'는 등의 조세범처벌법 위반 혐의에 대하여 혐의없음(증거불충 분)의 불기소처분을 받은 사실이 인정되기는 한다.

그러나 행정재판은 검찰의 불기소처분 사실에 의하여 구속받는 것이 아니고 증거에 의한 자유심증으로 그와 반대되는 사실을 충분히 인정할 수 있다(대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결 등 참조). 앞서 본 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 원고가 aa베스트뷰와의 거래에 있어 aa베스 트뷰와 어떠한 접촉도 하지 않고 ddd와 서로 접촉하면서 제품을 ddd에 직접 공급한 점, ② bbb와 ddd는 서로 직접 거래를 하는 사이고 그 본점이 서로 가까움에도(ddd: 김해시, bbb: 경남 창녕군), 천안에 위치한 원고가 그 거래의 중간자로서 개입하고 거래되는 제품을 직접 확인하지도 않은 채 제품을 그저 전달한 점, ③ ddd 및 eee은 ccc의 매출액을 유지 또는 증가시키기 위하여 실제와 다른 제품을 거래처에 공급하는 등의 업무를 수행하여 왔고, ccc의 공장은 구미시, ddd의 본점은 김해시에 위치함에도 천안에 위치한 원고가 그 거래의 중 간자로서 개입하고 거래되는 제품을 직접 확인하지도 않은 채 제품을 그저 전달하였으며, 제품의 운송을 hhh가 맡았고 제품의 라벨만 교체한 점 등을 종합하여 보면, ① 실제로는 원고가 ddd에 경화제(EB)를 공급하기로 한 것인데 aa베스트뷰에 공급하는 내용의 세금계산서를 발급하는 외관을 취하고, ② 실제로는 bbb가 ddd에 실버페이스트를 공급하는 것인데 원고가 중간자로서 대금을 지급하고 재화의 공급을 받는 것과 같은 외관을 취하였으며, ③ 실제로는 ccc가 ddd, eee에 PDP 특수필터를 공급하는 것인데 원고가 중간자로서 대금을 지급하고 재화의 공급을 받는 것과 같은 외관을 취한 것으로, 이른바 '끼워넣기 거래'를 한 것으로 판단된다.

따라서 이 사건 각 세금계산서는 사실과 다른 허위의 세금계산서에 해당한다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 부과제척기간 도과 여부

납세자가 허위의 계약서를 작성한 다음 그에 따라 교부받은 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우 그러한 행위가 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호가 규정한 '납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급・공제받은 경우'에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위하여는, 납세자에게 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고・납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고・납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두19516 판결 등 참조).이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 이 사건 각 세금계산서 중 매출세액에 해당하는 부분을 포함하여 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고・납부하였을 뿐만 아니라 원고는 bbb로부터 실버페 이스트를 매입하여 ddd에 공급하면서 bbb로부터 발급받은 세금계산서보다 큰 공급가액의 세금계산서를 ddd에 발급하였고, ccc로부터 PDP 특수필터를 매입하여 ddd 및 eee에 공급하면서 ccc로부터 발급받은 세금계산서 보다 큰 공급가액의 세금계산서를 ddd 및 eee에 발급하였음을 알 수 있고, 원고가 이 사건 각 세금계산서의 부가가치세 납부의무를 면탈하였다고 볼 만한 자료가 없으므로, 비록 원고가 사실과 다른 허위의 세금계산서를 제출하여 매입세액의 공제를 받았다 하더라도 피고가 제출한 증거들만으로는 원고가 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었다고 인정하기에 부족하고 달리인정할 증거가 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있고, 그렇다면 이 사건 각 처분은 부과제척기간이 도과한 것으로서 위법하다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 인용한다.