2. 피고가 2015. 5. 6. 원고에 대하여 한 양도소득세 2,216,096,110원의 부과처분 및

2015. 7. 3. 원고에 대하여 한 증권거래세 52,500,000원의 부과처분을 모두 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

이 부분 판결 이유는 제1심 판결 이유 제2면 중 제4행부터 제5면 제2행까지의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

국세기본법 제26조의2 제2항 제1호는 "행정소송법에 따른 소송에 대한 판결이 있는 경우 판결이 확정된 날부터 1년이 지나기 전까지 해당 판결에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다"고 규정하고 있으나, 이 사건의 경우 피고가 위 조항에 따라 연장된 부과제척기간 내에 할 수 있는 과세처분은 원고가 **세무서장을 상대로 제기한 선행소송의 판결에서 다루어진 법인세나 종합소득세에 한정된다고 해석하여야 하므로, 피고는 양도소득세 및 증권거래세를 내용으로 하는 이 사건 처분을 할 수 없다. 결국 이 사건 처분은 부과제척기간이 도과하였으므로 위법하다.

나. 관계 법령

■ 국세기본법

제26조의2(국세 부과의 제척기간)

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는「국제조세조정에 관한 법률」제25조에서 정하는 바에 따른다.

3. 제1호 제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구,「감사원법」에 따른 심사청구 또는「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

③ 제2항 제1호의 결정 또는 판결에서 명의대여 사실이 확인된 경우에는 제1항에도 불구하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 이내에 명의대여자에 대한 부과처분을 취소하고 실제로 사업을 경영한 자에게 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

다. 판단

1) 부과제척기간의 취지

국세기본법 제26조의2 제1항의 부과제척기간(이하 '통상제척기간'이라 한다)을 둔 취지는 오랜 기간이 지난 후에 조세부과처분을 받게 된 납세자로서는 이미 오랜 동안 잊고 있던 사안에 관하여 이른바 '불의의 타격'을 받게 되고, 이에 대하여 반박하려고 해도 이미 관련된 자료가 일실되어 효과적인 방어가 곤란하게 된다는 점, 국가는 부과권을 비롯한 과세권의 행사를 뒷받침하기 위하여 상당한 수준의 인적・물적 기반을 갖추고 있고 또 법적 조력도 받고 있으므로, 부과기간의 제한이 국가에 대하여 결코 감당하기 어려운 과중한 부담을 지우는 것도 아니고 오히려 국가가 부과권의 행사를 게을리 한 것에 대하여 '재재'를 가함으로서 부과권을 조속히 행사하도록 유도하는 것이 바람직하다고 보이는 점 등을 들 수 있다. 그러나 통상제척기간이 경과되기 전에 국세에 관한 부과처분이 있었으나 그 후 그 처분에 대하여 제기된 행정심판 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 경과됨으로써 통상제척기간이 지난 후에 그 처분을 취소하는 결정 또는 판결이 확정되는 경우 과세관청으로서는 비록 통상제척기간이 지났더라도 위 결정이나 판결의 결과에 따라 납세자의 이익 또는 조세정의의 실현을 위하여 그에 따른 재처분을 할 필요가 있게 되므로, 이를 보장하기 위하여 국세기본법 제26조의2 제2항 제2호에서는 국세의 부과에 관한 이의신청・심사청구・심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송의 제기가 있는 경우에는 제1항의 규정에도 불구하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 경과하기 전까지는 '해당 결정・판결'에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다(이하, '특례제척기간'이라 한다)고 규정하고 있다.

2) 특례제척기간에서의 재처분의 허용범위

그런데 위와 같은 특례제척기간 내에서 과세당국이 할 수 있는 재처분의 허용범위와 관련하여 선행처분과 동일한 과세단위 내에서만 가능한 것인지 아니면 동일한 과세단위 밖에서도 가능한 것인지에 관하여 다툼이 있을 수 있는바, 이는 결국 앞서 본 부과제척기간 및 특례제척기간을 둔 입법취지 즉, 납세자의 신뢰보호와 과세자료 일실의 문제 및 조세정의 실현을 위한 과세당국의 필요성 등을 종합하여 구체적 사안에 따라 그 허용범위를 결정하여야 할 것이다.

다만, 특례제척기간 규정이 신설된 당초의 입법 취지는 국세에 관한 부과처분이 있은 후에 그 처분에 대한 행정심판 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 경과되고 그 결정 또는 판결이 부과제척기간이 지난 후에 확정된 경우에 과세관청이 쟁송절차에서 유리한 결과를 이끌어 낸 납세자에 대하여 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사태가 발생하는 것을 방지하려는 데에 있었던 점, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하고 그 중에서도 예외규정 내지 특례규정은 더욱 엄격한 해석이 요구되는 점, 확정된 결정이나 판결의 기판력이 미치는 범위는 그 쟁송대상이 되었던 과세단위에 제한될 뿐이고 이를 넘어서 별개의 과세단위에 관련된 판단이 이루어졌다고 하더라도 이러한 판단에 기판력이 있다고 할 수 없으며, 따라서 그러한 판단을 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있는 근거가 되는 위 규정상의 '해당 결정・판결'에 해당한다고 할 수 없는 점 등을 종합해 보면, 원칙적으로 확정된 결정 또는 판결에서 다투어진 과세처분과 과세단위나 과세기간을 달리하는 새로운 과세처분에 대해서까지 위 규정에 따른 특례제척기간의 적용을 허용할 수는 없는 것이고(대법원 2012. 10. 11. 선고 2012두6636 판결 참조), 납세의무가 승계되는 등의 특별한 사정이 없는 한, 당해 판결 등을 받은 자로서 그 판결 등이 취소하거나 변경하고 있는 과세처분의 효력이 미치는 납세의무자에 대하여서만 그 판결 등에 따른 경정처분 등을 할 수 있을 뿐 그 취소나 변경 대상이 되고 있는 과세처분의 효력이 미

치지 아니하는 제3자에 대하여서까지 위 규정을 적용할 수 있는 것은 아니다(대법원1996. 9. 24. 선고 96누68 판결 등 참조).

3) 판단

이 사건으로 돌아와 살피건대, 선행 판결에 의하여 취소된 이전 부과처분은 원고가 이@@에게 이 사건 주식을 양도한 행위가 가장행위이고 &&무역이 이@@에게 이 사건 부동산을 매매한 것으로 법률적 평가를 한 것인데 반하여 이 사건 처분은 원고가 이@@에게 이 사건 주식을 진정하게 양도한 것으로 보아 이에 대하여 과세한 것이므로 그 기초적 사실관계가 동일하다고 볼 여지가 없지는 않으나, 한편, 이전 부과처분은 &&무역과 이@@ 사이의 부동산양도거래를 과세대상거래로 하고 세목이 법인세, 주된 납세의무자가 &&무역, 제2차 납세의무자가 원고인 반면, 이 사건 처분은 원고와 이@@ 사이의 주식양도거래를 과세대상거래로 하고 세목이 양도소득세와 증권거래세, 납세의무자가 원고로서 이전 부과처분과는 과세단위 및 주된 납세의무자를 달리하는 점, 원고는 애초에 이@@와 사이의 이 사건 주식양도를 원인으로 한 양도소득세 신고를 하고 자진납부하였음에도 그로부터 4년이 경과한 이후에 과세당국이 이를 부인하고 이전 부과처분을 하였다가 선행판결에 의하여 취소되자 다시 이 사건 처분을 한 경위에 비추어 조세정의 실현을 위한 납세당국의 필요성 보다는 납세자인 원고의 신뢰를 보호할 필요성이 더욱 큰 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 처분에 대하여는 선행판결의 확정에 따른 특례제척기간의 적용이 허용되지 않는다고 봄이 상당하다.

따라서 이 사건 처분은 2012. 5. 31. 이미 부과제척기간이 모두 도과하였으므로 위법하여 취소되어야 하고, 이 점을 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하여 이를 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.