가.청구인은 OOO 등 9필지 12,066㎡에 대해 2008.12.7. 대한주택공사와 대토보상계약(총보상액 O,OOO,OOO,OOOO, OOOOO,OOO,OOOO, OO O,OOO,OOO,OOOO, OOOO O,OOO,OOO,OOO원)을 체결하여 2008.12.22. 동소 310 답 3,474㎡를 OOO원에 양도하고 양도소득세 신고시 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 신청하였고, 2009.1.5. 나머지 토지 8,592㎡를 OOO원에 양도한 후양도소득세 신고시 동소309 전 1,091㎡에 대해서는 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 신청하였으며, 그 외의 토지 7,501㎡에 대해서는 대토보상액 OOO원을 기초로 산정한 OOO원을 과세이연하는 것으로 하여 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례를 신청하였다.

나.처분청은 2011.10.21.부터 2011.10.31.까지 청구인에 대해 양도소득세 신고내용에 대한 세무조사를 실시하여 청구인의 자경농지에 대한 양도소득세 감면신청에 대해서는 신고시인하였으나, 대토보상에 대한 과세특례신청에 대해서는 과세이연금액을 계산하기 위한 대토보상상당액을 대토로 보상받은 토지의 취득가액에 총보상액에서 자경농지에 대한 감면대상토지의 양도가액을 차감한 가액이 총보상액에서 차지하는 비율을 곱한 금액으로 안분하여 OOO원으로 산정하고 이를 기초로 과세이연금액을 OOO원으로 재계산하여 2011.12.5. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여2012.2.21심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법」제77조의2에서는 거주자가 토지등을 공익사업의 시행자에게 양도하고 해당 공익사업의 시행으로 조성된 토지로 보상받는 경우에는 해당토지의 양도로 발생한 양도차익 중 해당토지의 양도차익에서 장기보유특별공제금액을 뺀 금액에 대토보상상당액이 총보상액에서 차지하는 비율을 곱한 금액에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 해당 대토를 양도할 때 양도소득세를 이연하여 과세하도록 과세특례를 규정하고 있는 바, 처분청이 전체 대토보상액을 과세기간이 다른 2008년분과 2009년분으로 안분하여 2009년분의 대토보상상당액만을 계산하고 이를 기초로 과세이연금액을 산정하여 결과적으로 과세이연금액을 대토보상액에 2009년 과세분 양도소득금액(분자부분)이 2008년과 2009년의 총보상액(분모부분)에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하도록 한 것으로, 분자부분은 1개 과세기간분이 적용되었는데 반해 분모부분은 2개 과세기간분이 적용되도록 하여 과세기간을 불합리하게 적용하였다. 따라서 분자부분에 1개 과세기간분을 적용하면 분모부분도 1개 과세기간분만 적용하든지, 아니면, 분자부분과 분모부분을 모두 2개 과세기간분을 적용하도록 하여 동일한 기준에 의해 과세를 하도록 하여야 한다. 청구인의 대리인이 한국세무사회에도 질의하였는데 한국세무사회의 전문상담관도 동일한 취지로 답변하였다.

나. 처분청 의견

처분청은 국세청장에게 과세이연금액 산정방법에 대해 과세기준자문신청을 하여 “대토보상받은 경우에는 일부 토지가 「조세특례제한법」제69조가 적용되는 때에는 같은 법 시행령 제73조 제1항 산식의 ‘대토보상상당액’은 해당 공익사업의 시행으로 조성된 토지의 취득가액에 ‘총보상액에서 감면대상 토지의 양도가액을 차감한 가액’이 ‘총보상액’에서 차지하는 비율을 곱하여 산정한 가액을 말한다”고 회신(국세청 법규과-403, 2011.4.5.)함에 따라 이 건 과세이연금액을 산정하였는바, 대토보상상당액을대토로 보상받은토지의 취득가액(OOO원)에 총보상액(OOO원)에서 자경농지에 대한 감면대상 토지의 양도가액(OOO원)을 차감한 가액이 총보상액(OOO원)에서 차지하는 비율을 곱하는 방식으로 계산하여 2008·2009년 대토보상액에 분자와 분모 모두 2008·2009년분 총보상액 및 2008·2009년분 감면대상토지의 양도가액을 기준으로 계산하였는바, 계산식의 분자와 분모의 과세기간 기준이 다르다는 청구주장은 처분청의 계산과정을 잘못 이해한 것으로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

동일 과세기간에 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례와 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 각각 적용받는 경우 대토보상에 대한 양도소득세 과세이연금액 계산방법

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법

제77조의2(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) ① 거주자가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2009년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서토지등의 양도대금을 같은 법 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상(이하 이 조에서 "대토보상"이라 한다)받는 분에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제73조(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) ① 거주자가 법 제77조의2 제1항에 따라 토지등을 사업시행자에게 양도하고 토지등의 양도대금의 전부 또는 일부를 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지(이하 이 조에서 "대토"라 한다)로 보상받은 경우에는 해당 토지등을 양도하여 발생하는 양도차익 중 다음 산식에 따라 계산한 금액(이하 "과세이연금액"이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 해당 대토를 양도할 때에 대토의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 「소득세법」 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 계산할 때 보유기간은 대토의 취득 시부터 양도시까지로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인은 2009년 귀속 양도소득세 신고시OOO OOO OO동 306-3 등 7필지 토지 7,501㎡의대토보상에 대한 양도소득세 과세이연금액을 다음과 같은 산식에 의해 OOO원으로 산정하였다.

과세이연금액 = 양도소득금액 × 대토보상상당액 / 2009년 과세분 보상액

OOO

(2)대한주택공사 OOO지역본부장이 발행한 ‘대토보상자의 보상명세서’에 의하면, 대한주택공사는 OOO동 306-3 등 9필지 12,066㎡를 「택지개발촉진법」제8조에 의해 택지개발 목적으로 수용하고, 이에 대한 총보상액 OOO원 중 현금보상으로 OOO원, 채권보상으로 OOO원, 대토보상상당액으로 OOO원을 보상한 것으로 나타난다.

(3) 처분청이 2011.1.28. 국세청장에게 한 대토보상 과세이연금액의 산정방법에 관한 과세기준자문신청에 대하여 국세청장은 2011.4.6. 다음과 같이 회신한 것으로 나타난다.

<회신내용>

(4)처분청은 국세청장의 위 과세기준자문회신 내용에 따라 과세이연금액을 다음과 같이 OOO원으로 산정하여 청구인이 대토보상에 대한 양도소득세 과세이연금액을 과다신청한 것으로 확인하였다.

대토보상상당액 : 대토보상액 × (총보상액 - 8년자경감면대상토지 양도가액) / 총보상액

OOO

과세이연금액 = 양도소득금액 × 대토보상상당액 / 2009년 과세분 보상액

OOO

(5)위와 같은 사실관계 등을 종합하여 보면,대토보상액O,OOO,OOO,OOO원은청구인이 대토보상에따른 양도소득세 과세특례를 신청한 7필지에 대한 대토보상이 아니라, 청구인이2008.12.7. 및 2009.1.5. 양도한 OOO동 306-3 등9필지 전체에 대한 대토보상이므로 이를 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례를 신청한 7필지에 대한 대토보상상당액으로 안분계산하고, 이 건 대토보상에 대한 양도소득세 과세이연금액은 그 안분계산된 대토보상상당액을 기초로 산정하는 것이 합리적이라 할 것이다.

따라서 7필지의 토지에 대한대토보상상당액을 ‘대토로 보상받은 토지의 취득가액’에 ‘총보상액에서 자경농지에 대한 감면대상토지의 양도가액을 차감한 가액’이 ‘총보상액’에서 차지하는 비율을 곱한 금액으로 계산하여 이를 기초로 대토보상에 대한 양도소득세 과세이연금액을 산정한 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.