가. 청구법인은 2012.1.18. 설립되어 2012.4.27. 벤처기업으로 확인받은 후 2012.9.20.～2014.10.27. 기간 동안 차량 OOO 토지 4,107.76㎡ 및 지상 건축물 4,535㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 「조세특례제한법」제120조 제3항에 따라 창업벤처중소기업이 벤처기업으로 확인 받은 날로부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산으로 감면 신청하여 취득세 등을 면제받았다.

나. 처분청은 청구법인이 「조세특례제한법」제6조 제6항 제2호의 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립한 경우에 해당하여 창업에 해당하지 아니한다고 보아 이 건 차량 취득가액 OOO을 2015.9.11. 부과․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.10.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인의 대표이사 OOO은 2009.7.30. 개인기업을 창업하여 2011.6.1. 개인기업의 벤처확인을 받고, 그 개인기업이 2011.11.10. 취득한 사업용 차량에 대하여 창업벤처중소기업으로 취득세 등을 면제받은 후 2012.1.18. 청구법인을 설립하고 2012.2.29. 「조세특례제한법」제32조에 따른 사업양수도의 방법을 통하여 법인으로 전환하여 2012.4.27. 청구법인이 벤처확인을 받았으며, 2012.9.20.～2014.10.27. 이 건 차량 및 2013.5.29. 이 건 부동산을 취득한 후 창업벤처기업이 취득하는 사업용재산으로 하여 취득세 등을 면제받았다.

관련 심판례에서는 “거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우에는 창업으로 보지 않는 것이라는 「조세특례제한법」제6조 제6항의 규정은 일반적인 규정으로서 같은 조 제1항 내지 제3항에 규정된 창업중소기업 이외의 일반개인기업이 법인으로 전환하는 경우 창업중소기업 등으로 보지 않겠다는 규정으로서 당해 사례와 같이 창업벤처중소기업의 요건을 갖춘 개인기업이 법인으로 전환하는 경우까지 적용을 배제하는 것은 아니다”고 해석하고 있고, 행정안전부 운영기준에서도 개인사업자가 법인으로 전환하였다고 하더라도 개인기업 창업일로부터 3년 이내 벤처확인을 받은 경우에 창업벤처 중소기업으로 보아 취득․등록세를 면제하도록 되어 있는바,

상기 해석 및 심판례 등을 볼 때, 청구법인 대표이사가 개인사업자로서 창업벤처중소기업으로 취득세를 면제 받은 후에 법인으로 전환하였다고 하더라도 청구법인과 경제적으로 동일한 실체인 개인사업자의 창업벤처중소기업 세액감면 잔존기간 내에 이 건 차량 및 이 건 부동산을 취득한 것은 창업벤처중소기업 창업일로부터 4년 이내에 취득하는 재산으로 취득세 등을 감면하여야 함에도 처분청에서 이를 배제하고 감면세액을 추징한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이며, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것으로,

청구법인이 「조세특례제한법」제6조 제6항에서 규정한 창업으로 보지 아니하는 경우에 해당하는지 여부에 대하여 살펴보면, 청구법인의 대표자 OOO이 2009.7.30. 개인사업자로 개업하여 사업을 영위하다가 2012.2.29. 개인사업자 OOO의 사업에 대한 모든 권리와 의무를 청구법인이 포괄적으로 양수하는 ‘사업포괄양도양수계약’을 체결하여 청구법인을 설립하였는바, 개인사업자의 법인전환은 「조세특례제한법」제6조 제6항에서 규정한 창업으로 보지 아니하는 경우에 해당된다 할 것이고,

개인사업자 OOO이 법인으로 전환하고, 그 개인사업자의 창업 후 3년 이내에 벤처기업확인을 받았다고 하더라도 개인사업자와 법인은 각각 별개의 권리의무 주체인바, 개인사업자에서 전환한 법인이 당초 개인사업자의 취득세 등의 감면기간 내에 사업용 재산을 취득한 경우에 대하여 감면하도록 「조세특례제한법」제6조 및 제120조에서 달리 규정하고 있지 아니한 이상, 이 건 차량 및 이 건 부동산을 취득세 감면대상이라 하기는 어렵다 할 것(조심 2013지672, 2013.11.11., 같은 뜻임)이므로, 이 건 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

개인기업이 법인으로 전환한 후 개인기업의 창업일부터 3년 이내에 벤처기업확인을 받은 경우 창업벤처중소기업으로 보아 취득세 등을 감면할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2013.5.10. 법률 제11759호로 개정되기 전의 것) 제6조 [창업중소기업 등에 대한 세액감면] ① 2015년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 “창업중소기업”이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」제6조 제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

② 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 “벤처기업”이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2015년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 “창업벤처중소기업”이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병․분할․현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지․건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우는 제외한다.

2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

제31조 [중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등] ① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 “사업용고정자산”이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 “통합법인”이라 한다)에 2012년 12월 31일까지 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

④ 제6조 제1항 및 제2항에 따른 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 제64조 제1항에 따라 세액감면을 받는 내국인이 제6조․제64조 또는 제121조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제6조․제64조 또는 제121조를 적용받을 수 있다. 다만, 제121조는 제1항에 따른 통합 전에 취득한 사업용재산에 대해서만 적용한다.

제32조 [법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세] ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도․양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

제120조 [취득세의 면제 등] ③ 2014년 12월 31일까지 창업하는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용․처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제28조 [중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등] ① 법 제31조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합”이란 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인( 「국세기본법」제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것

② 법 제31조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업용고정자산”이란 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다.

③ 법 제31조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

제29조 [법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세] ② 법 제32조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업 양도․양수의 방법”이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

④ 법 제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 법 제32조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구법인의 대표이사인 OOO라는 상호로 사업자등록을 한 후 2011.6.1. OOO으로부터 벤처기업확인을 받았다.

(나) OOO는 2011.11.10. 사업용차량을 신규취득하고 창업벤처중소기업으로 취득세를 감면받은 바 있다.

(다) OOO 홈페이지 지방세 상담 난에 “개인기업이 법인으로 전환하였다고 하더라도 개인기업 창업일부터 3년 이내 벤처확인을 받은 경우라면 창업벤처중소기업으로 보아 취득세 및 등록세 면제를 적용한다”는 행정안전부 지방세 운영기준(지방세운영과-4588, 2009.10.29.)의 적용여부에 대하여 문의하였고, OOO는 2011.11.11. “창업벤처중소기업에 의한 지방세 감면요건에 해당한다”는 회신을 한 바 있다.

(라) 청구법인은 2012.1.18. OOO이 소유하고 있는 것으로 확인된다.

(마) OOO과 청구법인은 2012.2.29. 다음과 같은 내용의 ‘법인전환 사업 양도․양수 계약’을 체결하였고, 같은 날 OOO는 폐업하였다.

(바) 청구법인은 2012.4.27. OOO으로부터 벤처기업확인을 받았고, 2012.9.20.～2014.10.27. 이 건 차량을, 2013.5.9. 이 건 부동산을 취득한 후 취득세 면제를 받았다.

(사) 청구법인은 2015.4.8. OOO에 이 건과 관련한 민원을 접수하였고, 경상남도지사는 2015.4.15. “기업을 원시적으로 창업하고 3년 이내 창업벤처확인을 받은 경우에는 창업벤처중소기업으로서 취득세 감면이 가능하나, 개인 기업이 법인으로 전환한 경우에는 창업에 해당하지 않아 원칙적으로 취득세 감면은 불가능함. 다만 벤처기업 지원목적과 법인전환한 경우에 조세투명성 제고효과를 고려하여 개인기업이 조세감면의 혜택을 받지 못하고 법인으로 전환한 경우 개인기업 창업일부터 3년 이내 벤처확인을 받은 경우에 취득세 면제 적용이 가능하다고 판단된다”는 답변을 하였다.

(아) 처분청은 2015.6.12. 청구법인에 이 건 과세예고 통지를 하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2015.7.10. 과세전적부심사청구를 하였으며, OOO의 답변이 과세관청의 공적인 견해표명 내지 그에 준하는 정도의 신뢰성을 가지고 있다고 보여지는바, 청구법인으로 하여금 정상적으로 신고․납부의무를 이행할 것을 기대하는 것은 무리여서 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보아, 청구법인의 과세전적부심사청구 중 신고불성실가산세의 부과를 제외하고 나머지는 불채택”하는 결정을 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「조세특례제한법」제6조 및 제120조에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대해서는 취득세를 면제하되, 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우는 창업으로 보지 아니한다고 규정하고 있는바,

청구법인은 청구법인의 대표이사인 OOO의 개인사업을 2012.2.29. 포괄양수도 방식으로 승계한 사실이 확인되므로 조세법규의 엄격해석 원칙에 따라 청구법인의 설립은 창업에 해당하지 아니하므로 청구법인을 「조세특례제한법」제6조에 따른 창업벤처중소기업으로 보기 어려운 점, 개인사업자가 법인으로 전환하고 그 개인사업자의 창업 후 3년 이내에 벤처기업확인을 받았다 하더라도 개인사업자와 법인은 각각 별개의 권리주체인바, 개인사업자에서 전환한 법인이 당초 개인사업자의 취득세 등의 감면기간 내에 사업용 재산을 취득한 경우에도 감면이 가능하도록 「조세특례제한법」제6조 및 제120조에서 달리 규정하고 있지 아니한 이상, 이 건 차량 및 이 건 부동산을 취득세 감면대상으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢지방세기본법｣ 제123조 제4항과 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.