(1) 청구법인이 2003사업연도부터 2005사업연도까지 시행한 OOOOO OOO OOOO OOOOOO OOOOO상의 주상복합건물(아파트·오피스텔 및 상가) 신축·분양사업과 관련하여 법인세법시행규칙 제34조 제1항에서 규정하는 총공사예정비를 총예정분양수입금액 416,300,824,195원에서 시공사인 OO건설주식회사와의 합의서에 의한 청구법인의 이익보장금 53,000,000,000원 및 토지취득대금 67,480,583,360을 차감한 295,820,240,835원으로 하여 작업진행률을 산출하고, 이를 기준으로 2003사업연도부터 2005사업연도까지 사업연도별 분양수입금액 및 건설용지비를 산정하며,

(2) 2003사업연도에 익금산입한 117,000,000원을 익금에서 제외하여 과세표준과 세액을 경정한다.

(1) 청구법인은 OOOOO OOO OOO OOOOO OOOO OOO에서 건설업을 영위하는 법인으로 2003사업연도부터 OOOOO OOO OOOO OOOOO, OOOOO에서 OO건설주식회사(이하 “OO건설”이라 한다)를 시공사로 하여 주상복합건물(아파트·오피스텔 및 상가) 신축·분양사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 하면서

2003사업연도부터 2005사업연도까지 법인세법시행규칙 제34조 제1항에서 규정하는 작업진행률을 계산함에 있어서 청구법인이 부담하여야할 공사예상사업비 22,949,386,005원(2005사업연도의 경우34,800,416,081원)과 OO건설에게 지급할 도급공사비 274,048,110,000원[OO건설이 청구법인과 계약한 합의서에 따라총예정분양수입금액 416,300,824,195원에서쟁점사업에 대하여 청구법인에게 보장한 이익보장금53,000,000,000원과 토지취득대금 67,480,583,360원 및 청구법인이 부담하여야 할 공사예상사업비 22,949,386,005원을 차감한 나머지 272,870,854,830원(평당 4,482천원)을 평당 4,500천원의 도급단가를 적용하여 산출]을 합한 296,997,496,005원(2005사업연도의 경우 308,848,526,081원)을 총공사예정비로 하고,

계산된 작업진행율에 따라 분양수익(2003사업연도28,880,583,515원, 2004사업연도 49,811,012,819원, 2005사업연도 148,664,154,901원)과 공사비용(건설용지비의 경우 2003사업연도 5,598,071,690원, 2004사업연도 7,834,982,601원, 2005사업연도 25,327,871,368원, 당기공사원가의 경우 2003사업연도 25,203,744,947원, 2004사업연도 43,469,625,424원, 2005사업연도 136,208,599,488원)을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하여 2003사업연도부터 2005사업연도까지의 법인세 과세표준 및 세액을 신고·납부하였다.

(2) OO지방국세청장은 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 2003사업연도부터 2005사업연도까지 청구법인이 부담하여야 할 공사예상사업비 22,949,386,005원(2005사업연도의 경우 34,800,416,081원)과 청구법인과 OO건설이 계약한 도급계약서상 도급계약금액 200,968,614,000원(2005사업연도의 경우 261,868,194,000원)을 합한 223,918,000,005원(2005사업연도의 경우 296,668,610,081원)을 총공사예정비로 하여 작업진행률을 재계산하고,

분양수입금액의 경우 2003사업연도 9,431,747,856원, 2004사업연도 16,242,065,163원을 각각 익금산입, 2005사업연도 16,340,015,500원을 익금불산입하였고, 건설용지비의 경우 2003사업연도1,827,901,067원, 2004사업연도 4,382,649,993원, 2005사업연도 1,591,279,877원을 각각 손금산입하였으며, 당기공사원가의 경우 2003사업연도 324,886,333원, 2004사업연도 293,637,550원, 2005사업연도 104,706,216원을 각각 손금불산입하였다.

그 밖에 2003사업연도에 청구법인이 주식회사 OOO으로부터 OO특별시 동작구 신대방동 686-5번지 토지 매입시 지급할 잔금의 지연납입기간(2002.9.1.～2002.12.25.)에 대하여 2002.12.24. 476,000,000원을 위약금으로 지급하기로 확정하였다가 2003.12.29. 취득한 토지상 건축물의 철거에 따른 폐기물처리비용 117,000,000원을 차감한 359,000,000원만을 지급한 것에 대하여 지급하지 아니한 117,000,000원(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 잡이익으로 보아 이를 익금산입하였다.

(3) 처분청은 OO지방국세청장으로부터 조사결과를 통보받고, 2007.2.9. 청구법인에게 2003사업연도 법인세 1,064,389,640원 및 2004사업연도 법인세 5,365,969,350원을 경정고지하는 한편, 2005사업연도 법인세 2,359,667,700원을 환급결정하였다.

(4) 청구법인은 이에 불복하여 2007.5.2. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 시행사인 청구법인은 확정된 이익(530억원)을 보장받고 시공사인 OO건설의 책임 하에 건축공사와 분양사업이 진행된 쟁점사업의 경우 새로운 형태의 확정도급계약이므로 시행사가 모든 책임을 지는 일반적인 공사도급계약과 같이 공사도급금액을 기준으로 작업진행률을 계산하는 것은 타당하지 아니하고,

합의서는 도급계약서보다 우선하는 효력이 있고, 총분양수입금액에서 청구법인의 이익보장금과 토지취득비 등을 제외한 나머지 금액은 시공사인 OO건설에 귀속하며, 도급계약금액의 변경으로 인하여 청구법인의 이익보장금은 변동하지 아니하는 등 법인세법령에서 규정하는 권리의무 확정주의를 더욱 충실하게 반영하고 있는 합의서의 내용에 따라 총공사예정비를 산정하여 작업진행률을 계산하는 것이 타당하다.

시공사인OO건설과 체결한 도급계약서는 금융기관으로부터의 자금 차입을 용이하게 하기 위하여 작성한 것으로 OO건설에게 지급하여야 할 공사비의 정산을 위하여 편의상 3차에 걸쳐 공사도급금액을 변경한 것에 불과하므로 공사도급금액을 기준으로 하여 작업진행률을 계산함은 부당하다.

(2) 기업회계기준서 등에서 모델하우스 관련비용(건립비·유지비) 및 광고선전비는 공사원가에는 포함되나 판매활동과 관련된 비용으로 규정하고 있는 만큼, 작업진행률 계산시 당해 비용은 총공사예정비 및 총공사비누적액에서 차감함이 타당하다.

(3) 청구법인이 476,000,000원을 연체이자로 손금산입하였다면 무상인 폐기물처리비용을 익금산입하여야 하지만 359,000,000원만 연체이자로 손금산입하였으므로 쟁점비용(117,000,000원)은 익금에서 제외함이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 OO건설을 시공사로 하는 공사도급계약서를 작성하고, 그 후 공사도급금액을 변경하는 공사도급변경계약을 작성하였음이 확인되므로 변경전 공사도급금액 및 변경된 공사도급금액을 기준으로 쟁점사업의 작업진행률을 계산함은 타당하다.

총공사예정비는 도급계약서 및 합의서와 같은 계약에 의하여 그 금액이 확정되는 것으로 청구법인의 주장과 같이 추정에 의하여 산출한 공사도급금액은 지급할 상대방과 의무가 없는 금액이므로 이를 근거로 하여 작업진행률을 계산함은 잘못된 것이고, 이는 청구법인이 법인세 납부를 이연하기 위한 방편에 불과하다.

청구법인이 추정한 총공사예정비는 합리적이고 구체적인 산출근거가 없는 것이며, 금융기관으로부터의 자금을 차입하고 OO건설에게 공사대금을 지급하기 위하여 공사도급계약서를 작성하였다는 청구법인의 주장은 계약당사자의 자유로운 의사표시를 전제로 하는 민법의 계약규정에 맞지 아니하고, 기업회계기준 제12호에서 규정하는 공사계약상 지급의무로서의 공사원가 계상의 범위를 벗어난 것이다.

시공사인 OO건설 또한 청구법인과 계약한 변경전 도급금액 및 변경된 도급금액을 기준으로 공사수입금액을 계상하였으므로 청구법인이 합의서를 근거로 추정한 공사도급금액을 작업진행률 계산의 기준으로 하여 신고한 것은 잘못된 것이다.

(2)기업회계기준서 제12호 문단11의 규정을 준용하여 모델하우스 관련비용과 광고선전비 등은 작업진행률 계산시 총공사예정비 및 총공사비누적액에 포함함이 타당하다.

(3)위약금 명목으로 지급하기로 한476,000,000원 중건축물 철거에 따른 폐기물처리비용인 쟁점비용(117,000,000원)을 차감한359,000,000원만 지급한 만큼, 실제 지출하지 아니한 당해 쟁점비용은 익금에 산입함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 시행사인 청구법인이 쟁점사업에 대한 작업진행률 계산시 총공사예정비를 산정함에 있어서 시공사와 체결한 도급계약서상 도급금액을 기준으로 하지 아니하고, 합의서를 근거로 총예상분양수입금액에서 시행사의 이익보장금과 토지취득비 등을 차감한 금액을 기준으로 추정하여 신고한 것의 당부 (주위적 청구)

(2) 청구법인의 작업진행률 계산시 모델하우스 관련비용과 광고선전비를 총공사예정비 및 총공사비누적액에서 제외하여야 하는지 여부(예비적 청구)

(3) 청구법인이 토지의 양도자에게 지급하기로 약정한 연체이자 중 청구법인이 부담하는 건물철거에 따른 폐기물처리비용 상당액을 상계하기로 하였으나 당해 폐기물처리비용을 지출할 필요가 없게 되어 당해 연체이자 중 실제 지급한 금액만 손금산입한 경우 지급하지 아니한 폐기물처리비용이 잡이익에 해당되어 익금산입대상인지 여부

나. 관련법령

(1)법인세법

제40조 (손익의 귀속사업연도)

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법시행령

제69조 (용역제공등에 의한 손익의 귀속사업연도)

① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설 등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다.

(3) 법인세법시행규칙

제34조 (작업진행률의 계산 등)

① 영 제69조 제2항 본문에서 “건설 등을 완료한 정도”라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 비율(건설외의 경우에는 이를 준용하여 계산한 비율을 말한다)을 말한다. 이 경우총공사예정비는 영 제79조 제2호에 해당하는 건설업회계처리준칙을 적용하여 계약당시 추정한 공사원가에 당해 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가를 말한다.

당해 사업연도말까지 발생한 총공사비누적액

작업진행률 = ──────────────────────

총공사예정비

②영 제69조 제2항 본문의 규정에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.

1. 익금

계약금액 × 작업진행률 － 직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액

2. 손금

당해 사업연도에 발생된 총비용

(4) 기업회계기준서 제12호 건설형공사계약

1) 용의의 정의

5. 이 기준서에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

(가) “건설형 공사계약”은 단일자산의 건설공사 또는 설계나 기술, 기능 또는 그 최종적 목적이나 용도에 있어서 밀접하게 상호 연관되어 있는 복수자산의 건설공사를 위해 합의된, 법적으로 구속력 있는 계약을 말한다.

(나) “도급공사”는 건설사업자가 건설공사의 완성을 약정하고, 발주자가 그 결과에 대하여 대가의 지급을 약정한 건설형 공사계약에 따라 수행하는 공사를 말한다.

(마)“공사계약금액”은 확정된 계약조건에 따라 건설사업자가 수행한 도급공사에 대하여 발주자 또는 원도급자 등이 지급하기로 한 대가의 총액을 말한다.

(아)“총공사예정원가”는 확정된 도급공사 계약조건에 따라 공사를 수행함에 있어 대차대조표일 현재 이미 발생된 공사원가와 향후 발생할 공사원가를 합한 금액을 말한다.

(자) “진행기준”이라 함은 도급금액에 공사진행률을 곱하여 공사수익을 인식하고 동 공사수익에 대응하여 실제로 발생한 비용을 공사원가로 계상하는 방법을 말한다.

2) 공사원가

17. 공사원가는 다음의 항목으로 구성된다.

(가) 특정공사에 관련된 공사직접원가

(나) 특정공사에 개별적으로 관련되지는 않으나 여러 공사활동에 배분될 수 있는 공사공통원가

(다) 계약조건에 따라 발주자에게 청구할 수 있는 기타 특정공사원가

3) 공사수익과 비용의 인식

29.공사수익은 건설사업자가 발주자로부터 지급받을 공사계약금액에 근거하여 계상함을 원칙으로 한다. 다만, 건설사업자가 실질적으로는 단순한 관리자로서 용역보수 또는 수수료만을 받는 경우에는 공사계약금액 중 건설사업자에게 실제로 귀속될 금액만을 공사수익으로 계상한다.

30. 진행기준하에서 공사수익은 그 공사가 수행된 회계기간별로 인식한다. 공사원가도 일반적으로 공사가 수행된 회계기간의 비용으로 인식한다.

31. 총공사예정원가를 정확히 계산하기 위해서는 건설공사를 완료하기 위해 추가적으로 소요될 공사예정원가를 적절히 추정하여야 한다.

33. 건설형 공사계약의 당사자들이 공사수익과 공사원가를신뢰성 있게 추정하기 위해서는 건설형 공사계약 대상자산에 대한 각 당사자의 구속력있는 권리, 교환되는 대가, 결제의 방법과 조건 등이 명시된 계약이 있어야 한다. 또한, 건설사업자는 효율적인 재무예산 및 보고체제를 갖추어야 한다.건설사업자는 공사의 진행에 따라 공사수익과 공사원가의 추정치를 재검토하고 필요한 경우에는 추정치를 수정한다. 공사진행중 추정치를 수정한다고 해서 그것이 계약의 결과를 신뢰성 있게 추정할 수 없다는 것을 의미하는 것은 아니다.

34.공사진행률은 실제공사비 발생액을 토지의 취득원가와 자본화대상 금융비용 등을 제외한 총공사예정원가로 나눈 비율로 계산함을 원칙으로 한다.

4) 추정의 변경

44.진행기준하에서는 매 회계기간마다 누적적으로 공사수익과 공사원가를 추정한다. 따라서공사수익 또는 공사원가에 대한 추정치 변경의 효과는 회계추정의 변경으로 회계처리한다. 변경된 추정치는 변경이 이루어진 회계기간과 그 이후 회계기간의 손익계산서상 인식되는 수익과 비용의 금액 결정에 사용된다.

5) 시행일

51. 이 기준서는 2003년 12월 31일부터 시행한다.

52. 이 기준서는 이 기준서 시행일 이후 최초로 개시하는 회계연도부터 적용한다. 다만, 이 기준서는 이 기준서 시행일이 속하는 회계연도에도 적용할 수 있다.

55. 다음의 기업회계기준은 이 기준서에 의하여 대체된다.

(가) 건설업회계처리준칙

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)의 주위적 청구에 대하여 본다.

(가) 쟁점사업과 관련하여 청구법인을 시행사로 하고 OO건설을 시공사로 하여 2002.12.23. 공사도급계약을 체결하였고, 당해 공사도급계약서에 착공일은 2003.3.20.로 준공일은 2006.6.30.로 기재되어 있고, 공사규모는 지하 4층, 지상 28층, 5개동 복합건물로 연면적 201,302.93㎡(60,899.58평), 대지면적 24,727.10㎡(7,479.95평)으로, OO건설의 도급금액(공급가액 기준으로 이하 같다)은 152,248,950,000원(평당 2,500,000원)으로 기재되어 있다.

(나) 청구법인과 OO건설은 2003.1.2. 합의서를 작성하였고, 당해 합의서에 쟁점사업과 관련한 분양수입금액 중 청구법인의 이익보장금액 53,000,000,000원과 당해 합의서 작성 전에 청구법인이 지출한 토지취득비용 등 8,000,000,000원(청구법인이 증빙서류로 지출하였음을 입증한 금액 범위내)을 제외한 나머지 분양수입금액은 OO건설에 귀속하며, OO건설의 도급금액은 152,248,950,000원(평당 2,500,000원)으로 하되, 최종 분양금액 확정 후 1차 도급계약을 변경하고, 최종 공사 완료 후 OO건설이 부담한 공사비용을 정산한 후의 금액으로 도급금액을 확정하여 2차 도급계약을 체결하며, 이 경우 도급계약금액의 변경으로 인하여 청구법인의 이익보장금액 53,000,000,000원은 변동할 수 없다는 내용 등이 기재되어 있다.

(다) 청구법인과 OO건설은 쟁점사업과 관련한 도급금액을 2003.10.17. 200,968,614,000원(평당 3,300,000원)으로, 2005.3.18. 261,868,194,000원(평당 4,300,000원)으로, 2006.8.25. 249,139,801,836원으로, 2006.12.29. 252,319,839,000원으로 변경하였음이 공사도급 변경계약서에 의하여 확인된다.

(라) 청구법인은 2003사업연도부터 2005사업연도까지 법인세법 시행규칙 제34조 제1항에서 규정하는 작업진행률을 계산하고, 계산된 작업진행률<표1>에 따라 분양수익(2003사업연도 28,880,583,515원, 2004사업연도 49,811,012,819원, 2005사업연도 148,664,154,901원)과 공사비용(건설용지비의 경우 2003사업연도 5,598,071,690원, 2004사업연도 7,834,982,601원, 2005사업연도 25,327,871,368원, 당기공사비용의 경우 2003사업연도 25,203,744,947원, 2004사업연도 43,469,625,424원, 2005사업연도 136,208,599,488원)을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하여 2003사업연도부터 2005사업연도까지의 법인세 과세표준 및 세액을 신고·납부하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

<표1> 청구법인 계산 작업진행률

(단위:원)

(마) 처분청은 OO지방국세청장으로부터 통보받은 청구법인에 대한 법인세 통합조사결과에 따라 2003사업연도부터 2005사업연도까지 법인세법 시행규칙 제34조 제1항에서 규정하는 작업진행률을 재계산하고, 재계산된 작업진행률<표2>에 따라 분양수익의 경우 2003사업연도에 9,431,747,856원, 2004사업연도에 16,242,065,163원을 각각 익금산입, 2005사업연도에 16,340,015,500원을 익금불산입하고, 건설용지비의 경우 2003사업연도에 1,827,901,067원, 2004사업연도에 4,382,649,993원 및 2005사업연도에 1,591,279,877원을 각각 손금산입하고, 당기공사원가의 경우 2003사업연도에 324,886,333원, 2004사업연도에 293,637,550원 및 2005사업연도에 104,706,216원을 각각 손금불산입하여 청구법인에게 2003사업연도분 법인세 1,064,389,640원 및 2004사업연도분 법인세 5,365,969,350원을 경정고지하였고, 2005사업연도분 법인세 2,359,667,700원을 환급결정하였음이 법인세 과세표준 및 세액경정결의서 및 심리자료에 의하여 확인된다.

<표2> 처분청 재계산 작업진행률

(단위:원)

(바) 처분청은 청구법인이 작업진행률을 계산함에 있어서 총공사예정비 중 OO건설이 부담하여야 할 공사예정비를 OO건설과 작성한 공사도급계약서 및 공사도급변경계약서에 기재되어 있는 도급금액인 200,968,614,000원(2005사업연도는 261,868,194,000원)으로 하지 아니하고, 합의서에 기재되어 있는 내용과 같이 총예정분양수입금액에서청구법인의 이익보장금,토지취득대금 및 청구법인이 부담하여야 할 공사예상사업비를 차감한 나머지 272,870,854,830원과 유사한 평당 4,500,000원의 도급단가를 적용하여 산출한 274,048,110,000원으로 한 것은 적법하지 아니하여 청구법인의 작업진행률 계산이 잘못되었으므로 처분청이 재계산한 작업진행률에 따라 법인세 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

1) 법인세법시행령 제69조 제2항에서 건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 재정경제부령이 정하는 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다고 규정하고 있고,

같은법시행규칙 제34조 제1항에서 작업진행률은 당해 사업연도말까지 발생한 총공사비누적액을 총공사예정비로 나누어 계산하고, 총공사예정비는 건설업회계처리준칙을 적용하여 계약당시 추정한 공사원가에 당해 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가라고 규정하고 있다.

2) 기업회계기준서 제12호 건설형공사계약(건설업회계처리준칙에서 2003.12.31. 대체) 용어의 정의 문단 5.(아)에서 “총공사예정원가”는 확정된 도급공사 계약조건에 따라 공사를 수행함에 있어 대차대조표일 현재 이미 발생된 공사원가와 향후 발생할 공사원가를 합한 금액을 말한다고 규정하고 있고,

공사수익과 비용의 인식 문단31.에서 총공사예정원가를 정확히 계산하기 위해서는 건설공사를 완료하기 위해 추가적으로 소요될 공사예정원가를 적절히 추정하여야 한다고 규정하고 있으며,

문단 33.에서 건설형 공사계약의 당사자들이 공사수익과 공사원가를 신뢰성 있게 추정하기 위해서는 건설형 공사계약 대상자산에 대한 각 당사자의 구속력있는 권리, 교환되는 대가, 결제의 방법과 조건 등이 명시된 계약이 있어야 한다고 규정하고 있다.

3) 따라서, 법인세법시행령 제69조 및 같은법시행규칙 제34조에서 총공사예정비에 대하여 명시적으로 규정하고 있지 아니하고, 기업회계기준서 제12호에서도 건설공사를 완료하기 위해 추가적으로 소요될 공사예정원가를 적절히 추정하여야 한다고만 규정하고 있을 뿐이다.

그러나, 기업회계기준서 문단 33.에서 건설형 공사계약의 당사자들이 공사수익과 공사원가를 신뢰성 있게 추정하기 위해서는 건설형 공사계약 대상자산에 대한 각 당사자의 구속력있는 권리, 교환되는 대가, 결제의 방법과 조건 등이 명시된 계약이 있어야 한다고 규정하고 있는 점을 감안하면,

공사도급(변경)계약서와 합의서 중 어느 계약이 법인세법령에서 규정하고 있는 권리의무 확정주의를 충실하게 반영하고 있고, 미래에 발생할 공사원가를 보다 정확하게 추정할 수 있는지 여부에 따라 보다 합리적으로 공사원가를 추정한 계약을 근거로 하여 작업진행률을 계산하는 것이 정당하다고 판단된다.

4) 2002.12.23. 체결된 OO건설을 시공사로 하는 공사도급계약서에는 공사명(신대방동 주상복합건물 신축공사), 위치(OO특별시 동작구 신대방동 684-4번지, 686-5번지), 공사기간(착공 2003.3.30., 준공 2006.6.30.), 공사규모(지하 4층, 지상 28층, 5개동, 연면적 60,899.58평, 대지면적 7,479.95평) 도급금액(152,248,950,000원으로 부가가치세 제외), 선급금 없음, 기성금의 시기 및 방법(매 2개월 단위로 청구, 14일 이내 검사후 지급), 하자담보책임기간(준공일부터 3년), 하자보수보증금율(3%) 및 지체상금율(지체일수 1일당 0.1%) 등이 기재되어 있고,

2003.10.17. 작성한 공사도급변경계약서에는 도급금액이152,248,950,000원에서 200,958,614,000원으로 변경되었고, 2005.3.18.작성한 공사도급변경계약서에는 도급금액이200,958,614,000원에서 261,868,194,000원으로 변경되었으며, 2006.8.25.작성한 공사도급변경계약서에는 도급금액이261,868,194,000원에서 249,139,801,836원으로 변경되었고, 2006.12.29. 작성한공사도급변경계약서에는 도급금액이249,139,801,836원에서 252,319,839,000원으로 변경된 사실이 기재되어 있을 뿐, 공사도급금액이 변경된 구체적인 사유는공사도급변경계약서에 명시되어 있지 아니하다.

5) 2003.1.2. 체결된 OO건설을 시공사로 하는 합의서에는 청구법인이 OO건설과 체결한 공사도급계약서와는 별도로 청구법인의 이익금보장, 공사도급계약, 분양업무 및 수입금 관리 등에 관한 합의내용이 기재되어 있고,

당해 합의서 제2조에서 OO건설은 청구법인에게53,000,000,000원을 이익금으로 보장하고, 합의서 체결 전에 발생한 토지취득비 등 8,000,000,000원(청구법인이 증빙서류로 지출하였음을 입증한 금액 범위내)을 별도로 지급하며, 쟁점사업과 관련한 분양수입금액에서 청구법인의 이익보장금 53,000,000,000원와 토지취득비 등 8,000,000,000원을 제외한 나머지 금액은 시공사인 OO건설의 수익으로 귀속한다고 기재되어 있고, 합의서 제3조에서 청구법인의 이익보장금 및 토지취득비 등의 지급시기 및 지급방법에 대하여 구체적으로 기재되어 있다.

합의서 제4조에서 청구법인이 OO건설에게 도급하는 공사의 도급금액은 평당 2,500,000원에 연면적을 적용한 152,248,950,000원으로 하고, 공사에 소요되는 모든 비용은 OO건설이 부담하되 최종 분양금액 확정 후 도급계약을 변경하며, 최종 공사완료 후 도급계약을 재변경하며, 공사준공 후 1월 이내에 공사비를 정산하고, 이 경우 도급계약금액의 변경으로 인하여 청구법인의 이익보장금 53,000,000,000원이 변동하지는 아니한다고 기재되어 있다.

합의서 제11조 및 제12조에서 청구법인은 OO건설에게 쟁점사업의 분양사무를 위탁하고, OO건설은 분양업무 일체를 책임지고 관리한다고 기재되어 있고, 제13조에서 쟁점사업과 관련한 모든 분양수입금의 관리는 청구법인이 OO건설에게 기 위임한 기준에 따른다고 하고 있으며, OO건설이 청구법인에게 제3조에서 규정한 청구법인의 이익보장금과 토지취득비 등의 지급의무를 이행한 경우에는 어떠한 이의도 제기할 수 없다고 기재되어 있다.

합의서 제16조에서 당해 합의내용은 청구법인과 OO건설이 모두 동의한 경우를 제외하고는 해지 또는 해약할 수 없고, 합의내용을 위반하여 손해가 발생한 경우 상대방에게 손해배상을 청구할 수 있으며, 제17조에서 당해 합의서가 국민은행 프로젝트 파이낸싱 관련 대차약정 및 공사도급계약서보다 최우선의 효력을 갖는다고 기재되어 있다.

6) 살피건대, 쟁점사업의 경우 시행사의 주관으로 건축공사 및 분양사업을 진행하여 시행사가 이익금 또는 손실금에 대한 포괄적인 책임(시공사는 도급금액 범위 내에서 책임)을 지는 일반적인 건축공사·분양계약과는 다르게 시공사인 OO건설의 주관으로 건축공사 및 분양사업을 진행하고, 시행사인 청구법인에게 일정금액의 이익과 이미 지출한 토지취득비 등만 지급하면 총분양예상수입금액의 나머지는 OO건설에 귀속되는 특수한 형태의 건축공사·분양계약으로서

청구법인은 이미 합의서를 작성하는 시점에 미래에 수취할 수입금액(이익보장금과 지출한 토지취득비 등)이 확정되었고, 시공사인 OO건설 또한 미래에 수취하여야 할 수입금액(총분양예상수입금액에서 청구법인에게 지급하여야 할 이익보장금과 지출한 토지취득비 등을 차감한 금액)이 확정되었으며, 합의서에 따라 OO건설이 청구법인에게 지급하여야 하는 이익보장금과 지출한 토지취득비 등은 변동될 수 없으므로 청구법인이 쟁점사업과 관련하여 OO건설에게 지급하여야 할 공사도급금액 역시 확정되었다고 볼 수 있다.

비록, 청구법인과 OO건설이 계약한 공사도급(변경)계약서상 공사도급금액이 존재한다 하더라도 청구법인과 OO건설의 수익에 큰 영향을 미치는 공사도급금액이 공사도급(변경)계약서의 잦은 변경에 의하여 평당 250만원에서 평당 430만원까지 큰 폭으로 변경되었고, 도급금액이 변경된 사유 또한 명확하지 아니하며, 당해 공사도급(변경)계약서에서 쟁점사업에 대한 청구법인과 OO건설의 권리의무를 구체적으로 약정하고 있지 아니한 점 등을 종합적으로 고려하면, 당해 공사도급(변경)계약서를 쟁점사업의 실질을 반영한 정상적인 계약서로 인정하기는 어려운 만큼, 해당 공사도급금액 또한 미래에 발생할 공사예정원가를 추정하는 기준으로 삼기는 어렵다.

반면, 합의서의 내용은 쟁점사업 전반에 걸쳐 청구법인과 시공사인 OO건설의 권리의무를 구체적으로 약정하고 있고, 합의서 제16조에서 당사자가 동의한 경우를 제외하고는 해지 또는 해약할 수 없음을 명확히 약정하고 있으며, 제17조에서 합의서가 공사도급계약서보다 최우선의 효력이 있다고 규정하고 있는 점을 감안할 때 합의서에 따라 미래에 발생할 공사원가를 보다 정확하게 추정할 수 있다면 그에 따라 추정한 금액을 공사예정원가로 인정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(사) 따라서, 처분청이 쟁점사업과 관련한 작업진행률을 계산함에 있어서 합의서에 따라 청구법인이 OO건설에게 지급하여야 할 확정된 공사도급금액이 아니라 공사도급(변경)계약서상의 도급금액으로 한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점(2)의 예비적 청구에 대하여 본다.

쟁점사업과 관련한 모델하우스 설치비용 및 광고선전비를 작업진행률 계산시 총공사예정비 및 총공사비누적액에서 차감하여야 한다는 예비적 청구는 주위적 청구에 대한 판단에서 청구법인이 OO건설에게 지급하여야 할 확정된 공사도급금액을 작업진행률 계산시 총공사예정비로 하는 것으로 인용하였으므로 별도의 심리실익이 없어 심리를 생략한다.

(3) 쟁점(3)에 대하여 본다.

(가) 2002년 7월 청구법인은 OO특별시 동작구 신대방동 686-5번지의 토지 24,050.4㎡를 주식회사 OOO으로부터 매입하고 2002.7.31.까지 지급하기로 한 잔금 25,000,000,000원에 대한 지급기일을 연장함에 따라 2002.12.24. 청구법인은 지연납입기간(2002.9.1.～2002.12.25.)에 대한 연체이자를 476,000,000원으로 확정하고 주식회사 OOO에게 약속어음을 교부하였고,

청구법인은 2003.12.29. 토지대금 정산시 이미 교부한 약속어음을 회수하고, 매입한 토지상 건축물의 철거에 따라 발생한 폐기물처리비용 117,000,000원을 차감한 359,000,000원을 지급하고, 동 지급액을 2003사업연도 손금으로 계상하였음이 청구법인의 대표이사가 작성한 확인서에 의하여 확인된다.

(나) 처분청은 청구법인이 지급해야 할 토지대금연체이자 중 지급하지 아니한 건축물철거에 따른 폐기물처리비용 117,000,000원이 익금에 해당한다고 주장하고 있으나

청구법인은 지급해야 할 토지대금연체이자 476,000,000원 중 2003사업연도에 359,000,000원만 손금산입한 사실이 확인되므로 117,000,000원은 익금에 해당하지 아니하는 것으로 판단된다.

(다) 따라서, 처분청이 쟁점미지급폐기물처리비용을 익금에 산입하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2008년 7월 18일

주심조세심판관 김 홍 기

배석조세심판관 이 영 우

김 재 구

서 희 열