2. 항소비용은 피고가 부담한다.

피고가 2013. 8. 8. 원고에게 한 2011 사업연도 법인세 49,504,000원의 부과처분(이하 '이 사건 법인세 처분'이라 한다) 중 1,000,000원을 초과하는 부분 및 2011년 제1기 부가가치세 및 가산세 453,852,720원의 부과처분(이하 '이 사건 부가세 등 처분'이라 한다) 중 7,117,500원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

원고는 청구취지 기재와 같이 이 사건 법인세 처분 중 100만 원을 초과하는 부분 및 이 사건 부가세 등 처분 중 7,117,500원을 초과하는 부분의 각 취소를 구하였는데, 제1심 법원은 이 사건 부가세 등 처분 중 일반과소신고가산세 4,500,000원의 취소를 구하는 청구 부분을 각하하고, 나머지 청구를 모두 인용하였다. 이에 대하여 피고만이 항소하였으므로, 이 법원의 심판범위는 이 사건 법인세 처분 중 100만 원을 초과하는 부분 및 이 사건 부가세 등 처분 중 일반과소신고가산세 4,500,000원의 취소 청구 부분을 제외한 7,117,500원을 초과하는 부분의 적법 여부에 한정된다.

2. 처분의 경위

가. 원고는 2011년 제1기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 ○○○○(이하 '○○○○'라고 한다)로부터 은을 매입하여 그 공급가액 24억 2,520만 원에 대한 매입세금계산서 7장을 교부받았고(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다), 주식회사 △△△△(이하 '△△△△'이라 한다)에 은을 판매하여 2011년 제1기 부가가치세 과세기간 중 공급가액 20억 7,722만 원의 매입세금계산서 3장을, 2011년 제2기 부가가치세 과세기간 중 공급가액 3억 5,874만 원의 매입세금계산서 1장을 각 교부한 다음, 위 각 공급가액을 매출세액, 매입세액에 포함하여 산정한 부가가치세를 피고에게 신고.납부하였다.

나. ××지방국세청장은 2012. 9. 11.부터 2013. 4. 26.까지 ○○○○에 대한 조사를 실시하여 ○○○○가 실제 거래 없이 세금계산서를 발행하는 소위 자료상 내지 도관업체라고 판단하고, 이를 피고에게 통보하였고, ××세무서장도 2012. 11. 24.부터 2013. 1. 25.까지 △△△△에 대한 조사를 실시하여 원고가 △△△△에게 교부한 매입세금계산서가 허위라고 판단하고, 이를 피고에게 통보하였다.

다. 피고는 2012. 11. 21.부터 2013. 7. 8.까지 원고에 대한 조사를 실시하여 원고가 △△△△에게 교부한 매입세금계산서는 정상적인 거래에 관한 것으로 인정한 반면, 이 사건 세금계산서는 가공거래에 관한 것이라고 판단하였다. 또한, 원고가 부사장인 이○○에게 용역의 대가를 지급하고 이○○로부터 받은 공급가액 5,000만 원의 세금계산서에 대해서도 위 5,000만 원은 이○○에게 근로의 대가로 지급한 것이라는 이유로 매출세액에서 공제할 대상이 아니라고 판단하였다. 이에 따라 피고는 2013. 8. 8. 원고에게 2011 사업연도 법인세에 대한 가산세를 49,504,000원 부과하는 것으로, 2011년 제1기 부가가치세 및 가산세를 453,852,720원 부과하는 것으로 각 경정.고지했다(이하 위 각 처분 중 원고가 이○○에 대한 대가를 지급받고 받은 세금계산서에 관한 것을 제외한 나머지 부분, 즉 이 사건 법인세 처분 중 1,000,000원을 초과하는 부분 및 이 사건 부가세 등 처분 중 7,117,500원을 초과하는 부분을 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고가 2013. 10. 16. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 했으나, 조세심판원에서는 2013. 12. 27. 위 심판청구를 기각하였다.

마. 한편 피고는 이 사건 소가 제기된 이후인 2014. 1. 6. 원고에 대한 이 사건 부가세 등 처분 중 원고가 이○○에 대한 대가를 지급하고 받은 세금계산서에 관한 일반과소신고가산세 5,000,000원을 500,000원으로 경정하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3. 당사자 주장의 요지

가. 원고

(1) 원고는 ○○○○로부터 실제 은을 매입하여 창고업체가 운영하는 창고에 보관한 후 이를 △△△△에게 판매하였고, 그에 따라 거래 실물이 인도되고 그 대금도 수수되었으므로, 이 사건 세금계산서는 허위라고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 세금계산서가 허위임을 전제로 한 이 사건은 처분은 위법하다.

(2) 부당과소신고 가산세의 규제 대상이 되는 행위는 단순히 과세표준이나 세액을 제대로 신고하지 않는 등의 소극적인 부정행위가 아니라, 조세포탈의 의도로 과세표준이나 세액계산의 기초가 되는 사실을 은폐하거나 가장하는 등의 적극적인 부정행위이다. 원고가 ○○○○로부터 은을 매입하고 교부받은 이 사건 세금계산서를 기초로 2011년 제1기 부가가치세를 신고.납부한 것은 조세포탈의 목적이 없을 뿐 아니라 적극적인 부정행위라고 볼 수도 없으므로, 이 사건 처분에서 부가가치세에 대한 가산세 중 부당과소신고 가산세 97,008,000원 부분은 위법하다.

나. 피고

××지방국세청이 이 사건 세금계산서를 발행한 ○○○○를 상대로 조사한 결과 ○○○○씨는 이른바 도관업체로 밝혀졌고, 그에 따라 검찰이 ○○○○ 대표이사 등에 대하여 기소중지처분을 내린 점, 원고가 매입하였다는 지은(地銀)이 △△△△에게 다시 매도되기 전까지 창고업체에 보관되어 있었는데, 지은이 창고업체에 입고된 경위에 관한 관련자들의 진술이 불일치하는 점, 지은이 창고업체에 보관되는 과정에서 △△△△ 직원들이 은을 운송하여 창고업체에 인계하고 검수를 하였고, 원고는 검수나 인계과정에 관여하지 아니한 점 등을 감안할 때, 원고는 실제로는 제3의 업체로부터 지은을 매입하면서, 세금계산서만 도관업체인 ○○○○로부터 받은 것으로 보아야 한다. 따라서 원고가 ○○○○로부터 받은 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 허위의 세금계산서에 해당하므로 이 사건 처분은 적법하다.

4. 판단

가. 관련 법리

부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우 의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득.수익.계산.행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다고 할 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 참조).

"실제 공급하는 사업자와 세금계산서상 공급자가 다른 세금계산서는 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 본문의그 내용이 사실과 다른 것'으로서 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액은 공제 내지 환급받을 수 없고, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 입증하여야 한다(대법원 1997. 6. 27. 선고 97누4920 판결 등 참조).",나. 판단

(1) 을 제2 내지 8호증의 각 기재 및 제1심 증인 이○○의 일부 증언에 의하면, ××부지방국세청은 2012. 9. 11.부터 2013. 5. 31.까지 ○○○○를 조사한 후, ① ○○○○의 임직원들이 지은을 거래한 사업이력이 없거나 조세포탈혐의로 처벌받은 전력이 있는 사람들이라는 점, ② ○○○○가 지은을 매입한 거래처들이 모두 실물 거래 없이 매출세금계산서만 교부한 자료상으로 확정되거나, 자료상 혐의가 있는 업체라는 점, ③ 매입세금계산서상의 지은 매입단가가 일반적인 시세보다 낮다는 점 등을 근거로, ○○○○가 2010년 제2기 부가가치세 과세기간부터 2012년 제1기 부가가치세 과세기간까지 각 약 880억 원에 이르는 가공 매출.매입세금계산서(이는 그 기간에 발행한 세금계산서상 매출.매입액의 99%에 이르는 규모이다)를 발행하였다고 판단한 사실, 원고가 매입한 은을 △△△△에 매도하기 전에 창고업체인 주식회사 ××××(이하 '××××'라 한다)에 보관하는 과정에서 △△△△ 직원들이 물품인수증의 인계자 란에 서명을 하고 물품 검수를 하였으며, 원고는 지은의 운송.인계.검수 과정에 직접 참여하지 않은 사실, 한편 피고의 원고에 대한 세무조사 과정에서 ○○○○ 직원 김○○은 지은을 운반하여 ××××에 입고시킨 것은 ○○○○라고 진술한 반면, 원고의 부사장 이○○는 지은을 ××××까지 운송한 것은 △△△△이라고 진술한 사실 등이 인정된다.

(2) 그러나, 갑 제4 내지 15호증, 을 제2, 4, 5, 14호증의 각 기재와 제1심 증인 이○○의 증언, ××××에 대한 사실조회결과 및 변론 전체의 취지를 종합하면 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들에 비추어 보면, 위 (1)에서 인정한 사실만으로는 이 사건 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다고 단정할 수 없고, 설령 그 세금계산서의 내용이 사실과 다르더라도 원고가 이를 과실 없이 알지 못했다고 봄이 상당하다.

(가) 원고의 대표이사 정○○은 거래관계에 있던 이○○를 등기이사로 영입하여 은 추출.판매사업을 구상하던 중, 이○○의 거래처 소개로 알게 된 △△△△으로부터원고가 △△△△의 기존 거래처인 ○○○○로부터 은을 매입하여 두면 이를 △△△△이 다시 매입하겠다는 제의를 받고, 약간의 수익 및 은 유통과정에 대한 경험을 얻기 위해 위 제의를 받아들였다. 그에 따라 ○○○○로부터 은을 매입하여 △△△△에 되파는 업무는 이○○가 주도하여 처리하였다.

(나) 원고가 ○○○○로부터 매입한 은을 운송, 보관, 검수와 관련된 실무를 처리하는 과정에서 △△△△ 직원들의 도움을 받았다고 하더라도, 다음과 같은 사정들에 비추어 보면 반드시 이례적이라고 보기 어렵다.

① 원고와 ○○○○ 사이에 체결된 2011. 4. 1.자 물품공급계약서(갑 제4호증)에 의하면, ○○○○는 자신의 부담으로 원고가 지정한 장소에 은을 인도할 의무가 있고(제2조), 원고 또는 원고가 지정한 업체의 검수를 받기로 되어 있는바(제3조 제1항), 위 물품공급계약서에 의하면 원고가 아닌 다른 업체가 물품을 검수하는 것을 예정하고 있다.

② 원고와 △△△△ 사이에 체결된 2011. 4. 11.자 물품공급계약서(갑 제11호증)에 의하면, 물품이 ××××에 입고되면 원고가 물품대금을 우선 지급하고(제3조), 이후 △△△△은 물품 출고시에 대금을 결제하며(제4조), 물품 입고시 당일 선물가격 100% 기준에서 △△△△이 매출시 지불율에서 이익금을 배분(△△△△ 70%, 원고 30%)하는 것으로 되어 있다(제5조). 이와 같은 계약내용 및 원고가 지은 거래를 시작하게 된 앞서 본 동기 등에 비추어 볼 때, 원고의 대표이사 정○○은 2010. 9. 15. 자신이 운영하던 주식회사 ○○을 265억 원에 매각하여 자금은 풍부하지만 은을 거래한 경험이 없었던 반면, △△△△은 은을 거래한 경험은 많지만 은을 매수할 자금이 부족한 상황에서, 원고와 △△△△은 원고가 우선 자금을 집행하여 ○○○○로부터 은을 매입하여 두면, △△△△이 자금 여력이 있을 때 원고로부터 은을 매수하여 이를 최종 매각한 후 그로 인해 발생한 이익금을 서로 분배하기로 약정한 것으로 보이고, 원고와 △△△△이 이러한 동업자적 관계에 있었다고 보는 이상, △△△△이 원고가 지은을 확보하는 과정에서 지은의 운송, 보관, 검수와 관련된 실무적 도움을 주는 것은 매우 자연스러워 보인다.

③ 더욱이 ××××와 화물임치계약을 체결한 것은 원고이고, ××××에 대금을 지급한 것도 원고인 점, 이○○가 ××××에 입.출고 지시를 하였고, ××××로부터 입고.출고.검수에 대한 보고를 받은 점, △△△△ 직원들은 이○○의 관리하에 은 운송.보관.검수업무를 수행한 것으로 보이는 점 등을 감안하여 보면, ××××에 입고된 은에 대한 지배.관리권은 원고가 행사한 것으로 봄이 상당하다.

(다) 앞서 본 바와 같이 ○○○○는 자신의 부담으로 원고가 지정한 장소에 은을 인도할 의무가 있으므로, ○○○○가 은을 운송하였다는 김○○의 진술은 ○○○○와 원고 사이에 체결된 물품공급계약서에 부합한다. 한편 이○○는 △△△△이 은을 운송하였다고 진술하였으나, 이○○는 지은의 운송.인계.검수 과정에 직접 참여하지 않았으므로, 이○○가 잘못 알고 진술하였을 가능성을 배제하기 어렵다는 점 등에 비추어 보면, 지은을 누가 운송하였는지에 관한 관련자들의 진술이 다소 불일치한다고 하더라도 이러한 사정만으로는 지은 거래가 없었다고 단정하기 어렵다.

(라) 원고는 은이 ××××에 입고되면, ○○○○ 명의의 계좌로 이 사건 세금계산서에 기재된 대금을 전액 송금하였고, ××××의 창고에 입고된 은은 원고가 △△△△에 발행한 세금계산서의 내용과 같이 짧게는 며칠 사이, 길게는 한 달 정도의 간격을 두고 출고되었고, △△△△은 위 세금계산서에 기재된 대금을 원고 명의의 계좌로 전액 송금하였다. 이와 같이 ××××와 원고 사이 및 원고와 △△△△ 사이에 거래대금이 정상적으로 결제되었고, 결제된 대금의 전부 또는 일부가 비정상적으로 출금되어 원고 또는 △△△△에게 반환되었다는 등의 사정도 보이지 않는다.

(마) ○○지방국세청의 조사결과 및 ○○○○의 임직원들에 대해 검찰이 기소중지처분을 내렸다는 사정만으로는 ○○○○가 이른바 도관업체라고 단정하기 어렵고, 나아가 ① ○○지방국세청은 앞서 본 바와 같이 ○○○○씨가 2010년 제2기 부가가치세 과세기간부터 2012년 제1기 부가가치세 과세기간까지 수수한 각 890억 원 상당의 매출.매입세금계산서 중 99%에 이르는 부분이 가공된 것이라고 판단하였으나, ○○○○가 2011년 제1기 △△△△에게 약 41억 원 상당의 지은을 판매하고 발급한 매출세금계산서에 관하여 이후 조세심판원이 실제 거래가 있었던 진정한 세금계산서라고 판단한 점(갑 제21호증), ② 이와 같이 세금계산서 중 99%가 허위라는 ○○지방국세청이 판단을 전적으로 신뢰하기 어려울 뿐만 아니라, △△△△이○○○○와 실제 지은 거래를 하였다고 본 조세심판원의 판단에 의하면, △△△△의 소개로 ○○○○와 거래를 시작한 원고 역시 ○○○○와 실제 지은을 거래하였을 가능성이 매우 높다는 점, ③ ○○지방국세청의 조사결과에 의하면, ○○○○는 2011. 1기 약 76억 원 상당의 지은을 무자료로 매입하여 같은 기간 64억 원 상당을 무자료로 매출하였고, 2011. 2기에도 54억 원을 무자료로 매입하여 같은 기간 71억 상당의 지은을 무자료로 매출하였다는 것이므로(을 제2호증 제2면), ○○○○가 무자료로 매입한 지은을 원고에게 매각하였을 가능성을 배제할 수도 없다는 점 등을 고려하면, 설령 ○○○○가 이른바 도관업체로서 그 거래의 상당부분이 허위라고 하더라도, 원고와는 진성거래를 하였을 가능성을 배제하기 어렵다.

다. 소결론

따라서 이 사건 세금계산서가 가공의 것 내지 그 내용이 사실과 다른 것임을 전 제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

5. 결론

그렇다면, 제1심 판결은 정당하고, 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.