가. 청구인은 2001.6.7. OOO 토지 233.6㎡ 및 건물(이하 “종전주택”이라 한다)을 배우자로부터 증여받은 후, 2002.5.3. 종전주택의 토지 위에 다세대주택 12세대 567.78㎡(이하 “신축주택”이라 한다)를 신축하여 보유하다가 2007.5.1. 양도하면서 실지거래가액으로 양도차액을 계산하고 「조세특례제한법」제99조의3의 규정을 적용하여 양도소득세 산출세액 OOO원 전액을 감면신청하고 농어촌특별세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 「조세특례제한법」제99조의3의 감면규정에 따라 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액은 감면대상 양도소득금액이 아닌 것으로 보아 이를 당초 감면소득금액에서 차감하여 2012.7.2. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.9.27. 이의신청을 거쳐 2013.1.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

이 건은 재건축한 경우로서 최초 취득부터 양도시까지 양도차익은 종전주택의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익, 관리처분계획인가일부터신축주택의 준공일 전일까지의 양도차익, 신축주택 준공일부터양도일까지의 양도차익 등3단계로 구분하여야 하고, 그렇게 계산할 경우 이 건의 경우 신축주택 취득 전의 양도소득금액이 발생하지 아니하고 양도소득금액 전체가 신축주택 취득 후의 소득금액이므로 양도소득세 산출세액 OOO원 전액이 감면대상이다.

굳이 기준시가로 안분한다면 종전주택 취득시 기준시가를 토지와 건물의 기준시가로 구분하듯이 양도당시와 취득당시의 기준시가도 공동주택 기준시가가 아니라 토지에 대한 공시지가와 건물 기준시가에 의하여 안분하여야 할 것이며, 청구인이 신고시 토지 취득가액은 증여취득가액으로 하고 건물 취득가액은 환산가액으로 산정하였음에도 처분청은 증여취득시의 기준시가를 적용한 것도 부당하다.

나. 처분청 의견

종전주택을 취득하여 보유하다가 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 볼 수 없다(조심2012서121, 2012.2.23. 같은 뜻).

또한, 감면소득금액은 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항에 따라 {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}에 의해 계산하였으며, 양도소득금액의 계산은 청구인이 당초 적법하게 계산하여 신고한 그 금액을 기준으로 적용한 것이며, 취득당시의 기준시가를 분모와 분자에 동일하게 신축주택 취득시점의 기준시가를적용하도록 한 것은 아니므로, 이 건 양도소득세 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용에 있어 처분청이 적용한 감면소득금액 계산방법이 적법한지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 규정에 따라 양도소득세 감면소득금액을 계산하였고, 기준시가 적용도 적법하게 계산하여 이 건 양도소득세 부과처분이 정당하다면서, 신축주택 감면세액 계산 적정여부 검토서 등을 제시하였다.

(2) 청구인은 이 건이 재건축한 경우로서 종전주택 취득시부터 신축주택 양도시까지의 양도차익은 종전주택의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익과 관리처분계획인가일부터신축주택의 준공일 전일까지의 양도차익 및 신축주택 준공일부터양도일까지의 양도차익 등 3단계로 나누어 계산하여야 하고, 처분청의 기준시가 적용에도 오류가 있다고 주장하면서, 조세심판원 선결정례(조심 2010부415, 2010.9.17.)와 서울행정법원 판결문(2012.10.17. 선고 2011구단23767 판결)을 제출하였다.

(3) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 「조세특례제한법」제99조의3의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용함에 있어 청구인은 산출세액 OOO원 전액을 감면세액으로 하여 신고하였고, 처분청은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하여 감면세액을 OOO원으로 하여 양도소득세를 경정하였으며, 이 때 위 산식에 적용한 기준시가는 공동주택 기준시가인 것으로 나타난다.

(4) 살피건대,신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용과 관련하여 그 양도차익을 산정함에 있어 종전주택의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지 등 3단계로 구분하여 양도차익을 계산하여야 한다는 청구인의 주장에 대해 보면, 이는 기준시가에 의한 양도차익 산정방법을 규정한 「소득세법 시행령」제166조 제7항의 규정과 동일한 방법으로 보이고, 관련 법령에 명문의 규정이 없어 동 조항을 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례를 규정하고 있는 「조세특례제한법」제99조의3에 적용하기는 어려워 보인다.

또한, 처분청의 기준시가 적용에 오류가 있다는 청구인의 주장에 대해 보면, 「소득세법」제99조 제1항 제1호 라목에서 주택의 경우「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격을 기준시가로 하도록 규정하고 있고, 청구인이 2002.5.3. 종전주택의 토지 위에 신축한 다세대주택(신축주택)은 위에서 규정하고 있는 공동주택이므로 이에 따라 처분청이 공동주택 기준시가를 적용하여 양도소득세 감면세액을 계산한 것은 적법해 보인다.

따라서, 처분청이 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.