다음과 같은 사실은 당사자 사이에 일부 다툼이 없거나 갑 제1호증, 제4호증의 1 내지 10 제5호증의 1, 2, 3, 을 제1호증의 1 내지 8의 각 기재와 증인 김ㅇㅇ의 증언 및 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있고 달리 이를 좌우할 증거가 없다.

가. 원고 회사는 단기금융업법에 의하여 재무부장관의 인가를 받은 단기금융회사로서 1983. 9. 2. ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇㅇ. 대 1,649.60㎡ 중 전소유권의 1,649.60분의 762.07지분과 그 지상 9층 업무시설 중 지하 1, 2층 주차장과 1, 2, 3, 4층 연면적 3,811.07㎡를 취득하여 소유하면서 그 무렵부터 원고 회사의 사옥으로 사용해왔는데, 원고 회사 소유의 대지 지분과 그 건물(이하 이 사건 부동산 이라 한다.)을 양도하여 그 대금으로 새로운 사옥을 신축하여 이전하기 위하여 재무부장관의 승인을 얻어 신사옥의 부지로 사용할 목적으로 1989. 12. 15.경부터 같은 해 12. 23.경까지 사이에 같은 구 ㅇㅇ동 2가 ㅇㅇㅇ의 1. 대 32.7㎡를 비롯한 그 주변 토지 13필지 합계 1,545.2㎡(이하 이 사건 신사옥 부지 라 한다.)와 그 지상 건물을 매수하여 원고 회사 앞으로 소유권이전등기를 경료한 다음, 1990. 11. 14.경 이 사건 신사옥 부지 위에 건축된 기존의 건물을 철거하고 신사옥의 건축에 착공하였으며, 신사옥이 완공되기 전인 1991. 6. 27. 구사옥과 그 부속토지인 이 사건 부동산을 소외 ㅇㅇㅇㅇ보험주식회사에 매도하여 같은 해 10. 15. 소외 회사 앞으로 소유권이전등기를 경료해 주었다.

나. 원고 회사는 1992. 9. 23. 피고에 대하여 91사업연도(1991. 7. 1.부터 1992. 6. 30. 까지)의 법인세 과세표준과 세액을 신고하면서, 이 사건 부동산 중 임대부분을 제외한 나머지 원고 회사의 업무용으로 직접 사용된 부분의 양도로 인하여 얻은 소득에 대한 특별부가세 금1,260,057,250원의 감면을 신청하였다.

다. 그런데 피고는 원고회사가 이 사건 부동산을 양도할 당시에 시행되던 구 조세감면규제법시행령(1990. 6. 22. 대통령령 제13027호로 개정된 후, 1991. 12. 31. 대통령령 제13545호로 개정되기 전의 것) 제55조의11 제1항의 규정에 의하면 이 사건 부동산은 특별부가세가 면제되는 법인의 토지 등에 해당하지 아니한다는 이유로 원고 회사의 감면신청을 받아들이지 아니하고, 1993. 9. 16. 자로 원고 회사에 대하여 1992년 귀속분 특별부가세 금1,361,610,400원을 부과고지하는 이 사건 과세처분을 하였다.

2. 당사자의 주장

가. 피고는, 1990. 6. 22. 자로 개정되기 전의 구 조세감면규제법시행령 제55조의11 제1항에는 법인의 사옥과 같이 2년 이상 업무용으로 직접 사용한 토지등이 특별부가세가 면제되는 토지등에 포함되었으나 1990. 6. 22. 자로 위 시행령의 규정이 개정되면서 법인이 2년 이상 계속하여 가동한 공장에 사용한 토지등, 사원용 주택을 신축 또는 취득하여 무주택종업원에게 임대 또는 분양할 목적으로 2년 이상 계속하여 업무용으로 직접 사용한 토지등을 양도하는 경우에 당해 토지등, 농어민지원시설을 이전할 목적으로 양도하는 경우의 당해 토지등만을 특별부가세가 면제되는 토지등으로 규정함으로써 특별부가세의 면제대상 토지등의 범위가 축소되었고, 위 시행령의 시행에 따른 경과조치로 그 부칙 제1항에서 이 영은 공포한 날부터 시행한다 고 규정하고, 제2항에서 이 영 시행전에 종전의 제55조의11 제1항에 규정된 토지등을 양도한 경우에는 종전의 규정에 의하여 특별부가세를 면제한다 고만 규정하고 있을 뿐, 개정 시행령의 시행전에 이미 고정자산을 취득한 경우에는 종전의 규정에 의하여 특별부가세를 면제한다는 취지의 경과규정이 없는 점에 비추어, 원고 회사가 위 개정 시행령이 시행된 이후에 이 사건 부동산을 양도하였고, 이 사건 부동산이 개정 시행령 제55조의11 제1항에 정해진 특별부가세 면제대상 토지등에 해당하지 아니하는 이상, 설사 위 개정 시행령의 시행 이전에 이 사건 신사옥 부지를 취득하였다고 하더라도 이 사건 부동산은 특별부가세가 면제되는 토지등에 해당하지 아니한다고 할 것이므로, 피고가 이 사건 부동산의 양도로 인하여 발생한 소득에 대한 원고회사의 특별부가세 감면신청을 배제한 것은 적법하다고 주장하고 있다.

나. 이에 대하여 원고 회사는, 법인의 업무용 토지등에 대한 특별부가세의 면제조항은 당초에 구 법인세법과 그 시행령에 규정되어 있다가 1989. 12. 30. 법률 제4165호로서 구 법인세법과 구 조세감면규제법이 개정되면서 그 면제조항이 구 법인세법과 그 시행령에서 삭제되는 대신 구 조세감면규제법과 그 시행령으로 옮겨 규정되었고, 그 면제조항이 삭제되면서 구 법인세법시행령 부칙 제9조 제2항에서 종전의 규정에 의하여 이미 고정자산을 취득한 것에 대하여는 종전의 규정에 의한다는 경과규정이 있으므로, 원고 회사가 비록 구 조세감면규제법과 그 시행령의 개정으로 인하여 특별부가세의 면제대상 토지등의 범위가 축소된 이후에 이 사건 부동산을 양도하였다고 하더라도 삭제되기 전의 구 법인세법과 그 시행령의 규정에 의하여 이미 고정자산인 이 사건 신사옥 부지를 취득한 이상 이 사건 부동산의 양도에 관하여는 삭제되기 전의 구 법인세법과 그 시행령의 규정을 적용하여 특별부가세를 면제하여야 함에도 불구하고 피고는 이 사건 부동산의 양도로 인하여 발생한 소득에 대한 특별부가세의 감면을 배제하였으니 이 사건 과세처분은 위법할 뿐만 아니라, 원고 회사가 1991. 1. 23. 국세청장에 대하여 특별부가세 면제조항이 구 법인세법과 그 시행령에서 삭제되기 이전에 사옥을 이전할 목적으로 고정자산인 신사옥 부지를 취득한 법인이 구 조세감면규제법시행령의 개정으로 인하여 특별부가세의 면제대상 토지등의 범위가 축소된 이후에 법인의 사옥을 양도한 경우에 특별부가세가 면제되는지의 여부를 질의한 결과 국세청장이 1991. 2. 11. 2년 이상 업무용으로 사용한 토지등을 양도하기 전에 업무용으로 직접 사용하는 토지들을 1989. 12. 31. 이전에 취득한 경우의 특별부가세면제에 대하여는 구 법인세법시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제12878호)부칙 제9조의 규정에 의하여 1989. 12. 30. 자로 개정되기 전의 구 법인세법 제59조의3 제2항 제2호 및 그 시행령 제124조의6의 규정을 적용하게 된다는 회신을 함에 따라 원고 회사는 이 사건 부동산의 양도에 관하여는 삭제되기 전의 구 법인세법과 그 시행령의 면제조항이 적용된다고 믿고 이 사건 부동산을 양도하였는데, 이제와서 이 사건 부동산의 양도에 관하여는 삭제되기 전의 구 법인세법과 그 시행령의 면제조항이 적용되지 아니하고 구 조세감면규제법과 그 시행령의 면제조항이 적용된다는 이유로 이 사건 부동산의 양도에 관한 특별부가세 감면신청을 받아들이지 아니하고 이 사건 과세처분을 한 것은 신의칙에 위반되어 위법하다고 주장하고 있다.

3. 당원의 판단

가. 먼저 관련법규에 관하여 보건대, 법인의 업무용 토지・건물과 부동산(이하 토지등 이라 한다.)의 양도로 인하여 발생한 양도차익에 대하여 특별부과세를 면제하는 세법 규정의 변천과정은 다음과 같다.

(1) 구 법인세법 제59조의3이 1982. 12. 21. 법률 제3577호로 개정되면서 제2항 제2호로서 양도일까지 2년 이상 계속하여 당해 법인의 업무용(목장용・매매사업용 및 임대사업용을 제외한다.)으로 직접 사용한 토지등으로서 대통령령으로 정하는 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득 에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다는 규정(이하 특별부가세 면제조항 이라 한다.)이 신설되었고, 이에 따라 1982. 12. 31. 대통령령 제11579호로서 구 법인세법시행령의 제124조의6이 개정되면서 제1항에서는 법 제59조의3 제2항 제2호에서 대통령령이 정하는 토지등 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 것을 말한다고 규정하면서 목장용・매매사업용 및 임대사업용 토지등, 당해 법인외의 자가 주로 사용하는 토지등, 운동장・경기장・연수원 또는 휴양소 등으로 사용되는 토지등, 건물에 직접 사용되는 부속토지로서 재무부령이 정하는 기준면적을 초과하는 것, 기타 당해 법인의 사업에 직접 사용되지 아니한 토지등으로서 재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 토지등을 열거하고, 제3항에서는 법 제59조의3 제2항 제2호의 규정은 토지등의 양도가액에 상당하는 금액으로 토지등의 양도일로부터 3년 이내에 토지・건물 또는 기계장치를 취득하고 이를 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 경우에 한한다. 다만 토지등을 양도하기 전에 업무용으로 직접 사용하는 토지・건물 또는 기계장치를 취득한 경우에는 그 취득일로부터 2년 이내에 토지등을 양도하여야 한다 고 규정하고, 제2항, 제4항, 제5항 및 제6항에서는 업무용과 기타 용도에 겸하는 토지등을 양도한 경우의 양도차익계산방법, 특별부가세를 면제받기 위한 절차, 추징의 방법, 토지등을 양도하기 전에 토지・건물 또는 기계장치를 취득한 경우에 면제하여야 할 특별부가세액의 계산방법을 정하는 등으로 법인의 업무용 토지등에 대한 특별부가세 면제조항이 신설되었다.

(2) 그런데 1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정되어 1990. 1. 1.부터 시행된 구 조세감면규제법에서 법인의 업무용 토지등에 대한 특별부가세 면제조항인 제67조의13이 신설되면서 구 법인세법 제59조의3 제2항은 삭제되었고, 이에 따라 같은 날 대통령령 제12878호로서 구 법인세법시행령이 개정되면서 제124조의6이 삭제되고 같은 날에 대통령령 제12881호로서 구 조세감면규제법시행령이 개정되면서 법인의 업무용 토지등에 대한 특별부가세 면제조항인 제55조의11이 신설되었으며, 개정된 구 법인세법시행령 부칙은 특별부가세에 관한 경과조치로 제9조 제1항에서 이 영 시행당시 종전의 규정에 의하여 특별부가세를 부과(추징을 포함한다. 이하 이 조에서 같다.)하였거나 부과하여야 할 것에 대하여는 종전의 제124조의3 내지 제124조의6 및 제124조의8의 규정에 의한다 고 규정하고, 제2항에서 이 영 시행당시 종전의 제124조의6의 규정에 의하여 이미 고정자산을 취득한 것에 대하여는 종전의 제124조의6의 규정에 의한다 고 규정하였고, 개정된 구 조세감면규제법시행령 부칙은 제4조 제2항에서 제55조의11의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하여 양도소득세등이 감면되는 것부터 적용한다. 고 규정하였다.

(3) 그러나, 1990. 6. 22. 대통령령 제13027호로서 구 조세감면규제법시행령 제55조의11이 개정되면서 2년 이상 계속하여 가동한 공장에서 사용한 토지등, 사원용 주택을 신축 또는 취득하여 무주택종업원에게 임대 또는 분양할 목적으로 2년 이상 계속하여 업무용으로 직접 사용한 토지등을 양도하는 경우의 당해 토지등, 농어민지원시설을 이전할 목적으로 양도하는 경우의 당해 토지등만을 특별부가세가 면제되는 토지등으로 규정함으로써 특별부가세의 면제대상 토지등의 범위가 축소되었고, 그 부칙 제2항에서 이 영 시행전에 종전의 제55조의11 제1항에 규정된 토지등을 양도한 경우에는 종전의 규정에 의하여 특별부가세를 면제한다 는 경과규정만 두었을 뿐, 개정령의 시행 이전에 종전의 제55조의11의 규정에 의하여 이미 고정자산을 취득한 것에 대하여는 종전의 규정에 의한다는 경과규정은 두지 아니하였다.

나. 앞서 본 바와 같이 1990. 6. 22. 자로 구 조세감면규제법시행령 제55조의11이 개정됨으로써 특별부가세의 면제대상이 되는 법인의 업무용 토지등의 범위가 대폭 축소되었고 위 개정 시행령의 시행 이전에 이미 고정자산을 취득한 것에 대하여는 종전의 규정을 적용한다는 경과규정에 없는 이상, 비록 위 개정 시행령의 시행 이전에 이미 고정자산을 취득하였더라도 당해 법인이 업무용 토지등을 위 개정 시행령의 시행 이후에 양도한 경우에는 개정된 시행령 제55조의11의 규정에 따라 특별부가세의 면제대상이 되는 토지등에 해당하는지의 여부를 가려야 하고 종전의 규정에 의할 수는 없다고 할 것이나, 한편 앞서 본 바와 같이 구 법인세법과 그 시행령에 규정되어 있던 법인의 업무용 토지등에 대한 특별부가세 면제조항이 1989. 12. 30. 자로 삭제되고 동시에 구 조세감면규제법과 그 시행령에서 신설되면서 삭제된 구 법인세법시행령이 그 부칙 제9조 제2항에서 이 영 시행당시 종전의 제124조의6의 규정에 의하여 이미 고정자산을 취득한 것에 대하여는 종전의 제124조의6의 규정에 의한다 고 규정하고 있는 점에 비추어, 삭제되기 전의 구 법인세법시행령 제124조의6의 규정에 의하여 이미 고정자산을 취득한 경우에는 비록 신설된 구 조세감면규제법시행령 제55조의11이 시행된 후에 업무용 토지등을 양도하였다고 하더라도 그에 관한 특별부가세의 면제에 관하여는 신설된 구 조세감면규제법시행령이 적용되지 아니하고 삭제되기 전의 구 법인세법시행령이 적용된다고 해석함이 상당하다고 할 것이고, 따라서 법인이 1989. 12. 30. 자로 삭제되기 전의 구 법인세법시행령 제124조의6의 규정에 의하여 이미 고정자산을 취득한 경우에는 비록 1989. 12. 30. 자로 신설된 구 조세감면규제법시행령 제55조의11이 1990. 6. 22. 자로 개정된 이후에 업무용 토지등을 양도하였다고 하더라도, 1989. 12. 30. 자로 개정된 구 법인세법시행령 부칙 제9조 제2항의 규정에 따라 개정전의 구 법인세법시행령 제124조의6의 규정에 의하여 특별부가세가 면제되는 토지등에 해당하는지의 여부를 가려야 한다고 할 것이다.

다. 이러한 전제 아래 이 사건의 경우를 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고 회사는 1983년경부터 업무용으로 직접 사용하던 사옥과 그 부속토지인 이 사건 부동산을 양도하고 새로운 사옥을 신축하여 이전할 목적으로 구 법인세법시행령 제124조의6이 삭제되기 이전인 1989. 12. 15.경부터 같은 해 12. 23.경까지 사이에 이 사건 신사옥 부지를 취득하고 그로부터 2년이 경과하기 전인 1991. 6. 27. 구사옥과 그 부속토지인 이 사건 부동산을 양도하였으므로, 삭제되기 전의 구 법인세법시행령 제124조의6의 규정에 의하면 이 사건 부동산 중 임대부분을 제외한 나머지 부분은 특별부가세의 면제대상이 된다고 할 것이고, 비록 이 사건 부동산의 양도일이 1990. 6. 22. 자로 개정된 구 조세감면규제법시행령 제55조의11 제1항이 시행된 이후이고 위 개정 시행령의 규정에 의하면 이 사건 부동산이 특별부가세의 면제대상이 되는 법인의 업무용 토지등에 해당하지 아니한다고 하더라도 앞서 본 바와 같이 원고 회사가 구 법인세법시행령 제124조의6이 삭제되기 이전에 이미 고정자산인 이 사건 신사옥 부지를 취득한 이상 1989. 12. 30. 자로 개정된 구 법인세법시행령의 부칙 제9조 제2항의 규정에 의하여 개정전의 시행령 제124조의6의 규정을 적용하여 이 사건 부동산 중 임대부분을 제외한 나머지 부분의 양도로 인하여 얻은 소득에 대하여는 특별부가세를 면제하여야 함에도 불구하고, 피고는 이 사건 부동산의 양도에 관하여 1990. 6. 22. 자로 개정된 구 조세감면규제법시행령 제55조의11의 규정을 적용하여 원고 회사의 특별부가세 감면신청을 받아들이지 아니하고 원고 회사에 대하여 특별부가세를 부과하는 이 사건 과세처분을 하였으니 이 사건 과세처분을 위법하다고 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 위법한 이 사건 과세처분의 취소를 구하는 원고 회사의 이 사건 청구는 이유있어 이를 인용하기로 하고 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

1995. 1. 20.

심급 사건

참조조문