가. 청구법인은 2011.1.13. 충청남도 OOO에서 개업하여 OOO을 영위하고 있는 법인으로2014년 제2기～2015년 제1기 OOO로부터 OOO원, 2015년 제1기㈜OOO로부터 OOO원에 해당하는 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였다.

나. 처분청은 2016.10.31.～2016.11.30. 기간 동안 청구법인에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시하여 쟁점세금계산서 전체를 실물거래 없이 세금계산서만 수취한 가공세금계산서로 보아 2017.1.4. 청구법인에게 부가가치세 OOO원(2014 사업연도 OOO원)을 경정‧고지하고, OOO원을 청구법인 대표이사의 2014～2015년 귀속 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.4.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2014년 하반기부터 2015년 상반기까지 ㈜OOO이발주한 공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 아래의 <표1>과 같이 OOO㈜ 등으로부터 하도급을 받아 수행하였고, 청구법인은 아래의 <표2>와 같이 거래처 OOO로부터는 인력 및 부수자재를, ㈜OOO로부터는 주요자재를 공급받아 쟁점공사를 완료하여 그 결과를 해당 중간 발주처에 보고하였다.

(가) 청구법인은 쟁점공사를 모두 완공하여 발주처인 ㈜OOO로부터 합격승인을 받았고 공사가 완공되었다면 인력과 자재는 반드시 투입되었을 것인바, 자재 및 인력과 관련된 거래대금도 OOO에게 모두 지급한 사실이 확인되므로 쟁점세금계산서에 대하여 「부가가치세법」상 정상거래에 해당하는지 여부는 별론으로 하더라도 청구법인이 쟁점공사를 수행하면서 지급한 쟁점세금계산서 금액 OOO원에 대하여는 청구법인의 공사원가로 법인세 손금으로 반영하여 그 과세표준 및 세액을 경정하여야 하고, 청구법인의 대표이사에게 상여로 소득처분한 금액은 취소되어야 한다.

(나) 방송설비, 노후 CCTV 교체‧신설, 네트워크 시스템 및 교정기 신축 공사 등으로서 모두 신규 자재가 투입되어야 함은 물론 추가로 인력과 장비를 투입하여 발주자의 요구에 맞게 기초, 매설, 설치, 호환, 작동 및 점검 등을 순차적으로 진행해야 하는 공사이고, 청구법인이 기존에 수행한 공사 중 쟁점공사와 성격이 유사한 공사원가내역을 보면, 아래의 <표3>과 같이 인력과 자재가 반드시 투입되어야 가능하다는 사실을 확인할 수 있다.

또한, 쟁점공사에 대한 현장별 세부 원가계산 내역을 보면 재료비, 노무비 및 기타 경비는 아래의 <표4>와 같이 구성되어 있고, OOO로부터 공급받은 인력과 자재 외에는 쟁점공사에 투입된 재료비와 노무비는 거의 없는 것으로 확인됨에도, OOO가 실물거래 없이 거짓세금계산서만 교부한 자료상이라는 이유로 처분청이 부가가치세 매입세액을 불공제하고 청구법인의 손금 자체도 인정하지 않은 처분은 투입된 자재와 인력이 없이 공사결과물이 있다는 것으로 논리적으로 성립될 수 없다.

즉, 공사결과물이라는 실체가 현재까지도 존재하고 있는 사실을 처분청도 인정하고 있는 상태에서, 쟁점공사와 관련하여 OOO로부터 공급받은 사실이 없다면 과연 어떠한 자재 및 인력으로 공사를 진행하였는지, 아니면 다른 곳으로부터 자재와 인력을 공급받았지만 거래증빙을 수취하지 못해 OOO로부터 세금계산서만 수취하였는지에 대한 추가적인 사실 확인은 전혀 없이 청구법인의 법인세 손금불산입한 처분은 너무나 부당한 처분이다.

(2) 쟁점공사에 인력이 투입되었다는 사실은 공사기간 중 공사인력의 전산출입기록, OOO의 노무비 관리대장 및 금융계좌의 노무비 지급내역을 통해 확인된다.

쟁점공사는 모두 공사현장이 발주처인 ㈜OOO 공장 내부에 있는 곳으로 ㈜OOO은 공장을 출입하고 있는 모든 인원에 대하여 누가 어떤 목적으로 출입하였는지에 대한 기록을 전산으로 관리하고 있고, 쟁점공사 기간 동안의 출입자 관리자료와 OOO의 노무비 관리대장 및 노무비 지급내역을 보면 쟁점공사에 OOO의 인력이 투입되었고 그에 대한 노무비가 지급되었다는 사실을 확인할 수 있다.

그럼에도 불구하고 처분청에서는 인력의 공급과 관련된 사실관계에 대해 자세히 확인하지도 않은 채 단지 OOO가 자료상으로 확정되었다는 이유만으로 관련 매입세금계산서 해당금액을 법인세 손금불산입하고 대표자에게 상여로 소득처분한 것은 부당하다.

(3) 쟁점공사에 자재가 투입되었다는 사실은 견적서, 공급자재 설치내역서, 발주서, 공사사진 및 발주자인 ㈜OOO의 자재반입증명서 등을 통해 확인되고, 쟁점공사의 현장은 모두 발주처인 ㈜OOO 공장 내부에 있는 곳으로 ㈜OOO은 공장 내부로 반입되는 제반 물품에 대하여 어떤 목적으로 어떤 물품이 공장 내부로 반입되었는지에 대해 통제·관리하고 있다.

보다 구체적으로 설명하면, 공사를 진행하려면 여러가지의 공사자재가 투입되어야 하는데, 발주처인 ㈜OOO은 공장에 어떠한 자재가어떤 공사를 위해 반입되는지에 대한 모든 확인을 거치고 문제가 있는 자재가 있다면 반입자체를 통제하며, 그에 대한 증빙으로 자재반입 증명서를 발급해주고 있으므로 자재반입증명서와 공사내역서를 보면 쟁점공사와 관련하여 어떠한 자재가 투입되었는지 확인할 수 있으며, 이 사실은 공사사진을 보더라도 충분히 확인할 수 있다.

또한, 청구법인이 ㈜OOO의 실제 사주인 동시 공동투자자이었던 OOO가 기존 사업체를 통해 보유하고 있었던 자재를 ㈜OOO를 통해 청구법인에게 판매하였다는 사실이 OOO의 진술서 및 청구법인에 대한 범칙혐의자 심문조서를 통해 확인된다.

(4) 청구법인은 OOO로부터 매입한 금액에 대한 대금을 모두 금융계좌를 통해 적정하게 지급하였다.

처분청은 OOO로부터 2014년 하반기부터 2015년 초반에 거래를 했음에도 불구하고 그에 대한 대금지급은 ㈜OOO에 대한 세무조사를 진행하자 그때서야 정상거래로 보이기 위해 뒤늦게 송금한 것으로 의심된다고 하였으나, 아래의 <표5>와 같이 청구법인의 외상매출금 발생 및 회수내역을 보면 정상거래로 보이기 위해 늦게 지급한 것이 아닌 공사대금이 회수되지 않아 미지급상태로 있다가 공사대금이 회수된 시점부터 하자보수 등을 고려하면서 순차적으로 지급하였다는 사실을 확인할 수 있다.

또한, 처분청에서 주장하는 바와 같이 OOO와의 거래가 실제 거래가 없었던 것이었다면 청구법인 입장에서는 금융계좌로 지급한 금액을 어떤 방법을 동원해서라도 돌려받아야 하는 것이 정상적인 이치인데 청구법인은 OOO로부터 돌려받은 금액은 전혀 없는 바, 이는 처분청에서도 이견이 없다.

따라서, 공사결과물이 있고 다른 거래처로부터 쟁점공사에 대하여 인력 및 자재를 공급받은 사실도 없고 공사대금을 모두 지급하였고 이후 돌려받은 사실이 없는 상황에서 처분청이 쟁점공사와 관련된 청구법인의 법인세 손금불산입하고 대표자에게 상여처분한 것은 사실관계 등을 확인하지 않은 부당한 처분이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 OOO로부터 수취한 세금계산서 공급가액 OOO원 중 약 10%의 대금만 지급하였고, 2014년 제2기 귀속 공급가액 OOO원의 세금계산서는 비용처리 때문에 수취한 것이라고 진술하고 있는 등 OOO와의 거래가 실제 금액보다 부풀려졌다는 사실을 스스로 인정하고 있다.

(가) 예를 들어 청구법인은 위 <표1>의 4번 2015.1.31. 공급가액 OOO원에 해당하는 OOO와의 네트워크 증설 및 시운전 계약대금을 지급하였다고 주장하나, 위 <표1>의 3번 2014.12.24. OOO로부터 수취한 OOO원의 네트워크시스템 납품거래가 실물거래가 없었으므로 네트워크시스템 납품 이후에 추가로 진행되는 증설 및 시운전과 관련된OOO원에 대한 거래 또한 가공임을 알 수 있다.

(나) 청구법인에 대한 부가가치세 조사와 관련하여 처분청은 OOO와 청구법인의 거래내역 및 대금지급 관계를 확인하였는데, 거래일자 및 입금내역에서 청구법인은 2014.10.20. OOO로부터 매입세금계산서만 수취하고 대금을 지급하지 않다가 2015.1.7에서야 공급가액 OOO원만 지급하는 등 금융거래도 정상으로 보기 어렵다.

또한, OOO에 대한 세무조사시 실지 거래금액 없이 현금만 수령하였다고 진술하면서 입금증을 제시하였는데 청구법인의 심판청구서 첨부자료 입금증과 동일한 것으로 실지 대금 이체내역 없이 대금을 지급한 것으로 보이기 위하여 작성한 허위 입금증을 제시한 것으로 판단된다.

(다) 청구법인이 제출한 OOO의 날인이 된 「일용직 급여대장」은 당초 OOO에 대한 세무조사 당시 제출되었던 서류와 비교했을 때 <표6>과 같이 근무일수와 금액을 부풀려서 기록되었고 주민등록번호가 다수 일치하지 않으며, 실제 동일기간에 다른 사업장에서 근무하였음이 일용지급명세서상에서 확인할 수 있음에도 거짓으로 작성하고 날인하게 하여 심판청구 부속서류로 제출하였음이 확인되는바 더더욱 실제 경비로 인정할 수 있는 여지가 없으며 신빙성이 현저히 떨어진다.

(라) 쟁점공사와 관련하여 ㈜OOO 공사인원 출입내역을 보면 출입한 인부의 소속업체가 청구법인이 아닌 다른 업체(OOO 등)로 나타나고 실제 일용근로 지급명세서도 다른 업체에서 근무한 것으로 확인되므로, 청구법인의 공사업무를 위해 출입하였다고 볼 수 있는 여지가 없어 이 또한 원가를 인정할 만한 증빙서류로 볼 수 없다.

또한, OOO은 과거에도 자료상 이력이 있는 사업자로 문제의식을 느끼지 못하고 자료상 행위를 반복하는 자로 검찰수사를 받고 있으며 청구법인은 OOO과 거래를 하면서 금융증빙, 기타서류 등 신빙성있는 자료를 제시하지 못하면서 정상거래라고만 주장하고 있다.

(2) 청구법인의 거래처인 ㈜OOO는 자료상 업체로 매입없이 매출만 2014년 제2기 OOO원을 신고하고 가공 매출세금계산서만 발급한 혐의로 검찰에 고발되어 OOO원의 판결을 받았다.

㈜OOO의 가공 매출액 중 OOO원은 OOO로, OOO원은 청구법인으로 발행한 내역이 있고, 청구법인은 <표7>과 같이 ㈜OOO와의 거래를 정상으로 증명하기 위해 금융증빙으로 ㈜OOO에 대한 입금내역을 제출하였는데 ㈜OOO 외 다른 거래처는 거래일로부터 2개월 내에 대금을 지급한 반면 ㈜OOO에 대해서는 매입세금계산서를 수취하고 15% 대금결제만 한 채 10개월 가까이 대금지급을 하지 않고 있다가 ㈜OOO가 세무조사를 받게되자 서둘러 거액의 대금을 이체하였다.

청구법인은 심판청구서에 대금의 지연지급은 자금부족이라는 이유를 들었으나 공사가 대부분 단기간에 완료되었고 세금계산서 수수내역이 한달 단위로 기성이 이루어지고 거의 동시에 대금지급이 이루어진 것으로 볼 때, 금융증빙을 맞추기 위해 서둘러 지급한 것으로 보는 것이 타당하고, 통장 등 관련서류 일체가 함께 제출되어야 하나, 「인력 및 자재대금 지급자료」는 외상매출금 발생 및 회수현황 금액만 있어 임의적으로 작성한 것으로 보여 신빙성이 떨어지고 있다.

(3) 결국, 청구법인은 세무조사 당시 매입 증빙자료로 제출한 것은 거의 없었고, 심판청구서와 함께 추가된 자료 또한 진위가 불분명한 일용노무대장 및 청구법인과 관련 없는 근로자의 공사현장 출입내역 등으로 청구법인의 쟁점공사와 관련한 공사원가를 인정하기 어렵다.

또한, 청구법인은 거래질서가 문란한 OOO을 다루고 있으며, 금융증빙도 불명확하여 신뢰하기 어렵고[청구법인이 OOO에 입금하면 즉시 현금인출하여 추적이 불가능하게 하거나 즉시 ㈜OOO로 입금하여 청구법인을 포함한 세 업체의 공모 가능성이 큼], 쟁점매입처인 ㈜OOO는 자료상혐의로 검찰에 고발되어 징역2년 벌금 OOO원 판결을 받았고, 청구법인과의 거래에 있어서도 가공으로 행해졌다고 인정하고 있는 OOO도 자료상으로 검찰에 고발된 자이다.

청구법인이 공사결과물이 있어 매입원가를 인정해야 한다며 제시한 서류 대부분은 원도급의 하도급을 받아 진행하였다고 주장한 공사완료분으로 이 또한 청구법인이 자료상인 ㈜OOO에 하도급을 주어 이루어진 거래로 거래단계가 여러번 거쳐지다보니여러 가능성(원도급자 직접시공, 하도급의 가공매입 등)이 있을 수 있는 등 청구법인은 실제매입이 있었다는 것을 입증할만한 장부나 기타 신빙성있는 증빙서류를 제출하지 못하므로 당초의 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서 공급대가 OOO원을 공사원가로 인정하여 법인세 소득금액 계산시 손금에 산입할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제66조【결정 및 경정】 ① 납세지 관할세무서장 또는 관할 지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

(2) 법인세법 시행령

제104조【추계결정 및 경정】 ① 법 제66조 제3항 단서에서 대통령령이 정하는 사유 라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

② 제104조 제2항의 규정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세 상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조 단서의 규정에 해당하는 경우에는 이를 기타사외유출로 한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제54조【대표자 상여처분방법】 영 제106조 제1항 제1호 단서의 규정을 적용함에 있어서 사업연도 중에 대표자가 변경된 경우 대표자 각인에게 귀속된 것이 분명한 금액은 이를 대표자 각인에게 구분하여 처분하고 귀속이 분명하지 아니한 경우에는 재직기간의 일수에 따라 구분 계산하여 이를 대표자 각인에게 상여로 처분한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) ㈜OOO는 2014년 제2기 OOO원의 매출만 신고하였고 거래 전체가 거짓세금계산서를 발행한 것으로 조사된 법인이며, OOO는 자료상 혐의로 직권폐업된 태성기업 등 4개의 개인 사업자(모두 폐업 상태)를 운영한 이력이 있고, ㈜OOO의 실질적인 영업은 OOO가 한 것으로 OOO세무서의 거래질서 조사 보충조서에 나타난다.

또한, OOO세무서장이 청구법인의 OOO와의 거래사실에 대해 소명을 요구하였으나 청구법인은 세무조사 종결일까지 소명을 하지 않았고, OOO 모(母)의 OOO 계좌에 청구법인이 OOO원을 송금한 사실 등을 고려하여 가공거래로 확정하였다.

(나) OOO은 자료상 이력이 있고, OOO 조사당시 심문조서에서 다음과 같이 진술하였다.

(다) 쟁점공사의 자재와 관련하여 다음과 같은 사실이 나타난다.

1) 청구법인은 쟁점공사에 실제 자재가 투입되었다는 사실과 관련하여 ㈜OOO의 공사일지, 자재반입증명서 등을 제출하였으나 시공자는 발주자로부터 수급은 받은 업체(㈜OOO 등)들로 청구법인에 대한 내용은 나타나지 아니한다.

2) 청구법인의 OOO은 처분청의 세무조사시 작성한 범칙혐의자 심문조서에서 다음과 같이 진술하였고, OOO은 2014년 제2기 청구법인에 대한 매출액 OOO원은 실재 재화나 용역의 공급없이 거짓으로 매출세금계산서를 발행한 것이라고 처분청에 확인서를 제출하였다.

3) 청구법인은 쟁점공사와 관련하여 실제로 매입한 자재는 ㈜OOO의 실제 사주인 동시 공동투자자이었던 OOO가 기존 사업체를 통해 보유하고 있었던 자재라고 주장하며, ㈜OOO의 명의상 대표이사이었던 OOO가 작성한 현금투자 계약서를 제출하였다.

4) 청구법인은 ㈜OOO가 작성한 확인서를 다음과 같이 제출하였다.

(라) 쟁점공사의 인력공급과 관련하여 청구법인은 실제 인력이 투입되었다는 사실을 쟁점공사 현장의 보안출입증, 일용직급여 대장 등을 제출하였으나 직접적으로 청구법인이 쟁점공사와 관련된 것인지에 대한 내용은 나타나지 아니한다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 자료상으로 확인된OOO로부터 수취한 쟁점세금계산서와 관련하여 실거래처 및 실거래를 입증하는 객관적인 증거자료를 제출하지 못하고 있는 점, 쟁점공사를 수행하기 위해 자재를 투입하였다고 주장하면서 제출한 견적서, 공급자재 설치내역서, 발주서, 공사사진 및 발주자인 ㈜OOO의 자재반입증명서 등의 증거자료에 직접적으로 청구법인과 관련된 사항이 확인되지 아니하는 점, 쟁점공사에 인력이 투입되었다는 증거자료로 제출한 공사인력의 전산출입기록, OOO의 노무비 관리대장 및 금융계좌의 노무비 지급내역으로는 청구법인이 실제로 인력을 공급한 것인지 여부가 확인되지 않는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서 전체를 실물거래 없이 세금계산서만 수취한 가공세금계산서로 보아 법인세 소득금액 계산상 손금불산입하고 대표이사의 상여로 소득처분하여 소득금액변동 통지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.