1. 신고불성실가산세 25,860,000원 및 납부불성실가산세 22,859,700원을 차감하여 그 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

가. 청구인, 청구외 OOO(청구인의 남편으로 97.10.28 사망함), 청구외 OOO 및 청구외 OOO(이하 “청구인등 4인”이라 한다)은 비상장법인인 청구외 OOO산업주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)의 총주식 40,000주(이하 “쟁점총주식”이라 한다) 중 4,000주(청구인), 16,000주(OOO), 12,000주(OOO), 8000주(OOO)를 각각 소유하였다.

쟁점총주식을 소유한 청구인등 4인은 청구외 OOO건설주식회사에 쟁점총주식과 청구외법인의 경영권 및 허가권·면허권·사용권 등 사업에 관한 권리 일체(이하 “쟁점자산”이라 한다)를 총금액 60억원에 양도하기로 하는 계약을 95.11.3 체결하면서 이 중 쟁점총주식의 대금 30억원은 계약당일 지급하기로 하고 나머지 재산인 쟁점자산에 대하여는 별도의 정리를 한 후 대금을 지급하기로 하였다가 97.1.16 쟁점자산에 대한 실사를 하여 그 가액을 2,308,970,120원으로 정하였다.

쟁점총주식을 소유한 청구인등 4인의 주주는 쟁점총주식의 양도가액 30억원을 그들이 소유한 주식의 수에 의하여 안분한 가액을 양도가액으로 하고 그들이 소유한 주식의 액면가액에 의한 가액을 취득가액으로 하여 양도소득세를 신고하였을 뿐, 쟁점자산은 양도소득세 과세대상이 되지 아니한다 하여 이에 대한 양도소득세는 신고하지 아니하였다.

나. 처분청은 청구인등 4인의 주주가 소득세법 제94조 제5호에서 정한 양도소득세율 50%인 기타자산을 양도하고 60억원을 받은 것으로 보아 각 주주가 신고한 양도소득세 과세표준 및 세액을 경정하여, 청구인 소유주식의 양도분에 따른 양도소득세와 청구인의 남편 OOO의 사망에 따라 청구인에게 납세의무가 승계된 양도소득세를 합한 96년 귀속 양도소득세 1,308,766,910원을 97.12.17 청구인에게 결정고지하였다.

그 후 처분청은 청구인의 이의신청에 대한 결정에 따라 청구인이 양도한 자산은 양도소득세율 20%가 적용되는 비상장주식이며 쟁점총주식의 양도가액을 5,308,970,120원으로 하고 양도시기도 95.11.4로 하여 98.3.30 청구인에게 95년 귀속 양도소득세 280,016,710원〔청구인 소유주식의 양도분과 청구외 OOO의 사망으로 인한 납세의무승계분을 합한 금액으로 이 금액에는 신고납부불성실가산세 48,719,700원(이하 “쟁점신고납부불성실가산세”라 한다)이 포함되어 있음〕으로 감액경정 결정하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 98.2.11 이의신청, 98.5.13 심사청구를 거쳐 98.6.27 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인등 4인의 주주는 여객매표운송사업을 영위하는 청구외법인의 쟁점총주식을 청구외 OOO건설주식회사에 30억원에 양도하기로 하면서 동 법인의 경영권 등의 자산인 쟁점자산을 30억원에 양도하기로 하였으나 정산절차를 거쳐 2,308,970,120원을 지급받았다.

청구인등 4인의 주주가 쟁점총주식의 대가인 30억원 외에 쟁점자산의 대가로서 청구외 OOO건설주식회사로부터 2,308,970,120원을 지급받은 것은 청구인등 4인의 주주가 이사 등으로 회사의 경영에 관여하여 청구외법인이 상당한 수익을 올렸기 때문으로 청구인등 으로부터 쟁점총주식을 양수한 청구외 OOO건설주식회사에 경영권이 양도됨에 따라서 그 대가로 지급받은 것이다. 이와 같은 경영권이 양도될 때에 대가가 지급되는 것은 대법원(대법원 제2부 88누 9565, 89.7.25)도 인정하고 있는 바이다.

그런데 청구인등 4인의 주주가 양도한 경영권이 포함된 쟁점자산은 양도소득세 과세대상이 아니므로 처분청이 동 자산의 대가를 쟁점총주식의 양도가액에 포함시켜 과세함은 부당하다.

이러한 주장이 받아들여지지 않는다 하더라도 다음과 같은 주장은 받아들여져야 한다. 즉, 처분청은 이 건 거래를 소득세법 제23조 제4호 및 같은법시행령 제44조 제6항에 규정한 비상장주식의 양도로 보아 부과처분하였는 바, 비상장주식에 대한 양도차익의 산정방법을 명시한 소득세법 제23조 제2항 및 같은법시행령 제170조 제1항의 규정을 보면, 비상장주식의 양도차익은 취득, 양도당시의 실지거래가액에 의하여 계산하되 취득, 양도가액 중 어느 하나의 실지거래가액이 불분명할 경우에는 소득세법시행령 제170조 제1항 제1호 가목과 나목에 따라 그 가액을 산정하도록 규정하고 있다.

청구인의 경우 실지 취득가액은 제 증빙에 의하여 확인되나 양도가액은 순수한 주식가액 이외 경영권 등을 포함하여 양도함으로써 실지양도가액은 확인할 수 없는 경우이고, 이 경우는 소득세법시행령 제170조 제1항 제1호 나목의 방법에 의하여 양도가액을 계산하여야 하며 이는 수차례 반복된 대법원판례(대법원 제2부 88누9565. '89.7.25, 대법원 85누208. '85.9.24, 대법원 97누195, '97.11.4)를 보더라도 명백하다.

(2) 청구인은 소유주식을 양도하고 구소득세법(94.12.22 법률 제4803호로 개정되기 전) 제95조 및 제96조의 규정에 따라 '96.1.31 주식의 양도차익에 대하여 예정신고 납부하였으며, 당해 소득과 근로소득 이외에는 타소득이 없는 관계로 같은 법 제101조 제1항 규정에 따라 양도소득세 과세표준 확정신고를 할 의무가 없는데도 처분청은 같은법시행령 제142조 제3항에서 규정한 자산양도차익에 대한 예정결정 절차없이 쟁점신고납부불성실가산세를 부과하였던 것이다.

청구인과 같이 과세표준확정신고 대상에서 제외되는 자가 같은 법 제95조 내지 제96조의 규정에 따른 자산양도차익 예정신고납부를 한 자에 대하여 추가납부세액을 결정하는 경우에는 같은 법 제131조 규정에 의하여서만 가능하므로 본 건 처분청의 결정 역시 동 규정에 의한 예정결정으로 보아야 하고,

자산양도차익에 대한 과세표준확정신고 의무가 있음을 전제로 하여 부과되는 소득세법 제121조 제1항 및 제3항의 신고납부불성실가산세는 같은법시행령 제142조 제3항 규정의 예정결정시에는 적용될 수 없는 것이므로 처분청이 이 건 결정시 가산하여 부과한 쟁점신고납부불성실가산세는 잘못된 것이다. 이는 반복 결정된 심판례(국심 97서 527, '97.5.21 등)를 보더라도 명백하므로 쟁점신고납부불성실가산세는 부과되어서는 안된다.

나. 국세청장 의견

(1) 쟁점주식의 매매계약서에는 청구인이 주장하는 경영권 및 사업상의 권리와 그 가액이 구체적으로 명시된 바 없고, 청구법인의 주식 양도 당시 대차대조표를 보면 동법인의 사업상 권리가 자산으로 계상된 바 없으며, 동 법인의 주식이동상황명세서에 의하면 청구인등 4인이 동법인의 발행주식 전부를 소유한 과점주주 상태에서 동법인의 주식 전부를 OOO건설주식회사에게 양도한 사실이 확인되는 바, 매매계약서에 주식발행법인의 주식 전부와 경영권 및 자산으로 계상되지 않은 사업상의 권리를 함께 양도하는 형식으로 되어 있는 이 건의 경우 청구인등 4인이 양도하는 주식에는 청구외법인의 경영권 등이 당연히 포함된 것으로 보아야 하며, 설사 청구외법인의 장부상에 사업상 권리 등이 임의 계상되어 있다 하여도 발행주식을 100% 양도하는 경우에 있어서 매매대금의 일부를 사업상 권리 등의 양도대금으로 구분하여 볼 수 없는 것(국세청 재일 46014-2138, '96.9.19 같은 뜻임)이므로 청구외법인의 경영권 및 사업상 권리의 가액을 구분하여 양도소득세 과세대상에서 제외하여야 한다는 청구주장은 이유없다.

(2) 청구인등 4인은 쟁점총주식의 양도대금을 30억원으로 하여 '96.1.31 양도소득세 예정신고 및 납부를 하였으며, 처분청은 쟁점총주식의 매매대금을 5,308,970,120원으로 보아 이 건 양도소득세를 결정하면서 청구인등 4인이 과소신고·납부한 것에 대하여 신고·납부불성실가산세를 부과하였음이 확인된다.

세법상의 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고의무나 납부의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 고의, 과실을 묻지 아니하고 부과하는 행정상의 제재이다. 처분청의 양도소득세 결정내용이 적법하고 청구인등 4인의 양도소득세 예정신고 및 납부세액이 세법상 신고하여야 할 납부세액에 미달하게 신고·납부된 사실이 명백한 이상 청구인등 4인은 양도소득세 확정신고 기한까지 세법상 신고하여야 할 세액을 신고·납부하여야 하는 것인데도 청구인등 4인은 이를 하지 않았으며, 이는 청구인등 4인의 귀책사유에 기인한 것이므로 처분청이 청구인에게 쟁점신고납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점총주식의 양도가액을 5,308,970,120원으로 본 처분의 당부

(2) 쟁점신고납부불성실가산세의 부과는 부당하다는 주장의 당부

나. 쟁점(1)에 관하여 살펴본다.

(1) 관련법령

이 건 당시 적용되던 소득세법 제23조 제1항 제4호에서 “한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득을 양도소득으로 한다”고 규정하면서, 제2항에서 “양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액을 양도차익이라 한다”고 규정하고, 제4항 본문 및 제2호에서 “제1항 제4호 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액을 양도가액으로 하되, 대통령령이 정하는 경우에는 기준시가에 의하여 평가한 가액을 양도가액으로 한다”고 규정하고 있으며, 같은 법 제45조 제2항 본문 및 제1호 나목에서는 “거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비 중 제23조 제1항 제4호 자산의 취득가액은 그 취득에 소요된 실지거래가액을 취득가액으로 하되, 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득당시의 기준시가에 의하여 평가한 가액을 취득가액으로 한다”고 규정하고 있다.

같은법시행령 제44조 제6항에서 「법 제23조 제1항 제4호에서 “한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 제44조의 2 제1항 제1호·제4호 또는 제5호에 해당하지 아니하는 주식 또는 출자지분으로서 양도일 현재 한국증권거래소에 상장되지 아니한 것을 말한다. 이하생략」고 규정하고,

같은법시행령 제170조 제1항 본문 및 제1호 나목에서 「법 제23조 제2항에 규정하는 양도차익을 결정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여 결정하고, 어느 하나를 기준시가에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여 결정하여야 한다. 다만, 제3항 각호 또는 제44조 제6항에 규정된 자산을 양도한 경우 또는 제4항 제2호의 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나만의 실지거래가액을 확인할 수 있는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 가액에 의하여 결정하여야 한다.

1. 제3항 각호 또는 제44조 제6항에 규정된 자산을 양도한 경우에는 다음 각목에 의하여 계산한 가액

나. 취득당시의 실지거래가액만 확인되는 경우의 양도가액

취득당시의 실지거래가액 × 을 규정하고 있다.

(2) 판단

(가) 청구외법인의 전체주식을 소유한 청구인등 4인의 주주가 청구외 OOO건설주식회사로부터 받은 5,308,970,120원이 양도소득세 과세대상인 비상장주식의 양도가액에 해당되는지, 아니면 이 중 2,308,970,120원은 양도소득세 과세대상이 아닌 자산의 양도대가인지를 본다.

(나) 청구인등 4인의 주주가 청구외법인의 전 주식을 양도하는 매매계약을 하면서 그 계약서의 매매목적물로서 쟁점주식과 쟁점자산을 구분하여 이들 각각에 대한 가액을 정하였다 할 지라도 이들 자산이 동일한 자산이라면 실질과세원칙에 의하여 동일한 자산으로서 취급하여 과세대상 여부 및 과세가액이 정하여져야 할 것이다.

회사발행의 전주식의 양도가 그 회사에 대한 경영권의 양도를 수반한다고 해도 이는 주식양도에 따르는 부수적 효과에 불과한 것으로 특단의 사정이 없는 한 경영권 그 자체가 독립된 거래의 객체로 되는 일은 없다 할 것이고, 청구인이 제시한 증빙을 살펴보아도 경영권 등이 실제로 존재하였는지 여부가 불명확하다. 그리고 양도차익 산정에 있어서의 기준이 되는 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체를 의미하는 것이므로 이 건에서 쟁점총주식의 양도가 회사 경영권의 양도를 수반하게 되어 그 때문에 주식양도대금이 실제의 시가보다 높게 평가될 여지가 있었다 하더라도 그 대금이 실지양도가액임에는 변함이 없다 할 것(대법원 제2부 88누12011, '89.7.11 같은 뜻임)이므로 쟁점총주식의 양도가액을 실지거래대금인 5,308,970,120원으로 본 처분은 정당하다고 판단된다.

그러하다면 쟁점총주식의 실지양도가액이 확인되는 이 건의 경우, 실지양도가액이 확인되지 아니함을 전제로 하는 청구인의 예비적 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요가 없이 그 이유가 없다 하겠다.

다. 쟁점(2)에 대하여 살펴본다.

(1) 관련법령

이 건 당시 적용되던 소득세법 제95조 제1항에서 법 제23조 제1항 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자는 동조 제2항의 규정에 의하여 계산한 양도차익을 그 양도일이 속하는 달의 다음달 말일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부에 신고하여야 한다고 규정하고 있으며,

같은 법 제99조 및 제94조, 동법시행령 제146조 제1항 및 제142조 제3항에서는 자산양도차익 예정신고세액에 탈루 또는 오류가 있는 때에는 그 자진신고납부가 있는 날로부터 1월 이내에 탈루나 오류를 바로 잡아 자산양도차익을 결정하여 통보하여야 한다고 규정하고 있다.

또한, 같은 법 제101조 제1항에서는 양도소득만이 있는 거주자로서 자산양도차익 예정신고를 한 자와 근로소득만 있는 자로서 타 소득이 없는 자는 제100조의 규정에 불구하고 당해 소득에 대한 과세표준확정신고를 하지 아니하여도 된다고 규정하고 있으며,

같은 법 제116조 제1항에서는 정부는 제100조의 규정에 의하여 과세표준확정신고를 하여야 할 자에 대하여는 당해연도의 과세표준과 세액을 다음연도 7월 31일까지 결정한다고 규정하고 있으며,

소득세법 제131조는 총결정세액에서 자산양도차익 예정신고 납부세액과 예정결정세액을 공제하여 추가납부할 세액을 계산하도록 하였고, 동법 제107조는 확정신고를 함에 있어서 확정신고 자진납부세액은 양도소득산출세액에서 자산양도차익 예정신고 산출세액과 예정결정 또는 경정한 세액을 공제하여 계산하도록 규정하고 있다.

한편, 같은 법 제121조 제1항에서 거주자가 과세표준확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에는 종합소득금액·퇴직소득금액·양도소득금액 또는 산림소득금액에 대하여 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액이 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 산출세액에 가산한다고 규정하고 있으며,

같은 조 제3항에서는 거주자가 제107조(확정신고자진납부)의 규정에 의한 소득세액을 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 미달한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 산출세액에 가산한다고 규정하고 있다.

(2) 판단

(가) 청구인과 청구외 OOO은 '95.11.3 OOO건설주식회사에 쟁점주식 중 각자 소유주식(청구인 4,000주, 청구외 OOO 16,000주)을 양도하기로 하고, '96.1.31 각각 자산양도차익예정신고를 하고 양도소득세 232,740,000원(청구인 46,278,000원, 청구외 OOO 186,462,000원)을 납부한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

처분청은 위 양도차익 예정신고에 대하여 관련법령에서 규정하고 있는 예정결정을 하지 아니하고 '97.12.17 청구인에게 청구인과 청구인의 납세의무승계분인 청구외 OOO의 양도소득세 280,016,710원을 결정하면서 신고불성실가산세 25,860,000원(청구인 5,142,000원, 청구외 OOO 20,718,000원)과 납부불성실가산세 22,859,700원(청구인 4,367,940원, 청구외 OOO 18,491,760원) 합계 48,719,700원(청구인 9,509,940원, 청구외 OOO 39,209,760원)의 쟁점신고납부불성실가산세를 부과하였음이 심리자료로 제출된 결정결의서에 의하여 확인된다.

한편, 국세청 전산(DB)자료에 의하면 청구인과 청구외 OOO은 '95년 귀속 이 건 양도소득과 청구외법인의 근로소득 외에는 타 소득은 없는 것으로 확인된다('98.11.20 처분청 확인)

(나) 위 관련법령 및 사실관계를 종합하여 보면, 신고불성실가산세는 과세표준확정신고 의무가 있음을 전제로 그 의무불이행에 대한 제재로서 본세에 가산하는 것이므로 이 건과 같이 청구인이 양도소득 및 근로소득만 있는 자로서 법정신고기한내에 자산양도차익 예정신고를 하였으며, 근로소득에 대하여는 연말정산을 하여 과세표준확정신고 의무 자체가 없는 경우에는 신고불성실가산세가 적용될 여지가 없다 하겠다(국심 97서 527, '97.5.21 외 다수 같은 뜻임).

납부불성실가산세는 납세의무자가 과세표준과 세액을 성실하게 납부하도록 유도하기 위한 장치로서 납세의무자가 늦어도 소득세 납세의무가 확정되는 소득세 확정신고기한까지 무납부 또는 과소납부한 사실이 있는 경우 과세관청이 그 이후 결정 또는 경정결정시 납부하지 아니한 금액에 대하여 의무불이행에 대한 제재로서 본세에 가산하는 것이므로 납부불성실가산세는 예정결정시에는 부과되지 아니하고 확정결정시에만 부과되는 것으로 보아야 할 것인 바, 그렇다면 이 건 처분이 예정결정과 확정결정 중 어떤 결정에 해당하는지 그 판단에 따라 이 건 처분의 당부가 가려진다 할 것이다.

관련법령에 의하면 총결정세액에서 예정결정세액을 공제한 후 추가납부세액을 결정하는 것이므로 자산양도차익 예정신고납부가 있는 경우 추가납부세액의 결정은 사전에 예정결정이 이루어져야 가능한 것으로서 예정결정이 되지 아니한 채 바로 확정결정을 한다는 것은 올바른 법 적용이 아닌 것으로 판단된다. 따라서 이 건의 경우와 같이 청구인이 자산양도차익 예정신고 납부는 하였으나, 처분청이 법정기한내는 물론 이 건 처분시까지 예정결정이 없었던 경우에는 비록 그 처분이 과세표준확정신고기한 경과 후에 이루어진 것이라고 하더라도 이는 예정결정을 한 것으로 보아야 할 것이므로 납부불성실가산세를 적용하여서는 아니된다고 판단된다(국심 97서 526, '97.5.21 외 다수 같은 뜻임).

그렇다면 처분청이 쟁점주식의 양도에 대하여 청구인의 '95년 귀속 양도소득세(납세의무승계분인 청구외 OOO의 양도소득세 포함)를 결정하면서 쟁점신고납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

라. 결론

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조와 및 제65조 제1항 제2호와 제3호에 의거 주문과 같이 결정한다.