2. 청주세무서장이 ’94.2.23 청구법인에게 한 ’93.2기 부가가치세 158,457,642원의 환급거부처분에 대한 심판청구는 이를 기각한다.

청구법인은 충청북도 진천군 이월면 OO리 O OOOO에서 골프장 사업을 영위하기 위하여 ’89.12.29 골프장 사업승인을 받아 골프장 조성공사를 하고 있는 법인으로 골프장 조성토목공사 관련 매입세액을 공제받는 매입세액으로 하여 ’93.8.18. ’93.1기 부가가치세 176,000,000원을 환급신청하는 수정신고를 하고, ’93.12.18 및 ’93.12.31. ’93.2기(8월～11월 거래분) 부가가치세 158,457,642원을 환급신청하는 수정신고를 하였다.

처분청은 청구법인이 환급신청한 위 부가가치세 매입세액은 부가가치세법시행령 제60조 제6항(’91.12.31 신설되고 ’93.12.31 개정되기전의 것. 이하같다)에서 규정한 매출세액에서 공제하지 아니하는 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 해당된다하여 ’93.1기 부가가치세 환급신청에 대하여 는 이건 환급신청한 매입세액 176,000,000원과 이미 환급받은 매입세액중 241,584,031원을 매입세액 불공제하는 경정 결정을 하여 ’93.11.19 청구법인에게 ’93.1기 부가가치세 285,718,080원을 납부할 것을 고지하여 환급거부하고 ’93.2기 부가가치세 환급신청에 대하여는 ’94.2.23 환급거부 통지를 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 ’94.3.23 심사청구를 거쳐 ’94.6.24 심판청구를 하였다.

2. ’93.1기 부가가치세 환급거부처분에 대한 심판청구의 적법여부

본안 심리에 앞서 이건 심판청구중 ’93.1기 부가가치세 176,000,000원의 환급거부 처분에 대한 심판청구가 적법한 청구인지를 살펴보면, 국세기본법 제55조 제2항에서 『심사청구를 한 자는 그 청구에 대한 결정에 이의가 있거나 결정을 받지 못한 경우에 심판청구를 할 수 있다』고 규정하고 같은법 제61조 제1항에서 『심사청구는 당해처분이 있는 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은날)로부터 60일내에 하여야 한다』고 규정하고 있다.

그런데, 청구법인은 처분청이 ’93.1기 부가가치세 176,000,000원의 환급신청을 거부하고 오히려 부가가치세 285,718,080원을 납부할 것을 고지하는 고지서를 ’93.11.19 수령하여 ’93.1기 부가가치 환급신청에 대한 거부 처분이 있었음을 알수 있게되었으므로 그날로부터 60일이 되는 ’94.1.18까지 심사청구를 하여야 함에도 63일이 경과한 ’94.3.23 심사청구를 하였으므로 위 심사청구는 청구기간이 경과한 후에 있는 부적법한 것이라 할 것이다.

따라서 이건 심판청구중 처분청이 ’93.11.19 청구법인에게 한 ’93.1기 부가가치세 176,000,000원의 환급거부처분에 대하여는 적법한 심사청구를 거치지 아니한 부적법한 청구이어서 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호의 규정에 의하여 각하대상이므로 본안 심리를 생략한다.

3. 청구법인 주장과 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

부가가치세법시행령 제60조 제6항에서 규정한 토지의 조성을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이라함은 당해토지의 조성등이 면세사업을 영위하기 위한 목적이거나 매매용 토지나 간척지의 조성등 토지라는 재화를 공급하기 위하여 토지의 가치를 증가시키기 위한 지출과 관련된 매입세액으로 해석하여야하므로 부가가치세법상 과세사업인 골프장영업과 관련된 매입세액은 전액 매출세액에서 공제되어야 하며, 또한 골프장 조성을 위한 토목공사는 토지의 조성을 위한 것이 아니라 토지를 취득하여 그린·헤어웨이등 코스조성, 급수배수시설과 조경을 하여 골프코스라는 운동시설을 설치하기 위한 것이므로 이와 관련된 매입세액은 전액공제되어야 한다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

부가가치세법시행령 제60조 제6항 규정의 취지는 토지 그 자체가 부가가치세 면세 재화이므로 토지조성을 위한 자본적 지출과 관련된 매입세액은 불공제하여 취득원가로 계상하여야 함을 명백히 하려는 것이며, 골프장조성을 위한 토목공사가 토지의 조성만을 위한 공사가 아니라 하더라도 토목공사에 지출된 금액은 필연적으로 토지의 조성을 위한 자본적 지출에 해당되므로 이와 관련된 매입세액은 당해토지의 용도에 관계없이 매출세액에서 공제할 수 없다는 의견이다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이건 심판청구는 골프장 조성을 위한 토목공사에 관련된 부가가치세 매입세액이 매출세액에서 공제되는 매입세액인지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제12조 제1항에서 “다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다”고 규정하고 그 제12호에서 “토지”를 열거하고 있다.

같은법 제17조 제1항에서 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있다.

한편, 같은법 제17조 제2항 제4호(’93.12.31 개정되기전의 것)에서는 “제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고, 같은법시행령 제60조 제6항에서 “법 제17조 제2항 제4호에서 규정하는 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다”고 규정하고 있다.

다. 이건 골프장 조성 토목공사에 관련된 매입세액이 매출세액에서 공제되는 매입세액인지에 대하여

(1) 부가가치세는 사업자가 거래 단계에서 창출한 부가가치를 과세객체로 하는 조세이며 우리나라의 현형 부가가치세제는 소위 “전단계세액 공제 방식”을 택하고 있으므로 토지와 같은 생산요소에 대하여 과세하는 경우 거래 단계에서 창출된 부가가치에 대하여 완전하게 과세하지 못하고 오히려 생산요소 구입에 대한 최종 소비자의 부담만을 증가시키게 된다. 그러므로 토지와 같은 생산요소는 이와 같은 부가가치세의 기본원리상 면세로 하는 것이며 부가가치세법 제12조 제1항 제12호에서는 위와 같은 취지를 명문으로 규정하고 있는 것이다. 따라서 사업자가 토지를 바탕으로 창출한 부가가치가 면세재화 또는 용역에 관련된 것이든 과세재화 또는 용역에 관련된 것이든 관계없이 토지자체의 공급은 면세이므로 과세사업자가 토지 조성후 당해 토지를 양도할 경우에도 부가가치세의 과세대상이 되지 아니하는 것이다.

기업회계기준 제76조에 의하면 고정자산의 내용년수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시키는 자본적 지출은 당해 고정자산 가액에 가산하는 것인 바, 토지의 조성에 관련된 비용은 토지의 가치를 증가시키는 자본적 지출에 해당되므로 토지가액에 가산하여야 하는 것이고 당해 토지를 양도하는 때에 취득가액으로 인정하여야 하는 것이다.

만약 부가가치세 과세사업자가 지출한 토지조성비라고 하여 이를 매입세액에서 공제한다면, 당해 토지를 양도하는 경우에는 부가가치세법 제12조 제1항 제12호의 규정에 의하여 부가가치세 면세사업자인지 여부에 관계없이 동 토지의 공급은 면세가 되므로 결과적으로 볼 때 부가가치세법상의 영세율을 적용하는 결과가 되어 토지를 면세재화로 규정한 취지에도 모순되는 결과를 초래하게 된다. 면세재화 또는 용역에 관련된 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하므로 이전의 거래단계에서 창출된 부가가치에 대한 부가가치세가 그 때에 최종적으로 귀착되게 되는 것이다. 사업자가 부가가치세 과세대상인 건설용역 등을 제공받아 면세재화인 토지를 조성한 경우에도 동 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하여야 면세제도의 기본원리에 부합되게 되는 것이다.

또한 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에서 “법 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 같은법시행령 제60조 제6항에서 이를 보다 구체적으로 “법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다”고 규정하고 있는 바, 법조문의 문리해석상으로도 사업자가 자기의 사업과 관련하여 면세재화인 토지에 투자한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 당연히 공제할 수 없다는 것이다.

그러므로 골프장 사업이 부가가치세 과세사업이므로 골프장 조성을 위한 공사비에 대한 매입세액은 그 공사비가 토지조성등을 위한 자본적 지출에 해당되는지 여부에 관계없이 전액 매출세액에서 공제되어야 한다는 청구주장은 위 관련법령 규정의 법리를 오해한 잘못이 있다고 판단된다.

(2) 그러나 골프장 조성공사와 관련된 매입세액중에서도 부가가치세법 시행령 제60조 제6항에서 규정한 토지조성등을 위한 공사와 관련되지 아니하고 법인세법시행규칙『별표 1』기계장치 이외의 고정자산 내용년수표상 감가상각대상 자산인 구축물 공사에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보아야 할 것이며(국심 93광2773 ’94.8.26, 94중0033 ’94.10.24 같은 뜻임) 구축물공사에 관련된 매입세액인지 여부는 구체적인 공사내용별로 판단하여 결정하여야 할 것이다.

그런데 처분청과 청구법인이 제출한 관련자료에 의하면 이건 매입세액은 전액 골프코스내의 잔디식재공사, 조경공사등과 관련된 것으로 매출세액에서 공제할 수 없는 토지조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 인정되어 청구주장은 이유없다고 판단된다.

라. 따라서 이건 심판청구중 ’93.1기 부가가치세 환급거부처분에 대한 청구부분은 부적법하고 ’93.2기 부가가치세 환급거부처분에 대한 청구부분은 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호, 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.