2. 항소비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 천주교○○대교구에 속한 모든 교회의 운영, 선교 및 교육 등을 목적으로 설립된 종교법인이고, □□□ 신부는 원고 소속의 신부로서 2002. 9. 5. 원고 소속 △△성당의 주임신부의 직에서 은퇴하였으며, 이후 담당사제로서 △△성당의 신자를 포함한 천주교○○대교구 소속 신자들을 위한 향심기도를 지도하는 사목활동을 하여 왔다.

나. 원고는 2002. 5. 17. □□□ 신부가 △△성당의 주임신부에서 은퇴한 후 생활할 사택으로 사용하기 위하여 별지 목록 기재 부동산(아래에서는 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 매수하여 같은 달 23일 이 사건 부동산에 관하여 원고 명의로 소유권이전등기를 경료하였다.

다. 피고는 당초 원고의 이 사건 부동산의 취득 및 등록에 관하여 종교단체가 그 사업에 사용하기 위하여 취득한 경우로 인정하여 지방세법 제107조 제1호 , 127조 제1항 제1호 에 의하여 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하였으나, 2006. 7. 11. 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하였거나 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 지방세법 제107조 단서, 제127조 제1항 단서 규정에 의하여 이 사건 건물의 취득 및 등록에 대하여 취득세 1,680,000원, 등록세 2,520,000원, 지방교육세 462,000원, 재산세 17,620원, 도시계획세 17,620원, 공동시설세 7,050원, 지방교육세 3,520원을 부과·고지하는 처분(아래에서는 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1, 2, 3, 갑 2호증, 을 1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

□□□ 신부는 △△성당의 주임신부에서 은퇴하였으나 여전히 천주교○○대교구 소속 신부로서 역할 및 권한을 행사하고 있고 특히 △△성당의 주임신부에서 은퇴한 후에는 담당사제로서 천주교○○대교구 소속 신자들을 위한 향심기도를 지도하는 특수사목활동을 하고 있으며 이 경우 소속 교구청이 별도의 주택을 구입하여 담당사제로 하여금 그 곳에서 생활하도록 함으로써 그의 주식(주식)을 책임지고 있다. 이 사건 부동산 역시 위와 같은 경위로 원고가 취득하여 □□□ 신부의 주거에 제공하였고 □□□ 신부는 이 사건 부동산에 거주하면서 향심기도를 지도하는 특수사목활동을 하는 등 신부로서의 역할을 수행하고 있으므로 원고로서는 이 사건 부동산을 그 용도에 직접 사용하고 있다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 부동산의 취득 및 등록에 대하여는 지방세법 제107조 본문 제1호 , 제127조 제1항 본문 제1호 규정이 적용되어 취득세 및 등록세가 부과되지 아니하여야 함에도 불구하고 피고는 이 점에 대한 법리를 오해하여 이 사건 처분을 하였으므로 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 용도구분에 의한 취득세, 등록세 비과세에 관하여 규정한 지방세법 제107조 제1호 , 제127조 제1항 제1호 , 같은 법 시행령 제79조 는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득 및 등록에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하는 혜택을 주되 1년(위 규정 제1호 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기의 경우는 3년) 이상 이를 정당한 사유 없이 목적사업에 직접 사용하지 아니하는 등의 경우에는 더 이상 공익사업을 수행하지 않는다고 보아 취득세 및 등록세를 부과하도록 규정하고 있다. 위 지방세법 제107조 단서, 제127조 제1항 단서 규정 소정의 ‘직접 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하면 된다 할 것이고( 대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결 참조), 한편 종교단체가 소속 교역자의 사택용으로 부동산을 취득한 경우에 이를 종교단체가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 것이라 하여 위 각 규정에 의하여 취득세 및 등록세를 비과세하기 위하여는 적어도 그 교역자가 당해 종교단체의 필요불가결한 중추적 지위에 있음을 요한다고 할 것이다( 대법원 1997. 12. 12. 선고 97누14644 판결 , 대법원 1989. 11. 14. 선고 89누2608 판결 등 참조).

(2) 이 사건의 경우, 이 사건 부동산이 △△성당의 주임신부에서 은퇴한 후 담당사제로서 천주교○○대교구 소속 신도들을 위한 향심기도를 지도하는 특수사목활동을 하는 □□□ 신부의 사택으로 사용되고 있음은 앞서 본 바와 같은바, 정기적으로 주일과 의무축일에 성찬을 거행하는 등 성사집전을 하면서 본당을 책임지고 있는 본당의 주임신부와는 달리 담당사제는 신자들의 어떤 공동체나 특별한 집단의 일부분을 위하여 수행될 사목이 맡겨진 사제로서 신자들의 신앙생활의 일부분을 지도하는 업무를 수행하고 있음에 불과하여 본당의 주임신부처럼 천주교○○대교구의 종교활동에 필요불가결한 중추적인 지위에 있다고는 할 수 없다. 따라서 이 사건 부동산이 담당사제인 □□□ 신부의 사택용으로 사용되는 것은 원고의 목적사업에 직접 사용되는 것이라고 할 수 없어 지방세법 제107조 단서, 제127조 제1항 단서 규정에 의한 취득세 및 등록세 비과세 대상에 해당하지 않는다 할 것이므로, 원고가 이 사건 부동산을 그 사업에 직접 사용하지 아니하였음을 이유로 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 부동산 목록 생략]