처분청은 청구인이 2000. 4. 15. 법인설립등기를 필하고, 같은 날 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지 126.9㎡와 동 지상 건축물 459.4㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 임차하여 전자상거래 및 무역업 등을 영위하다가 2000. 9. 15. ○○지방중소기업청장으로부터 벤처기업으로 확인을 받은 다음, 2001. 8. 14. 이 사건 부동산을 취득하고 같은 날 취득가액(825,000,000원)에 지방세법 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 등록세 24,750,000원, 지방교육세 4,950,000원, 합계 29,700,000원을 신고납부하였으나, 취득세는 신고납부하지 아니하므로서 그 취득가액(825,000,000원)에 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 19,800,000원, 농어촌특별세1,815,000원, 합계 21,615,000원(가산세 포함)을 2001.10.10. 부과고지하였고,이 사건 부동산이 대도시내 법인설립이후 5년이내에 취득하는 부동산에 해당되므로 이 사건 부동산 취득가액에 직전사업연도의 총매출액(4,399,532,977원)에 대한 중과업종(피임기구 판매업등)의 매출액(3,231,618,368원) 비율을 곱한 가액에 지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 43,631,470원, 지방교육세 7,999,100원, 합계 51,630,570원(가산세 포함)을 2001. 11. 10. 부과고지하였으나 청구인은 이에 불복하여 2002. 1. 9. 이의신청을 제기하므로서, 2002. 2. 25. 이의신청결정기관인 ○○시장이 창업벤처중소기업영위업종에 공여되는 면적을 감면하도록 결정함에 따라 처분청에서 2002.3.14. 취득세 17,649,720원, 농어촌특별세 1,617,900원, 등록세 40,943,620원, 지방교육세 7,461,530원, 합계 67,672,770원으로 경정결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 2000. 9. 15. ○○지방중소기업청장으로부터 창업벤처중소기업으로 확인을 받은 후 임차하여 본점으로 사용하고 있던 이 사건 부동산을 2001.8.14. 취득한 것이므로, 이 사건 부동산은 조세특례제한법 제119조 제3항 및 제120조 제3항의 규정에 의하여 창업벤처중소기업으로 확인받은 날로부터 2년이내에 당해 사업을 영위하기 위하여 취득·등기하는 사업용 재산에 해당되기 때문에 취득세와 등록세가 과세면제되어야 함에도, 이의신청결정기관인 ○○시장은 정보처리 및 기타 컴퓨터운영관련업은 과세면제하고 상품판매사업 등은 창업벤처중소기업의 영위하는 사업용 재산에 해당되지 아니하므로 이 사건 부동산의 취득가액을 매출액과 사용면적 기준으로 안분하여 취득세 등을 부과고지한 것은 부당하고, 또한 지방세법 제101조제2항에서 중과제외업종(정보처리 및 기타 컴퓨터운영관련업)을 영위하는 자가 취득한 부동산은 등기일로부터 1년이 경과할 때까지는 중과업종과 겸용하더라도 중과세할 수 없음에도 등기일로부터 1년이내에 중과업종에 대하여 등록세를 중과세한 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내 창업벤처중소기업이 벤처기업으로 확인받은 날로부터 2년이내에 부동산을 취득한 후 벤처기업으로 확인받은 업종과 벤처기업으로 확인받지 아니한 업종을 겸용하고 있는 경우에 매출액 및 사용면적의 비율에 따라 취득세 등을 부과고지한 것이 적법한지의 여부에 있다고 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 및 같은 법 제120조 제3항에서 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다)부터 2년이내에 취득하는 사업용 재산 및 사업용 재산에 관한 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있고, 같은 법 제6조 제2항에서는 벤처기업육성에관한특별조치법 규정에 의한 벤처기업중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업후 2년이내에 벤처기업으로 확인받은 기업을 창업벤처중소기업으로 정의하면서, 같은 조 제3항에서는 창업벤처중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 대통령령이 정하는 엔지니어링사업, 대통령령이 정하는 정보처리 및 컴퓨터운용관련업과 대통령령이 정하는 물류산업을 영위하는 중소기업으로 한다라고 규정하고, 같은법시행령 제5조 제7항에서는 법 제6조 제3항에서 대통령령이 정하는 정보처리 및 컴퓨터운용관련업이라 함은 통계법 제17조의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 정보처리 및 기타 컴퓨터운영관련업을 말한다고 규정하면서, 통계청장이 고시한 한국표준산업분류에서 ‘정보처리 및 기타 컴퓨터운영관련업’을 컴퓨터설계 및 자문업, 소프트웨어 자문·개발 및 공급업, 자료처리업, 컴퓨터시설관리업, 데이터베이스 및 온라인정보제공업 및 기타 컴퓨터운영관련업 등으로 세분하여 규정하고 있으며 지방세법 제138조 제1항 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립에 따른 부동산등기에 대한 등록세는 일반세율의 100분의 300으로 한다라고 규정하고, 같은법시행령 제102조 제7항에서 중과제외업종과 중과대상업종을 겸업하는 경우로서 등록세의 과세표준이 구분되지 아니하는 경우에는 직전 사업년도의 당해 법인의 총매출액에서 중과제외업종과 중과대상업종의 매출액이 차지하는 비율에 따라 안분하여 등록세를 과세한다라고 각각 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴 보면, 청구인은 전자상거래업, 무역업 등을 목적사업으로 하여 2000. 4. 15. 설립된 법인으로서, 창업일(법인설립일)로부터 2년이내인 2000. 9. 15. 서울지방중소기업청장으로부터 창업벤처중소기업으로 확인을 받은 후 2001. 8. 14. 이 사건 부동산을 취득하여, 같은 날 일반세율을 적용하여 산출한 등록세를 신고납부하고 취득세는 2001.10.10. 처분청에서 부과고지한 다음, 이 사건 부동산 취득 당시부터 등록세 중과제외업종과 중과업종을 겸업하고 있으므로 이 사건 부동산을 대도시내 법인설립이후 5년이내에 취득·등기한 부동산으로 보아 이 사건 부동산 취득가액에서 직전사업연도의 총매출액에 대한 중과업종의 매출액 비율을 곱한 가액에 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 2001.11.10. 부과고지하였으나 청구인이 이에 불복하여 이의신청을 제기함에 따라 이의신청결정기관인 ○○시장은 벤처기업으로 확인받은 업종(정보처리 및 기타 컴퓨터운영관련업)에 해당하는 면적은 감면하도록 결정한 사실은 제출된 관련증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산이 창업벤처중소기업이 벤처기업으로 확인받은 날부터 2년이내에 당해 사업을 영위하기 위하여 취득·등기한 사업용 재산에 해당되므로 벤처기업으로 확인받지 아니한 업종과 겸용하고 있다고 하더라도 이 사건 부동산에 대한 취득세와 등록세가 과세면제되어야 한다고 주장하고 있지만,

조세특례제한법 제119조제3항 및 제120조 제3항에서 창업벤처중소기업으로 확인받은 날로부터 2년이내에 당해 사업을 영위하기 위하여 취득·등기는 사업용 재산에 대한 취득세와 등록세를 과세면제하도록 규정하고 있으므로, 동 규정에서의 ‘당해 사업’이라 함은 창업벤처중소기업이 벤처기업으로 확인받은 업종을 뜻하는 것으로 보아야 하므로 청구인은 2000.9.15. 서울지방중소기업청장으로부터 확인받은 업종이 정보처리 및 기타컴퓨터운영관련업인 사실이 벤처기업확인인서(코드번호 : 34)에서 입증되고 있으므로, 이 사건 부동산중 벤처기업확인서에서 입증되지 아니한 상품매출업에 공여되는 면적에 대한 취득세 등은 감면대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아야 하고, 또한 지방세법시행령 제101조제2항에서 중과제외업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 겸용하는 경우에는 그 해당부분에 대하여는 등록세를 중과세(일반세율의 3배)하도록 규정하고 있으므로 중과제외업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산은 그 등기일로부터 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하는 경우에는 중과에서 제외하지만, 사업용 재산을 취득·등기와 동시에 중과제외업종과 중과업종을 겸용하고 있는 경우에는 취득·등기 당시부터 지방세법시행령 제101조제8항의 규정에 의하여 당해 법인의 직접사업년도의 총매출액에서 중과제외업종과 중과대상업종의 매출액이 차지하는 비율에 따라 안분과세하여야 하므로 2002.2.25. 이의신청결정기관인 ○○시장이 중과대상업종의 매출액 비율로 안분하고 창업벤처중소기업영위업종이 아닌 다른 업종의 건축물 사용면적 비율에 따라 부과하도록 경정결정한 것은 적법한 결정이라 판단된다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 6. 24.

행 정 자 치 부 장 관