가.청구법인은 OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)를 본점소재지로 하고 의약품 중간체 제조업, 의약품 원료 제조업, 무역업 및 도소매업 등을 목적사업으로 하여 2009.12.14. 설립된 법인으로, 2010.1.28. OOO 토지 3,651.1㎡ 및 위 지상 건축물 562.52㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 매매로 취득한 후 「조세특례제한법」(2010.1.1.법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제3항에 따라 창업중소기업이 창업 후 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 해당한다고 하여 취득세 등을 감면받았으며, 처분청은 같은 법 제121조에 따라 창업중소기업이 해당 사업에 직접 사용하는 사업용 재산이라 하여 2010년도분부터 2013년도분까지의 재산세를 감면처분하였다.

나. 처분청은 2013년 9월경 OOO가 실시한 지도점검결과 청구법인이 설립된 장소가 청구법인의 발기인이자 사내이사이며 주식지분의 50%를 보유한 OOO이 설립한 동종업종의 법인인 OOO주식회사(이하 “기존법인”이라 한다)의 설립지 및 영업장소와 같은 장소로 「조세특례제한법」 제6조 제4항에서 창업으로 보지 아니하는 경우에 해당되어, 같은 법 제121조의 창업중소기업이 해당사업에 직접 사용하는 사업용 재산이 아니라고 보아 2014.5.29. 청구법인에게 기 감면되었던2010년도분부터 2013년도분까지의OOO원을 부과고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.6.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)청구법인은 2009.12.14. 의약품 중간체 제조업을 영위할 목적으로 설립된 창업중소기업으로, 별도의 제조시설이 필요하여 2009.12.18. 쟁점부동산을 취득하고 창업중소기업의 사업용 재산으로 지방세를 감면받았으나, 이후 처분청에서는 청구법인이 기존법인의 사업장 소재지인OOO(이하 “쟁점외사업장”이라 한다) 중 OOO에서 창업하였으며, 청구법인의 주주 OOO은 기존법인의 주주라 하여 청구법인을 창업중소기업으로 인정할 수 없다고 하면서 위 감면세액을 추징하였는바, 청구법인의 입주계약에 의하면 2010.1.1. 이후 쟁점사업장을 청구법인이 단독으로 사용한 사실을 알 수 있으며 창업중소기업을 판단함에 있어 등기부등본 또는 사업자등록증 상에 기재된 사업장의 내용만으로 동일 장소의 창업이라고 판단한 것은 그 실질을 반영하지 못한 오류가 있다 할 것이며(조심 2013지58, 2013.5.3.), 주주 OOO이 동종업종을 영위하는 청구법인과 기존법인의 주식 50%를 보유한다 하여 청구법인의 창업을 부인하였으나 조세에 관한 법률의 해석에 관하여 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것(대법원 2007.10.26. 선고 2007두9884 판결, 같은 뜻임)이므로 기존법인으로부터 사업을 승계받거나 시설장비 등을 인수받지 아니하고, OOO으로부터 단독의 사업장을 임차하여 사업을 영위한 청구법인은 창업의 요건을 충족한 것으로 각 법인의 개요는 <표1>과 같다.

(2) 기존법인이 재산세를 감면받을 수 있는 상황에서도 청구법인의 주주인 OOO은 기존법인과는 별도로 청구법인을 설립하여 독자적으로 사업을 진행할 것을 약정하였고, 이에 기존법인이 약 3개월 정도 사용한 쟁점사업장에 청구법인을 설립한 것으로 기 제출한 OOO 창업보육센타의 입주(변경)계약서에 의하면 청구법인 설립시 쟁점사업장을 별도의 사업장으로 사용한 사실을 확인할 수 있으며, 처분청이 쟁점사업장을 청구법인과 기존법인이 공동으로 사용하였다고 확인한 시점은 2012.6.21.로 청구법인의 설립 당시에는 이를 단독으로 사용하였으며, 별도의 사업장이 필요함에 따라 2010.1.28. 잔금을 지급하고 쟁점부동산을 취득하여 이곳에서 대부분의 업무를 수행하고 쟁점사업장은 창업 이후미비한 기술력 향상을 위하여 기존법인의 동의하에 기존법인의 실험능력 및 기술력을 습득하기 위하여 기존법인에게 제공하였던 것이다.

(3) 처분청에서는 기존법인이 쟁점사업장을 약 3개월 정도 사용한 후 청구법인이 사용하였다는 사실만으로 이를 사업의 승계로 판단하고 있으나, 「조세특례제한법」제6조 제4항 제1호에서 “종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하는 경우로서 토지 건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 자산”이란 「법 인세법 시행령」제24조에 의한 감가상각자산이라고 규정하고 있어창업보육센터를 통하여 쟁점사업장을 임차한 행위는 이에 포함되지 않으며 비록 청구법인과 기존법인이 동종업종을 영위한다 할지라도 청구법인이 기존법인으로부터 대통령령으로 정하는 어떠한 자산도 매입하지 않은 사실이 확인되므로 이를 사업의 승계로 판단하여 한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)청구법인의 경우 법인등기부등본 및 사업자등록증, OOO 창업보육센타 입주계약서 등에 의하면 2009.12.14. 쟁점사업장에서 설립하였고 대표이사는 OOO, 사내이사는 OOO이며, OOO은 청구법인의 공동사업자로 주식의 50%를 소유하고 있으며, 주 목적사업은 의약품 중간체 제조로 의약용 화합물 및 항생물질 제조업(통계청분류코드 21101), 무역업임을 알 수 있으며, 기존법인은 2009.10.16. 쟁점사업장OOO, 쟁점외사업장OOO에서 설립하였고, 대표이사는 OOO, 사내이사는 OOO이며(OOO과 OOO은 부부관계로 주식을 각각 50%씩 소유하고 있는 공동사업자), 주 목적사업은 의약품 중간체 제조로 의약용화합물 및 항생물질제조업(통계청분류코드 21101), 무역업 등이었으며, 사업장은 2009.10.16.쟁점사업장OOO 및 쟁점외사업장OOO에서 설립된 후 2009.12.31. 입주계약서의 사업장소를쟁점외사업장OOO으로 변경하였으며, 2012.12.14.입주계약서 사업장소를 쟁점사업장OOO, 쟁점외사업장OOO으로 다시 변경한 사실을 OOO 창업보육센타 입주계약서에서 알 수 있다.

(2) 청구법인은 설립당시 기존법인과는 상관없이 단독으로 사업장을 임차하였다고 주장하고 있으나, 처분청에서 2012.6.21. 출장한 당시에도 기존법인과 청구법인은 쟁점사업장OOO과 쟁점외사업장OOO을 합하여 사용하고 있었으며 당시 근무하던 직원의 상담내용에 의하면 오래전부터 청구법인과 기존법인은 공간을 구분하지 않고 같이 사용하였다고 하는바, 주소변경은 단지 서류상으로 청구법인이 법인설립을 위해 이루어진 사항으로 보이고, 기존법인이 쟁점사업장OOO을 사업장으로 사용하였음은 사업자등록증 및 2011.3.16. OOO에 공장등록한 공장등록증에서도 알 수 있으므로 청구법인은 기존법인이 영위하던 사업장에서 설립하여 같이 동종업종을 영위하였다고 볼 수 있는바, 기존법인이 동일장소에서 동일업종을 영위하는 청구법인을 설립한 것은 창업이 아닌 단순 형태변경이라 하겠고 「조세특례제한법」 제6조 제4항 제4호에 의한 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우에 해당된다 하겠으므로 이 건 재산세 등의 부과처분은 정당하다.

(3) 청구법인은 입주계약당시 공실상태였고 기존법인에서 사업을 승계받거나 시설장비등을 인수받지 아니하였으므로 창업의 요건에 해당된다고 주장하고 있어 이에 대해 살펴보면, 기존법인이 쟁점사업장OOO에 입주하여 사업을 영위하다가 청구법인 설립 시점에서 입주계약서를 변경하여 쟁점외사업장OOO을 사용하였으며, 청구법인은 쟁점사업장OOO에서 설립되어 이를 사용하였으므로 각각의 단독사업장에서 사업을 영위하였다고 하더라도쟁점사업장OOO은동종업종을 영위하는 기존법인이사용하다가 청구법인을 설립하기 위해 장소를 이전하고 동종업을 운영하던 사업장을 승계한 것으로서 「조세특례제한법」제6조 제4항 제1호에 의한 종전의사업에 사용되던 자산을 인수하여 동종의 사업을 영위하는 경우에 해당한다고 하겠으므로 창업으로 보기 어렵다.

또한, 행정안전부는 질의회신에서 위 규정의 “종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우”라 함은 당해 자산의 소유주체 여부와 관계없이 인수 또는 매입되기 전 자산이 사용되었던 사업(종전 사업)과 인수 또는 매입한 이후 자산이 사용되고 있는 사업(현 사업)이 동종일 경우를 말하는 것이므로, 개인사업자 A가 B로부터 매입한 자산이 B가 아닌 임차인 C에 의하여 동종의 사업에 사용되었던 경우라고 하더라도 이를 매입하여 사용한 개인사업자 A는 「조세특례제한법」 제6조 제4항 제1호 본문에 해당하여 창업중소기업으로 볼 수 없다(행정안전부 도세과-249, 2008.3.31.)고하고 있고,

「중소기업 창업지원법 시행령」제2조 제1항에 중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 경우에 해당하지 아니하는 것에 대해 나열하면서 제1호에 타인으로부터 사업을 승계하여 승계전의 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 경우라고 하고 있으며, 사업승계의 의미는 법상의 원시적·실질적 창업과 관련하여 해석되는 사항으로서 「민법」상 의미하고 있는 포괄적·특정적인 권리·의무의 이전 이외에 공장 및 사업장의 건물, 시설 등의 양도·임대를 하여 동종의 사업을 하는 경우에도 사업승계의 의미에 포함하고 있다고 중소기업청에서도 해석하고 있어 청구법인이 기존법인으로부터 사업장 임대차 계약을 하지 않았다고 하더라도 동종업종을 영위하던 법인이 사용하던 장소를 그대로 승계하여 사용하는 것은 새로운 중소기업을 창업한 것이라고 보기는 어려우므로, 기 감면되었던 2010년도분부터 2013년도분까지의 재산세(토지분 및 건축물분)를 부과고지한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 창업중소기업에 해당하지 아니하는 것으로 보아 쟁점부동산에 대하여 기 감면한 재산세 등을 추징한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(가)청구법인은 2009.12.14. 쟁점사업장에서 대표이사 OOO, 사내이사 OOO이 의약품 중간체 제조, 의약품 원료 제조 등을 목적사업으로 하여 설립하였고, 사업자등록증의 사업장소재지는 OOO이며, 사업의 업태는 제조업, 도매업으로 사업의 종목은 의약품 중간체, 무역으로 확인되고, 2013.2.15. 쟁점부동산으로 본점을 이전하였다.

(나)OOO 창업보육센타 입주계약서OOO에 의하면 청구법인의 쟁점사업장입주기간은 2010.1.1.부터 2012.12.31.까지인것으로 확인된다.

(다) 청구법인의 공장설립 등의 완료신고 수리서OOO에 의하면 업종은 의약용 화합물 및 항생물질제조업(21101), 의료용품 및 기타 의약관련 제조업(21300)으로 되어 있다.

(라) 기존법인은 2009.10.16. 쟁점사업장 및 쟁점외사업장에서 대표이사 OOO, 사내이사 OOO이 의약품 중간체 제조, 의약품 원료 제조 등을 목적사업으로 하여 설립하였고, 사업자등록증의 사업장소재지는 OOO 창업보육센타 OOO호이며 사업의 업태는 제조업, 도매업으로 사업의 종목은 의약품 중간체, 무역 외로 기재되어 있다.

(마) OOO 창업보육센타 입주계약서OOO에 의하면 기존법인의입주기간은2009.10.1.부터 2012.9.30.까지로, 입주계약 변경사항을 보면 2009.12.31. 장소를 OOO로 변경하였다가 2012.12.14. 다시 장소를 OOO로 변경하였음이 확인된다.

(바) 기존법인의 공장등록증명서에 의하면 공장등록일은 2011.3.16.이고, 업종은 의약용 화합물 및 항생물질 제조업(분류번호 21101)으로 기재되어 있다.

(사) 처분청에서 2012.6.19. 및 2012.6.21. 쟁점사업장에 출장하여 현지확인한 결과OOO에 의하면 출장일 현재 쟁점사업장은 경계구분이 없이 청구법인과 기존법인이 같은 사업장에서 제조 및 연구소로 사용 중이며 오래전부터 공동장소로 사용해 오다가 현재는 주로 기존법인이 사용하고 있었다는 상담내용이 확인된다.

(2) 청구법인과 기존법인의 사업장 이용상황은 다음과 같다.

(3) 청구법인에 대한 재산세 부과내역은 다음과 같다.

(4)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「조세특례제한법」제6조 제4항 제1호에 의하면사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우에는 창업으로 보지 아니하도록 되어 있으나, 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에는청구법인이 기존법인으로부터 사업을 양수하거나 직접 자산을 인수 또는 매입한 사실이 나타나지 않고 있으며, 기존법인도 최근 개최된 OOO에 참여한 사실이 동 OOO 홈페이지에서 확인되는 등해당 사업을 계속 영위하고 있는 것으로 나타나는바,청구법인이 OOO 산학협력단과의 임대차계약(“입주계약”으로 표현하고 있으나 대체적으로 임대차계약과 유사)을 통해 동종업종을 영위하는 기존법인이 사용하던 사업장에 입주하여 기존법인과 사업장을 공동으로 사용하였다는 사실을 이유로 청구법인이 「조세특례제한법」제6조 제4항 제1호 등에 따라창업으로 보지 않는 경우에 해당한다고는 할 수 없는 것으로 보이는바, 처분청이 쟁점부동산을 창업중소기업이 해당 사업에 직접 사용하는 사업용 재산이 아니라고 보아 이 건 재산세 등을 청구법인에게 부과고지한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.