가. 청구법인은 2010.1.4. OOO에 의하여 설립된 비영리내국법인으로, 아래 <표1>과 같이 정부로부터 정부출연금(이하 “쟁점정부출연금”이라 하고, 사업비 등 비용보전에 충당되는 정부출연금은 “쟁점비용보전분 정부출연금”, 자산 취득에 사용되는 정부출연금은 “쟁점자산취득분 정부출연금”이라 한다)을 수령하여 기관운영비, 자산취득비 등에 사용하였으며,<표2>와 같이 2011.1.1. 이전에 계약 체결한사업(이하 “쟁점용역”이라 한다) 관련 용역을 고유의 사업 목적을 위해 실비로 공급하는 용역으로 보아 부가가치세 면세로 신고하였다.

나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 아래 <표3> 및 <표4>와 같이법인세 및 부가가치세를 잘못 신고한 것으로 보아 처분청에 통보하였다.

다.처분청은<표5>와 같이 청구법인에게 법인세 및 부가가치세를 경정·고지하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2015.7.6. 심판청구를 제기하였다.

라. 처분청은 이후 국세청의 자체감사 결과, 부가가치세 가산세 일부를 과소부과한 사실이 확인되자, 청구법인에게 아래 <표6>과 같이 부가가치세(가산세)를 재경정·고지하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2016.4.7. 심판청구를 추가로 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점비용보전분 정부출연금은 정부가 청구법인의 수지차를 보전하기 위하여 그 사용 용도를 지정하지 않고 교부하는 공공보조금적 성격의 금원으로서 특정 수익사업을 위해 지급되는 것으로 볼 수 없고, 그 중 일부가 수익사업에 사용되었다고 하여 그 부분을 수익사업에서 생긴 소득으로 의제하여 익금에 산입하는 것은 법령상 근거 없이 과세소득을 임의로 조정하여 과세소득의 범위를 확대하는 것인바, 조세법률주의에 반하여 위법하다.

(2) 쟁점자산취득분 정부출연금은 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산을 취득하기 위하여 사용한 것이고, 처분청이 근거법령으로 제시한 「법인세법 시행규칙」 제76조 제1항은 자산의 구분경리에 관한 규정에 불과하므로, 위 규정을 비영리내국법인의 손익의 구분경리에 대하여 적용하는 것은 조세법률주의에 반하여 부당하다.

(3) 청구법인은 과세관청이 제시한 기준에 따라 정부출연금 관련 법인세를 신고·납부하였는바, 납세의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 존재하므로 이 건법인세가산세를 면제하여야 한다.

(가) 청구법인은 국세청의 공적 견해표명OOO을 신뢰하고, 정부출연금 전액을 비수익사업에서 발생한 소득으로 분류하여 2010사업연도 법인세·납부를 신고하였다.

(나) 과세관청은 2011년 청구법인에 대한 세무조사 결과, 정부출연금 신청 당시의 수지차액을 기준으로 수익사업 관련 정부출연금을 산정하여 익금 산입(법인세 과세)하였는바, 청구법인은 2011년 세무조사 당시 과세관청이 제시한 기준(수지차액)에 따라 2011 및 2012사업연도 정부출연금 관련 법인세를 신고·납부하였다.

(4) 청구법인은 쟁점사업 관련 용역을 수행하며 비용 충당 목적으로 위탁수수료만을 지급받아 왔는바, 쟁점사업 관련 용역은 공익단체인 청구법인이 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 용역이므로 구 「부가가치세법」(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제17호 및 같은 법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제37조 제1호에 따라 부가가치세 면제 대상이다.

(5) OOO는 OOO용역을 공급하는 경우 「부가가치세법」 제12조 및 같은 법 시행령 제37조 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것OOO이라고 유권해석하였고,OOO용역의 수수료 산정방식과 이 건 각 용역의 수수료 산정방식은동일하다. 따라서, 청구법인은 과거 과세관청의 공적 견해 표명에 따라 쟁점사업 관련 용역을 공익단체가 실비로 공급하는 용역으로 보아 부가가치세 면세로 신고하였는바, 납세의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 존재하므로 이 건 부가가치세가산세를 면제하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점비용보전분 정부출연금은 비수익사업이 아닌 수익사업에 사용되었는바,수익사업의 익금으로 보아 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

(2) 「법인세법」 제15조 제1항은 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제113조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제76조 제1항은 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 수익사업에 속하는 것과 기타의 사업에 속하는 것으로 구분 경리하되, 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 하도록 규정하고 있는바, 쟁점자산취득분 정부출연금을 수익사업의 익금으로 보아 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

(3) 청구법인이 제시한 국세청 질의회신OOO은 ‘수익사업과 관련 없이 수령한 정부출연금은 수익사업에 해당하지 않아 법인세를 부과할 수 없다’는 것으로, 수익사업과 관련된 출연금에 대하여 법인세를 부과할 수 없다는 해석이 아니며, 2011년 세무조사 결과는 개별사항으로 과세관청의 공적인 견해표명에 해당하지 아니한바, 청구법인에게 법인세 가산세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

(4) 청구법인은 쟁점사업의 용역 공급에 대하여 실제 지출된 제경비 이외에 감리비, 기술료, 사업대행, 설치지원 등의 명목으로 수수료를 지급받고 있는바, ‘실비’로 공급하는 용역에 해당되지 아니한다.

(5) 청구법인은 과세관청의 유권해석, 비과세 관행의 성립 등을 들어 이 건 부가가치세 가산세 부과처분이 부당하다고 주장하나, 청구법인이 제시한 유권해석OOO은OOO에 한하는 것이므로 이 건 부가가치세 과세처분과 관련이 없고, 청구법인은 쟁점사업 관련 용역을 과세대상으로 하여 2010년 부가가치세를 신고하는 등 이미 쟁점사업 관련 용역이 부가가치세 과세대상임을 알고 있었는바, 부가가치세 가산세 부과가 부당하다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점비용보전분정부출연금이 「법인세법」상 익금에 해당하는지 여부

② 쟁점자산취득분정부출연금이 「법인세법」상 익금에 해당하는지 여부

③ 이 건 법인세가산세 부과처분이 적법한지 여부

④ 쟁점사업 관련 용역이 공익법인이 실비로 공급하는 용역으로서 부가가치세 면제 대상에 해당하는지 여부

⑤ 이 건 부가가치세가산세 부과처분이 적법한지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법(2013.1.1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것)

제3조(과세소득의 범위) ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1.각 사업연도의 소득

③비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1.제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

제112조(장부의 비치ㆍ기장)납세의무가 있는 법인은 장부를 갖추어 두고 복식부기 방식으로 장부를 기장하여야 하며,장부와 관계있는 중요한 증명서류를 비치ㆍ보존하여야 한다.다만, 비영리법인은 제3조 제3항 제1호 및 제7호의 수익사업(비영리외국법인의 경우 해당 수익사업 중 국내원천소득이 발생하는 경우만 해당한다)을 하는 경우로 한정한다.

제113조(구분경리)①비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(2)법인세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것)

제2조(수익사업의 범위) ①「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

1.～15. (생략)

제11조(수익의 범위) 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생기는 수입금액[도급금액ㆍ판매금액과 보험료액을 포함하되, 기업회계기준(제79조 각 호의어느 하나에 해당하는 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따른 매출에누리금액 및 매출할인금액을 제외한다. 이하 같다](단서 생략)

제156조(구분경리) ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제75조(구분경리의 범위)① 영 제156조의 규정에 의한구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다.다만, 각 사업 또는재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

제76조(비영리법인의 구분경리)①비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

⑥비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각 호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. (단서 생략)

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2.수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

(4) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것)

제12조(면세)① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

17.종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

(5)부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것)

제37조(종교·자선·학술·구호단체 등이 공급하는 재화등의 범위) 법 제12조 제1항 제17호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1.주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역

(6) 상속세 및 증여세법 시행령

제12조(공익법인 등의 범위)법 제16조 제1항에서 “공익법인등”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자(이하 “공익법인등”이라 한다)를 말한다.

7. 공중위생 및 환경보호에 현저히 기여하는 사업으로서 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업

(7) 국세기본법

제48조(가산세 감면 등)① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대해 살펴본다.

(가) 청구법인은 2010.1.1. OOO 통합되어 OOO에 따라 설립된 비영리 특수법인으로, 국가나 지방자치단체 등으로부터 정부업무 대행사업, OOO, 정부위탁사업 등을 위탁받아 수행하면서 각 사업별로 정부나 지방자치단체로부터 사업비와 수수료 등을 지급받고 있으며, 부족한 사업비 및 사업 수행에 필요한 자산 취득을 위하여 국가로부터 정부출연금을 지급받고 있다.

(나) 청구법인은 쟁점비용보전분 정부출연금을 수익사업에서 생긴 소득으로 의제하여 익금에 산입하는 것은 부당하다고 주장하고 있는바, 그 논거는 아래와 같다.

1) 쟁점비용보전분 정부출연금 중 일부가 수익사업에 사용되었다고 하여 이 부분을 수익사업에서 생긴 소득으로 의제하여 익금에 산입하는 것은 법령의 근거 없이 과세소득을 임의로 조정하여 과세소득의 범위를 확대하는 것인바, 조세법률주의에 반하여 위법하다.

2) OOO는 실제 사업의 수행 여부와 관계없이 분기별로 정부출연금을 교부하고, 정부출연금 교부 시에도 특별한 용도를 지정하지 아니한바, 쟁점비용보전분 정부출연금은 정부가 청구법인의 수지차를 보전하기 위하여 그 사용용도를 지정하지 않고 교부하는 공공보조금적 성격의 금원으로서 특정 수익사업을 위해 지급되는 것으로 볼 수 없다.

3) 국세청은 청구법인의 질의에 대하여, ‘수익사업과 관련 없이 청구법인의 운영비로서 OOO로부터 받는 출연금의 경우 수익사업에서 생기는 소득에 해당하지 아니하는 것’이라고 회신하였는바OOO, 이 건 부과처분은 이러한 유권해석에 반한다.

(다) 이에 대해 처분청은 청구법인이 쟁점비용보전분 정부출연금에 대하여 수익은 비수익사업에 대부분을 배분하고, 비용은 수익사업에 대부분을 배분하여 과세소득을 축소하여 신고하였는바, 처분청이 수익사업과 관련하여 사용된 정부출연금을 익금으로, 해당 지출을 손금으로 각각 대응시킴으로써 축소·왜곡된 과세소득을 바로잡은 것이라고 주장하고 있다.

(라) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 따르면, 청구법인의 정부출연금 비용보전액 구분손익 인식 및 처분청의 과세내역은 아래와 같다.

1) 청구법인은 ‘정부출연금 비용보전액’을 실제 사용내역에 따라 수익/비수익사업으로 구분하지 않고, 수익은 각 사업별 수입예산액과 지출예산액의 차이인 수지차액을 기준으로 수익/비수익사업으로 구분(단, 2010사업년도는 비수익사업으로 전액 계상하여 수익사업의 수익으로 인식되지 않음)하였으며, 비용은 수익/비수익사업의 공통비로 보아 개별손금 비율로 안분하여 법인세를 신고하였다.

2) 이에 조사청은 이 건 세무조사 시 정부출연금 실제 사용내역을 확인하여 실제 사용내역이 확인되는 개별비는 수익/비수익사업의 개별 수익으로 직접 대응시키고, 공통비는 공통익금으로 보아 수익/비수익사업의 개별익금 비율로 안분하여 법인세를 과세하였다.

(마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점비용보전분 정부출연금은 특정 수익사업을 위해 지급된 것이 아니고, 비영리법인인 청구법인의 고유사업 수행과정에서 발생하는 손실을 보전하기 위해 정부로부터 교부받은 것이므로 수익사업의 익금에 해당하지 아니한다고 주장하나, 「법인세법」 제3조 제1항에 따라 비영리법인에 대하여는 각 사업연도의 소득과 토지 등 양도소득에 대하여만 법인세를 부과하는데, 같은 조 제3항 제1호에 의하면 각 사업연도의 소득은 “수익이 발생하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 것”에서 발생하는 소득이고, 같은 법 시행령 제2조 제1항에서 수익사업은 “통계청장이 정하는 한국표준산업분류에 의한 사업 중 수입이 발생하는 것”이라고 규정하고 있다.

그러므로, 비영리법인이라 하더라도 수익사업에서 발생하는 소득에 대하여는 법인세 납부의무를 지고, 「법인세법」 제15조 및 제19조의 규정에 의해서 자본 또는 출자의 납입을 제외하고 순자산을 증가시키는 거래로 발생하는 수익의 금액은 익금으로 산입하고, 순자산을 감소시키는 거래로 발생하는 손비(그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것)의 금액은 손금으로 산입하여야 한다.

따라서, 국가 등으로부터 지원받는 정부출연금을 수익사업에 해당하지 않는 고유목적사업의 수행에 사용한 경우에는 수익사업의 익금에 해당하지 않는 것이나, 수익사업의 수행에 사용된 정부출연금은 수익사업의 익금에 해당하는 것인바, 처분청이 쟁점비용보전분 정부출연금을 익금에 산입한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대해 살펴본다.

(가) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 따르면, 청구법인이 자산취득에 사용한 정부출연금의 구분손익 인식 방법 및 처분청의 과세내역은 아래와 같다.

1) 청구법인은 법인세 신고 시 ‘정부출연금 자산취득액’에 대하여는 수익/비수익사업으로 구분하지 아니하였고, 수익 및 비용으로 인식하지도 아니하였다.

2) 이에 조사청은「법인세법시행규칙」 제76조 제1항에서 “비영리법인이 같은 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우, 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다”고 규정하고 있는바, 자산취득에 사용된정부출연금전액을 수익사업의 익금에 산입하고 관련 감가상각비를 손금산입하여 법인세를 과세하였다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점자산취득분 정부출연금은 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산을 취득하기 위하여 사용한 것이고, 처분청이 근거법령으로 제시한 「법인세법 시행규칙」 제76조 제1항은 자산의 구분경리에 관한 규정에 불과하므로, 위 규정을 비영리내국법인의 손익 구분경리에 적용하는 것은 부당하다고 주장하나, 「법인세법」 제15조 제1항은 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제113조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제76조 제1항은 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 수익사업에 속하는 것과 기타의 사업에 속하는 것으로 구분 경리하되, 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 하도록 규정하고 있는바, 비영리법인이 정부출연금으로 수익사업에 사용되는 자산을 취득하거나 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산을 취득한 경우, 자산취득에 사용된 정부출연금 상당액은 「법인세법」상 익금에 해당한다 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점자산취득분 정부출연금을 익금 산입하여 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 쟁점③에 대해 살펴본다.

(가) 청구법인은 2010사업연도에는 쟁점정부출연금을 수익사업에서 생긴 소득이 아니라고 보아 익금에 산입하지 않았으나, 2011년에 이루어진 조사청의 2006∼2009사업연도 법인세 세무조사 결과를 반영하여, 2011～2012사업연도에는 정부출연금을 신청할 당시의 수지차액을 기준으로 산출한 정부출연금 지원요청액 중 수익사업 관련 지원요청액 및 수익사업을 위한 자산의 취득에 사용된 정부출연금을 수익사업의 익금에 산입하여 법인세를 신고하였다.

(나) 청구법인은 국세청이 청구법인에게 ‘수익사업과 관련 없이 OOO의 운영비로서 OOO로부터 받는 출연금의 경우 수익사업에서 생기는 소득에 해당하지 아니하는 것’이라고 질의 회신하였는바OOO, 이 건 법인세 부과처분은 이러한 유권해석에 반하는 것이라고 주장하나, 처분청은 상기 질의회신은 정부출연금이 ‘수익사업과 관련 없이’ 즉, ‘수익사업을 위해 사용되지 않는 것’을 전제로 하여 나온 유권해석으로, 정부출연금이 수익사업에 사용된 경우에도 익금에 해당하지 않는다는 의미가 아니라는 의견이다.

(다) 이 건 세무조사 시 청구법인이 조사공무원에게 제출한 자료제출서(확인서)를 살펴보면, ‘정부출연금은 공단 사업비 및 운영비 부족액 보전 목적 재정지원금이므로, 그 자금에서 집행(사용)된 내역을 따로 구분할 수는 없다’고 기재되어 있다.

(라) 조사청은 청구법인이 OOO을 심리자료로 제출하였고, 동 보고서OOO에는 “비록 비수익사업으로 분류되어 세무상 실익이 없다하더라도 정부출연금의 사용내역을 추적하여 관리하는 것이 타당”하다고 기재되어 있다.

(마) 조사청은 이 건 세무조사 당시에도 청구법인이 구분 자료를 제출하지 아니하여 정부출연금의 실제 사용내역을 확인하지 못하다가 조사공무원이 청구법인의 전산담당직원과 면담한 결과 회계전표 등을 통해 정부출연금이 관리되고 있다는 사실을 발견하고 수작업을 통해 일일이 대사하여 실제 사용내역을 확인하여 과세하게 된 것인바, 비록 2011년 세무조사 당시 과세관청이 정부출연금 신청 당시의 수지차액을 기준으로 과세하였을지라도, 그것이 청구법인에게 적법한 정부출연금 과세기준을 공적으로 표명한 것으로 볼 수 없다는 의견이다.

(바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2011년 세무조사 시 과세관청이 제시한 기준(개별 사업의 수입예산액과 지출예산액의 차이인 수지차액)에 따라 정부출연금 관련 법인세를 신고·납부하였으므로 가산세 면제 사유에 해당한다고 주장하나, 조사청이 2011년 세무조사 당시 ‘수익사업에 사용된 정부출연금’을 과세소득으로 산정하기 위해 청구법인에게 정부출연금 실제 사용내역에 따라 수익/비수익 사업으로 구분하여 제출할 것을 요청하였으나 이를 제출하지 아니하여 어쩔 수 없이 청구법인이 제출한 수지차액 자료를 기초로 과세소득을 산정한 것으로 보이고, 이 건 세무조사 당시에도 청구법인이 구분 자료를 제출하지 아니하여 정부출연금의 실제 사용내역을 확인하지 못하다가 조사공무원이 청구법인의 전산담당직원과 면담한 결과 회계전표 등을 통해 정부출연금이 관리되고 있다는 사실을 발견하고 수작업을 통해 일일이 대사하여 실제 사용내역을 확인하여 과세하게 된 것인바, 비록 2011년 세무조사 당시 과세관청이 정부출연금 신청 당시의 수지차액을 기준으로 과세하였을지라도, 그것이 청구법인에게 적법한 정부출연금 과세기준을 공적으로 표명한 것으로 볼 수는 없다고 판단된다.

그리고, 2012년 10월에 작성된 청구법인의 OOO에 “비록 비수익사업으로 분류되어 세무상 실익이 없다하더라도 정부출연금의 사용내역을 추적하여 관리하는 것이 타당”하다고 기재되어 있는바, 청구법인도 정부출연금을 실제 사용내역에 따라 수익/비수익 사업으로 구분하여 법인세를 신고하여야 함을 인지하고 있었다고 추정된다.

또한, 청구법인은 회계시스템 미비 등으로 인하여 2011년 세무조사 지적 이후에도 계속하여 정부출연금 실제 사용내역을 수익/비수익 사업으로 구분 경리하지 않은 결과, 정부출연금 관련 익금은 과소 신고하고 손금은 과다 신고하는 등 과세소득을 잘못 신고(축소)한 것이므로 청구법인에게 귀책사유가 있다고 보이는바, 가산세 면제 사유에 해당한다는 청구주장도 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(4) 쟁점④에 대해 살펴본다.

(가) 청구법인은 국가나 지방자치단체 등으로부터 위탁받아 수행하는 쟁점사업은 실비로 공급하는 용역으로서 부가가치세 면제 대상에 해당한다고 보아 면세로 신고하였으나, 처분청은 쟁점사업 관련 용역은 부가가치세 면제 대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 이 건 부가가치세를 경정·고지하였다.

(나) 청구법인은 쟁점사업은 수입예산과 지출예산이 일치하거나 손실액을 정부출연금으로 보전하고, 잔여사업비가 발생할 경우 반납하여 잉여금은 발생하지 않는 사업이고, 용역수수료 수입은 간접비용 명목의 실비에 포함되는 것으로 보아야 한다고 주장한다.

(다) 조사청이 조사한 바에 따르면, 청구법인은 쟁점사업의 용역 공급에 대하여 실제 지출된 제경비 이외에 감리비, 기술료, 사업대행, 설치지원 등의 명목으로 수수료를 지급받고 있는 것으로 나타난다.

(라) 조사청은 청구법인의 회계처리가 계약별, 사업장별로 구분되어 있지 않고, 다만 예산(코드)회계에 따라 구분되어 있어 해당 계약별 간접경비 배분 등이 불분명하며, 해당 계약에 대한 그 수익에 대응되는 직접경비 및 간접경비 배분내역이 제시되지 않아 개별적으로 확인이 불가능하다는 의견이다.

(마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점사업 관련 용역이 청구법인의 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 용역에 해당하므로 부가가치세 면제 대상이라고 주장하나, 구 「부가가치세법」(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것)은 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세를 부과하는 것을 기본으로 하면서 제12조 제1항에서 부가가치세가 면제되는 경우를 한정적으로 열거하고 있는데, 제17호에서 “종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것”을 부가가치세 면세로 규정하고 있다.

그리고, 구 「부가가치세법 시행령」(2013.6.28. 대통령령 제24638로 개정되기 전의 것) 제37조는 “법 제12조 제1항 제17호에서 대통령령으로 정하는 것”이라 함은 “주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역”이라고 규정하고 있는바, 구 「부가가치세법」 제12조 제1항 제17호에 따라 부가가치세를 면제받기 위해서는 공익법인 등의 단체가 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화·용역이어야 할 것이다.

청구법인은 쟁점사업은 수입예산과 지출예산이 일치하거나 손실액을 정부출연금으로 보전하고, 잔여사업비가 발생할 경우 반납하여 잉여금은 발생하지 않는 사업이며, 용역수수료 수입은 간접비용 명목의 실비에 포함되는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 형식적인 거래의 외형에 대해 부과하는 거래세로서 사업자의 이익이나 손실 여부와 무관한 것(대법원 2008.9.25. 선고 2008두11211 판결)인바, 재화나 용역의 공급시점에 과세대상인지 여부를 판단하여야 하는 것이고, 청구법인의 주장대로 결산상 이익의 발생 여부에 따라 실비 여부를 판단한다면 매년 과세 여부가 납세자의 결산상 이익 발생 여부에 따라 달라지게 되어조세 법률관계의 안정성을 해하게 되므로 타당하지 않다 할 것이다.

또한, OOO에서 “OOO의 승인을 받아 수수료와 그 밖의 실비를 징수할 수 있다”라고 하여 수수료와 실비를 구분하여 규정하고 있고, 청구법인은 쟁점사업의 용역 공급에 대하여 실제 지출된 제경비 이외에 감리비, 기술료, 사업대행, 설치지원 등의 명목으로 수수료를 지급받고 있으며, 조세감면요건에 대한 입증책임은 납세의무자에게 있는데 청구법인은 부가가치세 면제요건으로 보기 어려운 결산상 수익이 나지 않는다거나 수수료도 간접비용 명목의 실비에 포함된다는 주장 외에 쟁점사업 관련 용역이 실비로 공급하는 용역에 해당하는지 여부를 확인할 수 있는 증빙자료를 제시하지 못하고 있다.

따라서, 쟁점사업 관련 용역은 부가가치세 면세 대상인 “공익법인이 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 용역”에 해당하지 아니한 것으로 판단된다.

(5) 쟁점⑤에 대해 살펴본다.

(가) 청구법인은 OOO에서 “OOO용역을 공급하는 경우, 「부가가치세법」 제12조 및 같은 법 시행령 제37조에 의하여 부가가치세가 면제되는 것OOO”이라고 질의회신 하였고, OOO용역의 수수료 산정방식과 쟁점사업 관련 용역의 수수료 산정방식이 동일한바, 과세관청의 공적 견해표명을 믿고 부가가치세 면세로 신고한 청구법인에게 납세의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 존재하므로 이 건 부가가치세가산세 부과처분은 부당하다고 주장한다.

(나) 이에 대해 처분청은 청구법인이 제시한 유권해석은 OOO용역 사업에 한한 것으로 이 건 부가가치세 부과처분과는 관련이 없고, 청구법인은 2010년 이후 쟁점사업에 대하여 부가가치세를 자진신고·납부한 점에 비추어 청구법인에게 정당한 사유가 있었다고 보기 어렵다는 의견이다.

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점사업은 부가가치세 면세라는 과세관청의 공적인 견해표명OOO에 따라 부가가치세 면세로 신고하였는바, 납세의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 존재하므로 이 건 부가가치세가산세 부과처분은 부당하다고 주장하나, 상기 유권해석은 OOO용역 사업에 한한 것으로 이 건 부가가치세 부과처분과는 관련이 없고, 청구법인이 쟁점사업을 과거 면세사업으로 신고·납부하였다는 사정만으로 과세관청이 청구법인의 쟁점사업을 면세사업으로 보겠다는 공적 견해를 표명한 것으로 볼 수 없으므로 이 건 부가가치세 부과처분에 대하여 과세관청의 공적인 견해표명이 있었다고 보기 어렵다.

따라서, 청구법인이 주장하는 과세관청의 유권해석에 따라 부가가치세를 면세대상으로 신고하였다는 주장은 받아들일 수 없고, 청구법인이 2010년 이후 쟁점사업에 대하여 부가가치세를 자진신고·납부한 점 등에 비추어 청구법인에게 정당한 사유가 있었다고 보기 어려운바, 이에 대한 청구주장도 받아들일 수 없다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.