상고비용은 피고가 부담한다.

1. 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라 한다) 제99조의3 제1항 제2호는, 거주자가 건설하여 2001. 5. 23.부터 2003.6. 30.까지 사용승인을 받은 신축주택을 그 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하도록 하는 내용의 과세특례를 규정하면서, 다만 당해 신축주택이 '소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는고급주택'에 해당하는 경우에는 이를 과세특례의 적용대상에서 제외하도록 하고 있다.

그리고 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되어 2003. 1. 1.부터 시행된 조세특례제한법 부칙 제29조 제1항(이하 '이 사건 부칙 조항'이라 한다)은 '이 법 시행 전에 종전의 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 자기가 건설하여 사용승인을 받은 신축주택을 이 법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세 과세대상 소득금액의 계산에 관하여는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용하며, 이 경우 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인을 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다'고 규정하고 있다.

한편 구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제3호의 위임을 받아 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택의 기준을 정하고 있는 구 소득세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제156조는 '단독주택으로서 기준시가가 4천만 원 이상이면서 주택의 연면적이 264㎡ 이상이거나 주택에 부수되는 토지(이하 '부수토지'라 한다)의 연면적이495㎡ 이상이고, 그 주택 및 부수토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 6억 원을 초과하는 것'(제1호)과 '공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적이 149㎡ 이상이고, 양도 당시의 실지거래가액이 6억 원을 초과하는 것'(제2호) 등을 고급주택의 하나로 들고 있고, 제155조 제15항(이하 '이 사건 쟁점 조항'이라 한다)은 '다가구주택을 가구별로 분양하지 아니하고 당해 다가구주택을 하나의 매매단위로 하여 1인에게 양도하거나, 1인으로부터 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하는 경우에는 이를 단독주택으로 본다'고 규정하고 있다.

2. 원심은 제1심 판결 이유를 인용하여, 원고가 다가구주택인 이 사건 주택을 건설하여 2000. 00. 00. 사용승인을 받고 2000. 00. 00. 소유권보존등기를 마친 후 2000. 00. 00. 이 사건 주택 및 그 부수토지를 부부 사이인 000와 000에게 각 1/2 지분씩합계 000,000원에 양도한 사실 등을 인정하였다. 나아가 원심은 이 사건 부칙 조항에 따라 구 소득세법 제89조 제3호, 구 소득세법 시행령 제156조 및 이 사건 쟁점조항을 적용하여 이 사건 주택이 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항에서 정한 과세특례의 적용대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는지 여부를 판단하여야 한다고 전제한 다음, 이 사건 주택이 이 사건 쟁점 조항에 의하여 단독주택으로 의제되는지 여부를 판정함에 있어 1인으로부터 취득하였는지는 그 기준이 될 수 없고, 원고가 이 사건 주택을 하나의 매매단위로 하여 양도하였더라도 000와 000에게 양도한 이상 이는 '1인에게 양도한 경우'에 해당하지 않으므로, 이 사건 주택은 이 사건 쟁점 조항에 의하여 단독주택으로 의제되지 않아 공동주택에 관한 고급주택 기준인 구 소득세법 시행령 제156조 제2호에 의하여 고급주택 여부를 판단하여야 하는데, 이 사건 주택의 구획된 부분 중 위 규정에서 정한 기준을 충족하는 부분이 있음을 인정할 아무런 증거가 없다는 이유로, 피고가 이 사건 주택을 고급주택으로 보아 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항에서 정한 과세특례의 적용을 배제한 이 사건 양도소득세 부과처분은 위법하다고 판단하였다. 앞서 본 규정과 관련 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 이 사건 쟁점 조항의 적용 및 해석에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 없다.

3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.